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南宋末年，赤练仙子李莫愁（孟广美 饰）在江南一带找昔日恋人陆展元（胡东 饰）寻仇。大侠郭靖（王洛勇 饰）与妻子黄蓉（孔琳 饰）在帮忙救助陆展元一家时，发现了乞丐少年杨过（叮当 饰）是其结拜兄弟杨康之子，于是带他回到桃花岛并送到了全真教学艺。成年后的杨过（黄晓明 饰）在全真教中受尽欺辱，幸亏得到了古墓派传人小龙女（刘亦菲 饰）的搭救，从此以后杨过便拜在小龙女门下，并与她开展了一段旷世绝恋。与此同时，郭靖的两个女儿郭芙（陈紫函 饰）与郭襄（杨幂 饰）都阴差阳错的喜欢上了杨过，但却给杨过带来了不同的命运。与此同时蒙古大军对南宋山河虎视眈眈，杨过面对国仇家恨以及儿女情仇，终于从浪荡少年变成了一代神雕大侠，苦等16年后与小龙女也最终修成正果。
李莫愁因爱成恨，找陆展元寻仇，不想陆展元已死去数载，李莫愁迁怒陆门，欲将陆门九人全部杀死，陆立鼎为救侄女程英和女儿陆无双将昔日李莫愁送给陆展元的锦帕分成两半系在二女颈间。李莫愁杀死陆立鼎夫妇，二女逃跑途中遇见小杨过，李莫愁追至，小杨过施计将二人救走，不想李莫愁又随后追至，危难时黄药师赶到，救下二女,李莫愁使暗计掳 走陆无双。黄药师从李莫愁手中救下中毒的程英 郭靖带杨过上终南山学艺，杨过却心里惦念义父欧阳锋，并三番五次问及父亲死因，郭靖一怒之下掌击终南山下石碑，引得众道士误会围攻，杨过被道士鹿清笃抓住关进柴房,赵志敬己则率九十八人的七星大阵拦阻郭靖。鹿清笃欺负杨过，不想却被杨过捆绑在房内。 霍都去向小龙女求婚，没想到却遭小龙女所养的玉蜂袭击，李莫愁冷观一切，原来这正是她的阴谋。 郭靖说出杨过身世，并有意将其留在终南山修习，丘处机让赵志敬将杨过收在门下……
杨过不服赵志敬，杨过以自己的方式与其对抗,鹿清笃也报当日火烧之仇，屡屡刁难杨过，却次次被杨过戏弄。赵志敬只教杨过口诀，而不教其武功，小较之日，赵志敬让清文与杨过比试，杨过不会武功被打，情急之际，杨过使出欧阳锋曾教他的蛤蟆功，打伤鹿清笃逃走，众道追至，杨过逃入禁林，孙婆婆将杨过救到古墓中。 小龙女却不肯收留生人，孙婆婆将杨过送出，遇甄志丙带众道把守，双方交手，甄志丙将孙婆婆和杨过引进重阳宫，郝大通失手将孙婆婆打死，小龙女从天而降，郝大通败在小龙女手下欲自尽时被丘处机阻止，小龙女不是丘处机的对手，带杨过和孙婆婆回到古墓。小龙女将孙婆婆放入棺材，并向杨过讲述其它四具棺材……杨过一个人睡害怕，小龙女教杨过跟她一起睡，并将寒玉床让给他，杨过怕冷，在小龙女的诉责下杨过忍耐睡下……
小杨过给小龙女讲述自已的身世，得到小龙女的同情…… 丘处机看了清笃的伤确认是蛤蟆功所伤，丘处机决定去找小龙女要人。杨过偷跑下冰床被小龙女打，小龙女向杨过讲述冰床的好处和来历。丘处机和甄志丙求见小龙女无果，甄志丙劝丘处机先回，自己留等。杨过正式拜小龙女为师，成为古墓派弟子。小龙女将玉蜂浆给了甄志丙。 赵志敬因杨过之事徹消了首座弟子，派弟子清虚和清笃在禁林外等杨过，小龙女教杨过抓麻雀，杨过终于抓到三只麻雀，却烤了给小龙女吃，小龙女哭笑不得。小龙女要杨过出洞捉麻雀，杨过碰到清笃和清虚打了起来，杨过被众道士围上，小龙女救走杨过，杨过可以抓到八十一只麻雀，小龙女教杨过“天罗地网势”，练武中杨过长大。
小龙女告诉杨过他们古墓派最高武功乃是玉女心经，并讲述玉女心经的奥秘，杨过告诉小龙女全真教的口诀，可惜没有背全，杨过决定去重阳宫……杨过从清笃的嘴里套出全真教的口诀，杨过小龙女练全了全真剑法…… 杨过小龙女要练到玉女心经这一步了，玉女心经要二人敞开衣服修练，小龙女不知如何去练，杨过提意去那片鲜花坡赤臂练功……二人开始了修练玉女心经……练到最后一层的晚上,甄志丙思念小龙女时常在后山徘徊,这晚,赵志敬跟踪甄志丙戳穿其心事，二人打斗起来，打到杨过和小龙女练功之处，惊动了修练中的小龙女,小龙女受了严重内伤…… 赵志敬和甄志丙发誓不将此事外传，杨过带小龙女回到古墓，小龙女以为自己将死欲杀杨过，杨过逃走，杨过心念小龙女返回古墓，发现李莫愁和洪凌波正在要挟小龙女，杨过和小龙女躲过李莫愁
小龙女劝说杨过放下断龙石后离开古墓，杨过放下断龙石又回到古墓，与小龙女同生共死，小龙女大为感动 李莫愁将小龙女和杨过绑在水中折磨。杨过愿为小龙女死从而破了古墓的规矩，小龙女用玉女心经的功夫甩掉李莫愁，杨过将小龙女放在棺材里，二个发现棺材下的密室，小龙女和杨过在密室里找到出口，李莫愁追来逼问出口，杨过、小龙女、李莫愁、洪凌波找到出口处,从水道出来……杨过和小龙女在终南山上附近搭建房子，练习九阴真经武功 李莫愁回来发现陆无双偷走了五毒秘笈……
杨过和小龙女将九阴真经练完，杨过愿意一生一世陪着小龙女，小龙女却心中不安。欧阳锋来找杨过，点了小龙女的穴道。 甄志丙趁欧阳锋传杨过武功时，将小龙女奸污，这一切被跟踪来的赵志敬看到，欧 阳锋想不透《九阴真经》发疯而去。小龙女误认为与自己肌肤相亲的人是杨过，杨过却不明其意，小龙女伤心第一次离去。赵志敬抓住甄志丙的把柄要挟，杨过四处打听小龙女的下落，酒馆中，杨过听到小二和两个道士议论白衣少女以为是小龙女，第二天，杨过跟踪而至，才发现白衣少女不是小龙女而是陆无双，失望不已。杨过一旁看陆无双与几个乞丐打架，发现陆无双生气时像小龙女，于是杨过救走陆无双。
李莫愁看到韩乞丐肩上的弯刀，认出是陆无双的上前寻问，打伤几个道士……杨过在山洞里为陆无双接骨……杨过又思念起小龙女。 杨过答应送陆无双回江南，二人路上扮作新娘新郎躲过李莫愁，李莫愁返回发现陆无双的裙边，正要动手，陈乞丐前来报仇搅乱队伍，杨过和陆无双趁乱逃走。 杨过和陆无双住进客栈，李莫愁追来，挨个房间搜寻，程英引开李莫愁助杨过和陆无双逃走，杨过和陆无双躲进申志凡的房间扮作道士，躲避李莫愁，被窝里杨过亲了陆无双，开始明白小龙女对他的那份感情。小龙女被李莫愁和洪凌波跟上，李莫愁要玉女心经二人打了起来，小龙女不愿动手，用玉女心经里一招甩开李莫愁离去。 杨过送陆无双被李莫愁紧追，杨过灵机一动，趁夜到蒙古大营，威胁耶律楚材做他的侍从躲李莫愁…… 耶律楚材来到龙驹寨，杨过和陆无双准备向耶律楚材告别之际，完颜萍来刺杀耶律楚材被耶律齐打败，完颜萍要寻死被耶律齐救下，伤心离去。
杨过同情完颜萍身世，跟来教完其三招逼耶律齐出左手，耶律齐果然出手，完颜萍却含泪而去，杨过追完颜萍而走，陆无双随后。陆无双碰到李莫愁，程英来报陆无双被李莫愁抓走。杨过、完颜萍、程英、耶律齐、耶律燕饭店一起救下陆无双，郭芙和武家兄弟赶来吓走李莫愁，耶律齐、燕、萍谢过郭芙，程英露出真面目，陆无双二人相认，杨过独自离去。 杨过独自上华山，碰到洪七公，洪七公请杨过吃蜈蚣，杨过承诺守洪七公三天三夜。 三天三夜已过，杨过却不见洪七公醒来，杨过正要离去，欧阳锋突然出现和洪七公比起了内功……
雪崩中洪、欧二人打了三天三夜，筋疲力尽，杨过将二人分开，二人无力再打，决定拿杨过来比试，欧阳锋和洪七公分别教杨过打狗棒法和蛤蟆功……欧阳锋悟出打狗棒的最后一招，洪七公服了欧阳锋二人相拥，欧阳锋终于想起了自己的名字。洪七公和欧阳锋冰释前嫌相拥而死。杨过埋葬了洪七公和欧阳锋后下山 杨过救下瘦马，王十三等丐帮弟子告诉杨过郭靖夫妇要办英雄宴之事。甄志丙发现杨过来英雄宴，杨过见过郭靖。 杨过告诉郭靖郝大通杀死孙婆婆之事，郝大通气愤这下离去……
郭芙开始关心杨过，武兄弟被冷漠，杨过和郭芙、武家兄弟赛马，武家兄弟输给杨过被罚洗全庄的马匹。郭芙、杨过、武家兄弟偷看黄蓉教鲁有脚打狗棒法，杨过听到打狗棒的口诀，黄蓉和杨过谈心时，黄蓉腹中胎动杨过使内功相助，被黄蓉觉察。 英雄大会上黄蓉将丐帮帮主之位传给鲁有脚，选武林盟主众人推选洪七公，金轮国师带霍都前来捣乱……
金轮国师也要争选武林盟主，鲁有脚败在霍都手下，霍都要求和郭靖他们比武三场以决胜负，来定武林盟主。朱子柳和霍都比第一场，朱子柳教霍都写“笔”字。小龙女出现与杨过相见。朱子柳用一阳指和书法结合之下打败霍都，霍都用暗气伤了朱子柳，反败为胜，朱子柳的毛笔飞出打到了小龙女的衣服上，杨过找霍都出气和霍都打了起来，杨过使出打 狗棒法绊倒霍都，使霍都出尽了丑，杨过使打狗棒法打败霍都。 霍都不服，杨过又用小龙女教的玉女剑法和霍都比试，霍都认输，达尔巴冲上，被杨过打的一败涂地。 金轮国师不服，要小龙女接他三招，小龙女和金过招，杨过和郭靖相助，打败金轮国师。
郭靖向小龙女提出要将郭芙嫁给杨过。小龙女说自已要做杨过的妻子，遭众英雄反对，赵志敬向众人说出了终南山杨过和小龙女赤身露体之事，郭靖夫妇赶走杨过和小龙女。 郭芙因提婚之事没有面子，生气跑出城。 甄志丙、赵志敬在酒楼上碰见金轮国师，金轮国师看出赵志敬以后可以利用。郭芙跑来被金轮国师抓住，武家兄弟、黄蓉追来和金轮国师打了起来，黄蓉被金轮国师抓住，杨过和小龙女帮忙救出黄蓉，杨过、小龙女和金轮国师对打的时候误出了玉女心经的最后一招，全真教的剑法和玉女剑合用就能达到玉女心经最高境界，二人打败霍都、达尔巴，解药拿回，小龙女给霍都玉蜂桨。黄蓉告诉小龙女，她与杨过不能长相厮守……
小龙女为了杨过悄悄离去，杨过四处找小龙女却碰到金轮国师，金轮国师又抓到黄蓉，杨过再次救黄蓉、郭芙和武家兄弟。 杨过、黄蓉败下阵，程英来打伤金轮国师，给黄蓉疗伤，程英救下杨过为他疗伤，带杨过来到茅屋，杨过又见到陆无双。陆无双来镇上给杨过买药，被李莫愁发现了他的踪迹，陆无双回来后告诉程英，程英决定留下照顾杨过，布置土阵准备和李莫愁一战…… 程英和无双都将自己的半块锦帕送给杨过，杨过在危机之时将五毒秘笈还给李莫愁，又将手帕拿给李莫愁，杨过坦白了无双和程英的心事，二女真诚真对，众人僵持之时傻姑闯进……
黄药师赶来吓走李莫愁，黄药师感谢杨过救了黄蓉和郭芙，黄药师欣赏杨过。 黄药师要杨过拜他为师，杨过婉拒。 小龙女寻死飘到绝情谷口，被公孙止发现救下。 李莫愁用十六字激得黄药师无法出手，黄药师将弹指功、玉箫剑法传给杨过，并支持杨过和小龙女的婚姻，要杨过替他报十六字之辱，杨过写信被程英察觉离去之心，李莫愁回来打伤傻姑，傻姑拿剪刀挥舞，使杨过想出用剪刀对付李莫愁的拂尘。 杨过带着傻姑来到铁匠铺，碰到黄药师的徒弟冯默风
李莫愁说出有辱黄药师的话，冯默风气愤用烧红的拐杖和李莫愁打起来…… 李莫愁道袍被烧，杨过将程英给自己缝的衣服给李莫愁遮羞，李莫愁逃走。 杨过从傻姑嘴里得知其父之死与黄蓉郭靖有关，决心报仇，杨过跟踪达巴尔找到金轮国师，杨过为金疗伤，二人合谋杀郭靖夫妇。
公孙止向小龙女求婚，小龙女答应。 金轮国师带杨过来见四王爷忽必烈，杨答应留下，金轮国师想利用杨过杀了郭靖。 周伯通来绝情谷捣乱…… 忽必烈向杨过介绍潇湘子、尼摩星、尹克西、马光佐等四大高手，席间四高手和金轮国师暗中较劲，周伯通又来到蒙古包捣乱，正好赶上金轮国师一行人抢吃牛肉…… 杨过发现周伯通身上掉下小龙女的铃铛，跟着周伯通来的了绝情谷，金轮国师一行人为了抢功也都跟着追来。
公孙绿萼接待杨过等人，绿萼给杨过说情花用处，公孙止告诉他们因周伯通来捣乱婚期退后一天，周伯通又逃了出来和攀一翁、潇湘子比武，周打败他们，公孙止让周留下他偷走的东西，周脱光衣服耍赖趁机溜走。 杨过终于见到小龙女。可小龙女不认杨过，金轮国师几人愿意陪杨过参加明日的婚礼。杨过向公孙绿萼说出姑姑就是自己所爱，绿萼同情杨过答应帮他。 杨过和小龙女相会被公孙止发现，公孙止命攀一翁杀杨过，樊却被杨过三招之内剪掉胡子，寻死自尽……
杨过救下樊一翁，杨过死也要留在绝情谷陪小龙女，杨终于打动了小龙女，小龙女认了杨过，公孙止伪善的原形毕露，要和杨过决一死战。 杨过、小龙女在剑房发现‘‘君子淑女”剑。杨过小龙女和公孙止比武，小龙女动情时伤口痛，杨过为了照顾小龙女被公孙止打落剑，公孙止将杨过绑在情花丛中，让情花扎遍杨过身体。小龙女为了给杨过要解药被迫答应嫁给公孙止。
绿萼与杨过到书房偷解药，被公孙止发现，二人被其推下鳄鱼潭…… 绿萼和杨过在鳄鱼潭中勇斗鳄鱼，杨过给绿萼披衣服时发现自己衣服里的绝情丹和水道的地图，绿萼和杨过找出口时碰到裘千尺，母女相认。裘千尺向杨过和绿萼讲述公孙止将她害成这样的原委，公孙止向小龙女坦言他和爱妻的过去。
杨过等三人用枣树皮做绳攀上天坑，樊一翁发现杨过和他打了起来，裘千尺吐枣核将攀打倒，裘要杨过杀了樊一翁，杨过不忍，留下了樊一翁的命。裘千尺扮成裘千仞来到婚礼。 公孙止认出裘千尺，杨过将情花解药给了小龙女吃。 裘千仞帮助杨过破解公孙止的武功，裘千尺得知他大哥裘千仞是郭靖黄蓉所杀，公孙止大败逃走，裘千尺逼杨过娶绿萼，杨过不从、裘千尺要杨过杀了郭靖、黄蓉。
