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ストライクウィッチーズ
有一个和我们所生存的的地方非常相似，充满了魔力的世界。在那里，到处都是战乱和灾荒。魔力，那是出现年幼的少女身上，随着年龄的增加渐渐消失的谜一般的力量。拥有那种力量的少女们不需要手就能移动东西，使之漂浮空中，还可以借由魔力生成领域来保护别人。被称为魔女的她们，受人尊敬，予人畏惧。但是那小小的力量终究无法安定下来。魔女从来不会走上历史的舞台，她们只会侍奉在当权者的左右，生存在阴影之中。然后到了18世纪，人类迎来了魔力的大革命。借由蒸汽机关对魔力进行增幅，使之成为全新的动力来源，人类的发展完成了跳跃性的一步。魔女们成了各地的先驱者，带领魔力增幅机械的技术不断进步。增幅后的魔力为工厂提供了巨大的劳动力，就连其产品输送线路的维护也是依靠魔力进行。人类的版图开始飞速的扩大。但是从那时侯开始，异形的生物就频繁的出现在人们的视野当中。这是一种从古代起就有过零零散散的遭遇记录的敌人，它们以魔力革命为契机，开始了大规模的活动。真实身份不明。活动目的不明。生存状况不明。这种因为其机械和生物融合的姿态而被人称作“涅洛伊”的敌人不断地侵犯人类的领土。它周身缠绕着普通人无法靠近的瘴气，令大地腐烂，然后像蝗虫一样将金属啃食殆尽。一般的军队在“涅洛伊”的面前不堪一击，难道人类的命运真的就到此为止了吗？这时侯，有人提出了将魔女们投入战争的提议……
1945年秋天，扶桑的魔女宫藤芳佳来到赫尔维希亚。在第501统合战斗航空团再集结的期间，在医学院进行短期留学。 非常努力地学习的宫藤，忙到完全没自己的时间。 某日，认识了一位新的朋友，名叫阿尔特娅的少女，来到图书馆找到正在读书的她。 “芳佳小姐，您有客人喔。” 就这样通知她的阿尔特娅背后站立的，是位宫藤非常熟悉的人。
知道低地国的安特卫普有异变发生，而飞往现地的宫藤。 在那她看到了巨大的涅洛伊，即将逼近城市。应该是恢复和平的土地，却出现了涅洛伊，受到如此冲击的宫藤，决定要守护百姓，执意一人面对迎战。“不可以去啊！” 面对周遭要塞和战列舰的攻击依然前进的强力涅洛伊，到底她能不能打倒它呢？
新加入第501统合战斗航空团的服部静夏。个性认真的她，却一直紧张出差错，弄到自己快没自信了。 而在内心支持她的人，就是站在旁边让她憧憬不已的宫藤芳佳。“我要和宫藤一起飞！从今以后也要一直和宫藤在501！”但是在莉涅和贝鲁尼他们的训练当中，宫藤的身体却发生了意想不到的事。
在涅洛伊没出现，且安详平静的某日午后。格纳库内读着新闻的夏莉，突然大叫“被打败了！”。原来是夏莉所保持数年的摩托车最高速纪录，被人超越了。 想要再次刷新纪录的夏莉，从车库内把爱车拖引出来。“最高速的纪录人一定是我”“我也来帮忙吧！”
佩琳和宫藤们受尼德兰女王邀请，前往她所居住的德哈尔城堡。 在那佩琳一行人从女王那接受请求，要将梦幻的蓝色郁金香“尼德兰女王”培育开花。 由于花朵含蕴着女王的愿望，佩琳直接响应“请务必让我们来做！”
为了搜查进军柏林的路线，侦察任务派出巴克霍隆和哈特曼前往。 南风作战计划重新开启，而显得有点兴奋的巴克霍隆，不知在前面等待她们出现的是新型涅洛伊，进而双方进入激战状态。
为了找寻能让宫藤恢复魔法力的药草，莉涅起身往森林去。她在一个小祠洞内发现了一个箱子，并将它带回，却发现里面放了个体型奇怪的土偶。结果好奇心甚强的鲁基尼对这土偶充满兴趣，在它的胸部擦了擦，双眼发出诡异的光线，发生了她意想不到的事。“我要揉啊揉～！”就这样异常的她，开始了一场连想都没想过会发生这样的悲剧。
巡逻任务中的桑妮亚和埃拉遭遇到的涅洛伊，从雾中窜出有着隐身的能力。因为这种涅洛伊，让下一个战略目标基尔军港被浓雾给包围住，造成夺回柏林作战进展的障碍。桑妮亚对此事态提出使用自己的索敌能力来应战，并找出涅洛伊的方案成立。“绝对会成功的，明娜中校”她便和埃拉、宫藤、服部一起，往浓雾的方向前进。
以基尔军港为基地，开始进行柏林夺回作战计划。但却察觉到占领柏林上空有涅洛伊的巢穴“狼”，并有强大的火箭型涅洛伊攻击前来。现阶段的强袭魔女们还无法提出有效对策，去对付超高速飞行且超越音速的涅洛伊，明娜一行人因此失望落寞。这时，乌苏拉出现了说“我带来新设备了”。
“柏林夺回作战”终於开始了。B17轰炸部队和直接进攻“狼穴”的第501部队，因B17轰炸机开始投下抗涅洛伊气爆弹后，“狼穴”的云层进而散开，终于出现了真身。“501部队请准备下降！”因B17轰炸机的出击，而让宫藤一行人逼近“狼穴”的真身，但此时却出现新型态的涅洛伊。
因魔法力耗尽的宫藤，被排除在柏林夺回作战外。另一方面，巴顿亲自指挥超战车军团，开始进攻柏林，第501部队也从空中展开护卫。当他们抵达柏林前，涅洛伊军团也激烈应战，双方进入总决战时，跟着巴顿他们部队的还有一位少女。
和涅洛伊军团的大混战中，与第501部队被分开而单独作战的宫藤和巴顿将军们。在面临涅洛伊攻击猛烈下，即将陷入绝望的宫藤一行人，但宫藤她却不想要就此放弃。“我要守护这继续战斗下去！”“只有一个人？会死的啊。”“即便如此…我也想去守护！”在这激烈的最终决战中，宫藤他们的命运，还有第501部队和涅洛伊战斗终究会是如何呢？
小清水亚美
Charlotte E Yeager (voice)
大桥步夕
Eila Ilmatar Juutilainen (voice)
野川樱
Erica Hartmann (voice)
福圆美里
Yoshika Miyafuji (voice)
斋藤千和
Francesca Lucchini (voice)
名冢佳织
Lynette Bishop (voice)
门胁舞以
Sanya V. Litvyak (voice)
田中理惠
Minna-Dietlinde Wilcke (voice)
园崎未惠
Gertrud Barkhorn (voice)
泽城美雪
Perrine-H. Clostermann (voice)
千叶纱子
Mio Sakamoto (voice)
