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鉄のラインバレル
胆小怯懦的少年早濑浩一，在三年前参加社会科参观学习时，在正在建设的海上都市建筑现场遇到了意外发生的事故。因为该事故而身受重伤濒临死亡的他，在昏迷了半年后醒来时，却摇身一变，成了一个具有暴虐因子的好斗分子，而且身体里获得了前所未知的力量。青梅竹马的矢岛和理沙子为了他的改变而担心不已，这让嘴上说着不在意的话的他有了一丝触动。正在这时，在他的面前出现了一群怪物——量产型的机器人阿尔玛。他的好友矢岛也为了救他而身受重伤。正在危急关头，在三年前引发大事故的巨大机器人再次出现在了他的面前，它就是LINEBARREL。
早濑浩一是一个在学校经常被欺负的高中生，但他梦想着有一天能成为英雄。在被欺负去为同学买东西后，他决定抄近路穿过一片森林，就在这时，一个巨大的物体砸中了他。恢复意识后，他看到面前有一台巨型机器人，旁边躺着一个赤裸的少女。他用外套盖住她，她醒来后，被发现患有部分失忆症，并跟着他回了家。不久之后，其他巨型机器人开始攻击城镇。少女告诉浩一他们是敌人，并进入城镇意图与他们战斗。跟随她的浩一遇到了他的朋友矢岛英明，后者计划用自己作为诱饵以便两人逃脱。浩一吐露了自己对无能为力的挫败感后，少女说出了自己的名字——城崎绘美，并让他召唤了一台被称为“Machina”的巨型机器人LINEBARREL。虽然他凭借新获得的力量击败了敌人，但当城崎绘美告诉他他已经死了时，他震惊了。
在一个未知地点，属于企图夺取机甲LINEBARREL的组织——加藤机关，与公开宣称是世界最大医疗设备制造商的JUDA之间，展开了激烈的战斗。随着JUDA的力量逐渐被压制，他们请求增援，增援来自另一台名为Vardant的机甲及其驾驶员森次玲二。在他应对敌人时，JUDA的其他成员正在讨论加藤机关最近的行动。与此同时，浩一的家人欢迎城崎绘美加入他们的家庭，而浩一在学校展示了他新获得的能力和信心，击败了那些曾经欺负他的人。随后，浩一向城崎绘美表达感谢，因为她“杀死了他”，赋予了他新的生命。之后，加藤机关发动了一次新的攻击，试图引出LINEBARREL。浩一再次被卷入战斗，JUDA的两台机甲也加入战斗，试图阻止敌人。然而，浩一宣称自己才是真正的“正义”，并同时与双方作战，没有意识到自己造成的附带损害。机甲撤退后，浩一宣称自己的任务已经完成，城崎绘美和矢岛则对他的行为及其造成的破坏感到震惊。
浩一在驾驶LINEBARREL与秘密组织加藤机关战斗时，给城镇造成了巨大破坏。城崎绘美为将市民卷入战斗感到内疚，但浩一自己却没有这样的想法，他真心相信自己就是正义的英雄。这时，由JUDA王牌驾驶员森次玲二操控的Vardant出现在浩一面前。
失去LINEBARREL后，浩一陷入绝望，并将怒火粗暴地发泄在无辜市民身上。由于他是“因子”，在徒手状态下无人能匹敌他的身体力量。出于对担心浩一的新山理沙子的关心，矢岛决定与浩一对峙。在倾盆大雨中，矢岛和浩一进行了一场拳斗，这时一台Hagure Machina出现在他们面前。
JUDA的社长石神邦生向浩一提供加入他们对抗加藤机关的战斗的机会，但浩一拒绝了。但当双胞胎驾驶员远藤静奈和远藤泉奈陷入严重困境时，石神请求他的帮助。
浩一搬到了JUDA宿舍的新公寓，并正式认识了其他驾驶员。令他惊讶的是，城崎绘美也转学到了他的学校。
浩一的同班同学道明寺诚开始对城崎绘美表现得过于亲密。察觉到城崎绘美的不安，浩一向道明寺诚发起挑战，但奇怪的是，他根本无法触碰到道明寺。后来，加藤机关的社长加藤久嵩拜访了浩一，试图向他提供加入加藤机关的机会。随后揭示出，城崎绘美和加藤久嵩来自不同的次元。与此同时，理沙子就她与浩一的关系与城崎绘美对质。
浩一、森次玲二和美海接到一项任务，协助美军运输机撤退并歼灭那里的敌人。这是浩一的第一次正式任务。浩一和森次玲二组队，对抗由加藤机关的菅原正树和尤里安娜·费斯福尔带领的大批Arma部队。与此同时，在Painkiller上支援地面部队撤退的美海，遭到一台新型敌方机甲的袭击。
为了更多地了解加藤机关在世界各地部署的神秘球体，浩一和同伴们突袭了他们在南美洲的一个基地。然而，山下为了帮助森次玲二而离开了自己的岗位，结果却只得到森次冷淡的反应。
圣诞季已经到来。浩一受邀参加理沙子组织的派对。浩一发现JUDA特遣队也在准备一个圣诞派对。与浩一对这个“工作场所”派对缺乏热情不同，对于大多数将JUDA视为家的成员来说，这更像是一个家庭派对。派对气氛突然被一则消息打断：美国的一颗卫星武器被加藤机关接管了。这将使加藤机关能够攻击世界上任何地方。浩一和山下被指派去击落卫星武器，他们前往外太空。
浩一和山下在外太空遇到了加藤机关的新型Arma，名为“Yaoyorozu（八咫镜）”。由大星陆驾驶的Yaoyorozu在控制卫星武器的同时，持续对世界不同地区进行同步攻击。浩一试图摧毁Yaoyorozu，但其惊人的机动性和速度阻碍了他的行动。从地面摧毁卫星武器的行动也以失败告终。在别无选择的情况下，连LINEBARREL也被迫撤离战区。
JUDA特遣队的成员们来到一个热带岛屿进行公司郊游。由于石神邦生的好意，理沙子和道明寺诚也被邀请加入。当道明寺诚问浩一他真正喜欢的是谁，是理沙子还是城崎绘美时，浩一发现自己处境尴尬。他们短暂的假期被打断了，因为成员们一个接一个地被一种神秘的爬行动物抓走。
热带假期仍然是道明寺诚和特遣队成员之间讨论的热门话题。只有城崎绘美似乎没有分享他们的假期热情。假期也在浩一和城崎绘美之间留下了尴尬的隔阂。浩一和山下被召去开会，前往石神邦生的房间。就在那一刻，他们听到石神房间里传来枪声。发现是森次玲二开枪射杀了石神后，浩一急于为此与他战斗。浩一未能制服森次玲二后，城崎绘美代替他上场战斗。
意外事件接连发生。石神邦生的去世令人哀悼，而LINEBARREL的秘密被揭开，让浩一震惊，也让包括绪川结衣在内的其他人陷入痛苦。与此同时，与加藤机关结盟的桐山英治继续加强对日本的控制，直到日本实际上落入桐山和加藤机关之手。JUDA被认定为反国家武装集团，并遭到日本自卫队阵雷旅的攻击。浩一试图用仅存的机甲LINEBARREL突破他们的防线。
浩一和城崎绘美找到了一个安全区域，进行了短暂但急需的避难。开始恢复记忆的城崎绘美向浩一坦言，她害怕回忆起自己早已遗忘的记忆。看到城崎绘美拼命与内心的恐惧斗争，浩一做出了某个决定。然而，他们的平静是短暂的，因为他们突然遭到由泽渡拓郎和迪米特里·马卡洛夫驾驶的Idaten和Kagutsuchi的袭击。
带着新的正义感，JUDA特遣队的成员们开始了对抗敌人的战斗。他们的第一步是夺回被桐山英治及其部队占领的JUDA。当浩一用LINEBARREL引开桐山时，其他人通过紧急路线潜入设施。在他们前进的过程中，发现该设施由JUDA的尖端安全系统保护，其中充满了需要证明他们是JUDA特遣队成员身份的非常规关卡。
当矢岛回来时，理沙子和浩一感到困惑，因为他试图隐瞒自己所谓“死亡”的秘密。然而，在这看似圆满的回归背后，矢岛在派对上向JUDA的其他人揭示，他是加藤机关的新型机甲“Apparition（幻影）”的驾驶员。随后，他绑架了城崎绘美，完成了加藤的任务。
按照矢岛的指示，浩一前往一个废弃的俄罗斯基地寻找城崎绘美，但在那里等待他的只有加藤久嵩。与此同时，矢岛询问城崎绘美她对浩一的感情，而JUDA的其他成员则努力保护美咲町免受敌人的入侵。
由菅原正树驾驶的Glain-Neidr出现在美咲町，并开始安装最后一个“球体”。美海、山下以及由道明寺诚领导的阵雷旅进行反击，但完全不是对手。与此同时，浩一救出城崎绘美并返回JUDA总部，途中被矢岛拦下。矢岛坚持要浩一停止战斗并回到理沙子身边。两人无法和解。在倾盆大雨的海滩上，矢岛和浩一分别驾驶LINEBARREL和Apparition展开了对决。
自从上次战斗以来，美海的低迷状态并未消失，加上PAINKILLER无法出击，进一步延长了她的状况。美海不顾一切的训练欲望，让她的身体和精神都濒临崩溃。当浩一来探望时，美海终于振作起来……与此同时，加藤机关在世界各地大规模部署了“球体”，以开启多维入侵。接下来就看远藤静奈和远藤泉奈能否说服联合国采取行动了……但他们会听吗？
