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该动画讲述坏事做尽的大魔王被封印在一个不为人知的地方。但是，他的手下仍然四处破坏，并尝试拯救他，负责看守大 魔王封印禁地的猫族族长知道，如果不加以阻止，大魔王将会摆脱封印变得更加强大，这将会为美好的大地带来灾难。于是族长派出自己的女儿美雅，寻找三位拥有友爱、正义、勇气能量 的少年，合力阻止大魔王的破坏。与此同时，大魔王的爪牙雷隆也急忙派出手下追捕美雅，企图破坏美雅的计划。在一次行动中，美雅结识了少年翔天。翔天是一名正气凛然的热血少年。 机缘巧合之下，美雅发现翔天正是拥有正义能量的其中一位小朋友。翔天从美雅口中得知自己的使命之后，毅然地答应帮助美雅，决心与大魔王对抗。翔天找到了另外两位分别拥有友爱及 勇气的伙伴——憨厚善良的亚树和开朗阳光的奈奈。三位智勇双全的少年们跟随美雅展开正义的冒险之旅。
挺身而出的元气勇者们将邪恶军团从蓝星赶回奇迹大陆，并将大魔王封印在了奇迹大陆圣地，和平发展的人类进入了高度文明的现代社会，而被封印的大魔王又开始蠢蠢欲动。想要让大魔王复活的空灵族在奇迹大陆肆意破坏，而猫人族少女美雅带着最后的希望离开奇迹大陆，来到蓝星的她要遵照母亲的嘱咐找到了元气勇者的继承人。
大魔王即将挣脱封印，单凭烈风是无法对付庞大的邪恶军团，美雅在翔天的带领下来到青少年聚集的地方寻找其他的勇者伙伴。在科技馆里翔天和美雅遇到了天生神力的亚树，但勇者晶石却对亚树没有反应。另一方面，雾影想要利用地球科技馆里的重力控制系统控制地球上的重力，为了保护众人的天翔立即召唤烈风展开战斗。
天生神力的亚树极有可能就是力之元气勇者，但元气晶石还是对他没有半点反应，想要继续观察的美雅带着翔天来到亚树参加的大力士比赛会场。钢龙的出现让美雅大吃一惊，召唤烈风的天翔完全不是刚龙的对手，就在情况危急的时候亚树守护同伴的决心通过了元气晶石的考验，爆发出巨大力量的他召唤出了元气金刚震地龙。
没有被找到的元气伙伴只剩下智之勇者，美雅一行人来到了象征智慧的智者镇，在一年一度的最强智者竞猜大赛中奈奈表现出了非凡的才智。就在天翔一行人准备寻找奈奈时敌人出现了，而敌人这次带来了烈风和震地龙的克隆机，分不清敌我的天翔和亚树陷入了苦战，而想起大赛上谜语的天翔瓦解了敌人的诡计。
美雅被偷的袋子刚好与奈奈的一样，被误会的奈奈为了洗清嫌疑陪着他们一起去寻找元气晶石，没有见过元气晶石的奈奈却能根据天翔等人的描述画出晶石的样子，这证明了她受到了元气因子的影响。找到线索后奈奈甩开天翔等人决定独自行动，而天翔等人却遭遇了空灵族的袭击。
奈奈阻止了冒充劳托巴的雾影和小偷的交易，但在她和小偷争执的时候不慎掉下了悬崖，被救回的奈奈昏迷不醒，而翔天不得不与出现的敌人展开战斗。在翔天遇到危险时亚树却为了保护奈奈而脱不了身，没有吃饭的亚树使不出一点力气，得到了元气晶石的奈奈终于爆发出了巨大的力量，召唤出流影飞狐的她与翔天并肩作战。
三位元气勇者汇合后美娜他们就要找到通往奇迹大陆的入口彩虹地带，正当他们商议的时候突然传来了巨大的声响，出车祸的是邻虹镇的小颖，而她正准备回去更换治疗机器人的芯片救治伤员。患者的情况不容乐观，翔天和奈奈两人火速赶往邻虹镇更换芯片，而途中他们遭遇了空灵军团的袭击，决定独自拖住敌人的翔天陷入了危险。
得到地图的翔天等人赶往彩虹地带，而打开彩虹地带必须三位元气勇者齐心协力，但一直争吵不断的翔天和奈奈令人堪忧。鲁博士的地形骤变装置会监视翔天等人的一举一动并会随时改变地形构造，这让翔天等人陷入了天然的迷宫中，找不到入口的翔天和奈奈因为急躁又使矛盾更加深化，他们能够克服困难齐心协力找到入口吗？
亲自上阵的蜥蜴王带给了翔天不一样的压迫感，在蜥蜴王强劲的力量面前翔天和亚树选择了暂时撤退。奈奈的离开让前去追她的美雅受到重伤，来到彩虹地带后奈奈对于自己是否拥有勇者的资格而感到疑惑，在听到彩虹爷爷的教导后奈奈竟然扔掉了自己的勇者召唤器，但在翔天他们的眼里奈奈早已是不可或缺的伙伴。
克服了重重困难的翔天等人终于来到了奇迹大陆，但在降落的时候四人却走散了，而翔天和奈奈这对冤家正好落在了一起。对奇迹大陆熟悉的美娜准备带着亚树寻求红耳族人的帮助，而翔天和奈奈却并没有那么好的运气，正在争吵的两人突然遭到了当地居民的攻击，被当做空灵族抓起来的他们又弄丢了可以证明身份的勇者徽章，但莫雷却已经开始了行动。
翔天等人为了寻找天神木而展开了冒险之旅，但出现在他们面前的却是一大片石林，被空灵族侵袭的天神木开始枯萎，这也是眼前荒芜景象的原因。感应到天神木周围有生命反应的雷隆通知基隆前去查看，而翔天等人来到了一片茂盛的森林，它与之前的荒芜景色形成了强烈的对比，而这里似乎与天神木有着很大的联系。
美娜大老远就能听见奈奈和翔天的争吵，代替奈奈爬上山的美娜发现了一个村庄，在她和亚树前去打探虚实的时候奈奈和翔天负责留守。小孩子的哭声引起了奈奈和翔天的注意，原来胆小的塔卡因为不敢去死亡谷拿勇气之石而被小伙伴们取笑，而听到这些的奈奈竟然想要和翔天比赛看谁更有勇气，在他们前往死亡谷时雷隆的手下娑娜注意到了他们的动向。
得知翔天等人要前往神圣森林的莫雷派魔影前往，通过了神圣森林结界的魔影伪装成路人在神圣小溪内投毒。想要拯救天神木的翔天等人必须得到足够的光粉，在神圣森林里他们遇到了照料太阳花的小人族，小人族的族人表示太阳花很快就会盛开，发现了溪水有毒的奈奈避免太阳花遭到破坏，而计划败露的魔影出现在了他们面前。
得到了光粉的翔天等人准备唤醒天神木，而基隆派小丑前去阻止翔天等人的计划。来到天神木下的翔天等人看到了守护那里的肥皂村村民，见到他们的村民并没有急于撒播花粉，而是为他们准备了丰盛的晚餐，在宴会中美娜看出了问题，而吃过晚饭的翔天等人露出了病态，这一切都是小丑为他们设计的圈套。
莫雷等人的连番失败让大魔王非常生气，雷隆将魔神之剑交给莫雷命令他去破坏天神木中的力量结晶。与天神木守护精灵对话过后翔天他们终于知道了唤醒天神木的方法，太阳花粉并非用来撒在天神木的根部，而是要撒在它的心脏力量结晶处。美雅的歌声终于打开了通向力量结晶的入口，但莫雷带着手下也出现在了那里。
翔天等人莫名其妙的开始了争吵，而他们争吵的原因是受到了信任城的影响，信任之环和友爱之环紧密相扣的信任城本该充满信任和友爱，但随着信任之环的丢失一切都发生了变化。阻止天神木复活的莫雷失败了，为了弥补过错的他派美女蛇前去对付翔天等人，而来到信任城的翔天等人看到了相互憎恨的人们，接受天神木指示的他们下定决心要拯救这里的人们。
为了解救信任城人民的翔天等人再次踏上旅途，而娑娜手下的魔术师刘玄正是拿走信任之环的罪魁祸首。正在争吵的翔天和奈奈差点被落下来的岩石砸到，这些岩石组成的岩壁怪挡住了他们的去路，在猜出了岩壁怪的谜底后他们继续前进，但相互竞争的奈奈和翔天却和同伴们走散了，提前来到城堡的他们遭到了刘玄的攻击。
实力非凡的刘玄让翔天等人节节败退，想要打败刘玄，翔天等人就必须利用徽章唤醒圣兽战士，通过石像翔天等人找到了圣兽战士的所在。来到决战城的他们却被木偶诺诺曹所骗，没有弄清楚状况的他们来到了角斗场里，而他们的对手正是身为护卫队长的狮心，他一直守护着沉睡圣兽战士金光狮。
突然出现的木偶诺诺曹竟然引爆了附近的巨型火山，巨大的熔岩从天而降，翔天等人一面与木偶诺诺曹战斗，另一方面帮助人们逃往信任城避难。木偶诺诺曹拥有操纵的能力，与他对战的翔天陷入了危机，前来解围的亚树向翔天说明了情况，现在的他们已经无暇与木偶诺诺曹作战，奔涌而来的熔岩已经开始威胁躲在城里的人们。
被最后一个幻像迷惑的奈奈没能通过考验，这个结果让奈奈不能接受，看到如此坚强的奈奈后暴冰熊决定赌上一把。在奈奈眼前的是一条布满火炭的道路，如果她赤脚走完这条道路的话就算通过考验，与同伴们的相遇让奈奈没有放弃的理由，但当她坚毅的走完火径后敌人却找上门来，被打动的暴冰熊终于出动了。
