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1942年3月19日傍晚， 一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。笃信者此次携带的便是行动的全部计划、与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码， 一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。
1942年3月9日深夜，一架载有盟军信使“笃信者”的飞机飞抵缅甸机场，降落之时才发现机场刚被日军占领。冲出包围，奋起复飞，飞机终于脱离险境。不料当天最高当局却收到了飞机失踪的AAAA级电报。
“伐木工”以天皇侍从室调查课大佐武木一郎的身份被正式唤醒，中美情报系统以调查大角岑生坠机案为名，秘密策划其登岛营救“笃信者”。军统发现最大隐患在于岛民对日军的仇恨，遂决定寻找三灶岛籍助手。与此同时，岛上大搜捕升级，叶德公将威特转移密室，但其军帽被日军发现，行踪暴露。最终，军统与中共同时将目光投向叶德公之女、见习军医叶碧莹，她在谈话后接受了这项危险任务
叶碧莹接受紧急射击训练，因基础薄弱屡屡失手，邱刚参谋传授关键保命技巧。随后她被带至重庆军统总部，沈处长确认其伪装身份为上海瑞华医院见习医生，测试后认定她并非合格特工。与此同时，杜立特获准亲自率队执行轰炸东京行动。武木一郎告别母亲抵达上海，与组织接头得知军统为其安排的助手将被灭口，党组织要求将其完整带回。叶碧莹随沈处长抵沪，却在瑞华医院突遭日伪搜查，危在旦夕。
武木一郎在圣约翰教会完成接头，进入上海军统据点，沈处长交代任务与浮出水面计划。叶碧莹被告知将以舞女身份潜伏，情绪失控，令武木心生顾虑。国泰大舞厅内，叶碧莹初次接触军统体系，表现生疏却引人注目。井上昭意外现身，迫使二人提前暴露。摆脱跟踪后，两人同住大都汇饭店，关系紧张又微妙。同日，美国情报官弗格森被任命为第二任“笃信者”，东京轰炸计划悄然推进。
上海派遣军高层突然拜访武木一郎，行动险些暴露叶碧莹的真实身份。武木借机试探，叶碧莹以出色的记忆力沉着应对，逐渐取得信任。因突发变数，武木被迫推迟一天前往三灶岛，临行前为叶碧莹交代最坏情况下的自保与应对方案。与此同时，美军B25轰炸机改造试飞取得突破，东京轰炸计划向前推进。三灶岛上，威特伤势持续恶化，叶家冒险寻找药品，岛内各方势力暗流涌动。武木也在上海提前铺设营救后的撤离路线，与时间赛跑。
美军因航母容量受限，被迫压缩参战飞机数量，轰炸编组重新调整，整体行动风险骤然上升。与此同时，三灶岛局势趋紧，特警队长井上镰仓将怀疑矛头指向叶家，暗中加派监控。叶碧莹奉命乘船前往三灶岛，途中遭遇炮火袭击被迫落水，上岸后即被日军发现并带走审讯。面对通行证、行李与身份的连番盘问，她的真实背景随时可能暴露，营救行动在尚未展开前便陷入危机，各方力量开始同步收网，岛内暗流全面加速，形势陡变。
叶碧莹被押至特警队接受审讯，井上镰仓以通行证、随身物品和行程为突破口步步紧逼。叶德公闻讯赶来周旋，却反被牵制，叶家与叶碧莹同时陷入危局。关键时刻，武木一郎以皇室调查官身份登岛现身，出面解释叶碧莹来岛缘由，逐一化解证据疑点，迫使特警队暂时放人。藤田司令随即介入，压制进一步搜查。武木意识到自己已正式暴露在岛上权力视野之中，而叶碧莹也第一次直面生死边缘，行动从此进入高风险阶段
藤田司令安排武木入住司令部未果，武木转而掌控机场警备队宿舍，调配高射炮中队，为调查与撤离预留权限。井上镰仓不甘受挫，将调查矛头转向护士汤菊儿，借机施压取证。叶碧莹在岛上首次独立行动，意外发现旧识柯文的异常行踪。井上企图侵犯汤菊儿被武木当场制止，双方公开对立，特警队与调查本部的权力冲突浮出水面。藤田司令态度暧昧选择观望，武木被迫加快布局节奏，风险陡增，时间紧迫。
叶碧莹在岛上继续寻找跳伞飞行员线索，却屡遭村民回避。叶德公带她前往万人坟，重现当年屠杀惨状，叶碧莹第一次真正理解岛民对日本军官的刻骨仇恨。与此同时，特警队追查失踪哨兵，线索逐渐指向机场警备区域，武木的行动被纳入监控。历史创伤与现实危机交织，营救窗口迅速收紧。藤田司令保持沉默，岛上各方势力暗中博弈，风暴前的压抑不断累积。武木必须在暴露前完成关键部署，时间所剩无几。
1942年3月19日傍晚， 一架载有笃信者的盟军飞机飞抵仰光机场，降落之时发现机场已被日军占领，奋起复飞，不料第二天最高当局却收到了飞机被击落的AAAA级电报，引起了当局极大恐慌，笃信者此次的使命是向中国战区最高当局送达一份绝密的行动方案及联络密码，当局命令军事情报部门不惜一切代价，查到失踪飞机和笃信者的下落。笃信者此次携带的便是行动的全部计划、与太平洋上的航母编队以及与执行轰炸任务的轰炸机编队的联系密码， 一旦这份文件落入日军手中，不但轰炸东京计划将失败，还会使得整个护送舰队沦为日军嘴里的待宰羔羊！笃信者受伤跳伞，降落到了日军海军第六航空基地驻守的三灶岛，被当地岛民营救并藏匿。
特警大队长大岛浩在舞会中暗中试探，凭细节判断叶碧莹的舞女身份存疑，随即部署私下调查。舞会结束后，大岛浩从维持会与地方旧人处套取情报，锁定岛上富户私建密室的线索，并将调查矛头指向叶家。表面平静的宴会下暗潮汹涌，武木意识到时间窗口正在收缩，正面对抗已难避免。
清晨，大岛浩亲率特警队突袭叶家老宅，全面展开搜查。途中，他意外发现傻子柯文手中的打火机，判断其来源可疑，暗中设局引线索钓出幕后之人。武木抢先赶到叶家，与叶德公正面摊牌，点明“笃信者”处境的巨大风险，并设计拖住大岛浩转移其视线。特警队最终破开密室，却只搜出金银细软，未见美国人踪影。大岛浩转而怀疑武木暗中转移目标，迅速追查其车辆与行动，岛上博弈进一步升级，信任与猜疑同时逼近极限。
武木与叶碧莹在确认未被跟踪后，前往草堂山与“笃信者”威特秘密接头。途中，二人发现傻子柯文手中把玩的打火机可能成为暴露线索。武木判断大岛浩已布下反跟踪陷阱，随即将计就计，亲自将打火机送回警察大队，以此误导调查方向，消除对叶碧莹的直接怀疑。成功脱身后，武木与叶碧莹抵达山洞。威特拒绝交出圣经与任务内容，只要求尽快离岛。草堂山已不再安全，营救计划被迫提前调整，风险骤然升级。
为尽快转移威特，武木与叶碧莹前往慰安所旧址勘察隐秘密室，并准备为威特更换日军军服以掩人耳目。过程中，叶碧莹目睹慧惠遭受的屈辱与折磨，情绪失控，强烈要求武木出手相救，却被迫以任务为重暂时放弃，人道与使命的冲突加深了两人的裂痕。与此同时，井上镰仓继续以个人方式推进调查，将怀疑延伸至护士汤菊儿，并施压取证。叶德公意识到局势失控，秘密向澳门安澜堂求援。多条线索同时逼近，转移行动已箭在弦上。
叶德公收到澳门安澜堂回信，提出以偷渡方式接走威特的方案。武木判断该计划路线暴露、失败风险极高，明确表示反对。然而威特因伤势恶化与时间紧迫，坚持立刻行动，与武木发生正面冲突。叶碧莹夹在两人之间，最终选择默认偷渡准备继续推进。与此同时，美国方面因航母载机容量受限，被迫缩减参战轰炸机数量，飞行员通过抽签决定去留，东京轰炸计划进入不可逆阶段。两条战线同时逼近，岛上与海外的时间窗口被同步压缩。
清明前夕，叶德公以扫墓为名掩护行动，叶碧莹随家人前往草堂山给威特送药，却被特警暗探盯上，藏身地行踪逐渐暴露。武木察觉异常，判断特警队已开始合围，立即赶往藤田司令部，以成立调查本部为名发电报求援，实则向外围传递信号实施声东击西。随即，岛北方向突遭炮火袭击，日军被迫回防，草堂山暂时解围。混乱中，叶碧莹未将取消偷渡的决定告知叶家，反而趁乱独自带威特前往金湾海滩，行动失控，危机升级。
深夜，威特在最后时刻现身，与武木、叶碧莹登上接应小船，偷渡行动正式展开。船只刚驶离金湾海滩，探照灯骤亮，大岛浩提前调整的巡逻艇迅速逼近，机枪火力封锁航线。为掩护威特脱身，接应人员主动迎敌相继牺牲。武木与叶碧莹护住重伤的威特潜入海中，艰难回游上岸。随后，武木与叶龙侠将威特转移至阅书堂柴房密室，叶碧莹在简陋条件下实施紧急救治，稳住伤情，也首次赢得武木真正信任。与此同时，大岛浩勘查现场，随即正面对峙。
偷渡事件次日，大岛浩下令将牺牲的接应者尸体悬挂村口示众，企图以恐怖手段震慑岛民并引蛇出洞。消息传开后，岛内民愤迅速累积，在叶德公的带领下，村民不顾风险集体出动，强行抢回尸体。局势一度失控，岛上仇恨被彻底点燃。大岛浩据此判断幕后仍有组织协助威特藏匿，随即扩大清算范围，将调查从叶家延伸至医院与机场警备系统。藤田司令保持沉默，默许强硬手段。密室中，威特伤情暂稳却仍未脱险，岛上搜捕已进入不可回头的阶段。
为救治威特，武木与叶碧莹以陈旧肺结核为由前往基地医院取药。叶碧莹探望汤菊儿时，意外发现其遭一名重伤士兵欺辱，并认出此人正是大角岑生坠机当日的机场守备队员介信利吉。武木由此构思“狸猫换太子”，计划调换两人以掩护威特。叶碧莹试图说服汤菊儿配合却遭拒。与此同时，大岛浩在草堂山发现威特痕迹，搜捕升级，机场守备队被调离审查。更致命的是，美国第二任“笃信者”坠机身亡，留给行动的时间骤然缩短。
武木赴约大岛浩的宴请。大岛浩欲以吐真剂试探武木，不料井上镰仓误饮药剂，将自身计划全盘托出。随后，大岛浩电告澳门日本陆军特务机关荣泽作，请其暗查安澜堂。武木先检查阅书堂密室内威特情况，又前往医院勘察路线与守卫，趁机启动“狸猫换太子”。介信利吉被借口审讯带离，交由叶龙侠处决沉海。威特成功转入医院病房。与此同时，大岛浩推进“解禁”屠杀方案遭藤田暂缓，却在医院察觉，并亲自核验病房，危险再度逼近。
