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纸箱战机
2051年，自革新者事件已过了一年。即使经历苦恼、悲伤亦持续战斗将事件解决。因而大幅度成长的山野阪，以作为阿堤密斯冠军的身份参与LBX对战。但某日，全世界的LBX突然失控并开始攻击人们，神秘的恐怖活动组织“探測者”对全世界发出宣战公布。阪痛失爱机奥丁，好朋友亚美跟和也被发现者诱拐。同时与他的新同伴大空弘、花咲兰命中注定的相遇，再次为拯救世界而投身战斗。
距离展开惨烈战斗的变革者事件已过去一年。在时轨市游戏中心创下史无前例连胜纪录的少年·大空弘，却一直不太擅长操作作为奖品的LBX。
美空市的都市机能全被神秘的巨大组织·探测器夺走。坂、弘和拓也发现了自称山野博士助手的眼镜蛇及敌人的潜伏场所。那里，正是曾为探路者本部的美空市百货商店地下。
坂和弘总算了结了在旧探路者本部的战斗。并且判明，探测器利用搭载于LBX上的控制回路“M芯片”，能够自由操纵全世界的LBX。
被探测器带走的亚美与和也所前往的目的地判明是A国。受拓也指示出发前往A国，当地之行的第一站，是位于N市的次时代国际宇宙局“NICS”。
在A国降落的坂，等待着他的是与神秘少女的LBX对战。面对对方迅捷的攻击虽感惊讶但仍展开反击的厄尔西恩，但战斗被单方面中断，坂他们知晓了少女意外的真实身份。
刚以为阻止了N市的LBX暴走，列车又开始了暴走。弘和杰西卡竭尽全力试图让那辆列车停下来，但所有操作都已变得不可能。
乘坐新型通用调查艇达克穿梭机前往中国的坂他们。坂和金刚久别重逢，享受着LBX对战，而亲眼目睹这场高水平对战的弘和兰，则对与探测器的战斗绷紧了神经。
被探测器变为奴隶玩家的亚美，以冷酷的战法逼近坂和奥特克罗斯。为了让操纵LBX反叛的指令电脑恢复正常化，无论如何都必须打倒亚美。
对欧米茄达因关于LBX暴走事件与M芯片的报告书抱有疑问的拓也他们，前往了A国的L市。然而，在前往L市的坂他们那里，收到了埃及LBX正在暴走的紧急联络。
抵达埃及开罗的弘他们，在那里亲眼目睹了暴走LBX袭击街市的惨状。在奥特克罗斯对控制电脑的定位作业进展艰难时，弘他们前去阻止暴走LBX，但……
弘他们查明了导致开罗LBX暴走的控制电脑的位置，但被变为奴隶玩家的五条袭击了。在攻防之中，弘的脑海中闪过的是因LBX暴走而恐惧的少女身影。
离开欧米茄达因后，坂他们乘上的线性列车上，拓也的电脑出现了不明正体的LBX活动反应。从优也那里听说了强盗团“荒野徽章”传闻的坂和金刚，以及优也，为确认而前往。
判明探测器针对A国总统的暗杀计划，很可能是让暗杀者潜入LBX世界大赛阿尔特弥斯，并利用LBX来执行。坂与金刚、优也一同决心参加阿尔特弥斯。
在荒野德克萨斯连胜八场的兰，苦于无法熟练运用雷神的剑与盾对抗持有发射器的对手。最终兰以惯用的近战取得了胜利，但优也却逼近他，要求他遵守奥特克罗斯的规则。
终于迎来了荒野德克萨斯决赛。由弘、杰西卡、上届冠军比利争夺的决赛规则是大混战。从坂那里学到某件事的弘，加强了与珀尔修斯的羁绊，走向决赛的舞台。
在荒野德克萨斯获胜，获得LBX世界大赛“阿尔特弥斯”参赛权的弘，与坂他们一同前往阿罗哈罗阿岛。而在阿罗哈罗阿岛迎接坂他们的，是乡田和仙道。
为了锁定暗杀者，坂他们搜索着阿尔特弥斯的会场，但一直无法探测到被认为是暗杀者发出的特殊电波。进行演讲的和平纪念公园里，总统已抵达，拓也和八神加强了警戒。
谜之电波的发射源被确定，坂和弘下定决心让LBX潜入海中。此时出现了身份不明的LBX。根据奥特克罗斯的分析，判明这台LBX与总统暗杀计划有很大关联。
阻止了总统暗杀计划、确保了豺狼的坂他们，将精力集中在阿尔特弥斯上。接着，坂和弘报名的E区预选开始，两人坚定地发誓要在决赛中对战，并走向各自的赛场。
LBX世界大赛阿尔特弥斯的决赛阶段晋级队伍已决定。包括古城飞鸟、乡田·仙道队、坂和弘的队伍等共计6支队伍。决赛阶段，将是各队伍代表者参与的大混战形式。
