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大追踪〜警视厅SSBC强行犯系〜
在第二季中，作为现代刑侦关键力量的【警视厅SSBC强行犯系】面前，将出现比前作更加棘手、更加难以攻破的恶性犯罪案件。随着高度保密的通讯应用程序、利用AI进行的伪装操作等手段不断出现，犯罪也变得更加巧妙、覆盖范围更加广泛。面对这些疑难案件，搜查人员将以结合最先进数字侦查技术与扎根现场、坚持不懈的传统刑警办案精神的“终极混合式搜查”展开挑战。那些仅靠数字技术无法触及的真相，将由刑警们脚踏实地、锲而不舍的执念亲手揭开。
从美国留学归国的名波凛太郎重返SSBC强行犯系。曾学习最先进数字调查技术的他回归后，迅速改变了团队的办案方式。一周内接连发生3起杀人案，受害者之间毫无关联，却有一个共同点：在监控遍布东京的情况下，犯人竟神秘消失。名波察觉案件中的异常，与伊垣等人追查隐藏在三起案件背后的共同秘密，最终逼近数字侦查揭开的惊人真相。
多摩川河岸发现一具女性遗体，现场没有能确认身份的物品，指纹和面部识别也毫无结果。伊垣修二、名波凛太郎等SSBC强行犯系展开身份调查时，警方发现遗体血液中含有安眠药成分，推测死者很可能是先被迷晕后遭人抛入河中。随着调查深入，一起隐藏的杀人案件逐渐浮出水面。
足立区公园发现流浪者石原慎也死亡，尸体旁留有一块混凝土碎片。搜查一课的青柳遥等人从他杀与意外事故两个方向展开调查。警方询问第一发现人、现场作业员小木星矢时，却发现他似乎对这起事件抱有某种异常的兴趣。
久世俊介官房长官要求警方彻底遏制利用“黑工”实施的抢劫案件，以及匿名流动型犯罪集团相关犯罪。面对这一强硬要求，八重樫雅夫搜查一课长、青柳遥等搜查一课成员，以及伊垣修二、名波凛太郎所在的SSBC强行犯系，都承受着巨大的压力。
深堀健一因在一档跟拍报道节目中被介绍为“靠奖学金读完医学院的寒门医生”，又凭借出众外貌以“帅哥实习医生”身份迅速在网络走红。然而节目播出后不久，他停在自家公寓自行车停车场的爱车摩托车却遭人纵火。
SSBC强行犯系的仁科瑠美在婚姻介绍所“Marriage Support Garnet”登记，积极展开相亲活动。所长龙崎美也子为她介绍了一位条件优越的对象西尾智明，35岁、年收入850万日元且从未结过婚。两人在酒店休息厅见面后彼此印象都不错，决定进入试交往阶段。同事光本沙耶香则兴致勃勃地关注着瑠美的恋爱进展。
派出所警员永原贵则深夜在街头遭人袭击并中枪，现场还留下写有“I am 警杀官”的纸条，令伊垣、名波和青柳等人震怒。永原虽然被紧急送往医院，但情况依旧危急。警方随即展开调查，却发现无论监控追踪还是走访取证都困难重重。案件陷入僵局，而袭警者的真实身份与目的仍笼罩在迷雾之中。
世田谷区上北泽的一栋公寓内发生命案，公司职员江本史织遭人杀害。伊垣等人调查周边监控后，发现一名身穿连帽衫、戴着诡异恐怖面具的男子曾出现在附近。随后警方在现场附近发现疑似凶手遗落的手机，里面竟保存着偷拍史织等5名女性的视频。随着这些影像曝光，案件背后可能还隐藏着更多危险。
前法官与前检察官接连遭到杀害，监控拍到三名身穿黑衣、头戴面罩并手持金属球棒的可疑人物。警方发现两名死者过去曾共同负责同一起案件，因此怀疑凶手可能是对当年案件怀恨在心的人。随着调查推进，曾在审讯中被伊垣修二殴打、并导致伊垣被调离搜查一课的高野龙二进入警方视线。过去的案件与如今的连环杀人逐渐交织在一起，伊垣也不得不再次面对那段往事。
