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SHUFFLE!
这是一个神族、魔族和人类混居的世界，久而久之，人们竟然也习惯了这种不寻常的生活。故事发生在国立巴贝那学园之中，土见禀（杉田智和 配音）是一位平凡的少年，童年时期的悲惨遭遇令他早早失去了父母，目前寄宿在青梅竹马芙蓉枫（后藤邑子 配音）的家中，两人每天一同上课放学，彼此之间感情十分要好。 莉希安萨斯（青木沙耶香 配音）是神王的女儿，个性活泼开朗，擅长料理和运动；奈莉奈（松永雪希 配音）是魔王的女儿，在拥有高超智商的同时亦有着宛如天使的钟声一般美妙的歌喉。当两位纯洁的少女因为念念不忘曾经的邂逅而来到土见禀的身边后，会发生怎样有趣的故事呢？
开门…。自人界与神界、魔界相连以来，已过去10年。为了去人族、神族、魔族共同就读的国立巴贝纳学园，主人公“土见禀”被青梅竹马的同居人芙蓉枫在早上叫醒。高中二年级。本应如往常一样上学，如往常一样开始上课……。然而，一场足以改变那“日常”的相遇，正在等待着他。
突然，禀的班上转来了两位美少女。一位是神界的公主“莉希安萨斯”，另一位是魔界的公主“奈莉奈”。而且，两人都搬到了禀和枫所住家的左右隔壁，这下可麻烦了！两人都将过去与禀的回忆珍藏在心中，如今来到这里，是为了实现（传达）对禀的心意！
早上就受到神王和魔王令人窒息（过度热情）的问候，然后上学的禀和枫，以及莉希安萨斯和奈莉奈。普莉姆拉看家。一个人送行。季节正值梅雨时节。一直下个不停的雨。大家都心情忧郁，只有莉希安萨斯一个人兴高采烈。看来，她似乎有与雨相关的、非常快乐的回忆……
和奈莉奈一起打扫教室的禀。正好两人去操场倒垃圾。那时，几个学生对着和奈莉奈亲近的禀，说出了侮辱性的话语。禀装作不在意，但奈莉奈无法原谅！她的魔法炸裂了！瞬间，周围被白光笼罩……
禀做了一个梦……。8年前的……。雨中，哭泣叫喊的、8年前的枫……。醒来时，无忧无虑的笑容就在那里……。一如往常的枫的笑容。瞬间，发生了大地震！仿佛是什么预兆……。上学途中，如往常一样被亲卫队追赶的禀。多亏莉希安萨斯的椅子攻击、奈莉奈的攻击魔法，总算暂时回避。说着“我也要！”努力的枫却……
禀他们上学的时候，普莉姆拉一如既往地独自看家。在房间里无聊地摆弄玩偶……。上学途中，担心普莉姆拉样子的禀他们，想着要让普莉姆拉开心。那时，没想到普莉姆拉竟然跑到学园来了，这下可麻烦了！
能听见小鸟鸣叫的清爽早晨。本以为时雨亚沙会像往常一样精神地跳起来，表情却有些阴郁。其实，她被某个男学生告白了……。而且，那个男学生是运动万能的帅哥。传言传遍了学校，也传到了禀的耳朵里。
早上，本应如往常一样在枫的声音中醒来的禀……但是，叫醒他的竟然是莉希安萨斯。而且，说接下来要去约会。相信恋爱占卜的莉希安萨斯，鼓起勇气向禀提出了约会。被莉希安萨斯的气势压倒，禀答应去约会，但这场约会正如预料般，被卷入波澜之中……
学校的考试也结束了，禀他们决定去海水浴。枫、亚沙她们展示了五颜六色的泳装。普莉姆拉和奈莉奈的泳装尤其让人心跳加速。禀他们被美女环绕，尽情享受海水浴。吃完午饭，吃饱了的禀和莉希安萨斯在岸边忍不住打起了盹……但是……
海水浴之后，禀和莉希安萨斯关系越来越好。看到急速接近的两人，神王过早断定“要结婚啦”。立刻拉着普莉姆拉，努力进行结婚仪式的彩排。两人周围的氛围也有点微妙。麻弓大吵大闹，枫和亚沙她们手忙脚乱。禀和莉希安萨斯不知为何不安起来……
结束暑期补习课后，麻弓一口气冲出教室，却在走廊上和禀撞个正着。相撞时内衣被看到的麻弓，对毫无反应的禀感到焦躁。回家路上，在红叶打工的“弗洛拉咖啡店”大发牢骚。正要回去时，发生了一点小事件！？
暑假到今天就是最后一天了。尽管如此，禀和莉希安萨斯的作业堆积如山。教两人作业的奈莉奈和三人气氛正好。先写完作业的禀，为了完成下一个美术课题而决定外出。枫为要出门的禀准备了便当。普莉姆拉也来帮忙。那时普莉姆拉身上发生了小小的异变！？
回到魔界的普莉姆拉。寂寞的芙蓉家。禀和枫虽然表现如常但……。禀和枫总觉得有些别扭。两人都很担心普莉姆拉。那时，担心的禀前往魔王家询问普莉姆拉的状况。魔王说一有消息就通知他。那时，在魔界研究所，正讨论着被视为最后手段的治疗方法……
一边荡着秋千一边哼着歌的奈莉奈。禀与奈莉奈重逢时也听过的歌。然而，奈莉奈说这不是自己的歌……。说这是“莉可莉斯”的歌……。“莉可莉斯”。她是堪称普莉姆拉姐姐的存在，是另一个奈莉奈！
被奈莉奈带领来到魔界研究所的禀他们。急忙赶往普莉姆拉身边。终于到达入口处，神王和魔王等在那里。被禀他们强烈的决心打动，神王和魔王允许他们见普莉姆拉。普莉姆拉在研究室里的圆柱形胶囊中。禀对沉睡的普莉姆拉说话。但是，没有任何反应。
普莉姆拉也平安回来，禀他们回到了往常的生活。只是，似乎有了一点变化。奈莉奈变得更加社交了。大家感到不可思议。禀对奈莉奈变得开朗感到安心，去已康复的亚沙那里报告事件经过。大家庆祝亚沙康复。那时，莉希安萨斯对性格有些改变的奈莉奈产生了疑问。
早上，正要去亚沙家的禀被一个声音叫住。声音的主人是莉希安萨斯。她邀请禀逃课去约会。禀虽然困惑还是陪她去了，被带着到处折腾。另一方面，那时在巴贝纳学园，不知去向的禀让亚沙担心地猜测“该不会被绑架了吧”，惹得枫也担心起来。
午休。试吃亚沙手作饼干的禀。看到这一幕的莉希安萨斯和奈莉奈，决定让两人约会！试图逼迫禀明确自己的心意。禀也勉强同意。约会作战终于开始！连树和麻弓他们也卷入其中……。然后，约会的日子终于到来！
休息日的早晨，一如往常的芙蓉家餐桌。禀和枫总有些别扭。打扫着出门了的禀的房间的枫，拿起了桌上的相框。思绪飞向8年前的那件事……。那件事对枫和禀两人来说，是最痛苦悲伤的事件……
探望病房里亚沙的禀。看着担心的禀，亚麻的母亲邀他出去“有话要说”。那时在芙蓉家，枫正在为自己采取的行动后悔。在医院中庭开始讲述的亚麻。那是一场亚麻与亚沙、母亲与女儿之间壮烈的斗争……。与亚麻谈话后，给枫打了电话的禀，再次回到了亚沙的病房……
