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鸿运三十七年的大世王朝，即将迎来一场蓄谋已久的血雨腥风，亡国离罗携“五绝诡术”死灰复燃，制造出一桩桩惊骇迷案。幸皇权直属神捕司内以黎斯为首的一众英豪，为保山河无恙，民生安康，毅然拉开了与离罗余孽殊死斗争的大幕。神捕司威名盖世，苌弘碧血，逆风执炬，拨开重重迷雾，逼近真相。九具棺椁内九具少女干尸，放血而亡，死状极惨，这些无辜女子因何香消玉殒？黑风林秘境深处，巨大的天魔罗食人株以三十六名至阳孩童为阴食，人体包裹成茧的花丛中，竟然弥漫着由少女血炼制的枯骨香，东南船王府内大湖中随波荡...
天荒城接连发生九名少女失踪的“枯血案”，目击者称凶手身边带着诡异傀儡。聚星楼东家黎斯因持有相似傀儡，被神捕司霜捕白珍珠与鹰捕楼天命盯上并带回审查。黎斯却是将计就计，故意落网，借机潜入神捕司禁地天枢阁，寻找与自己身世相关的旧案卷宗。夜探天枢阁时，他与鬼捕蒙锐交手，负伤仍成功脱身。与此同时，黎斯的真实身份逐渐浮出水面：他并非单纯富商“青阳公子”，而是十七年前木兰猎场旧案中失踪、对外宣称已亡的四皇子周衍。为追查当年真相，他一直暗中布局。随后黎斯跟踪白珍珠追查，在不归庄发现九具被抽干血液的少女尸体，推断凶手以血炼制奇香“枯骨香”。案件愈发残酷，当黎斯侍女青芜也惨遭毒手，案件迷雾渐浓，他悲痛之下决意亲自复仇。
神捕司掌司轩辕善察觉天荒城少女失踪案与斗鼓县孩童失踪案有所关联，便派蒙锐前往斗鼓县进行调查。黎斯也前往斗鼓县追查真凶，途中救下被掳女童玉瑶，并设计引蒙锐注意。蒙锐在斗鼓县调查时，发现当地春风堂孙掌柜遭傀儡丝线裂尸杀害，提取到关键线索 “蛛有泪” 丝线。白珍珠奉命前往斗鼓县协助蒙锐，两人在县衙仵作房偶遇提前抵达查验尸体的黎斯。黎斯告知二人 “蛛有泪” 的特性及黑风林与孩童失踪案的关联，随后遁走。三人最终在黑风林陷入诡异幻术，被红灯笼与幻影包围。斯与蒙锐在黑风林陷入诡异幻境，黎斯动用亢龙千机阵破阵后发现刻有失踪孩童名字的空坟。与此同时，县内再失踪六名孩童，孙掌柜尸体也从县衙殓房失窃。众人最终将嫌疑锁定在仵作温南生身上，展开追捕。
黎斯被蒙锐押回县衙后趁机逃脱，提前找到被仵作温南生丢弃的孙掌柜尸块，推断温南生已遇害。三人前往香料店荼蘼斋调查，发现店主竟是男子假扮的“暗香娘子”，店内残留枯骨香气息，且两个月前曾失窃。黎斯以实验证明傀儡无法独立窃香，却意外发现失踪孩童的共同点 —— 均为换牙期儿童。斗鼓县仅剩玉瑶一名换牙孩童，不料玉瑶遭人掳走。 蒙锐与白珍珠循枯骨香线索追查，发现瓷瓶有聚星楼标志，怀疑黎斯带走玉瑶。黎斯实则以玉瑶为饵，引真凶温南生现身，三人追至黑风林死亡峡谷，发现离罗古文字，白珍珠、蒙锐陷入幻术互斗，黎斯解穴破阵并暴露旧伤，获二人信任。他们见到天魔罗，其根系包裹着装失踪孩童的茧体，真凶温南生现身，揭示其利用肉傀儡和离罗古教遗种，阴谋现。
黎斯、白珍珠和蒙锐在洞穴中与温南生对峙，揭露了其为求长生而利用“天魔罗”残害孩童的侏儒杀手身份，并戳破其杀人、嫁祸、伪造死亡的连环诡计。最终对决中，黎斯催动量天尺布亢龙千机阵，蒙锐斩天魔罗，温南生遭天魔罗反噬而亡。事后黎斯自掏腰包抚恤孩童家长，被救孩童也平安返回县衙与家人团聚。却揭开斗鼓县惊天秘密：杜逸安七年前以豆饼换灾荒孤儿，养至换牙期便默许温南生将孩童掳走，黎斯戳破真相，众家长发现手中的银票竟变为冥币，杜逸安恶向胆边生，勾结山匪反扑，被蒙锐、白珍珠制服。夜间黎斯潜入大牢逼问杜逸安，得知其受温南生指使，多年前便已经在制造孩童失踪案，随后以幻术吓疯杜逸安。押解途中三人偶遇北昆太子温布乔装的使团，对峙场面一度紧张。
黎斯识破北昆太子温布身份，解除危机，荒郊露宿时，黎斯借调虎离山之计脱身，却因心疾发作栽入湖中，被师父黎三救起。黎斯怀疑自身心疾与十七年前旧事相关，且离罗国线索指向更深阴谋，虽暂避追捕，仍决心另寻办法闯入神捕司天枢阁，查清所有谜团。黎斯被蒙锐、白珍珠押解回天荒城，途中遇微服却张扬的太子周迢。二人合计计划将黎斯送入神捕司当自己眼线，黎斯趁机借太子掩护脱身。轩辕善此前面见世德宗，提及黎斯身世与入司意愿，世德宗让其自行处置。黎斯向轩辕善表明入司想法，轩辕善为其介绍神捕司春生轩、夏长楼、秋收阁、冬藏居及天枢阁的职能。为通过考核，黎斯以全年免租为诱饵，说服黄泉集商贩假意被捕，顺利完成任务，获任见习捕快，实则被轩辕善暗中监视，以探查其与傀儡案、东宫的关联。
北昆使团抵达天荒城，朝堂上周邈主张强硬应对，太子则担心激化矛盾；世德宗最终采纳阁老白祁“静观其变”的建议，暂不表态。与此同时，北昆太子温布在国使邸收到一只不在礼单内的黑匣，匣中木偶竟预演了他将“化为血水”的死状，随后温布在观看歌舞后当众离奇身亡，身中奇毒“阎王叫”，尸身迅速化解成一滩血水。北昆使者燕子歌认定大世蓄意挑衅讨说法，外交危机骤然升级。楼天命奉旨赶到，宣布封锁天荒城，限神捕司七日破案。神捕司封锁国使邸勘验审讯，却发现毒物线索反指神捕司内部，舞女虽有复仇动机却并非真凶，案件陷入僵局。关键时刻，见习捕快黎斯介入，凭细致观察排除舞女嫌疑，并由“面放久了会涨”的常识联想到药膜包毒的延时毒杀，为破局提供新方向。
神捕司继续追查温布王子遇害案，黎斯在现场质疑“用毒”动机，并按白珍珠吩咐处理尸液取证。众人前往天枢阁翻卷宗，发现黑匣预告的杀人手法与三十年前“幽冥剑客”道隐如出一辙，而道隐正是蒙锐师父，蒙锐又佩戴岁寒剑。楼天命据此将嫌疑指向蒙锐，要求其交剑受查，神捕司内部因此对立升级。掌司轩辕善最终下令蒙锐禁足，黎斯仍私下探望并表态信任。北昆使者燕子歌为寻仇上门，掳走捕快小齐，亮出第二枚黑匣逼蒙锐赴大荒山一线坪决斗。决斗中蒙锐仅用三分力一掌，燕子歌却当场毙命，蒙锐百口莫辩。刑部侍郎肖凝随即带人现身欲就地抓捕处置，黎斯等人掩护蒙锐逃走，燕子歌之死引爆北昆攻打肃城，边境战事骤起，朝堂上太子与大殿下借机互相攻讦。黎斯意识到背后有人借命案挑起战争、搅动朝局，并推断蒙锐藏身处。
黎斯循龙须草线索找到蒙锐，两人验证出蒙锐留力一掌不足以打死燕子歌，推测真凶借幽冥剑客传说嫁祸。神捕司收到第三个黑匣子，预告“蒙锐将刺杀白阁老”。黎斯与蒙锐先从燕子歌之死入手，结合蒙锐身世线索追到“鸿运二十年”的旧案脉络；白珍珠尸检又发现关键疑点，指向燕子歌并非被杀，而是用西域“归鸟腹羽”自尽，意在嫁祸蒙锐。神捕司行动受阻后，赵公公假传太子口谕进入逆旅营，众人决定将计就计设局：黎斯假扮蒙锐引开视线，蒙锐反扮白阁老诱敌现身。楼天命自以为得手时暴露身份，被当场揭穿并擒获，黑匣案幕后主使浮出水面。事后黎斯推断温布之死亦为替身，楼天命与北昆勾结，意图借刺杀挑起两国大战。皇帝下令追捕蒙锐，并禁止私审楼天命；不久楼天命竟离奇逃脱，内鬼疑云再起。
神捕司重犯楼天命在地牢中神秘消失，判断司内可能有内鬼，越狱案迅速牵动朝局。太子周迢因失控迁怒鞭打赵公公，又把火撒到太子妃褚浣儿身上，羞辱其出身；北昆借温布王子“假死”做文章，南侵危机迫近，朝堂争执不休之际，黎斯利用楼天命的鹰隼追踪线索，最终将温布擒获，边境危机暂解，同时，天枢阁密室中预言之神浮雕碎裂，离罗复仇的深层阴谋逐渐显露。轩辕善入宫向皇帝汇报，牵出效忠前朝离罗的神秘组织“黑夜”，皇帝随即命其彻查内鬼与组织根系，并因黎斯立功破格提拔其为神捕。另一边，重伤昏迷的蒙锐在众人照料与黎斯激励下苏醒。黎斯与白珍珠以棋局谈世事，自比“弃子”暗示身世之谜，随即前往天枢阁翻查十七年前“焚天之祸”旧案卷宗，开启追查真相的道路。
黎斯进入天枢阁查阅秘档，发现鸿运二十年四皇子 “殁于山火” 的记载，还查到夜桥镇沈家四口失踪案，其幼子沈澜与当年替死孩童情况吻合。他循地址找到沈家旧址，撞见在此居住的蒙锐，推测蒙锐便是沈澜的哥哥沈镜安。黎斯买下蒙锐隔壁宅院，借送风筝设下赌约试探，最终确认蒙锐正是当年灭门失踪案的幸存者沈镜安，他为复仇改名换姓潜入神捕司。两人关系因此更近，也把调查指向“魔人”身上的后颈刺青。为查清刺青来历，黎斯带蒙锐潜入黑市黄泉集，从老死头处得知那是“离罗五绝”之一的翅莹虫，可将活人异化为魔人死士，最后出现地点指向青州明岭县。二人想借“绿毛妖”案同赴明岭县追查，却被轩辕善以公务强留黎斯在京，与此同时，楼天命异化成功，筹谋组建魔人军队。
黎斯遭拒后暗中包下宫家商船，最终与蒙锐、白珍珠、严成一同出发。抵达明岭县时，当地正赶工挖泄洪渠，不久后嫣河捞出一具浮尸，白珍珠发现死者喉管为兽类撕咬所致，非利器等所伤。明岭县有绿毛妖在扶摇山尸林塚刨坟食腐的传闻，且纪、宫两大家族因船费、粮食纠纷积怨深厚，众人遂兵分两路，白珍珠与严成去纪府查恶犬线索，黎斯与蒙锐则赴尸林塚寻翅莹虫及绿毛妖踪迹，却意外找到“绿毛妖”夏九婴，发现其实为纪府家奴，被铁链束缚、虐待多年，习性如狼。白珍珠与严成调查嫣河浮尸，认出死者耳朵为练家子的 “饺子耳”，并注意到一名可疑壮汉，追踪至纪家米铺。四人潜入米铺密道，发现纪家私设地下黑拳场，死者正是拳场拳手遮山。纪阿大为敛财，强迫夏九婴上场搏斗。
夏九婴爆发出惊人战斗力击败对手，其好友宫乐透露他自幼与狼群长大，挖坟是为寻找失踪的母亲。宫乐提及宫家十七年前遭大疫，仅余他与祖母存活，远亲宫四海接管家事。神捕司上门与纪梁纪阿大对质，纪二爷却反对兄长草菅人命。调查拳手遮山之死时，纪阿大又将嫌疑引向宫四海。浮尸死因、纪家黑拳场、宫家旧案与十七年前旧事隐隐相连，明岭县的谜团愈发复杂。黎斯等人在县衙仵作房询问纪阿大遮山死因，纪阿大虽推演行凶过程，却被黎斯、蒙锐指出漏洞。众人夜探纪、宫两家，纪二暗中纵火焚毁纪家狗井，放走被囚的夏九婴与狗群，黎斯、蒙锐潜入宫府，发现黑丝豹后用蒙汗药制服，还在荒园湖边撞见宫老夫人抛纸钱，宫乐透露宫四海非宫家之人且私贩私盐，塞纸条示警。
白珍珠、严成追踪夏九婴时，遭遇异化的绿毛妖狼，黎斯在湖边发现“翅莹虫”，推断其与离罗势力有关。黄丙水被掳后供认，十二年前纪阿大、遮山等人放狗杀害夏九婴之母，还以尸骸胁迫夏九婴。众人循迹至扶摇山悬空洞，见夏九婴守护母亲骸骨，其承认因复仇操纵妖狼咬死遮山。此时楼天命率魔人小队双方激战，蒙锐斩杀阴魁，楼天命反扑之际，绿毛妖狼突然出现护住夏九婴与白珍珠，战局暂陷胶着。扶摇山激战中，绿毛妖狼为护夏九婴与楼天命同坠山崖，妖狼殒命，楼天命带伤逃脱。众人将夏九婴收押县衙，纪阿大设宴 席间被黎斯揭穿纵狗杀人罪行，慌乱中坠海失踪。众人查证得知纪、宫两家表面交恶，实则勾结多年，利用宫家船运官盐之便贩卖私盐，狗井拳场实为私盐仓库。
黎斯带神捕司进明岭县查纪阿大坠海案，先布下搜证局，强闯宫府逼宫四海交代。证人黄丙水当堂指证宫四海与纪阿大私贩官盐，众人随即在后花园湖底打捞出大量骸骨，牵出二十年前宫府灭门旧案。宫老夫人现身指认：现任家主“宫四海”其实是贼人裘四海，当年他与纪阿大合谋屠戮宫家、侵占家产，还以宫乐为人质胁迫宫老太太配合走私。裘四海被捕前仍嚣张威胁，黎斯当众点出幕后主使直指大皇子周邈。就在众人以为真相已定时，白珍珠验尸确认纪阿大他并非单纯溺亡，而是先被黑丝豹咬成重伤后再被抛入水中，案情再度反转。黎斯从尸体奇特晒痕推断凶手利用城中泄洪渠藏尸移尸，算准大雨把尸体冲入大海制造坠海假象，并据此夜探阁楼，发现宫乐疑似用信号与凶手呼应。
黎斯当众还原作案手法，指出宫乐与宫老夫人利用气味与声音训练黑丝豹行凶，先杀“试刀鬼”遮山，再对“纪阿大”下手。宫乐选择坦然认罪，试图把罪责全揽在自己身上以保全奶奶。但黎斯抓住矛盾宫乐供述的杀人时间与“纪阿大”死亡时间对不上，由此引出惊天反转——真正的纪阿大并未死，他早为逃脱布局“李代桃僵”，用替身“纪二”伪装成自己去死，自己则准备以“纪二”的身份金蝉脱壳。宫乐复仇误杀的其实是替身，反而打乱了纪阿大的脱罪计划。白珍珠以银针戳破其装病伪装，严成在火场废墟中找到走私账本等铁证，纪阿大罪行坐实。对质时纪阿大穷途末路攀扯皇亲，宫老夫人以银簪刺杀纪阿大后身亡。最终夏九婴昭雪获释，宫乐入狱，与夏九婴在狱中诀别互认朋友并交换信物。
黎斯与白珍珠等复盘纪阿大之死，确认其系遭人下毒，老夫人并非凶手；关键证人宫乐却突然自尽，线索一度中断。众人赶到码头截住准备潜逃的秀娘，黎斯当场揭穿她真实身份：受大皇子指使，暗中操纵纪家走私官盐，并毒杀纪阿大灭口。秀娘拿出账册作筹码求自保，愿做污点证人指证走私案，换取神捕司庇护。随后在夏九婴指引下，一行人找到离罗用“翅莹虫”做异化实验的山洞，洞内遍布失败实验体。搜查中黎斯被毒虫咬伤，引发旧疾昏迷垂危。危急时刻师父黎三现身，以“十全大补丸”救回黎斯，却声称只是调理旧疾而非解毒，其突兀出现与说辞令蒙锐起疑。案后黎斯将大皇子周邈罪证交给太子，皇帝下旨削爵圈禁大皇子，并召见四大神捕；黎斯缺席，皇帝触景生情，回忆对四皇子衍儿的亏欠。
黎斯向轩辕善解释自己借太子之手扳倒大殿下、但轩辕善此前放走擅闯天枢阁的离罗人还下令封口，让黎斯起了疑心，怀疑她与离罗暗有往来，神捕司内部也可能存在内鬼。另一边，面具人向楼天命坦白自己才是散播官盐案、搅乱朝局的元凶，并直言掌握黎斯命脉。黎斯为追查神秘离罗线索赴揽月楼，与老板唐卫相见，却在唐卫生辰当晚目睹其坠楼身亡，神捕司勘验发现栏杆被人为破坏、现场脚印可疑，嫌疑指向总管秦大元及两位前朝官员黄刚、蒋泽水。两名嫌犯身份敏感引发民众抗议，宫中与东宫施压要求放人，轩辕善以维护圣上颜面为由顶住干预。白珍珠借旧交审问黄蒋二人，得到唐卫“预言信”。最终黎斯识破脚印系伪造，并找到唐卫遗书，推断此案并非他杀，而是唐卫为达成目的自导自演的自杀骗局。
神捕司围绕揽月楼牵出的官员“升仙”案展开追查，一面放出并暗中监视黄刚、蒋泽水等人，一面顺藤摸瓜查旧案。黄刚家族在天柱山饕餮台上演“集体飞升”，众人勘察后发现所谓羽化不过是锁链、暗道等机关配合的掳人把戏。与此同时，胡海将军三年前“兵解”一案也被重新翻出，线索显示他同样并非自尽，而是被人掳走。蒋泽水又在众目睽睽下表演“水上行走”，神捕司当场揭穿水下暗桩等布置，却仍被魔人趁乱掳走，蒙锐凭嗅觉查到关键颜料“婪尾春”，并牵出隐藏壁画的心理折磨手法。黎斯与白珍珠在天枢阁查档，确认黄刚、蒋泽水、胡海与已故唐卫，正是四十七年前覆灭离罗国的四大功臣，案件由“神迹”转为离罗幸存者的复仇。随后唐府管家秦大元按预定时间失踪，其妻空鱼子被抛尸，黎斯夜探揽月楼。
黎斯在揽月楼第七层借鱼缸光影识破机关，找到隐藏的第八层密室。密室里四具“雕塑”实为藏尸，黎斯与秦大元正面对峙。对方以回忆与自述交替揭开真相：离罗王子唐卫为报国破家亡与杀母之仇，盯上当年参与攻灭离罗的黄刚、蒋泽水、胡海等人，利用他们晚年畏死心理，编造“升仙”玄修骗局，先诱其沉迷，再在关键时刻揭露真相，让仇人在恐惧与悔恨中死去，并牵连家人。更残酷的是，唐卫当年以镜花水月术篡改其容貌与记忆，让他以管家身份参与复仇。夜明珠与玉珏拼接后，投影出唐卫记录复仇全过程的工笔画，唐一鸣得知真相后自尽。唐卫还以离罗宝藏为饵，欲把协助他的离罗旧部引来揽月楼，借神捕司之手一并清算。案结后，黎斯再设局试探，线索却指向自己的师父黎三。
轩辕善揭晓常伯实为神捕司潜伏查离罗线索的卧底，其外形与揽月楼神秘住客相似。黎斯察觉旧疾与魔人症状一致，前往黄泉集与师父黎三当面对质，得知自己中翅莹虫毒，黎三正是离罗卧底，承认十七年前为助离罗复国，与黑夜组织联手介入夺嫡血案，救下周衍，又以蒙锐（沈镜安）的弟弟沈澜作替身，伪造皇子身亡，从此将黎斯抚养成人，意图扶他登基做离罗傀儡。黎斯拒绝为离罗效力，硬受黎三三掌并以自残偿还救命、养育、授业之恩，当场与师父恩断义绝。此时蒙锐赶到欲报灭门之仇。黎三承认当年罪行，放出傀儡娃娃迎战，蒙锐以飞剑破敌重创黎三，黎斯突围带重伤的黎三藏于蒙锐住所，为其烙槐花饼时，黎三提及翅莹虫毒唯《沧浪赋》可解后离世，手中攥着定魔丹同款瓶子。
