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最终流放
克劳士与拉薇是一对住在边境城镇诺齐亚的青梅竹马，驾着父亲留下来的小型飞行艇-先锋艇，在从事空中的邮差工作。有一天，他们接受了来自麦德赛中将家人的委托，要将家书送达给正在最前线米纳纪斯打仗的派遣舰队司令麦德赛中将本人。
来自新的一批度西斯舰队“违反规定”的奇袭，加上原本应担任“审判”角色的基尔特公会也默认了这样的行为，使得麦德赛舰队陷入了混乱状态，一艘接一艘遭到了击沈。抱着战败心理准备的麦德赛中将，决心以克劳索拉斯舰为中心展开特攻。
当诺齐亚杯先锋艇竞赛正如火如荼地进行时，克劳士与拉薇机卷入了一艘突然出现的军用先锋艇的坠落事件，而被迫中途退出比赛。放弃比赛的克劳士与拉薇前往坠机地点进行援救，却因此接下了将一个名叫艾儿的女孩送达神秘空中战舰-银之战舰的任务。
克劳士与拉薇把艾儿先带回家里安置。克劳士坚持要靠自己来完成被托付的任务，但拉薇却认为应该要把此事交给先锋艇组织来处理，两人之间迟迟无法达成结论。然而就在当晚，他们家遭到了神秘的星形飞行物攻击，两人于是带着艾儿展开逃亡的行动。
银之战舰终于在约定的地点-神殿遗迹前出现！舰长亚力克斯罗威却完全无视于克劳士他们，当着他们面前把艾儿看作是个物品般的带走了。克劳士无法接受这样的态度，也担心艾儿的安危，于是应急修理了与星型机在战斗中受损的先锋艇机体，尾随在银之战舰后追赶上去。
强行登上了银之战舰的克劳士，为艾儿的事前往舰长室质问亚力克斯，亚力克斯却反问他“在这片天空里，你真正想做的是什么？”。在这同时，塔琪安娜为了报告“货物”安全送达的消息，前往了皇帝之处，偏偏就在这位主力飞行员不在的时候，银之战舰遇到了大批星型战斗机来袭。
星型机一架接着一架侵入银之战舰，舰内各处开始展开了肉搏战。乘坐五号机出击的克劳士，驾着不习惯的战斗用先锋艇，一面必须对付高性能的基尔特星型机，一面慢慢的学习如何操控它。基尔特公会的迪奥，对这样的克劳士充满了兴趣，决定亲自出战迎击。
为了进行修理与补给，银之战舰来到了同时开设有大型赌场的空中船坞停靠。亚力克斯从他的老朋友船坞主人渥克口中，听到了有关“EXILE”的情报。在这同时，来到赌场的拉薇，却在那里偶然碰到了曾经在克劳索拉斯号上帮助过他们的枪兵莫蓝。
银之战舰所前往的地平洞窟，正在举办所有先锋艇驾驶员都向往的八小时飞行耐力赛。苏菲亚鼓励克劳士和拉薇他们参加比赛。同时，在洞窟的地下，地平洞窟的另一项著名活动，也就是黑市的拍卖会也正准备要开始。
在拍卖会会场，为了竞标最后登场的“EXILE之门”，亚力克斯和另一位身分不明的人士之间展开了一段激烈的喊价。在这同时，进入了终盘战的八小时耐力赛，也由于克劳士机与迪奥机之间几乎不分轩轾的竞争，让塔琪安娜机顺利完成了任务。
亚力克斯得到了被称为“EXILE之门”的关键谜诗之一。针对这点，安那托勒皇帝派出了新建战舰乌尔班号的舰长文生负责与亚力克斯谈判，要求交出关键谜诗与“货物”，却遭到亚力克斯的拒绝，选择了与乌尔班舰队的决战之路。
龙之牙。这个在上升气流的云海漩涡中耸立着无数奇形巨岩的地点，正是亚力克斯所最擅长的战场。“前进方向，龙之牙。迎击乌尔班号！”，随着亚力克斯的号令，银之战舰与直属于安那托勒皇帝的乌尔班舰队之间的决战于焉展开。
塔琪安娜在与乌尔班舰队之战里中弹而陷入慌乱，还好由于克劳士反应机灵才勉强迫降成央C但是降落之处却是一片荒凉的沙漠地带。相对于拼命想办法修复先锋艇的克劳士，自尊严重受损的塔琪安娜却有如失去了生存的意志。两人度过了一个漫长的黑夜。
克劳士与拉薇的父亲两人，曾经是国内驰名的先锋艇驾驶员。10年前，他们接受了一项重大的任务，尝试挑战飞越大风暴区，结果却因此丧失了性命。为了达成父亲们的梦想，以飞越大风暴区为目标的克劳士与拉薇，两人之间却逐渐产生了微妙的差距。
克劳士与塔琪安娜在安全获救后，塔琪安娜给人的感觉却变得和过去有点不一样。拉薇由于怀疑他们两人之间是不是在沙漠中发生了什么，因此在面对克劳士时不禁有些别扭。在这同时，迪奥给克劳士看的一张照片令克劳士惊愕不已。在重新起飞的银之战舰里，亚力克斯对克劳士道出了真相…
银之战舰的副舰长苏菲亚，她的真实身分竟是安那托勒帝国的公主。在对亚力克斯的一片痴心破灭后，苏菲亚回到了帝都，在那里等着她的，却是已下定决心与度西斯开战的父王的冷酷对待。有如雪上加霜般的，攻下了诺齐亚的度西斯残存舰队这时开始对帝都展开攻击，令帝都顿时陷入了火海。
由于度西斯舰队的突袭，令帝都陷入了一片火海，安那托勒皇帝与宰相马留司也在打斗中同归于尽。好战的维提留斯将军，还想用潘多拉巨炮作最后的抵抗，却被安那托勒的新型战舰乌尔班号挡在了前面。在乌尔班号上，乘坐的是身负宰相和平遗愿的文生以及苏菲亚公主…
10年前，有两架先锋艇带着和平书简打算飞往度西斯，最后他们却随著书简一起被大风暴区所吞没，如今在诺齐亚的土地上，这封书简的副本终于透过苏菲亚公主的手交到了度西斯的领导人手上。两国约定要合力打破来自基尔特公会的控制，度西斯并答应要全力协助找到EXILE。
在苏菲亚的加冕典礼上出现了基尔特戴芬妮总帅的航舰。苏菲亚随着文生一起来见总算从一时的狂乱中了恢复冷静的亚力克斯。苏菲亚命令两人必须协助自己找到EXILE。文生安抚了讶异的亚力克斯，让银之战舰与乌尔班号一起以EXILE为目标，朝着大风暴区前进。
在大风暴区里，银之战舰与乌尔班号持续进行着以音响鱼雷搜索EXILE的行动。但是一直迟迟无法捕捉到EXILE的存在。这时在舰内，为了庆祝迪奥的生日，艾儿他们正在举办一个小小的生日派对。迪奥为大伙的这份心意开心的不得了，却不知希卡达正率领大批基尔特机迫近，打算来带他回去…
