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グリザイア：ファントムトリガー
在希思奥斯陆事件曝光美日反恐组织CIRS后，一个新的机构应运而生，专门训练精英特工：SORD。美滨学院曾经被废弃，现在成为SORD的一系列训练场之一，供不合群的女孩磨练她们的致命技能。她们手持实弹，面对危险的任务，为了国家的未来牺牲自己的安全。
小学部的大河和玲奈等人一起进入了美滨学园A班。克里斯被任命为她的上级，她向训导员春斗询问原因。克里斯背着经过艰苦训练的大河，心里在想什么？
虎在前往实习的医科大学遭遇了由恐怖袭击引发的爆炸事件。犯案者为新兴宗教组织的成员，他们图谋获取可被用作武器的病毒。得知此事后，联合国为防止病毒在全球扩散，决定动用热处理武器进行空袭，将整栋建筑彻底摧毁。接到这一消息的A组被下达了禁止出动的命令。然而，克里斯却无视命令，独自前往营救虎。
克里斯使用炸弹对抗恐怖分子，却因敌方子弹而负伤。救助这样的克里斯的虎，被恐怖分子包围陷入绝境。与此同时，A组以作战失败时将被现场处分为条件，从学院长处获得许可，出动前往现场。为了救援虎和克里斯，美滨学园A组开始执行恐怖分子歼灭作战。
紫的姐姐由纪结束了海外任期，回到了A组。由纪擅长与人亲近和撒谎，与学院长和哈尔特关系良好，她的这种熟络让蕾娜感到些许不快。而妹妹紫自从由纪回到A组后，状态一直不佳。由纪和紫之间究竟发生了什么？哈尔特向蕾娜等人讲述了与她们姐妹初遇时的故事。
数年前，SORD尚未成立之时。哈尔特来到了位于深山的由纪的老家。据说她的村庄流传着一种名为“幻影之刃”的特殊技艺。为了超越师父，掌握剑术之前决不归去的哈尔特，决定在村中生活。在那里，他遇到了由纪的妹妹——紫（Murasaki）。虽然紫有些怕生，但她逐渐向哈尔特敞开心扉。然而某天，村庄遭到袭击，紫误以为哈尔特是犯人，陷入了暴走。
追溯到SORD还被称为「幻影扳机」的时期。在某个实验中诞生的哈尔特，由美滨学园的学生仙石一郎、野上等人抚养长大，与其中一人——苍井葵关系亲密。每天在完成暗地里的工作的同时，被不熟悉的育儿事务所困扰的葵等人。在这样的杀手集团中，哈尔特茁壮成长。「苍井哈尔特」这一存在的诞生过程，其过去终于被揭开
哈尔特虽年幼，却已积累实战经验，开始展现出作为杀手的才能。某日，一项摧毁宗教组织的任务落到了幻影扳机手中。哈尔特与葵等人一同前往敌人的据点，执行作战计划。然而，他们所面对的却是熟悉的面孔。
美滨学园A班传出了海外派遣的消息，班主任有坂被迫做出决定。有坂与蕾娜等人进行面谈，试图了解她们各自为了守护什么而奔赴战场。而A班即将前往的战场上，新兴宗教组织“TheFatalAnswer(TFA)”正等待着他们，其中就有艾妮丝和克洛伊的身影。
SORD全队被召集参与前所未有的大规模作战。蕾娜和真希奔赴前线，户鹿和古米潜伏森林执行狙击任务，紫和悠希潜入敌方基地进行情报收集，克里斯和泰格负责救援工作。在各自执行任务的过程中，哈尔特与克洛伊率领的敌军部队遭遇。面对杀害葵的宿敌，哈尔特终于拔剑相向。
普通市民帕特里克和布鲁诺日复一日地从战场的尸体上搜刮装备。在战争愈演愈烈、紧急警报响彻云霄之际，他们在地下掩体中遇到了年幼的修女们。帕特里克等人试图带着修女们逃离战场，然而高射炮摧毁了战壕，热浪如噩梦般席卷而来，袭击着少女们。他们只想活下去……在战场上，他们究竟目睹了什么？
在新兴宗教组织“TheFatalAnswer(TFA)”的战斗进入最后阶段之际，户贺等人被困于山岳地带，被少年兵包围，陷入绝境。与此同时，孤立在前线的蕾娜为了她的主人哈尔特，正与强敌克洛伊展开激战。在美滨学园的成员们在各自的战场上奋战之时，昔日的幻影扳机将做出重大的抉择。
听到大坝崩塌的消息后，SORD全军决定撤退，但美滨学园的成员们却未能从前线返回。真纪在与曾在俄罗斯做杀手时结下仇怨的男子交战中陷入苦战。与此同时，蕾娜在被克洛伊逼入绝境、徘徊于生死边缘之际，回忆起了被哈尔特救起时的情景。
在寻找美浜学园A组成员的过程中，哈尔特潜入敌军总部，与克洛伊再次相遇。与此同时，中弹的艾尼西虽负伤，仍试图通过电梯从基地逃脱。紧追其后的是美浜学园园长仙石一郎。究竟谁能成为最后的幸存者？SORD与TFA的对决即将落下帷幕。这是一段由鲜血与硝烟编织而成的幻影触发者们的故事——
