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故事发生在一个和人类世界高度接近的时空，这里除了生活着的人们，还存在着神奇的迷你小灵兽。乐阳是一个真诚纯洁、机智勇敢、充满爱心的男孩，他积极探寻并和小灵兽成为了朋友。同时，来自不同时空的伙伴们也在探寻着灵兽，在这个过程中，乐阳用真诚和爱心感染了大家，竞技对手成为了好伙伴，越来越多的伙伴也来帮助他，一起解开灵兽的秘密。坏人想要利用灵兽来实现野心，但乐阳的真诚和纯洁化成了灵兽的核心力量，伙伴们携手战胜重重困难，让坏人的野心破灭，帮助大家恢复了安宁的生活。
故事从主人公乐阳和朋友们相识多年后的未来时空开始。这个时空高层建筑林立，先进科技无处不在，但气候变得非常糟糕。有人因不满科技发展导致的严重污染，利用高科技的小灵兽到处搞破坏，正直男孩小璘对此感到非常愤慨。父亲炎教授为免翼狮和小雄狮等小灵兽受坏人的利用和伤害，正准备把它们送回过去，此时掠夺者前来抢夺灵兽，和小璘一同进入了传送装置，回到乐阳所在的时空。乐阳发现了一道异样的闪光，他来到一个路口，遇上了凌岸、小璘和小灵兽们。凌岸认出了乐阳，并得知小璘在时空传送过程中暂时失忆，于是挑拨小璘使他和乐阳对立。两个时代的小灵兽们实力差距太大，灵空在较量中遭到重创，这让乐阳非常痛心。朋友们迅速找到乐阳，丹比和丹娜马上将灵空带回他们的时空帮助它恢复。
回到家里，乐阳把和小璘之间的事情告诉了爸爸，爸爸得知后，耐心安慰了乐阳，可一向珍惜伙伴的乐阳想起灵空的状况，一直放心不下。小璘依稀记得，在时空传送之前爸爸曾对他说过些什么，但又记不起来。凌岸来了，小璘尽管提防着他，但当凌岸借着蔚蓝的天空慷慨陈词，说拥有未来科技的小灵兽要是被用来发展科技，必然会导致环境恶化等等，长期生活在严重污染的未来世界的小璘再次被凌岸所蒙蔽。乐阳和朋友们分头寻找来到这个时空的未来小灵兽，期间雪贝遇到了凌岸，和他展开较量却处于下风，乐阳和白夜去帮助雪贝，一起把凌岸赶跑，并且获得了小灵兽藤兽。
凌岸发现，这个时空的小灵兽们都比较弱，他想利用翼狮的力量改变它们来实现野心，于是出发寻找翼狮。小璘发现，这个时空的雨水清澈没有腐蚀，这里的天空能看见蓝天白云，这里还有着未来世界没有的参天绿树，可这反而让他更加憎恨把这些美好事物摧毁的人们。丹比丹娜兄妹找到大家，告知灵空的状况，这让乐阳又担心又生气，希望好伙伴快快好起来。藤兽在一旁添油加醋，谎称小璘是破坏者，而凌岸如何光明正直云云，试图混淆视听，离间乐阳和小璘，帮助凌岸实现目的，幸好白夜和雪贝足够冷静，他们保持警惕，并帮助乐阳，一定要查个水落石出。四处寻找小灵兽的小璘与乐阳再次相遇，两人斗个平手，彼此的误会进一步加深了。
大家想要尽快找到翼狮，于是追问藤兽翼狮的样子，可藤兽继续混淆视听，好不容易才逼它吐出实情。大家按图索骥，一起四处寻找翼狮，小璘也在寻找着它；与此同时，灵兽小雄狮也在独自寻找着自己的爸爸。小雄狮到处跑，总是以为听到了爸爸的声音，但是却扑了个空。机缘巧合之下，小雄狮遇到了轮椅女孩诺岚，看见诺岚遇到困难，小雄狮帮她解了围，渴望得到陪伴的诺岚和小雄狮交上了朋友。朋友们四处打听，都找不到线索，最后是白夜追踪到了翼狮的踪影。此时凌岸找了过来，两人展开争夺，可是翼狮却再次不知所踪。
小灵兽枪鱿想帮小璘脱离凌岸的控制，它听到了乐阳和小琪的对话，得知是藤兽从中挑拨离间，颠倒黑白，让大家产生严重的误会。于是小灵兽跟上了小琪，请她帮忙劝说小璘。小琪找到小璘，没等说服他，凌岸就来了，还抓了小灵兽。另一边，丹比丹娜兄妹发现了出逃的藤兽，此时小琪赶来告知之前的误会都是藤兽从中作梗，大家恍然大悟。此时凌岸带着小璘出现了，丹比兄妹和凌岸他们展开较量，在小灵兽孔雀的帮助下，丹比兄妹赢下了枪鱿。正当丹比要向凌岸问个究竟时，他们却跑没影了。晚上，小璘想起了小琪的话，对凌岸产生了深深的怀疑，凌岸知道，他再也瞒不住小璘了。
和小璘一同从未来而来的小灵兽火龙独自在江边感叹着，这时小灵兽枪鱿带着乐阳和雪贝找了来，经过一番追逐和沟通，火龙和乐阳成为了伙伴。火龙向乐阳等人展示了凌岸的真实身份，大家恍然大悟，撒谎的藤兽当场成为了众矢之的。真相大白后，丹比兄妹准备回到另一个时空的家，但是嘴馋的他们临时跑去买好吃的，却不料却被凌岸发现。凌岸悄悄跟踪他们，发现了他们穿梭时空的秘密。火龙带着乐阳和雪贝找到了小璘，小璘对乐阳的误会还没有解除，此时凌岸又出现继续挑拨，双方又较量了起来，这一次小灵兽风甲落到了小璘的手中。晚上，风甲告知小璘事情的来龙去脉，又被凌岸在一旁偷听到了，此时凌岸有了新的鬼点子。
天空下起了大雨，未来的小灵兽们望着窗外的大雨瑟瑟发抖，而这个时代的灵兽们却大惑不解。此时白夜从外面跑了回来，未来灵兽们看到白夜，都担心他被强酸性雨腐蚀，大家很奇怪，原来，在未来世界，因为严重污染，雨水都充满着毒素，非常可怕。乐阳等人得知未来的环境恶劣问题，便决定要一起努力改变未来。此时小雄狮也在诺岚家躲雨，它得知诺岚缺失父母的陪伴，决定好好陪着她。此时小琪来到了诺岚家还礼，她在诺岚的画作中发现了小雄狮，马上通知乐阳等人过来，但是管家叔叔提醒诺岚即将动手术，需要小雄狮的陪伴，小琪又把这个秘密放在了肚子里，保守着这个秘密。
在另一个时空，小灵兽极光来找到明昊，带他去易天凌博士的研究中心。另一边，凌岸也通过收集到的影像，得知了超力灵兽存在的事情，准备把它们夺过来。在研究中心，明昊看到了接受了性能改良的超力灵兽，非常高兴。没想到，凌岸偷偷地跟着丹比和丹娜，在他们正要启动时空转移装置的时候扑了过去，跟着他们来到了明昊的时空。凌岸迅速地闯进了研究中心，前来抢夺超力灵兽，明昊马上现身阻止，可是却不是凌岸的对手，被他把三个超力灵兽全部抢走了。
明昊来到乐阳的时空，召集大家，告知超力灵兽被凌岸抢走的事情，大家非常震惊，为了阻止凌岸集齐灵兽们大搞破坏，大家决定分头去寻找翼狮和小雄狮，而小琪为了诺岚，憋着小雄狮的秘密十分纠结。小璘走在街上，发现了翼狮，翼狮却被一群鸟儿追着，误打误撞地来到了诺岚的院子里，可还是找不到小雄狮，非常无奈。凌岸拥有非常强的动手能力，他改造了一个能够连接未来的装置，他打开时空连接，找来了帮手古梅拉。乐阳等人来找小璘和凌岸他们，想要夺回超力灵兽，没想到对方多出来的这个帮手更是难缠，乐阳和白夜联手也落于下风，最后连伙伴雷鹫和巨像也给抢走了。
失去了小灵兽伙伴巨像，这让乐阳闷闷不乐，爸爸看出了他的心思，给他安慰和鼓励，还有对巨像能力的信心，告诉他从哪里跌倒就要从哪里站起来，这让乐阳释怀不少。朋友们聚在一起研究对策，大家商定，要选拔一批能力较强的小灵兽们，一起对抗凌岸他们。而小琪也躲着大家，生怕秘密泄露导致小雄狮离去，影响诺岚的康复。古梅拉带来一个神奇的装置，小小的方块能打破现实空间的限制，创造出一个偌大的房子，可这却是因为破坏环境而带来的科技。乐阳等人带着精英灵兽找到凌岸，最终战胜了毫无默契的凌岸和小璘，让雷鹫和巨像回到身边。凌岸等人回到基地，意外地发现古梅拉抓住了翼狮。
诺岚最近状态不太好，还做起了噩梦，幸好有小雄狮陪着她，让她感觉安心一些。而小琪今天也躲在家里，雪贝想起了她说起小雄狮欲言又止的状态，提议去找她问个究竟。小灵兽枪鱿和巨像找到小琪，告知翼狮被凌岸等人抓走的事情，小琪很是紧张，马上来到诺岚家，大家也跟了过来，发现了小雄狮就在这里。凌岸想要拉拢雪贝，古梅拉可不答应，她向雪贝发起挑战，抢走了她的小灵兽。而在诺岚家里，大家把事情说了个清楚，小雄狮也知道了爸爸处于危险之中，想要去救它，乐阳却让小雄狮待在诺岚家，避免被凌岸找到，同时也继续陪着诺岚，这下，小琪和大家心里悬着的石头终于放下了。
雪贝想起凌岸对他的话，于是将计就计，约上凌岸，假意加入他们，凌岸非常高兴，于是带雪贝返回基地。半路上，丹比和丹娜看见了他们，想把他们叫住，雪贝却说自己已成为凌岸的伙伴，说罢和凌岸离开，丹比兄妹想要追上去，两人却不知所踪。凌岸带着雪贝来到他们次元缝隙中的基地——那个小方块变出来的房子。丹比兄妹找到乐阳等人，告知雪贝背叛的事情，藤兽也想继续挑拨，可是乐阳等人相信雪贝，决定去找她一问究竟。凌岸想要逼雪贝说出乐阳等人所有的情况，雪贝不予理会，趁凌岸和古梅拉走开的当儿，感化了小璘，让小璘救出翼狮。他们正想要逃走，凌岸和古梅拉回来了，发现了他们的异常。
古梅拉得到了小雄狮，满心欢喜，可小雄狮非常生气，怎么偏偏被他们抓住了，古梅拉告诉它爸爸翼狮也在他们手上，小雄狮感到不知如何是好。正当大家焦急寻找古梅拉的时候，明昊来电告知新的巨兽研发成功，准备传送过来。古梅拉为了躲开大家的耳目，假扮成吉祥物逃了出去，但还是被雪贝发现了，雪贝追上了她，雪贝凭借顽强的拼劲，和小灵兽一起，把小雄狮夺了回来。另一边，明昊的行踪被凌岸发现，此时凌岸也已经开启了翼狮的强大力量，于是带着翼狮出手抢夺，在翼狮强大力量的加持下，轻松赢下了明昊的灵兽。再一次被凌岸在眼前得手，明昊感到非常挫败。但是，乐阳他们怀着信心，一定会把翼狮夺回来，让它和小雄狮父子团聚。
小璘和雪贝带着翼狮想要逃出基地，却被凌岸和古梅拉碰了个正着。小璘恢复了记忆，想起了爸爸之前的话——叫他去找乐阳，小璘决心要和凌岸决裂，嘱咐雪贝带着翼狮快跑。雪贝灵巧地绕过凌岸他们跑了出去，古梅拉在后面穷追不舍，而小璘为了拖住凌岸，掩护雪贝和翼狮逃出，毅然挡在凌岸面前，两人的较量一触即发。这个高科技基地，在古梅拉的控制之下发生频繁的空间扭曲，让雪贝他们一直在迷宫一样的通道中绕圈圈，逃不出去，幸好小灵兽们及时出现，帮助雪贝躲开了古梅拉的追击。乐阳等人通过雪贝的脚印发现了隐形的基地入口，而此时雪贝就在入口的另一端，小璘保护了雪贝离开，却被凌岸再一次抓住了翼狮，太可惜了！尽管这样，在雪贝的帮助下，小璘和乐阳成为了伙伴。
朋友们聚在一起，雪贝向大家诉说真相，原来她是为了救出翼狮而假装和凌岸结盟，虽然最终没能救出翼狮，可是小璘和乐阳冰释前嫌成为了伙伴，也是一件大好事。无论如何，大家决定先保护好小雄狮。天色已晚，大家各自回家，小璘则来到了乐阳家。乐阳爸爸是小灵兽们的创造者之一，小灵兽们都感到非常期待，可是小璘却不知道，而乐阳爸爸看到来自未来的小灵兽和小璘，也感到非常亲切。小璘告知乐阳他丢失的记忆——爸爸让他来过去找乐阳，这让乐阳非常意外，可是小璘的爸爸怎么会认识乐阳呢，难道乐阳在未来世界是个很有名气的人吗，灵兽们议论纷纷。次日，凌岸和古梅拉发现了小雄狮的藏身地点，乐阳和小璘联手阻挡了他们，此后，大家商量着准备转移小雄狮的隐藏地点。
诺岚突然感到浑身难受，还发起了高烧，管家伯伯马上安排把她送医，但是大家还不知道。丹比丹娜和小璘来找诺岚，可是家里没人，只能在外面等着。管家伯伯告知乐阳诺岚必须马上手术，大家都非常担心。为了支持诺岚，小雄狮一直陪着她，希望她能够战胜病魔。诺岚做了一个梦，在梦中，小雄狮伴她走出幽谷，还鼓励她站起来；现实中，小雄狮一直陪伴在她的左右。手术成功了，一直陪伴诺岚的小雄狮松了一口气，为免给诺岚带来危险，小雄狮决定离开，他们依依惜别，可是小雄狮刚一出门，就被狡猾的古梅拉抓住了。
朋友们聚在一起，纷纷给小雄狮鼓劲，力争一起把翼狮爸爸从凌岸手里救回来。这时，藤兽也踊跃表达，可是大家因为它之前的不诚实而排挤它，它气得跑了出去。藤兽想证明自己的真心，让大家认可它，它发现了古梅拉，悄悄地跟了上去。藤兽得知，古梅拉因为小雄狮被夺的事情，担心凌岸会生气责罚她。藤兽于是心生一计，马上回去把凌岸内部产生裂痕的消息告诉乐阳，让他们乘对手弱势展开挑战，还想要趁这个机会劝解凌岸。虽然大家仍然怀疑着它，可是乐阳相信这个伙伴，于是一起去挑战凌岸，他们拼着互相的默契和信任，成功地夺回了火凤灵兽，还一起劝说凌岸，虽然凌岸毫不悔改，但经此一役，大家对藤兽也改观了，并认可了它。
失去了小雄狮，心虚的古梅拉对凌岸大献殷勤，在凌岸质问之下，古梅拉把真相和盘托出，为了获得宽恕，她马上出去试图找回小雄狮。朋友们商量着接下来的对策，雪贝突然收到了凌岸的短信，却瞒着大家，机警的白夜发现了。大家散去后，他悄悄跟着雪贝来到了她和凌岸约定的地方。凌岸仍然想要拉拢雪贝，但是雪贝却套出了凌岸的真实想法——因为小灵兽的存在极大促进了未来科技的革新，但是这些科技发展却对环境带来了毁灭性的破坏，凌岸想要通过消灭这个时代的小灵兽来改变不堪的未来。雪贝将自己的过去心路历程告知凌岸，劝说凌岸改变这种极端的想法，白夜也现身，试图通过行动来让凌岸清醒。可是古梅拉眼见凌岸再一次拉拢雪贝，感觉自己被嫌弃，她心生退意，回到了未来。雪贝和白夜也离去，剩下了孤单的凌岸。
凌岸的小灵兽们聚在一起，谈论着凌岸，虽然大家知道凌岸只是把它们当做工具，但是它们都不敢违抗，灵蛛真心希望他不要一错再错，说服了小灵兽们里应外合，悄悄地把翼狮放走了。凌岸没睡好，早早醒来，他想起雪贝和白夜两人都对他说乐阳让他们发生了改变，这让凌岸非常疑惑。小灵兽们也说乐阳是个善良的孩子，可是只想用极端手法拯救未来的凌岸，根本听不进劝告。逃出的翼狮被明昊救下，他正要把它带去和小雄狮团聚，没想到丹比兄妹却莽撞地私自把小雄狮带出去找翼狮，碰巧被回归的古梅拉追踪到了，并派出更强的未来灵兽夺走了小雄狮。翼狮和小雄狮父子戏剧性地仍然难以团聚，朋友们很失望。另一边，凌岸也发现翼狮不知所踪，对小灵兽们起了疑心。
虽然得到了小雄狮，但是古梅拉仍然对凌岸的态度耿耿于怀，没有回去找他，小灵兽们对她诉说乐阳的善良，劝她加入乐阳一边，古梅拉犹豫了。朋友们想要尽快找回小雄狮，到处找着、打听着，休息的时候，大家讨论起古梅拉，雪贝说她一定不是坏孩子，打算拉拢她。大家想了又想，估计她会回去找凌岸，于是来到凌岸的基地附近，果然找到了她，正当大家劝说古梅拉加入的时候，凌岸也来了，劝说她回心转意。古梅拉决意，要双方进行较量，然后加入赢的一方，没想到双方不分高下。凌岸试图劝回古梅拉，但是当古梅拉知道他真正想要的是小雄狮，非常失望，再次离开了。
