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重庆是蒋介石盘踞八年的巢穴，是发动内战以来供应军火、物资、兵源、粮源的重地。这天，在街头，一伙士兵打死了一个男人，原来他是名地下党。看到这一幕的地下党员江竹筠神色慌张，跑去找许建业，其实他也是共产党员，她告诉老许有危险，让他快走，但老许还是决定先烧毁文件。追踪江竹筠而来的人赶到，但老许他们巧妙地逃脱。国民党的高层得知他们跑了，十分愤怒。彭咏梧带领华蓥山游击队与敌人斗争。
陈亦然在送报途中幸被一个富家小姐所救而成功脱险。老许告诉江竹筠给华蓥山游击队的药品已经准备好，组织让她去送，她因为可以见彭咏梧而十分开心。《挺进报》又寄到顾绍亭的办公桌上，怒火难遏的顾绍亭当众宣布：二处处长徐翔飞已是党国的烈士。二处行动科科长张戒宣读完徐翔飞生平之后，徐翔飞举枪自杀。随后，顾绍亭命人卸下了徐翔飞肩头的两颗带血的金星。并当众宣布：如果有人立下军令状，便可换他手上那两颗金光闪亮的将星。
江竹筠找到楚云霞，交代了她工作交接的事，还让她和刘国扬住在一起。陈亦然在取药过程中，邂逅杨诗雨。杨诗雨基本明了陈亦然身份，扬言要报警，除非陈亦然向“恩人”道歉并致谢。陈亦然很无奈。江竹筠将熟睡中的孩子托付给了楚云霞，交待一番后离开。走到巷口，听到儿子醒来，喊着妈妈，大哭不止。江竹筠返回，躲在窗下偷看儿子一眼，含泪离去。在陈亦然的配合下，江竹筠顺利躲过特务军警的盘查，直奔华蓥山。
在刑场上，彭咏梧在江竹筠的眼前被敌人公开处决，几近崩溃的江竹筠在送别丈夫之后，也给亲临现场的杜荫山等人以致命一击。杜荫山在返回重庆途中，遭到游击队伏击，因为游击队出其不意，行动迅速，杜荫山损失惨重，他暗暗发誓，总有一天要把这笔账算算清楚。当晚，自始至终没有掉眼泪的江竹筠为丈夫建了一座衣冠冢，身后站满了泪流满面的游击队战士。
就在任达初准备再次采购纸张的时候，早已等候在那里的杜荫山等人掏出了枪和手铐。杜荫山亲自审讯任达初。在杜荫山一系列威逼利诱、攻心战术之下，任达初有些动摇。当杜荫山使出“假枪决”伎俩时，新婚三天的任达初叛变。他说出了我党地下工作的很多情况。在杜荫山的授意下，叛徒任达初又将以区委领导人的身份回到了工作岗位，以便取得更多的有价值的情报。
杜荫山走进棺材铺，拿着铁钉铁锤，封棺。棺材被抬回了二处。杜荫山清退所有人，亲自审讯棺材里的人。棺材里的那位即将被活埋的老罗招供了。杜荫山让棺材里的老罗写了悔过书并录音，而后指示他继续以党内身份"干革命"。并要求其迅速交代《挺进报》其它主要成员及重庆所有地下党组织的活动情况。老罗声称下级以下的分支机构情况他并不知晓。杜荫山要求他不管什么时候，只要有重要情报，必须在第一时间上报。
潘图治将市委组织系统和盘托出。并彻底出卖了是为最重要的两名市委委员——江竹筠和许建业。与此同时，潘图治还交代了最新的联络站，永生钱庄，那是重庆市委与游击队唯一的联系通道。杜荫山心生一计，他要利用潘图治剿灭华蓥山游击队。听了杜荫山的毒计，潘图治为表忠心，竟也欣然应允了。潘图治知道市委和华蓥山的联系是通过许建业完成的，这一指示要通过老许才能传递给游击队。于是，潘图治约见许建业。
周桦和江竹筠带领的游击队并没有等来真正运送军火的汽车，反而中了敌人埋伏。周桦和江竹筠拼死抵抗，最后仅带着十几人突围。张有亮等大批队员牺牲，神枪手小海林也负伤失踪，生死未卜。 华蓥山游击队损失惨重，死的死，伤的伤。为纪念死去的战友，众人在树林的几十棵树上刻上了牺牲战友的名字，然后三鞠躬。最后一次鞠躬起身后，众游击队员看见树林里走出一个浑身是血的游击队战士。那人是——小海林。
杜荫山将许建业密捕后，先是许以高官厚禄。许建业不为所动，杜荫山只好下令动刑。但一番极刑折磨之后，铁骨铮铮的许建业依旧没有透露《挺进报》的半点消息。《挺进报》的线索到许建业这一级彻底断了。许建业被关进了渣滓洞。杨诗雨来到陈亦然家中，并迅速博得了陈母的好感，但此时，陈亦然正为许建业莫名失踪和《挺进报》发行受阻而心烦，根本无暇顾及杨诗雨的感受。
取得许建业信任的冯远德在潘图治的配合下再次从许建业口里得知重要情报——《挺进报》的发行据点在清泉浴池。当晚，赶去发行据点查看情况的陈亦然突遇敌人围捕，陈亦然及时脱险，但大批前来取报的同志却惨遭被捕。经过一夜的刑讯，竟无一名党员变节投敌。清晨，几名在刑讯过程中毙命身亡的年轻党员被一群特务抬出了二处。湖广会馆，秘密下山与潘图治接头的江竹筠如期而至，杜荫山提前布置的特务也全部就位。
江竹筠和小海林分别在楚云霞和陈亦然家门口留了纸条，约他们到新的联络站会面。江竹筠让楚云霞给杜荫山寄一份挺进报，想验证自己猜测的那个人是不是叛徒。重建发行网络过程中，楚云霞将一部分《挺进报》分发给了自己的好友方咏梅，并向其透露自己与刘国扬关系缓和，并有结婚打算，希望她能将婚纱借给自己，为自己不久将来的教堂婚礼做准备。方咏梅欣然应允，楚云霞随后将自己目前的地址告诉给了方咏梅。
回到家中之后，大惑不解的方咏梅随即向任达初讲述了事情经过。任达初告诉方咏梅此事万不可透露给其他人，但方咏梅还是在送婚纱的时候将此事儿告诉了楚云霞。楚云霞此刻方明白刘国扬良苦用心，并怀疑方咏梅叛变。她没有接过方咏梅手里的婚纱，而是迅速转回家中，携刘国扬快速转移了。任达初暗中跟踪，并拍下了楚云霞和刘国扬的照片。回到家中的方咏梅在给任达初洗衣服时，发现了杜荫山的亲笔字条，得知丈夫叛变，痛苦万分。
任达初无奈之下，带领特务直奔柴家巷抓捕刘国扬和楚云霞。刘国扬和小海林深夜赶回柴家巷探听消息，险些与前来抓捕的杜荫山等人遭遇。刘国扬和楚云霞一致认为，方咏梅一定是叛变投敌了。江竹筠却通过理性分析，认为叛徒只可能是——潘图治。任达初回到家中，告知方咏梅，敌人并没有抓到楚云霞，而现在自己也只能将错就错继续为杜荫山卖命，因为自家附近全是杜荫山派来监视自己的特务，方咏梅绝望。
气急败坏的杜荫山怀疑任达初故意放走了方咏梅，于是准备对其进行刑讯。情急之下，任达初将楚云霞近期准备在教堂完婚一事和盘托出。 杜荫山命令手下鹰犬在重庆各个教堂设伏。这一天，楚云霞和刘国扬如期来到教堂。教堂里，正在举行婚礼仪式的刘国扬夫妇突然发现教堂大门被打开，方咏梅走了进来，随后杜荫山、任达初带着大批特务跟着闯了进来。当楚云霞含泪说完“我愿意”的时候，杜荫山指挥手下逮捕了刘国扬和楚云霞。
潘图治率众特务赶到密会地点，埋伏在暗处的江竹筠、小海林、周桦和几名神枪手开枪和敌人展开了一场巷战。锄奸心切的江竹筠开枪打中了刚刚迈腿下车的潘图治。遭到伏击被打瘸一条腿的潘图治知道自己被识破，索性脱下伪装，穿上了国民党中校军服，并开始了丧心病狂的大肆出卖同志的行动。潘图治叛徒身份被进一步确认，为尽快通知相关人员转移，江竹筠等人赶到中央日报社，利用敌人的报纸将潘图治叛变的消息传递出去。
为了抓捕江竹筠杜荫山可谓煞费苦心。杜荫山断定江竹筠等人锄奸心切，而潘图治又是一个绝佳诱饵，于是准备撒网捕鱼。潘图治心里清楚，不管能否钓到这条大鱼，鱼饵都是最倒霉的。要想自保，必须行动。从此以后，潘图治参与抓捕江竹筠的行动更为积极了。林竹安在与江竹筠单独谈话过程中，透露了自己的另一个身份。他是彭咏梧前妻的弟弟，这次来重庆一是完成组织交给的任务，二是为自己的姐姐林丽英和外甥彭炳忠打听彭咏梧的下落。
为了表达和谈“诚意”，杜荫山接到命令，象征性释放几名政治犯，并大做文章。在刘国扬大哥的重金努力下，刘国扬和楚云霞即将被释放。但前提是，刘国扬必须在记者面前发表自己重获新生只感想。刘国扬断然拒绝。杜荫山告诉刘国扬：如果不按照宣科，刘国扬会立即被送回监狱，吃不尽的苦头，受不完的酷刑。而楚云霞会在今晚被秘密处决，此时的刘国扬面临艰难抉择。
为了再次启动白公馆这名秘密交通员，林竹安决定将杂货铺改回当初联络站的名字——盛记杂货铺。中央日报全文刊登了潘图治的叛党文章，这引起了林竹安等人的高度重视。据了解，潘图治以前确实在上海和南京工作过，多少会掌握一些情况。另外，他跟成都的地下党组织也有过接触，跟一些重要领导还曾经见过面。南方局立即指示重庆地下党组织，务必尽快除掉叛徒，以防他给三地党组织造成威胁。
楚云霞、林竹安、大本事等人得知小海林牺牲，陈亦然、江竹筠被捕之后心痛不已。为以防万一，林竹安决定所有人暂时离开杂货铺。楚云霞决定去二处为江竹筠送些衣物，大本事坚持一同前往。二处刑讯室，江竹筠受尽折磨，依旧没有透露任何党的秘密。杜荫山只好下令将其关进素有“地狱中的地狱”之称的渣滓洞；张戒连夜审讯陈亦然，能用的刑都用了，但只问出了一个名字。
陈母知道儿子被捕，受到巨大打击，但为了阻止其他同志与陈亦然联络，陈母每天提着菜刀坐在门口漫无目的地砍着地上的石头。楚云霞来探望陈母，见陈母行为举止如此异常，明白了陈母的良苦用心，落泪离开。万念俱灰的杨诗雨决定自杀，可当她想起陈亦然临行嘱托的时候，她断了自杀念头。为了能逃出家门替陈亦然照顾母亲，杨诗雨迫不得己答应了自己与朱处长的婚事。
