...
ソウルイーター
死神武器职业专门学校，简称“死武专”。其学生分为“工匠”与“武器”。据称，收集99个鬼神的灵魂与1个魔女的灵魂，“武器”就会进化成最强的死神武器“DEATH SCYTHE”。以最强的“工匠”为目标的镰刀“工匠”玛嘉与其“武器”SOUL二人，开始了艰辛的试炼。有同样目标的还有暗器“工匠”BLACK STAR与“武器”务椿，和死神之子——死神•德•基德与他的武器双枪姐妹。三组少男少女成长的故事，伴随着的是“死武专”的危机四伏。神秘的魔女美杜莎心怀鬼胎；死神大人不离开“死武专”寸步，似乎也是为了隐藏天大的秘密。
死武专是死神创立专门培养武器和职人的机构，作为镰武器的SOUL EATER和他的职人玛嘉也是其中的一份子。刚刚被SOUL EATER吃掉的鬼神之卵是第99个，再加上一个魔女的灵魂SOUL EATER便会晋级为死神的武器Death Scythe，为了得到魔女的灵魂玛嘉和SOUL EATER找上了布莱雅，但事情的发展却并没有让他们如愿。
前去暗杀阿尔卡波内和他的爪牙们的是BLACK STAR和椿，虽然BLACK STAR默念着暗杀的法则但他的张扬出场又一次让任务失败。从死神哪里得到了阿尔卡波内去袭击魔女安杰拉的消息后BLACK STAR和椿立即行动，但在他们到达时安杰拉的保镖米佛涅已经将来犯的敌人悉数变成鬼魂之卵，面对米佛涅的轻视认真起来的BLACK STAR改变了自己的气息。
死神的儿子KID是个追求左右对称完美的公子哥，为了收集大量死神之卵的他接下了阿努比斯的任务。进入阿努比斯后十分在意自家牌匾是否歪斜的KID竟然又跑回了家中，作为武器的莉兹和帕蒂只能先行处理木乃伊，再次来到阿努比斯的KID面对的是法老王的愤怒，而KID却没有办法向完美对称的法老王开枪，他的执着让自己陷入了危机。
死神为鬼神之卵收集量为零的玛嘉和BLACK STAR等人安排了补习，他们这次的目标是死后变为僵尸的希德老师。虽然玛嘉和SOUL EATER还不能很好控制灵魂共鸣后使出的狩猎魔女，但与BLACK STAR和椿的配合还是成功制服了希德老师，接下来他们的敌人则是令希德老师黑化的罪魁祸首，Death Scythe的初代使用者“弗兰肯修泰因博士”。
玛嘉等人所要战胜的对手是Death Scythe的初代使用者修泰因，作为死武专毕业生里最强的职人，即便不使用武器修泰因也能施展出绝强的实力。看到修泰因强大的灵魂后玛嘉陷入了绝望，在SOUL EATER的鼓励下玛嘉重新站了起来，而他们灵魂共鸣后所使出的狩猎魔女却依然伤不了斯泰因分毫。
SOUL EATER和BLACK STAR对今天将要来到学校的新生非常在意，他就是死神之子KID。SOUL和BLACK STAR认为解决了阿努比斯任务的KID占尽了风头，这对笨蛋组合便向KID发起了挑战，与KID稳定的波长不一样，他们两人的波长完全不合拍。面对挑衅的SOUL和BLACK STAR，KID展现出了死神的力量，在摆平了SOUL他们之后KID又一次输给了自己那左右对称的执着。
为了完成课外补习而来到意大利的玛嘉和SOUL虽然完美的完成了任务，但不祥的魂之波长却让他们感到不安。玛嘉感受到教团内包围着武器和职人的大量人类灵魂在一瞬间消失了，明知道门后潜藏着危险，作为死武专学生的她还是决定探明究竟。玛嘉看到的是职人库罗娜，而他的身体里竟然藏着武器拉格纳罗库，魔剑正在威胁着玛嘉的SOUL。
SOUL为了保护玛嘉受到重创，而前来营救他们的是死武专最强的职人修泰因与DEATH SCYTHE。库罗娜和拉格纳罗库是鬼神蜕变前的阶段，体内的每一滴黑血都能够化为武器，修泰因和DEATH SCYTHE靠着强大的实力压制住了库罗娜，这时强大的魔女美杜莎解除了灵魂保护罩，强大的灵魂使玛嘉感受到了从未有过的压迫感。
没有收集到鬼神之卵的BLACK STAR被罚打扫图书馆，他与前来借书的KID都被记录着圣剑EXCALIBUR的书所吸引。听到修泰因对于圣剑的评价后两人前去寻找圣剑，当两人拔出圣剑时却被眼前的一幕惊呆了，能够断天裂地的圣剑竟然与谁都合拍，但因为他的性格却没有那个职人愿意配合他的波长，备受折磨的BLACK STAR和KID毫不犹豫的将他放回原位。
能够依附并吸收人类灵魂的妖刀正宗很有可能变为鬼神，前去阻止他的是椿和BLACK STAR。BLACK STAR肩膀上的星族刺青遭到了针之村的仇视，这是BLACK STAR从未提及的事情，而妖刀也与椿有着千丝万缕的关系。信任椿的BLACK STAR无意知道背后的真相，他所做的就是对同伴的全力支持，在逼出依附在人体内的妖刀后，进入妖刀体内的椿面临着独自的战斗。
同为中务家的兄妹俩，正宗和可以多种变化的椿不同，他只继承了日本刀的姿态，现在的他想要得到椿的灵魂。BLACK STAR已经不能插足妖刀内的战斗，现在的他只能在一旁默默的守候，而妖刀内椿与正宗的战斗正激烈的进行着。受到BLACK STAR影响的椿终于有了打败哥哥的觉悟，感受到椿的内心的正宗终于平息了下来，一切结束后等待她的是BLACK STAR的拥抱。
在魔女集会上美杜莎遭到了艾露卡等人的挑衅，她的所作所为已经威胁到了魔女们的安危。被黑血侵入体内的SOUL整日做着恶梦，玛嘉到现在还没有勇气面对SOUL之前受到的伤害，SOUL身上的那道伤疤让两人之间有了隔阂。体内混入黑血的SOUL成为了美杜莎的研究对象，前来找茬的魔女们引来了斯泰因和玛嘉，想要蒙混过关的美杜莎却引起了斯泰因的注意。
美杜莎威胁艾露卡救出了魔女监狱的13号犯人魔眼之男，她这样做的目的是为了测试混入SOUL体内的黑血。玛嘉和SOUL两人的分歧越来越大，这致使两人的泼长出现了偏差，修泰因对两人的修炼也没有起到效果，面对魔眼之男的玛嘉竟然无法使用SOUL。重归于好的两人终于提升了共鸣率，在他们打败魔眼之男后玛嘉竟也遭到了黑血的侵蚀。
死武专里的超笔试测验即将开始，传说在笔试中获得第一的人便可以让武器成为DEATH SCYTHE，平时努力的玛嘉对于这次考试志在必得。为了迎接考试每个人都以自己的方式开始了考前准备，经过了一段时间的复习之后终于到了测试成绩的时刻。因为某些莫名其妙的原因很多人都在考试中失利，而一直努力着的玛嘉获得了自己应有的成绩。
追寻着波罗的海沿岸事件，为了调查灵魂和小镇一起被吞噬的原因KID等人开始了调查，通过幸存者提供的讯息他们找到了被称作黑龙的幽灵船。KID等人在幽灵船内发现了大量的人类灵魂，还受到了恶灵的袭击，天生胆小的莉兹还与完美对称主意者KID走散。莉兹在幽灵同伴们的指引下终于找到了KID，正当KID准备攻击时彷如黑龙一般的诸神黄昏出现了。
KID和魔剑在幽灵船上展开了激斗，库罗娜爆发出的强大力量竟然将整艘船一分为二， 但他却没有恋战的意思，KID在追捕魔剑时却被完美对称的风景所吸引。让美杜莎吃惊的是因同步共鸣而转移到玛嘉体内的黑血完全消失，本打算继续观察的她被修泰因识破了魔女的身份，死武专和魔女双方都开始了行动。
传说中北方某地的寺庙里，有一把传说中名为EXCALIBUR的圣剑。然而就在奥古斯来寻找圣剑唤醒EXCALIBUR时，EXCALIBUR向往常一样提出了必须遵守自己的1000条的要求，并滔滔不绝的讲诉起了自己风光的过去。之后就在EXCALIBUR唱起EXCALIBUR之歌时，来寻找圣剑的奥古斯终于无法忍受话痨圣剑，EXCALIBUR又得到了与以往一样的对待。
在死武专的创立纪念日上大家都盛装出席，但死武专内部封印着鬼神的事实却让KID无法放松，于此同时美杜莎恐怖的诡计正在施展。与美杜莎共舞的修泰因识破了她研究黑血的目的，就在美杜莎准备蛊惑修泰因时西德赶了回来，美杜莎趁着死神离开镜之世界出席晚会时设置了空间魔法，在空间封闭之前西德将玛嘉等人送出了会场，现在能够拯救死武专的只有他们。
死神所属八武众里最强的阿修罗也是最大的不安，执着于力量的他终于开始狩猎人类的灵魂，这就是鬼神的诞生，死神将阿修罗封印在死武专地下，并将自己的灵魂和身体附着在死亡之城将其压制。玛嘉等人现在要做的是阻止美杜莎利用黑血复活鬼神，根据斯泰因的作战计划，玛嘉、KID和BLACK STAR必须突破美杜莎的导航箭前去阻止鬼神的复活。
不顾斯泰因的作战计划，玛嘉执意要和魔剑战斗，看出玛嘉认真态度的BLACK STAR赶去支援KID。库罗娜现在的扭曲完全都是作为亲生母亲的美杜莎所为，在玛嘉和SOUL灵魂共鸣后黑血开始活跃，但他们使出的狩猎魔女依旧无法打败库罗娜。想要拥有和魔剑一样的狂气从而感受并了解库罗娜，玛嘉说服了SOUL接受黑血的指引，但因此散发出的狂气却难以控制。
