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解放战争后期，我军西线围歼战役即将取得胜利。国民党西线部队独立团趁着夜色向西逃去。上级将参与西部战役的某师调往东线，于是该师派出庄连长带领小分队，在当地军分区的配合下，继续追击敌军。这股国民党残部隐匿在黑山寺待命，并且有不少士兵患上传染病。追击部队遵照“尽量保护当地百姓，减少我部伤亡，设法迫降敌军，并给予救治，以后甄别整编”的上级指示展开行动。庄连长得知当地韦医生心向共产党且医术好，前往寻找，不料敌方先行将韦医生骗上山。庄连长等扮作韦医生的助手进入寺院，与韦医生配合一边治疗病人，阻断疫情，以免病情蔓延至当地百姓中，一边了解坑道结构。最终我方控制了疫情，并通过坑道救出了希望脱离国民党的士兵。至此，国民党独立团残部掌控的黑山寺恢复了安定，疫情没有蔓延，特殊的剿匪与解救任务圆满完成。
1949年中国西北的某一个战场上，国民党军队被解放军包围，司令部给当地驻地发来通报，司令命令王参谋长按照上级的部署进行阻击。与此同时，再国民党方面也严阵以待，阻止解放军渡河，要求只能防守不能进攻，马子龙一部被要求东撤，这次的行动也要求只能成功不能失败，否则军法处置。
裘丙倩想起刀副官还没有回来，询问属下妞妞，得知的确未曾回来，裘丙倩有些不悦，觉得刀副官回来的太慢了。军长这边得知解放军东撤，只会留下少部分的兵力和他们对峙，这让军长很开心，下令严防死守，暂时不得轻举妄动。
除了女子独立团的人被晋升之外，原来独立师过来的麻于彪和黄明等人，也被晋升，但却编入了女子独立团的名下，归裘丙倩统一管理，但麻于彪却不服气，挑衅裘丙倩不会归她管理，并且扬长而去，这让裘丙倩的内心极度的气恼。
白秋子发现有人陆续从寺院出来，也确定残余的哪些匪徒势力就盘踞在这里，让身边的齐东北回去告诉庄连长。当裘丙倩赶到刀德胜所说的地方时候，发现他正在鞭打韦男的爷爷，韦男爷爷拒绝让国民党的人住在这里，责怪他们荼毒了自己的家人，裘丙倩不满老人的态度，老人强调他们在这里只是为别人看家护院，不能随意让人进来，希望裘丙倩等人还是离开这里。
看着脚印的方向，金戈梅猜测一定是逃跑的方向，但仔细观察之后，发现树枝折断的方向不一样，嘴角微微一笑，肯定一个小时之前，韦男一定来过这里，经过一夜的追赶之后，金戈梅并未追赶到韦男。
子枫察觉到子灵做噩梦了，给与简单的安慰之后，二人赶紧出发。裘丙倩这边调查到附近有一个村庄，人数不详，她也计划舍弃这里入驻到寺院当中。打算撤离这里的时候，赶紧抢夺一票，获得一些粮食的补充。庄连长那边也打算重点监控寺院，史俊峰担心可能敌军会分散躲藏，针对这点，庄连长也打算分散侦查，以免有错过的。
但关成认为134军面临要被全歼的可能性，他们按兵不动有些说不过去，但徐长官却要求必须按兵不动，关成眉头紧锁的，只能下达命令继续睡觉。可躺在那里关成却根本睡不着，眼看着天亮了，外面的炮声停止了，右翼的战斗也结束了，关成着急的走出来查看情况。此时，总部急电，要求他们撤回防区，关成虽然气恼，可也不得不听从命令。
韦男和亚田等人回去家里之后发现并没有爷爷的尸体，几个人四下寻找，在附近发现了一个小坟堆，坟堆前面还有一个木板，上面刻着一些字，说明了他们埋葬了爷爷，并且根据现场情况分析是匪兵所为，而他们是剿匪小分队，亚田推测可能是侦察兵，这些人应该也在附近，有人提议找到侦察兵汇合，但亚田觉得他们想要找到这些来无影去无踪，根本就无法找到他们。
大家只好分头去寻找韦男，在爷爷的墓碑前发现了鲜花，知道韦男曾经来过这里，顺着马蹄印先查看了一下，发现是冲着匪兵的方向而去，亚田知道韦男报仇心切，但一个人单枪匹马的太危险了。亚田认为韦男是亚秀的恩人，也是村子的恩人，不能让她一个人冒险，提出大家一起追赶韦男，大壮被留守下来看门护院。
韦男不忍心伤害小动物，忍饥挨饿来到寺庙附近，眼看着寺庙就在眼前，韦男心中大喜，总算可以找到吃的了。韦男进入寺庙之后拜了佛像之后四处寻找，可是发现香客们的行为举止很怪异，而且小和尚也不在了，韦男意识到情况不妙匆忙离开，此时得到消息的裘丙倩等人赶过来，但已经不见了韦男，裘丙倩立刻命令围住山头，不管死活都要弄回来。
庄连长等人仔细勘察了现场之后，发现有一些弹壳，还有翻墙的痕迹，猜测是有人闯入了寺院，但没有被击中，足见那个人的身手非常敏捷的，但一时猜不出究竟是谁。还有人从后门发现了一些马蹄印，猜测可能是从那里逃走的，庄连长等人要打算继续追踪。
韦男抢夺了对方的马之后策马而去，山匪虽然开枪攻击的，但韦男已经跑远了。庄连长拿着望远镜查看前面的情况，一个侦察兵栓子此时赶回来，告诉庄连长发现了很多的马蹄印，庄连长看看天色，认为这种天应该不会刮沙子，不会埋没脚印，立刻提出跟着一起去看看。
庄连长立刻意识到了不对劲，认为五十多人的部队不是一个少尉能带领的，通过现在人员和枪支的分析，他们少了一个带队的真正军官，庄连长立刻要带着人去帐篷处看看，但听到韦男一直在哭，就命令所有人列队，全体脱帽，向山喜子道别，白秋子也劝说韦男不要继续伤心，要为他报仇。
负责侦查麻于彪的两个人找到了麻于彪的尸体之后匆忙往回走交差，一直在后面跟着的齐东北和史俊峰也摸清楚了对方的底细，知道他们的目的之后，也算是完成了任务，如果不是因为庄连长下达了任务不许伤害他们，齐东北恨不得给对方一个子弹吃，但现在只能沿途护送二人回去。
刁世英想要继续出发，但裘丙倩认为这个病有蔓延的趋势，到时候就无法抬着走了，只能命令暂时取消出发，同时要求联系当地购买药材。 刀德胜召集大家集合，要求报数的时候，大家都不愿意报数，觉得人太少了，可刀德胜确认为不管多少人，都应该有纪律，简单报数之后确认只有十三人，刀德胜要求大家穿着便服出去买药物。
正在两人一筹莫展的时候，终于见到了一家医圣堂药店，二人进去之后就气势嚣张的拿出一个药方让抓药，但药量太大了，药店并没有那么多存货，匪兵提出要减半，但药店依然拿不出那么多，两个匪兵干脆就亮出了腰间别着的手枪，药堂的老先生只好给抓药，不大会儿就抓了一大袋子，可是当算钱的时候，两个匪兵拔腿就跑，愣是没给钱。小二想要去追赶，但堂主却阻止了，因为对方拿着枪，能保命已经不错了。
韦汉明和刀德胜正发生争执不肯进入寺院的时候，裘丙倩已经得到汇报赶了过来，亮明自己的身份要求韦汉明进入寺院，言谈之间以要挟为主，不进入寺院就会被强行带入寺院。刀德胜私下责怪裘丙倩不应该在门口放哨兵，如果之前的普通人装束，韦汉明一定会乖乖治病，现如今一定不会听话，裘丙倩认为现在他们已经暴露了，必须这么做，不允许外面的人进入，也不允许里面的人随意出去。
关成认为自己没有能力照顾这些独立团的人，而且很多人已经感染了瘟疫，即便接出来他也没有能力救治，因此才故意没有回复，希望能让司令部想办法，司令员要求派遣特派员去查看情况，能营救的就营救，如果无法营救的就自生自灭，但要保守秘密不能让外面的人知道。裘丙倩这边一直没有任何的进展，甚至有些人因为无法医治而避免不了的死亡，上面也一直没有给消息。
刁世英劝说离开，但裘丙倩确认为一点都不容易，毕竟那么多病人怎么办，刁世英突然想起了那个韦汉明，担心他一去不回来，刀德胜觉得他们派人跟着呢应该没事，但刁世英却觉得那些人根本靠不住，又埋怨特派员还没有来。裘丙倩嫌刁世英太沉不住气了，刁世英反而觉得他们更沉不住气，只是不发作罢了。
埋伏的暗哨看到庄连长等人过来就认出来，亚田用青蛙叫提示他们自己已经在指定位置了，庄连长带人继续前行。关成发现频繁的有国民党的军队投诚，他也想要尽快和解放军方面见面，商讨投诚的事情，为自己的属下谋一条出路。
