...
妮基塔
尼基塔接管了 Division，她与未婚夫迈克尔、门徒亚历克斯和一队秘密特工一起发誓要抓捕所有叛逃的 Division 特工并关闭该地。但她得到的比她预想的要多，因为 Division 的腐败影响开始让她的家庭分崩离析。更糟糕的是，尼基塔的宿敌阿曼达与一个名为 The Group 的神秘全球组织联手，打算摧毁她。他们联手实施了一场令人震惊的暗杀，这注定会永远破坏世界权力的平衡。由于谋杀的罪名落到尼基塔头上，她被迫走上逃亡之路，成为一名被追捕的叛徒，她试图洗清自己的罪名，并拯救她所爱的人。
Nikita被Amanda诬陷为刺杀美国总统的凶手，不得不踏上亡命天涯的道路。来自新闻频道ENN的记者Dale对当晚所发生的事情产生质疑，发誓要查清真相。Nikita将Dale当作自己洗刷罪名的救命稻草，于是跨越边境重返美国，希望和Dale好好谈一次。怎料她竟一头撞进了Amanda精心设下的陷阱！Michael等人收到了警告，Michael决定立即找到Nikita，避免她落入Amanda之手。Michael等人的临时总部设在一架自由飞行的高科技飞机上（和《神盾局特工》类似），Birkhoff和Ryan都用各自的方式向Michael伸出了援手。与此同时，Alex密切监视一个人口贩卖集团，她发现「The Shop」组织与之有关。当Owen/Sam出现在现场后，情况迅速向坏的方向发展。
Nikita与Michael、Birkhoff和Ryan团聚，并且登上了他们作为临时指挥中心的飞机。Michael拒绝与Nikita讨论他们之间的关系，但要求Nikita留在这个团队中，让他们帮助她洗清罪名。Ryan发现Amanda在「The Shop」组织的帮助下用替身来替换一些重要人物，而Nikita发现其中一名替身就是中情局局长（Alex Carter）。在不暴露自己的情况下，Nikita很难杀死他。与此同时，Alex用枪逼Sam交还偷走的东西。然而当一群暴徒对两人发动袭击的时候，他们为逃命被迫共同御敌。
Amanda提供的假情报显示巴基斯坦雇佣Nikita来刺杀美国总统，美国和巴基斯坦的关系持续紧张。Ryan对Birkhoff越来越古怪的行为产生怀疑，他向Nikita和Michael表示Amanda有可能绑架了Birkhoff并将他转变为双重间谍。与此同时，中情局抓住了Alex，逼她说出她与Nikita的关系。
Jones排挤了Amanda，重新在组织内取得统治权。他随后与Nikita取得联系，向她和她的团队提出一个条件：如果他们从此不再插手他的任务，他承诺帮助他们伪造死亡，改换身份，从此获得自由。Nikita和她的团队将飞机停在一处与世隔绝的巴基斯坦简易跑道上，但当地的缉毒官员带着他的人包围了飞机，要求他们支付千万美元的「过路费」，Nikita只好求Alex提供这比钱。Alex从一个保险箱内提取出一批钻石来帮助Nikita解困，Sam意识到这是一个弥补自己损失的好机会。他计划抢走这批钻石！与此同时，Michael再次面对老对手Ramon（Simon Kassianides），但Ramon说出了令Michael难以接受的黑暗真相。
在全剧倒数第二集中，Nikita与「The Shop」组织的战争临近结束，Nikita终于看到了胜利的曙光。然而Ryan坦白了一个秘密，可能彻底改变一切。与此同时，Michael试图让Nikita接受新的环境和新的现实，但他自己也必须认真思考他们两人今后的生活。Alex意识到Sam想要偷她的钻石，于是给了他一个装满假钻石的箱子，让他转交给位于法国的联络人。Alex惊讶地发现Sam没有在途中逃跑，也没有私自拿走钻石。Sam的债主很快找上门来，眼看他劫数难逃，Alex必须出手救他一命。
Nikita对MDK组织仍然活跃的事实感到不满，发誓要用自己的方式来彻底终结它。Nikita再次离开Michael及她的团队，带Alex一起踏上复仇之路。Nikita和Alex抓住了Jones，强迫他提供其余MDK组织成员的名单。在掌握充分的信息之后，Nikita决定向一条黑暗的道路前进——即便她要彻底丧失自己的灵魂。Michael找到Nikita，但他能在军方将她击毙之前劝说她投降吗？无论如何，Nikita绝不会坐以待毙，她固执地做出一个令人震惊的决定。
