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恶名在外的北府军统帅萧无衣因军械连弩造假，于九丈原之战惨败，后查出此事与长沙王有关。为给惨死边关的北府将士报仇，他假死隐匿暗中返回都城。建康城中，太傅之女谢嘉鱼性情跳脱，不爱红妆不爱诗书只爱机巧发明。为给心上人岐王李茂制作玉冠，她化身“妙手公子”私售机关器物，却因售出的连弩卷入风波。萧无衣部下追查至西月楼，谢嘉鱼机敏脱身。兰台会上，寻找商机的谢嘉鱼偶然发现舞姬欲毒杀长沙王，试图相助时，被突然现身会场的萧无衣擒获。萧无衣以铁血手段诛杀长沙王羽翼，混乱中谢嘉鱼趁机逃脱。萧无衣从其遗留的机关物件中，锁定其“妙手公子”身份，决定追查到底。朝堂之上，萧无衣现身当众驳斥弹劾，指证长沙王党羽贪墨军资、畏罪自尽。随即，他当庭向太后请求赐婚，欲以正妃之礼迎娶太傅之女谢嘉鱼。
太后为制衡长沙王，允准婚事。谢嘉鱼闻讯抗拒，以死相胁未果。其父谢怀归点明婚事乃朝堂博弈的棋子。谢嘉鱼不甘为棋，收拾行装欲前往雍州寻找心上人李茂。渡口登船时巧遇暗查漕运的萧无衣，不料此船实为长沙王操控的黑船，船家与津仓吏勾结，假借贩运人口之名私运军械。谢嘉鱼欲解救被拐女子反遭诬陷，她不同于深闺贵女的勇敢机敏，吸引了萧无衣的注意。暗中相助，并顺势深入调查，原来原津仓已被长沙王势力渗透，原官吏已遭替换。萧无衣清剿津仓，铲除长沙王暗桩。经历险境，目睹被拐女子惨死，谢嘉鱼深受震撼。风波过后，萧无衣将嘉鱼平安送回太傅府，谢嘉鱼方知其靖安王世子身份。他警告谢家抗旨逃婚乃灭门之祸，并将谢嘉鱼遗失的机关器物拆解成零件送回，以示锋芒。至此，萧无衣与谢嘉鱼的婚约因这场意外交集与朝局所迫，已无可回避。
李茂返回建康，于渡口重逢萧无衣。萧无衣告知太后已为其与谢太傅之女谢嘉鱼赐婚，并提醒京中将因婚礼生变，劝李茂暂避。李茂震惊，入宫恳求太后收回赐婚却遭杖责驱逐。后与嘉鱼在岐王府暗中会面，二人互表心意，决定在大婚之夜一同逃往北秦。谢嘉鱼得母亲默许暗中准备，萧无衣亦知李茂计划，却未阻拦，反将靖安王府地图交予李茂助谢嘉鱼逃婚。实则借此布局，欲在婚礼当日引长沙王出手。大婚当日，谢嘉鱼按计划从靖安王府出逃，萧无衣顺势以搜捕逃妃为名调动府兵。长沙王以为时机已到，悍然发动兵变，围攻靖安王府并杀入宫中。萧无衣将计就计，与父亲靖安王里应外合，迅速平定叛乱。宫中，萧无衣当众擒获长沙王，并揭穿连弩案与今夜叛乱背后的真正主谋实为太后。太后为制衡长沙王与靖安王府，不惜以劣质军械陷害北府军，欲使双方两败俱伤。萧无衣集结北府重兵于皇城外，拒绝交出兵权，直面太后欲为枉死将士讨还公道。
局势紧绷之际，李茂突然现身。皇帝下诏，立李茂为监国，同时赦免萧无衣及靖安王府，以此制衡太后稳定朝局。李茂为保全众人被迫接受命运，萧无衣则提醒他此举将永困深宫。 而成功逃出城的谢嘉鱼，未能等来李茂，反被其父谢怀归带兵截住去路。谢怀归为逼她回去杀死婢女苍耳。他坦言送谢嘉鱼入靖安王府，是为了保护已成为监国的李茂与谢氏全族，谢嘉鱼悲痛欲绝，被迫就范。新婚之夜，萧无衣与谢嘉鱼对峙。萧无衣坦言自己与李茂乃是至交，助其逃跑及地图均出自他手，李茂成为监国是权宜之计，并承诺日后会安排二人相见，为充满猜忌的联姻埋下合作的种子。朝堂上，萧无衣宣布暂不回北境，并借北秦遣使和谈之由，将部分北府军留驻京城。太后顺势提出在重阳大典上为北府军祈福，双方展开新一轮较量。事后，太后以教导规矩为名，将李茂的妹妹李乐君强留身边，实为控制李茂的人质。
谢嘉鱼逐渐适应靖安王府的生活，却察觉世子妃何元姬与侍妾蕊生的关系并非外界传闻般不和。萧无衣派人厚葬为护她而死的婢女苍耳与暗卫，令谢嘉鱼对其印象悄然改观。萧无衣怀疑太后与谢怀归在连弩事件中有所勾连，为追查“妙手公子”与劣质连弩的关联并保护谢嘉鱼，他暗中买下西月楼，命老板景兰对外抹去所有关于“妙手公子”的线索。但萧无衣之兄萧尧查出谢嘉鱼正是设计问题连弩的人 当众指控谢嘉鱼陷害北府军。谢嘉鱼震惊万分，猛然意识到，当初购买连弩图纸的“萧晟”可能受父亲谢怀归指使——自己竟成了害死三万北府将士的帮凶。归宁宴上，她与父亲谢怀归决裂，于极度的痛苦中焚尽了所有旧日图纸。萧无衣察觉其情绪，以梨花糖宽慰，并鼓励她以技艺赎罪。谢嘉鱼决心研制新武器弥补北府军，二人关系悄然拉近。与此同时，军中流传“妙手公子”即谢嘉鱼的传言，引发北府将士愤慨。萧无衣力排众议，暗中查明此事为太后指使，意在动摇其军心。谢嘉鱼为护阿大与禁军冲突，再遭当众羞辱，萧无衣及时解围，为护她安全禁止其出府。
重阳将至，建康城内“妙手公子”相关流言甚嚣尘上，北府军将士对靖安王府不满情绪蔓延，萧无衣陷入信任危机，哗变风险暗涌。萧无衣坚信谢嘉鱼清白，顶住萧尧的压力拒绝处置她。 萧无衣旧疾复发，失明症状加剧，仍强撑主持大局。谢嘉鱼虽知晓自己被构陷，却并未慌乱，留在王府制作山楂糕、设计武器，以沉默的方式支持萧无衣。云昭郡主为摆脱与谢怀归的纠葛，毅然与之和离，暗中联络旧部。重阳祭祀大典上，萧无衣巧计借走李茂，避免太后借君臣之名发难。谢嘉鱼假扮侍卫“青龙”随行，与李茂短暂相见，却意外发现萧无衣两位夫人心中另有所爱、其子亦非萧无衣亲生等秘密。太后逼迫李乐君在兄长与谢嘉鱼之间做出选择，并计划在忠义碑前设伏。谢嘉鱼在街市偶遇当日购买连环弩的假萧晟，奋起直追，却不知正逐步陷入太后布下的杀局，危机一触即发。
太后命人在忠义碑前假冒妙手公子挑衅，引发骚乱。谢嘉鱼追赶假萧晟至此，为救萧尧出手炸毁即将倒塌的忠义碑，却被方十八等人指认为正是祸首。萧无衣及时赶到控制局面后救下谢嘉鱼，二人发生争执。谢嘉鱼痛斥自己被各方利用，连“妙手公子”这一自我身份也被摧毁，并将可追踪人证下落的寻影蝶交给萧无衣。太后以为计成，派禁军突袭北府军营夺权，不料萧无衣早已设伏，将叛变的北府将领方十八、鲁大勇擒获。翌日军营中，谢嘉鱼直面众将士，展示专为北府设计的新式弩箭，澄清问题连弩本为世家把玩之物，并质问其何以能通过朝廷审查流入军中。萧无衣顺势揭示军制积弊，誓言改革。朝堂上，群臣欲弹劾萧无衣引发兵变，萧无衣自缚上殿，反揭禁军冒充匪类煽动哗变，逼迫太后同意其改制之请。谢嘉鱼在萧无衣的助力下，公开以“妙手”为名开设铺面，摆脱“公子”称谓，彰显女子自立之志，两人紧绷的关系破冰。郡主与萧无衣会面，点明其前朝”文熹太子”的身份，并以传闻中能颠覆天下的雀骨令为筹码，要求萧无衣承诺予谢嘉鱼自由选择之权。
北秦鹰王率使团抵达建康，借归还宗室俘虏之名当众羞辱南邺，激起民愤。为保和谈大局，萧无衣压制学子抗议却反遭舆论指责。鹰王提出以“走马穿杨”比试决定北境三州归属，意在逼停和谈。萧无衣为争取和平时间以推行改制，决然应战。谢怀归私下向谢嘉鱼透露，朝廷可能选送李乐君和亲北秦，望她破坏比试，遭谢嘉鱼严词拒绝。何元姬向谢嘉鱼吐露往事：其心上人裴润恒因她当年拒婚而身亡，可能与萧无衣或太后有关。萧尧渴望重返战场参与比试，谢嘉鱼为其改良马镫助力，却被萧无衣阻止并焚毁装备，谢嘉鱼亦遭禁足。萧无衣实因母亲始终忧虑长子安危、多年来暗中阻拦，此举却令萧尧误以为弟弟轻视其能力，兄弟矛盾激化。禁足期间，神秘匠人元小六突然现身，与谢嘉鱼交流火器技艺时提及萧无衣多年前便曾暗中为萧尧设计马蹬，但被中途制止。更指出谢嘉鱼所制马镫存在设计缺陷——用力时易产生拖拽，可能导致坠马。比试前夕，萧无衣赴马场为萧尧试马镫意外受伤，再度失明。
谢嘉鱼察觉萧无衣失明后将其救回。蕊生以猛药施治，坦言此法实为以缩减寿命换取暂时复明。谢嘉鱼受托照料萧无衣，其间发现老王妃暗中送药，试图为萧无衣缓和母子隔阂，却遭其冷言斥退，责令她勿涉家事。谢嘉鱼从蕊生处听闻萧无衣背负恶名保护她的往事：蕊生丈夫原为萧无衣副将，战死后她因怀遗腹子遭家族逼迫，萧无衣以“强占”之名迎娶，实为保全她与孩子，并允其继续行医。谢嘉鱼对他改观颇深，逐渐理解萧无衣冷面下的重情与担当。萧无衣失明之际，北秦鹰王与李茂突然登门，以探病为由试探其伤势。萧无衣借与谢嘉鱼嬉戏掩饰，默契配合暂渡危机。谢嘉鱼向萧无衣透露自己实为孤儿的身世，其生父母死于北秦人之手，激励萧无衣务必赢得比试。萧尧从谢嘉鱼处得知当年萧无衣曾为其订制马蹬，心结稍解。他决意不再回避，坚持参与比试以证自身价值。谢嘉鱼不顾阻挠冒雨抢救制蹬皮革，不料木架骤然倒塌。危急之际，萧无衣飞身相护。风雨之中，两颗孤独而坚韧的心悄然靠近。
萧无衣察觉北秦使团内藏有身份特殊之人，遂部署双线行动：自己借故暂离，同时安排兄长萧尧代其出战“走马穿杨”比试。谢嘉鱼成功改良马镫，助腿部残疾的萧尧恢复稳定骑射，重返演武场。萧尧带伤上阵，与鹰王激烈交锋，以一箭换一箭拼得平局，身负重伤。幸而李乐君已暗中冒险潜入北秦营地，调换太后预备的毒箭，避免了更大伤亡。萧无衣则趁此时机在城中一举剿灭北秦潜伏的三十六路暗探。决胜时刻，萧无衣及时赶回演武场。他虽目不能视，却将性命完全交托于谢嘉鱼的鼓声指引，以“只进不退”之悍勇击败鹰王，夺回北境三州。此战不仅赢得国土，更令萧无衣与北府军威望大涨，而李茂在目睹这一切后，心中悄然生出对权力的渴望与对萧谢二人关系的复杂心绪。萧尧证明了自身价值，萧无衣与母亲之间坚冰初融，谢嘉鱼对“争取”与“守护”的意义也有了新的思考，众人在动荡时局中进一步看清彼此的真心。
比武大胜后，李茂向萧无衣提出“一战”之约，并直言看出萧无衣对谢嘉鱼的感情。萧无衣坦然承认心意，但强调谢嘉鱼是独立之人，其去留应由她自己决定。靖安王府一家难得享受温馨团聚时光，萧无衣与母亲、兄长的隔阂渐消，母亲劝他争取心中所爱，他却坚持应给予谢嘉鱼自由选择。鹰王为挽回颜面，突然提出以公主之礼迎娶李乐君作为和谈新条件，太后顺势应允。萧无衣为保住改制大局与边境安宁，陷入艰难抉择；李乐君激烈反抗却遭杖责；李茂恳请鹰王放弃和亲却遭折辱，为保护唯一亲人他决心放弃离开建康的计划，向太傅谢怀归求教帝王之术，誓要掌握权力。萧无衣暗中调查发现北秦使团内隐藏之人竟是北秦太后，其目的似与“雀骨令”传闻有关。他一面与北秦太后会面，陈明利害以阻止联姻；一面加紧与鹰王周旋，探寻谈判余地。关于二十五年前安陆二氏通敌旧案的暗流，也在谢怀归与北秦太后之间悄然涌动。谢嘉鱼为救挚友，决心独立行动。她私下以自制“精铁”为饵冒险与鹰王谈判，试图取消婚约。萧无衣察觉谢嘉鱼的行动，匆忙赶往鸿胪寺。
萧无衣追问交易内容，得知嘉鱼以自著的《耒耜天机谱》中农耕器具而非精铁技术为筹码，试图换取李乐君自由。萧无衣严厉告诫她此举过于冒险，恐其才华暴露反被鹰王觊觎、危及自身。谢嘉鱼则坦言虽已察觉李茂可能动摇，仍决心全力拯救挚友。李茂赴世家崔氏求援却遭羞辱，往事创伤被触发，最终选择以联姻崔氏女换取世家支持。李茂向萧无衣表明将用自己的方式保护所爱之人，并称谢嘉鱼定会理解他的“权宜之计”，萧无衣痛斥其自私，二人兄弟情谊出现裂痕。北秦太后因看见独特的蓝色烟花，认定失散多年的故人穆连婴藏身建康，要求萧无衣寻人。谢嘉鱼察觉元小六正是太后所寻之人。元小六虽身负灭门旧仇，对太后心怀怨恨，却又对其病重将死难以释怀。谢嘉鱼不顾萧无衣劝阻，私下安排元小六与太后会面，欲借此交易换取取消和亲，并誓言以命相护元小六安全。朝堂之上，李乐君的和亲典礼如期举行，岐王称病、萧无衣未至。吉时已到，众人等待李乐君行礼。北秦太后与元小六的西月楼之约，正将所有人的命运推向未知的变局。
北秦太后不顾鹰王阻拦，在谢怀归协助下前往西月楼与元小六（穆连婴）了结旧怨。她欲毒杀元小六以绝后患，元小六亦心怀死志。谢嘉鱼早有防备，巧妙化解北秦太后与元小六的生死对峙，言明二人间仍有情谊未绝。此时鹰王死士突然围攻纵火，三人身陷险境。与此同时，和亲典礼上李茂已联合崔氏等世家上表反对，萧无衣亦当庭揭露世家劣迹，施压朝廷。鹰王为破坏和谈意图造成北秦太后死于南邺的假象，幸而萧无衣早有准备，命青龙偃月率北府军及时救援。宫宴之上，李茂手持北秦太后懿旨，当众废止和亲，令鹰王着即签和谈协议，李乐君终获自由。尘埃落定，李茂向谢嘉鱼坦言自己的抱负与联姻抉择，谢嘉鱼表示理解，但亦明确自己不入宫廷、将游历天下的志向，二人坦然作别。萧无衣与谢嘉鱼月下交谈，谢嘉鱼决定拜元小六为师，精进技艺并远行。萧无衣目睹嘉鱼成长，欣慰之余亦生怅惘。最终，朝廷正式批准《北府改制疏》，萧无衣受命总领北府军政，即将返回北境。至此，三人在命运的岔路口刻下了截然不同的碑文。
谢嘉鱼随元小六离开建康寻矿，途中因母亲书信改道前往凌风堡，不料落入崔氏圈套，被崔少安抓获。崔少安本欲将其混入流民女子中，送入宫中与崔令仪争宠，却发现谢嘉鱼身份不凡。谢嘉鱼在凌风堡内暗中探查母亲下落，意外发现崔氏征用女子开采私矿。北府军中接连发生兵士发狂伤人事件，萧无衣追查发现与瓜洲崔氏拨发的军粮有关，疑似受矿山毒水污染。萧无衣为查案潜入凌风堡，与谢嘉鱼重逢。二人联手应对崔少安，得知矿水致人癫狂的真相。此时崔氏长女崔令仪现身，表面挟持二人，实为借机与萧无衣合作，意图揭露其父崔浚开矿害民、祸乱北府之罪，希望借外部力量终结家族罪业。崔令仪放出萧无衣与谢嘉鱼出逃的消息，诱使崔少安出城追击。建康城中，李茂在谢怀归策划下，以崔氏煽动北府诅咒、破坏改制为由，借调靖安王府部曲夜查崔府，布局清除世家势力。
崔令仪欲借谢嘉鱼与萧无衣之力揭发崔氏罪行，反被其父崔浚杀害。崔浚为掩盖私矿真相、夺取雀骨令，将萧无衣、谢嘉鱼与郡主一同囚禁，并以嘉鱼性命相胁，逼云昭交出雀骨令。谢嘉鱼质问萧无衣是否利用自己胁迫母亲，二人关系陷入信任危机。建康城内谢怀归暗中布局。他操纵县尉杨章，将祸源引向崔氏与北府，成功挑起朝堂对萧无衣的弹劾，同时将李乐君作为关键棋子派往瓜洲。临行前谢怀归向李乐君透露李茂身世之秘，命其务必阻止雀骨令落入萧无衣手中。崔少安在姐姐死后幡然醒悟，于大婚之日当众揭发崔氏罪证。李乐君当即下令捉拿崔浚。崔浚见事败露，狗急跳墙欲下杀手。但萧无衣早已布局，北府军战鼓响起，青龙、偃月率军攻入。混战中，崔浚挟持云昭郡主，云昭郡主揭穿崔浚早年勾结北秦、出卖安陆二氏之秘，并声称文熹太子并未死去。崔氏势力至此倾覆，雀骨令与文熹太子之下落，成为新的悬念。
崔浚被捕后，崔少安透露其父自漠北归来后性情大变。元小六深入探查，惊觉眼前“崔浚”实为北秦细作楚竹假冒——二十年前其杀害真崔浚并取而代之，长期潜伏南邺。楚竹为毁灭罪证，启动自毁机关欲使毒水淹没凌风堡，元小六为救众人，冒死关闭机关，最终牺牲。李乐君试探云昭郡主关于雀骨令与文熹太子之事，郡主表面否认太子存在，暗地里却加紧了针对李茂乳母的调查。返程途中，郡主与李乐君同乘的马车马匹突然失控，二人双双坠崖。郡主身亡，随身雀骨令失踪，李乐君重伤昏迷。谢嘉鱼查出马匹因食用了被污染的凌风堡粮草而发狂，而该批粮草此前已被萧无衣统一封存，怀疑事件并非意外。谢怀归得知郡主死讯震怒，当众宣称谢嘉鱼仅为养女，将其逐出谢氏，强硬接回郡主灵柩。谢嘉鱼暗中委托李茂协助调查，自己则返回靖安王府，以期寻找证据与雀骨令下落。李乐君苏醒后向李茂坦白：她受谢怀归指使害死郡主，意在阻止其利用雀骨令集结旧部、揭发李茂真实身世。
谢嘉鱼强忍丧母之痛，暗中调查真凶。她觉察郡主的雀骨令失踪并非意外，因物证指向而一度对萧无衣产生怀疑。直到确认萧无衣所持雀骨令与母亲那枚不同，才稍松戒备。萧无衣察觉她的试探，坦诚告白自己绝不会伤害心上人之母，谢嘉鱼虽未直接回应，但态度明显软化。随着调查深入，谢嘉鱼逐步识破李乐君为维护兄长李茂而害死郡主的罪行，排除了萧无衣为夺令杀人的嫌疑。谢嘉鱼根据母亲生前对萧无衣无端的信任、老王妃言辞间的矛盾、以及萧无衣对“文熹太子”劫走假崔浚消息的异常笃定等多重线索，怀疑萧无衣的真实身份。面对质询，萧无衣承认自己正是失踪多年的前朝文熹太子。真相既明，谢嘉鱼直赴谢府灵堂，当众揭露郡主已与谢怀归和离的事实，并以追查“安陆二氏之案”真相为条件，要求带走母亲灵柩。谢怀归在权衡之下最终妥协。谢嘉鱼毅然与谢氏决裂，将母亲棺椁迎回靖安王府，誓要彻底查明真相、讨回公道。
谢嘉鱼希望购买凤鸣山作为母亲墓寝，向萧无衣借款，萧无衣表面未应，私下却变卖心爱坐骑与私产，委托何元姬将钱财交予谢嘉鱼。何元姬透露萧无衣早已为她暗中付出良多，谢嘉鱼深受触动。太后以文熹皇后托梦为由设宴，命萧无衣携雀骨令入宫。谢嘉鱼与萧无衣携手设局，萧无衣不惜暴露自己持令人身份，当众揭穿李乐君为夺雀骨令谋害云昭郡主的罪行，李乐君为保护李茂，不得不认罪伏法。谢嘉鱼成功为母报仇，亦真切感受到萧无衣始终如一的守护与深情。事后，李茂质问萧无衣为何逼迫其妹入狱。萧无衣直言李乐君因猜忌与恐惧对恩人下手，必须承担后果，并告诫李茂既居高位，应有悲悯胸怀与远大志向。至此，兄弟情彻底破裂。李茂追问文熹太子是否真的已死，萧无衣平静回答：“他早就死了，也永远不会再回来。”
太后对宫宴之事心存疑虑，推断除已知两枚外尚有雀骨令存在。萧谢二人谈及身世志向，萧无衣重申只愿做萧无衣，以强盛北府为己任，谢嘉鱼深受触动，承诺与其同路，成为他最坚强的后盾。萧无衣为回应这份承诺向蕊生求医，决心努力延长寿命。何元姬被太后以家族和柳昭林胁迫，不得不暗中配合。北秦暗探“崔浚”在太后暗中协助下逃脱并劫持谢嘉鱼，于安泰门逼迫萧无衣与李茂当众交出所有雀骨令。城楼之上，崔浚将弓弩置于嘉鱼手中，逼迫她在萧无衣与李茂之间择一射杀。为破此死局，萧无衣当众拉弓直指李茂，以极端方式掌控局面。最终，萧无衣一箭射杀崔浚，李茂为护萧无衣而受伤。然而，这场公开的对峙与萧无衣“箭指监国”的行为，仍被视为大逆不道。事后，太后以“欺君”与“不臣”之罪重责萧谢二人。萧无衣欲独自承担罪责，谢嘉鱼坚决共罚。经历生死考验后，谢嘉鱼终于直面内心，向萧无衣坦诚心意，要求他顾惜自身、长命百岁。萧无衣深受震动，承诺不再放手。
何元姬因安泰门风波陷入内心挣扎，得知萧无衣准备对太后出手后决定相助。李茂箭伤后高烧不退，蕊生诊出其症状与一种罕见毒草相关，但未明具体来源。萧无衣结合早年宫廷旧事，推断此毒与十三年前害死数位皇子的悬案有关，怀疑太后故技重施、意图废黜李茂另立储君。遂连夜强闯东宫救下李茂，并控制当年的太医秦升。秦升当众供认，当年确系奉太后之命，以“暗夜草”毒杀多位皇子，为当今陛下登基扫清障碍，如今太后再度指使其谋害岐王。太后见阴谋败露，企图调动禁军反抗。关键时刻，何元姬携何氏族人当众揭发太后当年罪行，并以新任家主身份代表何氏支持北府改制。皇帝最终下旨废黜太后，移居别宫，同时将“天子九印”赐予监国李茂。李茂为救妹妹李乐君暗中设计将其换出天牢，被谢嘉鱼与萧无衣截获。面对昔日好友，谢嘉鱼最终射出一箭，放李乐君前往北秦成为暗探，以此了结恩怨。萧无衣对李茂坦诚与谢嘉鱼关系，种种矛盾交织下，李茂与萧无衣彻底决裂。生命将尽的皇帝单独召见萧无衣，将两枚雀骨令亲手归还给“文熹太子”。
