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故事发生在1935年的长沙。抗日背景下，张启山（陈伟霆 饰）麾下的401部队在长沙军备医院离奇失踪，整支部队凭空消失，现场仅留下一名受惊的小护士。为调查部队消失的真相，长沙分区布防军官张启山与九门吴老狗（曾舜晞 饰）、霍仙姑（陈瑶 饰）强强联手，一同进入唯一的线索古墓“隔世楼”。三人穿越毒气林，在隔世楼深处发现了堆积如山的401部队尸体与记录着名字的营地文件。原来，这并非灵异事件，而是日军策划的阴谋——401部队全员被秘密囚禁于地下生化实验基地，沦为残酷“捕全计划”的牺牲品。随着调查深入，隔世楼中隐藏的东方方士阴长生修炼地、八门金锁阵等秘密逐一浮现，百年尘封的惊天秘辛被层层揭开。生死抉择、兄弟之情、门派担当与家国大义相互交织，九门众人用热血和牺牲，守护家园，共渡难关。
长沙军备医院，护士徐媛夜巡时发现本应在城外施工的401部队竟全员出现在大厅。12点08分，401部队连同院内所有人离奇消失。长沙布防官张启山赶到，发现地下的山体被掏空，尽头是一堵数百米厚的人工巨墙，401部队痕迹至此切断。齐铁嘴判断墙体为阳宅结构，强拆必塌，唯有吴老狗的犬可破机关。张吴两家有仇，齐铁嘴硬着头皮上门求援。张启山则在废弃砖窑发现当年窑工的尸体竟然排成了倒八卦阵，墙上还留着挑衅的字迹。
张启山与吴老狗会面，吴老狗扔出尹新月的二响环，逼他在“救妻”与“救兵”间二选一。张启山制伏吴老狗后选择谈判，吴老狗开出条件，要张启山事成后退出九门，张启山应允。尹新月自行逃脱，痛揍吴老狗后安然返回。霍仙姑因家族债务，被迫答应丁千岁充当眼线，监视张启山的探查行动。地下平台，失踪的401部队士兵从墙洞现身与守卫诡异换防，钟表再次指向12点08分。
张启山和吴老狗率队进入地下，吴老狗携犬三寸钉破解了高墙内的重量机关，众人进入通道。隔世楼大殿的浮雕上描绘了众多术法，齐铁嘴推测与传说中的隔世老祖有关。廊道中，众人追踪401部队，却始终相距八百米。张启山设置机关并率队后退，利用楼层落差炸穿楼板落入下层走廊。众人发现401部队全员僵立，对呼喊声毫无反应，似乎陷入非生非死的状态。
张启山前去追击操控401部队的黑影，另一边，霍仙姑发现未曾去过的廊道竟有自己留下的牵牛花记号。401部队再次移动后突然消失，吴老狗的伙计吴天蓬也离奇失踪。众人进入凭空出现的流年殿，此时，殿外守门的吴镇元与吴天蓬突然同时出现，之后和401部队一样后退着消失不见。张小鱼砸开空心墙，发现水道尽头的吴天蓬正被拖入深处，他随即进入水道探查。
军政部特派员霍文海与丁千岁合谋，意图瓦解九门。地下，张小鱼离开水道，发现更古老的旧流年殿及三寸钉的项圈。众人涉水抵达，殿内遍布扭曲的干尸，干尸身体里长出了不属于自身的器官，仿佛被强行嵌套。齐铁嘴道破真相，原来当年隔世老祖率信徒作法事欲开天庭之门，没想到仪式失败，门反向开在信徒体内。此时，水道坍塌，退路被截断。齐铁嘴主持相同的法事试图破局，张启山竟凭空消失，吴老狗执意让齐铁嘴再次作法，吴老狗也瞬间消失。
吴老狗到达新的廊道后遭到巨蛇袭击，张启山现身加入搏斗。二人找到绘有巨蛇与黑影的浮雕，并在一处墙缝放飞吴老狗的阿秃传信。随后，张启山和吴老狗发现一座诡异戏台。留守处，霍仙姑伸手探入屋顶小洞，被一只分明属于吴老狗的手攥住，那手随后便消失无踪。张启山与吴老狗试图解开戏台的机关，首次尝试以失败告终。
张启山和吴老狗遭遇绒球鬼“彭踞”，二人配合默契将其击杀。二人再次尝试破解机关仍失败，饿死鬼“彭踬”现身。张启山回忆起二月红的演出场景，精准破解机关，石门缓缓开启。留守处，阿秃带回吴老狗的画，齐铁嘴作法将众人传送，殊不知这是隔世楼制造的幻象，真阿秃已死。张启山和吴老狗进入主地宫，中央摆放无数水缸及腐烂的炼丹竹简，二人推断此处曾是方士的修炼地。
张启山和吴老狗推断水缸中镇压着服丹变异的怪物，壁画上是古人阴长生。吴老狗中了壁画上的毒产生幻觉，随后他找到霍仙姑和伙计们，却也因此与张启山走散。吴老狗寻声找到被困住的吴镇元、吴天蓬和三寸钉，需要破解机关才能开门。吴卷帘根据被扭曲的指令启动机关，钢针齐发，霍仙姑和吴家人当场惨死。吴老狗欲炸楼时发现三幅壁画，壁画上记录了三种法术。吴老狗根据壁画布下法事，毫无成效，绝望之际，熟悉的狗哨声响起。
张启山这边则遭遇捕猎陷阱，随后发现一处日本人设下的防御工事。长沙城中，霍文海以通日罪名包围解九府邸，解九拒签认罪书被软禁。张启山等人进入基地，根据基地内的文件推断只有找到鸠山美志才能解开谜团。另一边，剧情重演至吴老狗与众人汇合之时，几人准备营救被困的吴镇元、吴天蓬和三寸钉，吴老狗提前告知吴卷帘口诀，最终石门开启，黑影逃脱，吴镇元等人获救。
吴老狗等人找到阿秃的尸体，在预言壁画前动用“窥探未来”法术，窥见了出口位置及张启山将血洗九门的未来。两队人马在廊道相遇，吴老狗率先发难，张启山将其引至小房间单独谈话。张启山坦言已寻得日本人的踪迹，请吴老狗联手探查，吴老狗同意。众人准备下井，霍仙姑想起丁千岁的嘱托，决定暗自行动。下井时，齐铁嘴辨认出井壁石刻上刻有阴长生的生平事迹，此井则被当作阴长生的宠物，取名为“落田”。
众人下至井底，发现众多日本人均剖腹自尽陈尸在此，鸠山美志亦在其中。吴老狗独自进入山体缝隙寻找霍仙姑，霍仙姑执意要完成自己的任务，吴老狗尊重她的选择，只得独自返回。张小烬整理遗留的文件时发现好几处均提及“水潭”，张启山和吴老狗前往水潭探查。此时，鸠山美志及其部下全部“复活”，带着401部队将众人包围，吴老狗被掳走。隔世楼大面积坍塌，其余人逃脱险境。
张启山召开九门大会，陈皮阿四等人公然向霍仙姑发难。众人对吴老狗的失踪十分漠然，张启山以日本人已经威胁九门存亡为由平息内讧，联合九门搜寻吴老狗和鸠山美志。会后，齐铁嘴向张启山透露曾在文件中发现了隔世老祖的线索，张启山让他尽快查清此事。吴老狗在草盘山的日本基地苏醒，鸠山美志将诡楼的秘密一一揭晓，并以霍家罪证及401部队的性命要挟吴老狗驯服某种神秘生物。另一边，张启山与半截李汇合，共赴地下暗河追查日本人的踪迹。
吴老狗被关进与怪物相邻的牢房，命悬一线。张启山推着半截李上山寻找地下暗河，最终确认日本人的确是从地下暗河通过。霍仙姑将小金罐交予丁千岁，丁千岁得罐后下令追杀齐铁嘴。张启山与解九使计囚禁了丁千岁，经审问后，丁千岁供出与日本人勾结的始末，并透露鸠山美志真正目标并非隔世楼，而是湘西某地。齐铁嘴混入商队前往西山道观探查，不料被丁千岁派出的杀手追上。杀手严刑逼问齐铁嘴之际，张启山率兵赶到将其救出。
吴老狗在牢中训练怪物，忽闻小翠的叫声。另一边，张启山向齐铁嘴透露这次是霍仙姑派霍小妹暗中传的信，齐铁嘴将道观中探得隔世老祖在湘西的洞穴线索和盘托出。此时霍家，霍小妹正惨遭酷刑，霍仙姑则遭暗算被迷晕，在昏迷中她窥见了自己的前世。苏醒后，霍仙姑凭借身手杀出重围回到霍家，亲手终结了霍玉屏等人的性命。
霍仙姑回忆着与隔世老祖的对话，于是决定废除霍家姐妹会。吴老狗等人前往怪物巢穴寻找驯服之法，发现了“换尸草”和更多怪物。他反复试验换尸草驯兽之法，同时从小翠带回的“古茶勾藤”推测此地为湘西。张启山率亲兵与齐铁嘴进入八十二寨腹地黑卯寨。老土司道出日本人就在黑天门山深处，隔世老祖的洞穴亦在其中，随后派麻金宝等死士与张启山同行。
进山途中，齐铁嘴则向麻金宝讲述吴老狗在矿场的往事。队伍抵达黑天门山，张启山以齐铁嘴为饵引出怪物，之后，张小鱼与婴儿突然失踪，留下大片血迹。张启山循着血迹一路追踪，终于看见了山神的真面目。另一边，齐铁嘴一行人发现汉代宝箱，宝箱内的壁画记载了怪物“窄娘娘”，窄娘娘是穿越毒林到达虚密境的关键。张启山率兵循着指引找到山神巢穴，激战中山神战斗力惊人，亲兵惨死。
幸存的死士向齐铁嘴等人讲述了撞见日本兵和窄娘娘同行的诡异经历，同时，这个日本兵竟能屡次死而复生。霍仙姑收到吴老狗的求救信后亲赴北平，托尹新月传信，请张启山即刻返回长沙。张启山收到尹新月的密电，率队撤离湘西，同时，新月饭店根据霍仙姑的情报在西江的小河上捞到两个法宝箱，成为了下个月的拍卖品。霍仙姑告诉张启山，须全力拍下这两个箱子，方能找到吴老狗的线索，张启山决定组建队伍赶赴北平参与竞拍。
张小烬凭借调押令将解九带出，半截李说服陈皮阿四、齐铁嘴利用美人计劝说黑背老六加入。张启山率解九、齐铁嘴和陈皮阿四等一行六人赶赴北平。路上，张启山给众人分工：陈皮阿四和黑背老六负责从熊沥昌处拿到请柬，用他的身份入场；张启山和解九则伪装成日本事务官从《亚和月刊》的总编梁本才处取得请柬；齐铁嘴负责提款。众人顺利混入新月饭店拍卖场，场内戒备森严，杀机暗藏。另一边，霍仙姑也跟着鸟取鸟居进入新月饭店。
新月饭店内，各路豪绅高官云集。鸟取鸟居邀请“梁总编”前往包厢，张启山和解九冒险赴约，最终在霍仙姑的掩护下暂时未被识破身份。鸟取鸟居提出合作竞拍，张启山表面应允。拍卖会的早场，陈皮阿四和黑背老六故意哄抬价格消耗对手资金，中场休息时，鸟取鸟居致电《亚和月刊》欲核验梁总编身份，解九已提前布局，化解了这场危机。
晚场拍卖会开始，两个法宝箱压轴登场。田作成被陈皮阿四和黑背老六以言语相激，怒而将第一个法宝箱高价拍下。第二个法宝箱鸟取鸟居志在必得，张启山悍然点天灯与其竞争。霍仙姑以扇语向张启山暗传信息，散客们也纷纷注资相助张启山，关键时刻，霍仙姑亮出二十万支票助张启山一举胜出。鸟取鸟居暴怒，欲封锁新月饭店，尹老板提前清场，众人在裘德考的掩护下携箱突围。
