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本剧讲述的是嘉靖与海瑞的故事。嘉靖三十九年，贪墨横行、民不聊生。奸臣严嵩党羽密布、权倾朝野，清官海瑞不惧强权，敢于向腐朽封建的皇权发起挑战。皇帝朱厚熜练道修玄二十载，始终把控着大明朝的军政、经济大权。当时的中国经济发达，市井文化也算繁荣，但社会各阶层矛盾突出，国家大面积实施的土地兼并使千百万农民一夜之间失去了赖以生存的土地。严嵩的专权引起了地方各级官员的不满，“倒严”之声喧嚣甚上，从上至下、从里到外，从朝廷到地方官府，到处充斥着尔虞我诈、勾心斗角的血雨腥风。忠臣良将与乱臣贼子纷纷登上了当时的历史舞台。
嘉靖年间，灾荒战乱频发，周云逸因谏言被打死。正月十五御前财政会议，各方为填补国库亏空争论不休，严党提出 “改稻为桑” 国策，获嘉靖帝首肯，将在浙江推行。
嘉靖帝皇孙出生，朝局平衡生变。吕芳派冯保去裕王府。裕王一派派谭纶到浙江，而严党推行 “改稻为桑”，在淳安引发百姓与官府冲突，胡宗宪上疏缓办。
嘉靖帝探望皇孙，严嵩试探其态度。严世蕃私自驳回胡宗宪奏折，命人掘开新安江堤坝，毁堤淹田，欲贱买灾民土地。胡宗宪无奈，劝谭纶去戚继光大营。
胡宗宪追究灾情，斩马宁远等人，准备进京面圣。浙江 “毁堤淹田” 之事暴露，严世蕃向严嵩报告，嘉靖帝召见杨金水、胡宗宪、谭纶询问详情。
严嵩对胡宗宪疏远，严世蕃逼其请辞。嘉靖帝知晓实情，让胡宗宪辞去浙江巡抚，肯定谭纶。裕王等人商议，李妃劝解众人不可意气用事。
高翰文提出 “以改兼赈”，被任命为杭州知府。朝廷无粮赈灾，胡宗宪借粮。裕王一派派海瑞任淳安知县，王用汲任建德知县。
高翰文遇海瑞和王用汲，在巡抚大堂反对严党议案。郑泌昌等人想用 “美人计” 拉拢高翰文，海瑞、王用汲坚决反对严党贱买田地。
高翰文中 “美人计”，海瑞制止官兵欺压灾民。郑泌昌等人欲陷害灾民，沈一石诬陷高翰文与芸娘通奸，胁迫其签字，海瑞及时制止。
海瑞拒绝执行郑泌昌等人处决灾民的命令，并派人报信。胡宗宪病倒，李时珍为其诊治，沈一石打着织造局名义运粮去淳安。
杨金水回京报信，海瑞面对郑泌昌等人欲杀自己和人犯的危机，早有安排应对。胡宗宪部署抗倭，谭纶赶赴淳安。
胡宗宪全力抗倭，海瑞凭借智慧与严党周旋，竭力保护灾民利益，与严党的矛盾进一步激化。
严世蕃向朝廷奏报 “以改兼赈” 进展，实际上土地兼并愈发严重，百姓苦不堪言。
海瑞惩处当地劣绅，打击严党势力。高翰文被杨金水等人利用，卷入复杂的政治斗争。
裕王等人商讨应对严党的策略，严嵩则设法庇护犯下诸多恶行的严世蕃。
海瑞坚持赈灾，不向严党妥协。沈一石家财被抄，背后隐藏的诸多秘密逐渐浮出水面。
嘉靖帝密切关注浙江局势，严党与清流党围绕浙江问题展开更为激烈的权力斗争。
胡宗宪成功平定倭患，而海瑞在调查案件过程中，遭遇严党重重阻碍。
严党企图陷害海瑞，关键时刻王用汲暗中帮助海瑞，使其暂时摆脱困境。
海瑞审理案件，层层深挖，逐渐牵出严党更多不为人知的罪行，令严党深感不安。
裕王求见嘉靖帝，为海瑞等人求情，希望能公正处理浙江之事，惩治严党。
