...
该剧围绕白洋淀雁翎队的故事展开，大家熟知的《小兵张嘎》说的就是那里的事儿，不过《水上游击队》的主人公是游击队的队长魏光明和副队长丁水妹，嘎子在里面晃了一眼，只是一个很小的配角，按照现代的人性观念，我觉得让一个小孩子去打打杀杀是不太人道的。真实的战争是残酷的、枯燥的、恐惧的、混乱的，肯定不像文艺作品中那么曲折离奇、悬念迭出、激动人心。
盛夏的白洋淀，荷花满淀，一支结婚的船队，吹吹打打，淀心庄护卫队队长丁大水披红戴花站在船头，妹妹丁水妹陪着新娘子，渔歌高唱。就在婚船要绕过芦苇荡时，斜刺里窜出几艘速度很快的船，婚船左闪右躲还是与其相撞，婚船船头上的龙王头被撞断。丁水妹觉得触霉头，和对方带头的人理论，而那人却着急的大叫让他们让路，这让丁水妹更气，偏要讨个道理。对方急切的说出自己是八路军侦察连正在执行重要任务。
崔铁匠怕丁水妹有失，赶到新安城，及时拦住要硬闯司令部的丁水妹，并联络在德福楼当伙计的朋友李慕三，此人从前是个神偷，对新安城了如指掌。三个人暗算了来酒楼吃饭的三个伪军，然后穿着伪军制服，混进了警备司令部。鬼子正在警备司令部开庆功会，李慕三放火烧了马棚，丁水妹和崔铁匠趁乱向伊藤开枪。可惜没有击中伊藤，丁水妹二人反而暴露，就在万分危急之际，猛听到清脆的枪声，伊藤一头栽地，紧接着鬼子伪军纷纷毙命。
本以为能升职的佐佐木对这个渡边又嫉又恨，在几个军官的撺掇下，佐佐木带人擅自去白洋淀扫荡，半路遇到采菱女香菱，欲行不轨，侦察连战士四喜义胆相救，却一虎难敌恶狗。丁水妹带队员赶来，也被鬼子汉奸围困，千钧一发之际，远处响起清脆的枪声，只要是露头在外的鬼子汉奸，一个一个都被打倒。已经是第二次“领教”的贾顺急忙呼叫神龙来了，遂带队撤退。丁水妹知道这一定是那个在县城救她的恩人，拼力驾船寻找，却怎么也难寻踪影。
丁水妹按时到约定地点德福楼，却发现这里已经被查封了，原来华筱诺和两个侦查员一进新安城就被便衣队长石大富盯梢，晚上，发动突然袭击，华筱诺在李慕三的帮助下，才好不容易脱险。丁水妹在李慕三的帮助下和华筱诺见面，两个人逃出了新安城，其实是渡边命令石大富放长线钓大鱼，故意放走二人，然后在后面盯梢，试图发现八路军的主力部队。
丁水妹在芦苇荡中一边打一边跑，打完所有的子弹后，才弃船逃走。丁水妹为游击队争取到了转移的时间，所以大家毫发无伤地撤退到了野外。老魏驾着船找到丁水妹，因为她的鲁莽又批评了她一顿，丁水妹一副毫不在乎的样子。渡边进入淀心庄之后，一反常态，不杀人不放火，而是大搞亲善，又亲自拜访了乡绅宋明瑞，请他出头当保长，宋明瑞迫于压力，只好虚与委蛇。
游击队员们在乡亲们的配合下，打入民夫的队伍，阎三儿取得了伪军班长的信任，他带着三个伪军去淀上游泳，丁水妹等人假装神龙显灵，溺毙了一个伪军班长，半夜又炸毁了刚开始修的岗楼，又暗杀了一个伪军士兵，并且把该士兵的名字写在门上，制造一个“神龙点谁的名谁就死”的神话，几天下来，意外状况不断，再加上刘半仙煽风点火，日伪军人人自危，终于扛不住，逃回了新安城。
石大富和马有德一起来到了淀心庄，马有德是以探望宋明瑞为借口来的，他是信义堂的副帮主，而帮主骆明义是宋明瑞的外甥，骆欣的大哥。刚一上岸，石大富等人就被巡逻的嘎子拦住，要搜身，马有德很生气，要打嘎子，恰好老魏经过，卸了马有德保镖的枪，还把枪拆了，幸亏骆欣及时出现，将两边拉开。老魏对石大富一行人很怀疑，让游击队转移到村外，还让华筱诺进宋府探听情况。
老魏的所作所为丁水妹没有看见，还以为是神龙救了她们，丁水妹非常激动，要划船去找神龙。没想到却碰见了老魏，丁水妹把骆欣扔在岸边的小饭馆里，而她自己悄悄溜掉了。老魏没办法，只好送骆欣回家，骆欣对充满男人味的老魏产生了好感。渡边接到报告，一方面担心骆欣，一方面怀疑杀人者就是神龙，所以带着人亲自出来巡视，碰到老魏和骆欣，老魏冒充信义堂的镖师，渡边对老魏将信将疑。
渡边对老魏的疑心越来越大，他命令石大富暗中调查老魏，石大富联络到马有德，马有德对老魏旁敲侧击，被老魏滴水不漏地一一化解。骆欣对老魏这几天的表现非常欣赏，本事大，对人对事不卑不亢，就像大哥骆明义一样是个好汉，于是认定他就是自己的真命天子，而骆明义则提醒她，老魏这个人太深了，不知道是什么路数，除非他能加入信义堂。丁水妹从李慕三那里知道，便衣队长石大富非常厉害，只用很短时间就摧毁了新安城的地下组织。
回到淀心庄，他们发现在华筱诺的组织下，整个村子都变了样，各项工作都有条不紊地展开，卓有成效，老魏对华筱诺非常钦佩，送给她一支枪作为礼物。而丁水妹也意外知道了，那天去新安城的路上救自己的是老魏，她找到老魏，问他是不是神龙。老魏打马虎眼，蒙混过关。水上游击队的发展进入正轨，参军的人越来越多，各项训练都开始展开，华筱诺再次争取宋浩哲。
夜里，游击队和四喜里应外合，救出了被关押的民夫，日伪军赶到岸边，却遭到十几条大抬杆的炮轰，两轮轰击就消灭了一半日伪军，其余的全部吓跑了。初战告捷，还缴获了大量胜利品，队员们信心大增。20多只小船排成大雁“人”字形凯旋，每艘船头都摆放着大抬杆，药捻处插的大雁毛，随风漂摆。华筱诺不禁感慨，好个雁翎队！雁翎队，一战成名。
初战告捷后，老魏有点飘飘然，他想打一场大仗证明自己的能力，恰好此时，他得到情报，赵北口据点的日军只剩下了两个班，老魏认为这是一个占便宜的好机会。为了证实这个情报的真实性，老魏派四喜去赵北口侦查，路上嘎子缠着四喜，非要跟着去，四喜没辙，只好带着他。四喜独自进了赵北口，命令嘎子在船上守着，但嘎子碰见了喝醉酒的伪保长李怀仁，身上还戴着手枪，嘎子见枪起意，于是嘎子冒充神龙，抢了李怀仁的枪。
丁水妹对于老魏的态度感觉很奇怪，四喜一语道破天机，说老魏对华筱诺有意思了，还让丁水妹帮助老魏。丁水妹恍然大悟，晚上，在宋浩哲和华筱诺研究工作的时候，不停打岔，把宋浩哲给逼走了。老魏抛出集体投票的招数，终于通过了赵北口战役的计划，华筱诺坚持自己的意见，并且只身前往团部，找许司令说明情况，许司令听后大吃一惊，立刻带领大队人马增援。
丁水妹带来救兵，一举活捉了三个特务，经过审讯之后，证实确是由于嘎子的节外生枝导致的日军增兵。华筱诺还做出一个决定，用三个特务换回五位烈士的尸体。华筱诺还从三个特务的口供中分析出，老魏就是传说中的神龙，华筱诺问老魏为什么不告诉丁水妹，自己是神龙。老魏说自己已经有心上人了，不希望因此导致丁水妹的误会。华筱诺意识到老魏喜欢的人就是自己。
这次战斗的成功，让老魏领悟到游击战的威力，从此后，老魏将水上游击队化整为零，分成很多战斗小组，专门在白洋淀上袭击落单的日伪军船只和运输船，或者在鬼子的各个据点搞破坏，镇压汉奸。日军不堪其扰，屡次重兵出动想找游击队的主力决战，但根本摸不着人。丁水妹有一次发现老魏、华筱诺等几个人在一起开会，而不让自己这个副队长列席，她有点不满，而老魏告诉她，这些人开的是党小组会，你不是党员，不能参加。
老魏见到了骆明义，把马有德的所作所为告诉骆明义，而骆明义根本不相信多年的兄弟会背叛自己，对马有德一味护短，尤其对老魏插手信义堂的内务很不舒服。老魏动之以情晓之以理，最终骆明义看在骆欣的面子上，同意让老魏查账。骆明义转头就去质问马有德，马有德自然百般抵赖，但老魏的到来令马有德非常不安。
回到信义堂，马有德把自己的责任推得一干二净，骆明义又一味袒护，令老魏觉得很难有所作为。老魏对骆欣说，刚才说的许配什么的，只是权宜之计，不用当真。骆欣却说，自己是认真的，而且早就认定老魏了。老魏被逼无奈，说出自己喜欢的人其实是华筱诺。骆欣完全不相信，因为她觉得自己比华筱诺更好，老魏这么说，只是对自己没信心而已。加上骆明义和春梅在一边推波助澜，骆欣更加觉得老魏其实是喜欢自己的。
华筱诺陷入老魏、宋浩哲的感情纠葛之中，当丁水妹问她到底喜欢谁，华筱诺说，自己曾经有未婚夫，一年前在打鬼子的时候牺牲了。这天，骆欣发现马有德又要为满洲交通公司运货，她把这个消息传给了老魏。老魏决定给马有德一个教训，劫了这批军需品。经过周密的部署，战斗很快打响，雁翎队包围了马有德的船队，老魏向信义堂的兄弟喊话，告诉他们不要被马有德欺骗，这些船都是日本人的军需物资。
石大富等人的船队在半路上碰见丁水妹，丁水妹和石大富谈判，用自己换下了两个记者，石大富意图把丁水妹劫走，而丁水妹跳入水中，游回了自己的船队。何思源对丁水妹的机智勇敢非常赞赏。由于丁水妹的失误放走了马有德，令信义堂的局势非常糟糕，老魏让宋浩哲火速赶往信义堂，准备堵截马有德。另一方面对丁水妹提出了严厉的批评，何思源为丁水妹鸣不平，丁水妹说，一人做事一人当，我错了我就认了。
渡边审问骆明义，骆明义百般抵赖，反而指认是马有德想夺权。渡边其实是醉翁之意不在酒，他一面扣押骆明义，一面派出马有德和石大富，准备接管信义堂。老魏接到军分区发来的电报，让老魏和丁水妹去军分区开会领奖，丁水妹连夜写了一封画了好多圈圈的入党申请书。骆欣再次组织信义堂帮众上街示威，渡边把骆欣叫到警备司令部，对骆欣软硬兼施，骆欣面对渡边咄咄逼人的攻势，很快败下阵来。
