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終末のハーレム
时间是西元2040年。罹患罕见疾病的青年·怜人，在与青梅竹马绘理沙相约再会之后接受了冷冻睡眠治疗。过了5年后，怜人醒来之后等待他的却是全世界99.9%的男性皆感染病毒而死，现存50亿人口大多为女性的世界。近未来情色悬疑物语就此开幕。
2040年，为了治疗细胞硬化症而进行冷冻睡眠的医大生·水原怜人，与青梅竹马·橘绘理沙约定好了再会后，便陷入长眠。然而5年后，世界完全变了个样。由于MK病毒导致99.9%的男性都已死亡。对病毒有抵抗力的怜人，收到了外表与绘理沙相同的担当官・周防美来的请求。那就是为了人类的延续，要与幸存的女性们mating（交配）。
轮流拥抱美女们，甚至还能与憧憬的美女演员mating。最初醒来的Numbers·火野恭司打从心底享受这个世界。另一方面，作为让怜人可以不急着mating的交换，美来提出了一个条件。那就是要与专属的保镖跟护士每晚同床共枕。尽管如此怜人仍坚持着对绘里沙的思念。然而，在洗澡时却突然出现一名赤裸的女性，强硬地逼近过来。
第3位Numbers土井翔太过去的高中生活相当凄惨。由于被不良少年们盯上，每天都被欺负着。结果和怜人一样罹患了细胞硬化症而离开学校。之后，从5年的冷冻睡眠醒来的翔太，等待着他的是由担当官神谷花莲准备的再一次高中生活。被充满魅力的女学生们围绕着的刺激青春。而且级任老师还是过去憧憬的羽生柚希。
翔太和柚希幽會，並深受她的魅力吸引。另一方面，他在游泳課受到熱情的注視，還偶然看見其他人的裸體，使他漸漸開始注意起班上同學。就在此時，收到了花蓮的某個請求。由於女子宿舍的空調故障，花蓮希望班上同學能輪流到翔太的房間住。第一位前來的是一条奈都，她是位不通世俗，無法獨自更衣，不和別人一起睡就睡不著的大小姐。
怜人开发疫苗的进度不甚理想，又因为拒绝mating而导致美来遭到更换，片桐丽亚和黑田玛利亚担任了新的担当官。她们两人和怜人等人前往了庆门市。途中怜人向身为研究者的玛利亚提出MK病毒人工说，她表示庆门市有掌握相关线索的重要人物。满怀期待的怜人进入了温泉旅馆后，朱音等人要他帮忙清洗身体。
好不容易要从谷口小姐口中问出，身为日本首位MK病毒感染者的先生行踪时，谷口小姐的病情却急转直下，调查陷入了僵局。但从她手中收下的相框对绘理沙留下的智慧手环产生反应。确认之后发现是MK病毒制造方法的相关论文。同时，对日常陷入麻木的火野为了寻求刺激，去寻找新的配对候补，但他一见锺情的居然是怜人的妹妹。
这个学园的一切都是为了翔太大人。因为现况实在是太不现实，翔太无法隐藏他的疑惑。而花莲无视翔太的困惑并且不停止她的计划。在某天举办了赌上和翔太同房资格的抽签。抽中的是翔太不擅长应付的金发辣妹柳津香。被要求和她mating时回想起以前的心理创伤。逃离她之后等待着翔太的是和他有过相同痛苦的少女。毫无止尽的快乐漩涡将翔太吞噬殆尽。
以转学生的身份出现在翔太面前的，是他过去的同学星野汐音。遭遇了霸凌现场也漠不关心，希望成为艺人的美女。她盘算着只要和Numbers有关系，就能开拓成为艺人的道路。但翔太提出了交换条件，那就是要汐音在过去翔太遭受霸凌的地方，被众人看着mating。另一方面，怜人等人前往了过去数名病毒研究者失去行踪的庆门市中央区第三医院。第3位Numbers土井翔太过去的高中生活相当凄惨。由于被不良少年们盯上，每天都被欺负着。结果和怜人一样罹患了细胞硬化症而离开学校。之后，从5年的冷冻睡眠醒来的翔太，等待着他的是由担当官神谷花莲准备的再一次高中生活。被充满魅力的女学生们围绕着的刺激青春。而且级任老师还是过去憧憬的羽生柚希。
世界开始围绕着Numbers产生巨大的变动。UW世界本部察觉到UW日本支部还隐藏了除怜人以外的男性，与UW日本支部的主导权争夺变得激烈化。就在此时，翔太接受了疯狂的世界，积极的和同学mating。但同学中混入了和外部势力勾结的少女。另一方面，成功潜入第三医院的怜人等人，遭遇到了令人意外的人物。
受到恐怖份子袭击捡回一命的翔太，花莲终于向他说出了真相。知道了除了自己以外还有抗体的男性，以及花莲怀抱的野心。翔太听了之后决定协助花莲。另一方面，受到UW世界本部保护的怜人，经克萝艾的说明，得知绘理沙是恐怖份子的一员。即便如此怜人还是想相信绘理沙，绘理沙等人的集团也开始了令人不安的行动。怜人开发疫苗的进度不甚理想，又因为拒绝mating而导致美来遭到更换，片桐丽亚和黑田玛利亚担任了新的担当官。她们两人和怜人等人前往了庆门市。途中怜人向身为研究者的玛利亚提出MK病毒人工说，她表示庆门市有掌握相关线索的重要人物。满怀期待的怜人进入了温泉旅馆后，朱音等人要他帮忙清洗
在陷入一片混乱的状况中，各个势力都展开了行动。藉由成长促进器成长的翔太，为了刺探克萝艾和怜人，和花莲一同接触了怜人。另一方面，怜人将美来叫到居室，向她提出逃离UW日本支部的提案。究竟什么是真实，什么是谎言。虽然怜人说希望美来跟他一起去，但她却提出了某个条件，那便是和她Mating。美来真正的想法，以及开始展露出敌意的世界，怜人究竟该如何应对呢？好不容易要从谷口小姐口中问出，身为日本首位MK病毒感染者的先生行踪时，谷口小姐的病情却急转直下，调查陷入了僵局。但从她手中收下的相框对绘理沙留下的智慧手环产生反应。确认之后发现是MK病毒制造方法的相关论文。同时，对日常陷入麻木的火野为了寻求刺激，去寻找新的配对候补，但他一见锺情的居然是怜人的妹妹。
