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ゾイド フューザーズ
生活在蔚蓝之都（Blue City）的少年——RD，驾驶父亲遗留的长牙狮零式参加Zoid格斗赛（Zoid Battle），并一直为自己的梦想——成为顶级的Zi战士（Zi Fighter）、寻找父亲所说的传说中的Zoid而奋斗着。然而，要参加Zoid格斗赛也不是件轻松地事情。为了赚取比赛的出场费，RD和与自己一样属于极速风暴（Mach Storm）的同伴们一起接手各种任务。 突然间，一个被称为“Unison Zoid”的新事物出现在人们的面前。“Unison Zoid”是数个Zoid的合体，合体的能力相比通常的Zoid有了数倍的提升。“Unison Zoid”的出现令Zoid格斗赛焕然一新。 随着长牙狮零式也能进行融合，一个又一个的强敌出现在RD面前。同时，珊朵拉率领的所属破坏榔头（Savage Hammer）的RD的劲敌——布雷德也与自己展开因缘的对决。在这期间，幕后巨大组织的阴影浮现了出来。隐藏在“Unison Zoid”背后的阴谋笼罩着蔚蓝之都，RD他们能够阻止组织的阴谋的得逞吗？
为了参加Zoid战斗，同时兼做万事屋的“极速风暴”。隶属于该队伍的主人公RD接到了一份运输货物的委托，但他并不知道箱子里装的是被盗的宝石。竞争对手队伍“破坏榔头”的布雷德和巴顿前来袭击，企图抢夺货物，但被成功击退。结果，盗窃事件也得以解决。
Zoid战斗的顶级队伍败在了谜之合体Zoid——杀手棘龙手下。两架Zoid通过合体，力量会倍增数倍。极速风暴决定接下这场复仇之战。他们想不出有效的对策来应对合体。然而，凭借零式的努力，杀手棘龙迎来了合体的时间极限，战斗最终勉强以平局收场。
当得知所有Zoid都有可能进行合体时，极速风暴为之振奋。然而，唯独RD对合体不太热衷。此时，他们接到了一个捕获野生Zoid的委托，却遭到了“破坏榔头”的袭击。而且，“破坏榔头”已经捕获了爆裂猎鹰，并成功与狂怒狂雷合体。RD陷入了危机，但救了他的却是烈焰凤凰。
RD认定能与零式合体的Zoid就是烈焰凤凰，并反复进行尝试。在此期间，极速风暴收到了来自破坏榔头的Zoid战斗挑战。因为曾从破坏榔头的陷阱中救出它而敞开心扉的烈焰凤凰，在RD陷入危机时赶来支援。它与零式合体成为零式狮虎凤凰，赢得了战斗的胜利。
RD被禁止驾驶Zoid，愤而冲出了事务所。他与一个名叫马特的少年相识，并意气相投。但是，马特为了阻止自己的家被拆除，独自驾驶狮虎烈焰闯了进去。等待他的是“破坏榔头”，赶来救援的零式狮虎与它们展开了战斗……。
RD与西格玛接下了面具人的老相识哈鲁多的护卫委托。然而，两人的个性水火不容。而且，护卫路线竟是被称为“魔物栖息之地”的危险地带。企图夺取哈鲁多运输的稀有金属的野盗Zoid发动了袭击。在指挥它们的腕龙巨象和导弹龟甲龙面前，RD和西格玛陷入了苦战……。
蓝鲸市接连发生Zoid遇袭事件。据说袭击者是无法看到的Zoid——“传说Zoid”。为了确认真伪，RD与丹一同展开了调查。然而，魔掌也伸向了西格玛的重装棘龙。在将重装棘龙重创至无法再战后，无形的Zoid再次消失了。操纵它的是艾米的老相识基德。他的目的是展示自己的强大。RD为打击敌人而协助治安局发起了挑战，但是……。
RD败于剑齿虎全息科技之下。治安局也无法应对看不见的敌人。此时，艾米向基德发起了挑战。艾米虽然熟知基德的习惯，但果然还是不敌全息科技。她与前来助阵的RD一同陷入危机……。
马特驾驶的零式狮虎失控了。阻止它的是马戏团成员基恩。治安局的佳织被他吸引，但他的真实身份却是专门偷盗战斗用Zoid的盗窃团伙成员。盗窃团潜入机库，目标是零式狮虎。然而，等待他们的是治安局的Zoid战斗。
一个对面具人怀恨在心的男人马维斯越狱了。他向极速风暴发来了挑战书。他曾经是极速风暴的成员。为了清算过去的恩怨，面具人决定接受挑战。面对人数上的劣势和马维斯驾驶的暗影狐，极速风暴陷入了苦战……。
RD将参加电视台主办的一场混战。这似乎是节目主持人、偶像莉莉恩强行推荐的结果。她与RD约定，如果能在战斗中获胜就一起吃个饭……。然而，那天正好是甜心的生日。战斗开始了。各城市的代表顶级战士们，开始联手攻击零式狮虎凤凰……。
RD允许了马特挑战执照测试。他告诉马特，为了承担这份责任，他需要赢过自己。马特苦思冥想击败RD的方法。这时，三个男人向他靠近。瓦茨、瓦尔坎、米格尔。他们是“破坏榔头”的新战士。
为了夺回被矩阵魔龙吞噬的狮虎烈焰，RD潜入了破坏榔头。最终决定通过战斗来决出所有权。这场激烈的队伍全面对战，演变成了矩阵魔龙、狂怒狂雷与零式狮虎凤凰的三方混战。
RD开始追寻疑似传说Zoid的Zoid。因爱机被夺而燃起复仇之心的布雷德也一同前往。然而，他们遭到了野生Zoid群体的袭击，布雷德受了伤。此时，力克出现了，让布雷德乘上了新型Zoid——凯龙辉。在其强大的力量面前，零式狮虎凤凰陷入了危机。
RD虽然表现得很开朗，却始终无法从失去烈焰凤凰的悲伤中走出来。此时，他们接到了一个委托，希望他们能护卫开拓地。据说开拓地正遭受着进化飞鸟和死灵蝙蝠这两只野生Zoid的袭击。然而，在这两只被认为是野生Zoid的机体背后，却隐藏着可疑组织的阴谋……。单独行动的RD在这两只Zoid面前陷入了苦战。
失去凤凰后，RD茫然地在荒野中徘徊。他遇到了一位不可思议的少女菲尼斯，并被带到了乌尔卡森林。丹和马特也为了寻找零式狮虎的新搭档，来到了乌尔卡森林。凯龙辉和领主狂风向他们袭来。
甜心乘坐的观光鲸鱼王被劫持了。犯人们挟持市长作为人质，要求释放其同伙。治安局立即展开应对，却无法对鲸鱼王内部的Zoid出手。但是，赶来营救甜心的RD，与搭乘在内部的佳织等人联手，成功逮捕了犯人……。
极速风暴被指名作为表演赛的对手。对方是顶级战斗队伍黑色冲击队。然而，据原队长拉斯塔尼称，他们与以前的黑色冲击队有所不同。该队伍的所有Zoid都是无需驾驶员、搭载AI的无人Zoid。在AI Zoid奇美拉龙经过计算的动作面前，RD他们陷入了苦战。更有甚者，死灵蝙蝠们乱入了战斗……。
为了测试零式狮虎和凯龙辉的真正实力，神秘组织里希特量表雇佣了异国的Zoid驾驶员——萨库伊之民。他们三人突然出现在极速风暴面前，向RD发起了挑战。战斗开始了。本以为会苦于拥有“重力”这一未知力量的Zoid，但他们的攻击却总觉得有些奇怪……。
极速风暴接受了狩猎铁金刚的委托。他们在现场遇到了里希特量表的首领阿尔法。另一边，怀揣复仇之心的布雷德向能量狮虎发起了挑战。然而，进化飞鸟与死灵蝙蝠介入了战斗。布雷德击溃了这两台机体。此时，凯龙辉的监视器上发出了合体的信号。
