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陨落星辰
第二独立团抵达查尔斯顿已经过去七个月。汤姆·梅森被推选为新美利坚合众国的总统，丹·韦弗上尉也晋升为上校。查尔斯顿的抵抗力量与外星盟军沃尔姆以及反抗的突击者结成了脆弱的联盟，一度在与艾士芬尼的较量中占据上风。汤姆一方面与沃尔姆大使科奇斯密切合作，另一方面和新来的玛丽娜·佩拉尔塔保持着紧张的工作关系。然而，联盟内部暗流涌动——有人开始怀疑队伍中藏着为敌人通风报信的内鬼。亚瑟·曼彻斯特教授受命调查此事，却在即将揭开真相之际被一名刺客当众射杀。哈尔被反复出现的噩梦折磨，梦里凯伦一次次出现，他已经分不清哪些是梦、哪些是真实发生的事。汤姆和安妮则满心期待地等待他们的孩子降生。
沃尔姆发现了一个为艾士芬尼武器系统供能的动力源，力劝汤姆将其摧毁。汤姆请来了绰号“鼠王”的核专家罗杰·卡达尔博士，此人性格古怪却才华横溢，他制定了一个危险的方案——炸毁为附近突击者机甲提供燃料的核电站。与此同时，对曼彻斯特教授被杀案的调查正在紧锣密鼓地进行，内鬼在暗中试图破坏第二独立团的行动计划。安妮生下了一个女儿，取名亚历克西斯·丹妮丝·格拉斯·梅森。孩子的到来本该是这场战争中难得的喜事，但安妮隐隐觉得婴儿有些不对劲。哈尔的状态越来越差，他终于向玛吉坦白，凯伦似乎一直在某个地方等着他，而他无法确定那到底是梦还是真实。
外星入侵两周年纪念日临近，查尔斯顿的人们正准备迎接又一次可能的毁灭性打击。一伙身份不明的士兵突然对查尔斯顿发动袭击，其中一名中尉费舍尔在战斗中被俘。经过审讯，这些人竟然是在入侵中下落不明、被认为已经遇难的美国总统本杰明·哈撒韦的手下。绰号“疯李”的战士在战斗中受了致命伤，马特守在她身边陪她走完了最后一程。安妮对婴儿亚历克西斯的担忧与日俱增，她开始怀疑自己是不是患上了产后抑郁或精神错乱。哈尔向玛吉坦白，他认为自己可能就是那个内鬼，并决定向当局自首。汤姆为查尔斯顿的市民揭幕了一棵“自由之树”，所有在入侵中丧生的人的名字都将悬挂其上。就在仪式进行时，一场爆炸震撼了查尔斯顿，艾士芬尼的飞船从天空中呼啸而过。在一片混乱中，婴儿亚历克西斯露出了一个微笑。
在沃尔姆先进武器的帮助下，查尔斯顿的守军成功击退了艾士芬尼的又一次进攻。汤姆带着费舍尔中尉亲眼目睹了沃尔姆武器的威力，这位原本充满怀疑的军官终于被说服。汤姆随后受邀与真正的哈撒韦总统秘密会面。哈撒韦一直在幕后联络各地的抵抗组织，试图将散落的力量重新凝聚起来。哈尔在与体内某种侵入性存在的搏斗中越陷越深，本则在挣扎着面对自己的身份——他到底还算不算一个人类。安妮在照顾婴儿时发现了令人震惊的信息，这个发现足以让所有人的处境变得更加危险。汤姆、波普和布雷斯勒将军乘坐的飞机在返程途中遭到艾士芬尼攻击，被击落在森林深处。
一次关键的侦察任务出了大岔子，汤姆和波普不得不放下积怨，互相依靠着在敌占区活下来。与此同时，韦弗带着人马在查尔斯顿周边拼命搜索两名失踪的第二独立团成员。玛丽娜在查尔斯顿擅自采取了行动，直接无视了汤姆的总统权限，这一举动在政府内部引发了不小的震荡。汤姆和波普这对老冤家在生死边缘被迫合作，波普那张从不饶人的嘴依旧不消停，但在最危险的时刻，他做了一件让汤姆意外的事。两人最终被韦弗的人找到，带回查尔斯顿。这次经历虽然惊险，却让汤姆和波普之间多了一层说不清道不明的东西。
哈尔终于向所有人坦白了他内心的挣扎。那些关于凯伦的“梦”并非梦境，而是真实发生的——凯伦利用某种外星技术入侵了他的意识，操控他的一举一动。这意味着哈尔就是那个一直被追查的内鬼。消息传开后，梅森一家陷入了前所未有的困境。卢尔德斯尝试了一种风险极高的新医疗手段，希望能找到一种方法来对抗外星人对人类意识的操控。查尔斯顿的政府也发生了剧烈变动——一群人脱离建制，自行出发执行搜救任务，这直接动摇了汤姆作为总统的权威。哈尔在坦白之后被关押起来，但他体内的那股力量并不打算就此罢休。
梅森一家在途中遇到了一群出没于公路的匪帮，为首的是一个姓皮克特的男人和他的家人。这群人不是外星人，也不是突击者，而是趁着乱世占山为王的人类。梅森一家原本是在执行搜救任务，却被皮克特一家截住了去路。双方剑拔弩张，谈判迅速破裂。与此同时，查尔斯顿对一座正在建造中的巨型外星武器产生了越来越深的忧虑，围绕是否要冒险出击的问题，内部爆发了激烈的争论。一名连环杀手在查尔斯顿潜行作案，追查此案的调查却处处碰壁，线索一次次断在死胡同里。汤姆在极端处境下做出了一个艰难的决定，这个决定让他的家人和队友都感到不安。
一切平静得让汤姆浑身不自在。这种太平静了，静得像是某种更大阴谋的前奏。在返回查尔斯顿的路上，汤姆接连发现了一系列令人震惊的事实，其中有些出乎意料，有些则令人毛骨悚然。他终于看清了沃尔姆的真实意图——他们来到地球的目的远不止帮助人类那么简单。与此同时，韦弗和波普就如何处置那名被怀疑是内鬼的人爆发了激烈冲突。两人差点拔枪相向，被汤姆及时制止。汤姆带着这些沉重的发现回到查尔斯顿，却发现这里的权力格局已经在他离开期间发生了微妙的变化。他开始意识到，在这场战争中，最危险的敌人未必都长着外星人的脸。
汤姆在沃尔姆的数据库中发现了高度机密的军事情报，涉及艾士芬尼在地球上核心行动的全部布局。与此同时，查尔斯顿正在紧锣密鼓地筹备对艾士芬尼发动一次大规模进攻，试图一举摧毁敌人的指挥中枢。然而，就在行动即将启动的前一刻，一场巨大的爆炸震撼了查尔斯顿，数百名幸存者被困在地下。进攻计划被迫中止。内鬼的身份终于在这一集中被彻底揭开——那个一直在暗中为艾士芬尼传递情报的人，原来是所有人都没有真正怀疑过的卢尔德斯。她眼中的异物暴露了她的身份，但在此之前，已经有更多的人为此付出了血的代价。汤姆站在一片废墟之上，看着自己信任的人被带走，心里清楚这场战争已经让他失去了太多。
第二独立团对艾士芬尼的一处关键基地发动了最后的突袭。在沃尔姆超级武器的帮助下，他们成功摧毁了敌人的护盾系统，科奇斯的父亲率领沃尔姆舰队赶到，彻底击溃了艾士芬尼在这一区域的防御力量。梅森一家终于和所有失散的亲人重新团聚，那一刻的拥抱让所有在场的人都红了眼眶。然而，胜利的喜悦没有持续太久。沃尔姆人随即宣布了一个让人类措手不及的决定：地球剩余的幸存者将被集中转移到巴西，由沃尔姆全面接管后续的战争行动。汤姆和韦弗看着刚刚并肩作战的盟友，意识到他们刚刚从艾士芬尼的奴役中挣脱出来，转眼又要被另一双手推向未知的深渊。第三季在一种沉默的愤怒中收束，没有人知道接下来等待人类的究竟是什么。
