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小三人组——平太郎、浩史和燕——从老师那里拿到了一张奇怪的光盘。趁他们不注意，平太郎的妹妹双叶消失了。
被困在一个全新的世界后，三人组意识到自己拥有不可思议的力量。他们遇到了其他版本的自己，并了解到这个现实世界与以往有何不同。
双叶遭到绑架者拿来做实验，可她一心只想要自己的哥哥。小三巨头继续搜寻双叶，双方陷入紧张对峙。
大学生濑上在反乌托邦的世界里苦苦挣扎，一位火辣的女同学递给他一张极具诱惑力的传单。他本指望借此结识女孩子，结果却撞见了别的秘密。
濑上思绪纷乱，偶遇了小三人组。众人目睹一名果敢的战斗机飞行员赌上性命，与外星战舰展开对决。这会点燃战火吗？
反抗组织宣布将在涩谷发动游击袭击，濑上决心加入其中。与此同时，悲痛慌乱的双叶偶遇了一只长着翅膀的毛茸茸生物。
外星人团团围住了熟睡的双叶！涩谷战场上，濑上与战友们殊死奋战，却节节败退。撤退途中，他瞥见田代正遭到袭击。
为了保护新朋友，双叶与一队外星士兵勇敢周旋。面对惨重的损失，濑上和反叛军决定启用秘密武器。
皇恭治征用一个外星战车，并带领反击。但两个无畏的外星士兵正在途中。与此同时，老班等人寻找答案。
三人组飞向涩谷，面对无情的外星战士，皇恭治已无计可施。援兵已到，但这是否足够?
小三终于降落在涩谷。当他们释放力量对抗巨型外星人时，一名直播者将他们的战斗直播到全世界。
The cry rings out around the world for the Thunder 3! Humanity's last hope and their saviors against the aliens!
