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魔卡少女樱
小樱被认可为“库洛牌”的新主人。新学期伊始，小樱的班级来了名为柊泽艾力欧的奇怪的转学生。从那个时候开始，友枝町再次开始发生奇怪的事情。焕然一新的魔杖，小樱要让库洛牌转生为小樱牌……
暑假结束了，小樱的班级迎来了转学生——柊泽艾力欧。小狼发现小樱和艾利欧似乎关系很好的样子。回到家的小樱听到了库洛·里德说话的声音，那时的感觉与往常的气息不同，而友枝町只有连绵不断的雨……感觉到了什么的小樱再次以魔卡捕获者的身份前往下雨的天空下。
天亮时，友枝町仍在下雨。小樱和小狼商量无法使用魔法的事情。小樱、小可、月、知世再次前往下雨的天空下。在袭来的水柱下，小樱使用魔法，可封印的钥匙变不成魔杖。但，小樱想要帮助大家的心情，让魔法的力量复苏了！
封印的钥匙用新的咒语成为了新的魔杖。而且使用魔法的时候牌也必定会转生为新牌。上学中的小樱，听见音乐教室中知世的尖叫，急忙和小狼赶去。然后沉重的钢琴径直向三个人飞来。
为了做布偶，小樱和艾利欧来到了手工品店。在那里，小樱负责买布偶套件，艾利欧去买线……晚上，觉察到库洛气息的小樱，和小狼、小可、知世一同前往公园。这时小狼突然向小樱举起了刀！小可发现小狼在被什么操纵着，却找不到答案。
小樱在艾利欧的帮助下，完成了小熊布偶的制作。当晚，小樱到雪兔家拜访，将寄托着两厢情愿希望的布偶交给他。这时布偶越来越大！小樱设法切断了控制小熊的魔力来源，小熊又恢复了原来的大小。从里面掉出了一张画有魔法阵的纸。
因为改变牌很耗费魔力，小樱感觉困倦。另一方面，雪兔无论如何也吃不饱，或者会产生立刻犯困的奇怪感觉。晚上，小樱接到小狼的电话，得知公园里出现了一个大洞，并在洞内感觉到了库洛的气息。这时，洞口如盖子一般被封住了！
拿出小樱牌之书，小樱牌自然飘浮起来，将小樱包围。可是，书中剩下的库洛牌变得很冰冷。小樱从小可那里得知，这样下去它们将变成普通的牌，就不停地改变着库洛牌。但是，“驱”的封印被解除，以精灵的形态飞向了窗外！
小樱发现了已故的母亲抚子的年历。年历上记录着家中每个人的生日，其中也有“爷爷的生日”。父亲藤隆说，爷爷因为将他视为夺走了最重要的抚子的坏人，只与他见过一面。小樱为了证明“爸爸不是坏人”，决定送礼物给外曾祖父。
小樱沉迷于《爱丽丝梦游仙境》。小樱憧憬着爱丽丝的仙境，抱着“想去看看”的想法。小樱从艾利欧那里得到了作为“书签”的落叶，落叶与书刚刚接触，小樱就被吸入书中。想回到外面的小樱的眼前，柴郡猫样子的艾利欧、兔子样的雪兔、月、桃矢、知世以《爱丽丝》的登场人物形象出现了。
友枝小学召开了义卖会。小樱的班级负责分发点心，不过，听闻此事的小可非常高兴。另一方面，收到奈久留义卖会邀请的斯比奈鲁因“不能吃甜的东西”而不想去。校园里，小可和斯比奈鲁突然相遇！小可没有发觉斯比奈鲁的原型，强行给斯比奈鲁点心吃，突然斯比奈鲁变得快活疯狂起来。
小樱、小狼、知世、艾利欧4个人来到了泰迪熊展。小狼度过了欢乐的时光，不知不觉间便一直用目光追随着小樱。打算回家时，小狼与小樱去坐电梯的时候，门关住打不开了。小狼安慰着在漆黑的电梯里含着眼泪的小樱。这时，电梯突然移动，地板出了一个大洞，小樱掉了下去！
感受到了库洛的气息，大家晚上聚集在公园。但是，似乎什么事件都没有发生，就回到了家里。然而可鲁贝洛斯和月两个人却无法变回临时形态了。他们被迫以原本的形态进入小樱的房间想办法。第二天，为了做晚饭而从冰箱里拿出螃蟹的小樱想起了个主意。
晚上，在学校的方向感觉到库洛的气息的小樱，与小可、小狼、知世一同出门。这时教室里的篮球自己跳动了起来。小樱等人追逐着球，而空间似乎在扭曲，无法追上。追球的时候，知世的身影消失了！找不到知世的小樱一边含着眼泪，一边拼命思考着寻找她的办法。
小狼“有些话想当面对你说”的话令莓铃没等到暑假就来到了日本。莓铃和放学回家的小樱等人路过公园前，在发出地震一般的声音同时出现了很多小企鹅向小樱他们飞来。莓铃用擅长的拳术，小樱用“冻”牌将骚动平息了下来，而小狼和小樱2个人的对话让莓铃露出了悲伤的表情……
小樱要去买给藤隆的圣诞礼物，和桃矢约好见面。学校里艾利欧用钢琴练习着圣歌，充满了圣诞节的气氛。放学后，出现了很强的库洛牌的气息，因此小樱和小狼去查看情况，桃矢则和能与自己一模一样的“镜”去购物。当晚，小樱对“镜”放出了磁带……
新年到了，小樱、桃矢和藤隆到月峰神社参拜，知世和知世的妈妈也来了。小樱和知世去抽签，艾利欧在卖签。知世的签是大吉，小樱不大明白签的含义。那天晚上，小樱睡着时，在黑暗的房间里，库洛牌之书与白天抽的签开始闪闪发光。
小樱等人来到了室内游泳馆。游泳之后，一行人在游泳池旁的咖啡厅点了大受好评的冰激凌苏打。只顾着聊天的小樱，忽然看见玻璃杯中空空如也。这是被偷偷跟来的小可喝了。正当小樱偷偷把小可藏起来带去更衣室时，泳池中出现了令人吃惊的巨大波浪，将利佳一个人困在那里。
小樱等人到雪山参加学校的滑雪之旅。到了晚上，根据奈绪子的提议，艾利欧讲了关于雪女的鬼故事。第二天，滑雪进步了的小樱和艾利欧坐上了去往高级滑道的缆车。眼看雪越下越大，小樱突然想到“和昨晚雪女的鬼故事好像”。从缆车上下来，雪越来越大。其后终于发生了雪崩。
小樱参与了桃矢班上制作的电影。小樱的出场结束后，要去拍摄桃矢和雪兔演出的最后一幕。正式演出开始时，雪兔突然失去意识，从2楼的阳台坠落。情急之下桃矢抓住了他的手试图救他，可并没能奏效。小樱用魔法避免了他受伤，雪兔依旧昏睡不醒……
小樱到雪兔他们高中的文化节参观，和雪兔去参观“星之路”这个节目。被众多星星包围，小樱表达了对雪兔的心意。这时，星星的装饰突然破碎，落向小樱他们身上。现身的月保护了小樱的身体，同时确信这是库洛搞的鬼。跑向有库洛气息之处的小樱，在那里看见了艾利欧。
丹下樱
Sakura Kinomoto (voice)
岩男润子
Tomoyo Daidouji (voice)
熊井统子
Syaoran Li (voice)
久川绫
Kerberos (voice)
筱原惠美
Naoko Yanagisawa (voice)
田中秀幸
Fujitaka Kinomoto (voice)
小野坂昌也
Kerberos(big) (voice)
绪方惠美
Yukito Tsukishiro (voice)
关智一
Touya Kinomoto (voice)
由加奈
Meiling Li (voice)
川上伦子
Rika Sasaki (voice)
佐佐木望
Eriol Hiiragizawa (voice)