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改编自经典国产游戏《轩辕剑叁外传：天之痕》。陈国最后一个皇子陈靖仇（蒋劲夫 饰）不务正业游手好闲，他在遇到了北方挞拔族二公主拓跋玉儿（刘诗诗 饰）之后命运发生改变，为解救师傅陈辅（高雄 饰）和众陈国遗民被迫走上了寻找上古五神器报仇复国的道路。北周皇室后裔宇文拓（胡歌 饰）与陈靖仇命运相似性格却完全不同，在红颜知己宁珂（唐嫣 饰）的帮助下他化身为“剑痴”，与靖仇和玉儿一起寻找五神器，随后他们又遇到了女娲之女于小雪（古力娜扎 饰），挞拔族国君张烈（林更新 饰），6个人之间产生了复杂的感情纠葛。但是事情远不如他们想象中的简单，天之痕的出现使大家各具新的使命，谁才是真正的大地皇者？宁珂的真实身份到底是什么？
伏魔山鬼谷村鬼谷道当代盟主陈辅原本是陈国国师，在为陈国历代祖宗准备祭祀的时候，回忆起自己当年和陈国国君一起抵挡杨素评定叛乱时候的情景。当时的杨素只带来十几个人令陈辅十分不解，谁知杨素身边一位少年手拿上古神器轩辕剑于两军阵前杀敌，孤身一人竟然灭掉陈国数万军士，陈国国君也因此阵亡，临终嘱托陈辅要辅助幼主陈靖仇复国。陈辅谨守皇命，用自己的亲生儿子偷偷换掉陈靖仇欺骗过杨素，使陈靖仇逃过一劫，却牺牲了自己的儿子性命。而替杨素阵前杀敌的宇文拓却对杀戮生涯十分不满，却对杨素无可奈何，只因自己的生母在杨素手中掌握。陈靖仇长大后，成为陈国残余子民心中的希望，大家在鬼谷子巧妙机关下看到陈靖仇的勇武形象感觉十分欣慰。
陈靖仇在厨房练习使用法术，却见到挞拔玉儿驾车赶到。原来挞拔玉儿是来此地寻找昆仑镜的。陈靖仇与挞拔玉儿不期而遇，挞拔玉儿逼问陈靖仇关于昆仑镜的下落，谁知陈靖仇却在师傅陈辅设置的机关前求助，被二女识破双方打了起来。陈靖仇被挞拔玉儿和红红绑了起来，陈辅见到他们闯进了封印饕餮的阵地内，慌忙起身赶去阵法。陈靖仇利用自己所学法术烧断绳索，引来挞拔玉儿，可是红红却无意间碰触到铁链被吸到地底去，见到了饕餮。陈辅赶到了伏魔阵中，命令鬼谷四大弟子一起参加守卫，等到饕餮出关一举将其击毙，否则饕餮出去将会危害人间。陈辅命令陈靖仇带领陈国国民躲避起来，陈靖仇带着被绑着的挞拔玉儿来到山上。陈辅告诉鬼谷四弟子，饕餮出关意味着上古神器昆仑镜也即将面世，他们一定要趁机拿到。挞拔玉儿被陈靖仇解开绳索，她讽刺陈靖仇只会躲起来，她跑向伏魔阵里要去救红红，陈靖仇无奈只会跟着她来到伏魔阵地。挞拔玉儿担心几人伤了红红，出手伤了卯火，使伏魔阵无法继续下去。红红突然冲了出来，挞拔玉儿急忙上前观看，却发现红红的手臂上长满了鬃毛。
宇文拓带人来到洞穴，见到伏魔阵已经被破，急忙进入山洞寻找昆仑镜。果然昆仑镜就在洞内，宇文拓拿到昆仑镜只见镜中出现自己被陈靖仇砍断手臂的情景。宇文拓把交给手下命令他们送给杨素，自己则去找陈辅算账。陈靖仇和挞拔玉儿被隋兵围困，两人使出同心结威力突围出去。隋兵再次追赶到陈靖仇和挞拔玉儿，陈辅及时出现救出他们并吩咐挞拔玉儿带走陈靖仇。陈靖仇不听陈辅吩咐，执意用自己的方法去唤醒村民打败饕餮。陈靖仇见到陈辅腰上挂着几个吊坠，那是陈辅送给徒弟们的礼物，陈靖仇知道师兄几个都已经遇难，他心中更加难过，说服了挞拔玉儿跟他一起回去救大家。陈靖仇命令小胖把全村人都引来，到了影像室，陈靖仇播放出自己十八年来的窝囊形象，这些影像使村民们失去了希望，感觉复国无望的村民们大哭起来，两人急忙收集眼泪，等到99滴眼泪集齐，大家都已经恢复了神志。
宇文拓见到母亲后，假称已经杀死了杨坚和杨素，复国成功，告别母亲后宇文拓去见了隋朝的郡主，也是他最喜欢的女人独孤宁珂。独孤宁珂拿出刚刚得到的山海秘笈，山海秘笈里的书香告诉他们孤老的月河城里女娲娘娘的神像庙里藏着沉睡的于小雪，而于小雪的心就是女娲石。如果想要得到女娲石，就要真诚的获取于小雪的心而不能豪夺。书香带宇文拓和宁珂来到血泉并用血泉帮助宇文拓洗去身体里的罪恶，使宇文拓变成一个至真至纯的人，从此改名剑痴。而宇文拓的另一半魂魄则被收在宁珂那里，等到得到了女娲石，他又可以变回宇文拓。挞拔玉儿和红红一路兼程去找女娲石，她们的目的是找到女娲石救好姐姐挞拔月儿的腿。两人提起张烈，挞拔玉儿觉得十分不屑。陈靖仇在酒家吃饭却没钱付账，恰巧挞拔玉儿经过却假装不认识陈靖仇，陈靖仇上前借钱，两女都不肯帮他。陈靖仇情急之下把挞拔玉儿的蛊虫泼了出去，三人一起逃走却遇到妖怪，被赶来的剑痴救下。酒家说起月河城里闹妖，并有个叫西王的人被妖怪抓了去，西王府的人正在招贤纳士去月河城抓妖，几人急忙准备一起赶路去月河城。
独孤宁珂拿出刚刚得到的山海秘笈，山海秘笈里的书香告诉他们孤老的月河城里女娲娘娘的神像庙里藏着沉睡的于小雪，而于小雪的心就是女娲石。如果想要得到女娲石，就要真诚的获取于小雪的心而不能豪夺。书香带宇文拓和宁珂来到血泉并用血泉帮助宇文拓洗去身体里的罪恶，使宇文拓变成一个至真至纯的人，从此改名剑痴。而宇文拓的另一半魂魄则被收在宁珂那里，等到得到了女娲石，他又可以变回宇文拓。挞拔玉儿和红红一路兼程去找女娲石，她们的目的是找到女娲石救好姐姐挞拔月儿的腿。两人提起张烈，挞拔玉儿觉得十分不屑。陈靖仇在酒家吃饭却没钱付账，恰巧挞拔玉儿经过却假装不认识陈靖仇，陈靖仇上前借钱，两女都不肯帮他。陈靖仇情急之下把挞拔玉儿的蛊虫泼了出去，三人一起逃走却遇到妖怪，被赶来的剑痴救下。酒家说起月河城里闹妖，并有个叫西王的人被妖怪抓了去，西王府的人正在招贤纳士去月河城抓妖，几人急忙准备一起赶路去月河城。四人一行来到西王府应征，说起西王吕成志被抓，留下了一支箭，剑痴看出里面的信息。里面说出块去找马婆婆不然月河城永远不能苏醒。月河城将万劫不复，几人急忙答应去月河城杀妖。挞拔一族的大汗张烈出现，原来他也是一起去月河城捉妖的。张烈命令挞拔玉儿不要去月河城，挞拔玉儿出钱要陈靖仇配合自己。陈靖仇同意后，挞拔玉儿说出陈靖仇是他的相公，两人已经私定终身。张烈下令杀了陈靖仇，剑痴出手相救。张烈和剑痴动手打了起来，红红趁机分开了挞拔玉儿和陈靖仇，威胁挞拔玉儿不要继续动手。张烈和西王府的人商讨，张烈却不要他们立刻大军进城，以免引起杨广的疑心。张烈答应一定会救出吕成志。挞拔玉儿责怪红红出卖了自己，张烈赶来告诉挞拔玉儿收拾行李回到挞拔族人，因为挞拔月儿已经想念她。挞拔玉儿回想当年张烈为了做大汗而娶了挞拔月儿辜负了自己，张烈却说出当他解决了挞拔族的危难，就带着心爱的女人远走天边。张烈告诉挞拔玉儿女娲石只是个传说，它不一定能够治好挞拔月儿的腿和全族人的怪毛病，可是挞拔玉儿一定要去月河城找到女娲石。
月河城门大开，几人冲进了月河城，却见到十分美丽的景色。红红随便摘下一朵花，忽然花开了。红红却忽然不见了。剑痴说出花粉有毒，一定要先离开这里，张烈捡起花朵发现花粉有毒。张烈已经中毒，忽然见到幻境中出现玉儿的身影。张烈随即也被女妖抓走，可是几人却连妖女的摸样都没有见到。剑痴和陈靖仇带着玉儿离开花园，却见月河城死气沉沉丝毫没有人气。几人发现一座庙，却见门上刻着字，几人猜不透刻字的意义，却忽然女妖出现，剑痴立即上前与女妖打斗起来。忽然一名白发婆婆出现，口中喊着如烟劝说她回头是岸，可是女妖根本听不进劝说。婆婆打走如烟，带几人进了庙。几人说出他们是来找女娲石的，并且也是来救人的。剑痴问起为何月河城如此荒凉，马婆婆说出是因为最近女娃神灵显像引来无数的妖媚。陈靖仇拿出昆仑镜说出昆仑镜已经显示了女娲石的方位，问起为何马婆婆对如烟手下留情，马婆婆讲诉了如烟的故事。如烟原本是一名十分普通善良的女子，可是为了爱情她出卖了自己的灵魂，把月河城变成了人间地狱。原来月河城里的梦昙花是远近闻名的，多年来许多游人喜欢来此赏花。
几人分开去寻找女娲后人，剑痴又遇到如烟，两人又始打了起来，没想到如烟遇到个剑痴是马婆婆变身的。如烟失破后逃离，去追他们三人去了，陈靖仇他还在为打开门的事烦，没想到如烟这么快就来了。剑痴在对付如烟，而陈靖仇正在想办法打开门，想了好久还是没想到出，而自己随口说出十五，没想到自己的宝剑启动了其中的秘密。门打开了，可是玉儿却被如烟抓走了。如烟假冒玉儿在叫陈靖仇救自己。被剑痴失破，如烟看行不通于是就让玉儿活在梦里。玉儿在梦里一直叫陈靖仇救自己，她还看到张烈自己一直跟着他。陈靖仇还是放心不下玉儿，觉得自己一定要去救她，剑痴说自己去救他叫靖仇一直走下去找女娲后人。这时靖仇说自己根本不可能是大地皇者，所以自己还是去救玉儿。靖仇临走时还跟剑痴说假如自己真的回不来了，要他一定要去救他师父，告诉他靖仇不孝。
靖仇正被假玉儿迷惑时，还好真玉儿及时出现，这时两个玉儿打了起来，一旁的靖仇不知如何是好。分不出真假玉儿，靖仇告诉她们两个自己谁也不帮，还说怎么在梦里也这么痛苦。剑痴又遇到如烟，如烟告诉他刚才遇到这一切都是真的，剑痴不相信如烟所说。正当靖仇不知如何选择时，剑痴及出现杀了假玉儿，靖仇跑去抱着玉儿说自己不管那一个是真的，但是自己相信刚才玉儿所说那种爱情是幸福的。这时真玉儿说自己什么时候说过那样的话。靖仇说你连自己心中想的都不敢说，还不如那个假玉儿。剑痴把他们又带回了月河城。要破掉如烟的梦，梦中的如烟变的很善良温柔，其实她过的一点也不幸福，剑痴他们听完如烟所说这一切，觉得这一切都是因为吕承志，所以请如烟帮吕承志能清醒这个梦，如烟下不了手，叫承志快走，吕承志看到靖仇三人便叫士卫进来。
幻境中，靖仇和剑痴与女娲一起参与对抗天之痕的斗争。女娲决定把救世使命交托给靖仇和剑痴。她告诉他们获得女娲石的方法和唤醒小雪的仙咒。靖仇和剑痴一起唤醒了小雪，小雪醒来，认定陈靖仇为大地皇者。玉儿趁机用蛊封住靖仇、剑痴和马婆婆，欲强取女娲石未遂，愤而离去。马婆婆牺牲自己，借助小雪的力量，解救了整个月河城的人们。张烈梦醒，挞拔三人开始争夺女娲石……如烟和承志回归现实，如烟承认是自己的错误，承志却对她充满了感激，告诉如烟是她给了他最好的梦，二人释怀，如烟心结终于解开。剑痴回忆之前的梦，加上众人对自己门派的怀疑，开始对自己的身份疑惑不已。剑痴感觉到张烈会对小雪不利，跟靖仇试图看住小雪。
宁珂郡主看到剑痴迷上小雪，醋意大发，现身告诉剑痴他不可以喜欢上别人。挞拔三人兵分两路，设计绑走了小雪，靖仇和剑痴二人踏上了解救小雪的旅程。玉儿用迷香迷倒小雪，意图挖心取石，结果还是下不了手。玉儿说服张烈，决定带小雪回挞拔，让小雪自愿献出女娲石。靖仇和剑痴通过鸦风跟小雪取得了联系，得知小雪暂时安全并告诉她不要暴露鸦风的事，他们会很快赶上。靖仇思念小雪，半夜跟小雪通过鸦风聊天，正好被玉儿发现，小雪的鸦风被扔掉。玉儿追问张烈他心里是不是还有她，张烈却告诉她他很幸福，玉儿伤心不已。张烈利用鸦风把靖仇和剑痴二人引入迷石林。
晚上剑痴熟睡后陈靖仇偷出鸦风跟小雪联系，却被玉儿听到，玉儿生气的摔坏了鸦风。陈靖仇凭借鸦风摔坏前一刹那听到的声音辨别方向一路向北追踪，最后追到了迷石林。他们在迷石林的入口见到鸦风，陈靖仇准备飞身进入，剑痴拿起鸦风仍出去见到鸦风被震得粉碎。剑痴带着陈靖仇从地面走进迷石林，两人走了半天还是回到了原位。玉儿问起张烈为什么要把鸦风丢在迷石林入口，张烈回答就要让陈靖仇和剑痴他们上当。玉儿担心陈靖仇和张烈会死在迷石林，却嘴硬的不肯承认，却又担心不已。陈靖仇和剑痴在迷石林里跑了几个来回，发现总是回到最初的原点，他们知道这个石林里一定有蹊跷。忽然陈靖仇的宝剑十五再次飞了起来，剑痴要陈靖仇顺从十五的意思，十五竟然一下子飞进了石壁中去，剑痴看出石林是个幻境，他决定跟着十五走进石壁中去。果然两人顺利的进入石壁，陈靖仇和剑痴进去后立刻被张烈察觉。
剑痴首先醒来试图为小雪疗伤，可是由于他受伤严重丝毫提不起真气。最后剑痴再次昏倒。小雪醒来已经恢复些许体力，她为剑痴疗伤，剑痴恢复一些伤势后，小雪问剑痴为何可以不顾性命来保护她，这就是爱吗，剑痴回答他的感情不是爱情，而是其他的感情。陈靖仇被关在大牢里，红红带人去牢中拷问陈靖仇，陈靖仇假装跟小雪鸦风说话，红红逼问小雪下落，喂陈靖仇吃下毒蛊，整得陈靖仇死去活来。玉儿赶来阻止了红红，并用笛音控制住了蛊虫。剑痴醒来又感觉自己在梦中，忽然听到一种貌似钟声的声音，梦里的他双手沾满了鲜血杀人无数。剑痴在噩梦中惊醒，向小雪说出噩梦中的情景，小雪安慰他那只是梦。玉儿把陈靖仇放入炼妖壶中带出了大牢跑进厨房，她把炼妖壶放进为拓跋月儿熬的药中，逃了出去。红红追赶玉儿，陈靖仇被下人抬进了月儿的房间。张烈来到月儿的房间安慰月儿，月儿坐在轮椅上求张烈对玉儿不要太苛刻，张烈抱住哭泣的月儿，恰巧玉儿来到月儿房间寻找陈靖仇，看到张烈和月儿的恩爱情景心中受不了刺激跑了出去。
靖仇本想逃出炼妖壶，却意外发现挞拔月儿不是人，而是兔魔，挞拔的很多人都被兔魔吸走了精元。张烈突然来了，兔魔慌忙变成了人形，靖仇本想向张烈揭发皇后的真实身份，张烈不信把靖仇按了回去。兔魔来到后山药池与红红密谋嫁祸玉儿，让玉儿变成兔妖，做她的替罪羊。玉儿将靖仇带出了部落，让他赶快离开，靖仇告诉她挞拔月儿是兔魔变的，玉儿不相信，靖仇只好去找小雪和剑痴。剑痴和小雪找到了冰封的神农鼎，但是剑痴越接近神农鼎伤就越重，眼看性命难保，小雪决心用女娲石来救他。
靖仇本想去找剑痴，但是一直找到，在十五的带领下，靖仇发现了红红和兔魔的秘密，靖仇立刻去寻找找玉儿。玉儿醒后十分虚弱，向村民求救，但身体的变化将村民吓跑。靖仇又与张烈撞上，靖仇告诉张烈兔魔要袭击挞拔了，张烈不信要抓他，争斗间兔魔杀出，张烈答应跟靖仇一起去后山查看真相。靖仇找到玉儿以后一起去了后山，没想到是中了兔魔的计，玉儿被误认作兔魔，张烈失手打伤玉儿，靖仇带玉儿逃离躲进了冰渊，幸好遇到小雪和剑痴，但此时剑痴已经没有了知觉，靖仇用计骗走了兔魔，小雪治好了玉儿后，靖仇骗张烈到了后山药池准备拆穿兔魔的阴谋。
小雪帮助玉儿清毒，玉儿恢复正常。靖仇劝说张烈以及挞拔族人去后山药池寻找真相，张烈看到兔魔，众人与兔魔大战，红红趁乱绑走小雪让小雪救活她相公，被玉儿制止。兔魔被制服，道出真相。她原是千年兔精，当年被张烈从灰狼精爪下救下后爱上张烈。为了得到张烈，她将挞拔月儿的魂魄封在体内，利用挞拔月儿的真身，吸取挞拔族人的精元维持容貌。兔魔最终悔悟，将挞拔族人的精元释放归还，小雪帮助挞拔族人恢复正常，挞拔月儿也被救醒，挞拔族诅咒终解，挞拔大汉现身，神农鼎灵力解封。小雪把玉兔精带回广寒宫，玉兔劝小雪不要轻易动情，否则将会酿出灾祸。剑痴醒了，却突然变得疯疯癫癫，到处捣乱。挞拔月儿用银蚕巨蛊也无法帮助剑痴回复正常。剑痴体内只有三魂，众人只有七天时间赶回剑痴的出生地将七魄找回。张烈封靖仇为挞拔第一勇士，把神农鼎交给了靖仇。玉儿决定再次离开挞拔，帮助靖仇找到剑痴的家，却被张烈靖仇劝服留下。玉儿将白龙香车送给靖仇，二人借演戏为由，说出真心话，依依惜别。
最终，玉儿还是追上靖仇，与他一起上路。恶念元神出现异常，宁珂决定出宫收回宇文拓的三魂，救醒宇文拓。杨素前来探望宇文拓，宁珂假扮宇文拓却未能骗过张素。杨素到隋皇跟前，追问宇文拓的下落，宁珂说出宇文拓的真正下落，并透露宇文拓已经得到三大神器，隋皇将寻找五神器的重任交予宁珂，杨素怀恨于心。
剑痴给靖仇和玉儿算命，赌喝酒，结果把两个人都灌醉了，这时来了一个算命的道士，小雪请这个道士给大家算了一下命，但是没给靖仇算，说是时机未到，有缘的话再算，随后扬长而去。杨素暗中闯入郡主府抓了书香，抢走宇文拓七魄，宁珂回府被暗算元神回到了魔界，在魔君的帮助下宁珂死而复生并拿回了宇文拓的七魄。宁珂去找杨素算账，杨素只得暂时忍让，随后用妖术使书香叛主留在宁可身边。
宁珂找到了剑痴，准备将七魄融入体内，却发现没有成功，宁珂问书香怎么办，书香让她把剑痴引到轩辕剑冢才行。宁珂乔装成剑痴的师妹剑霜混入了四人之中，在宁珂的劝说下大家决定带剑痴回穹苍洞府，却不知都已中计。宁珂在穹苍洞府见到了杨素，暂时没有揭穿他，宁珂单独去见杨素，并现出真身警告杨素要安分，但是杨素为了得到轩辕剑与宁珂大打出手，杨素将宁珂困住夺走了轩辕剑。暂时清醒的书香将宁珂救出，并使计将轩辕剑再次夺走，宁珂继续乔装剑霜与众人逃离。
杨素拿到轩辕剑很开心，可是怎么也没想到，刚到手的轩辕剑就消失了，突然面前飞来许多剑，杨素也不知道怎么应付，在乱剑中挣脱着。原来剑法已经被书香改变，杨素得到的 不是轩辕剑。独孤宁珂将大家都救出来后，小雪给剑痴注入仙气。书香告诉独孤宁珂找到崆峒印就可以把宇文拓的魂魄汇聚起来。但是崆峒印在北海中心，那里环境险恶，宇文拓当年用轩辕剑 也难征服。为了得到崆峒印，独孤宁珂将利用友情骗取。小雪想知道剑痴心里的想法，于是潜入剑痴的内心。剑痴的内心不是完整的，缺了一块。九年。
老头问靖仇知不知道古月在哪里，靖仇不知道谁是古月。老头只好给他说古月的故事，原来古月是那女皇的情人，当年古月寻找着这个三界最美的美人鱼，两人成了彼此的最爱。 但后来，古月有秘密的行动要离开美人鱼，美人鱼从此独守此处上千年，古月还是没有回来。美人鱼为了让古月来找她，将老头关押在这九百九十九年。古月有天命在身不能离开 。靖仇为了逃出去，叫十五把钥匙取了回来，正当两人要离开时，老头告诉他们离开是不可能的，即使逃出去了也逃不出大海。崆峒印是古月当年送给女皇的定情物，为了拿到崆峒印，靖仇和玉儿请老头赐教方法，老头突然发现靖仇很像古月，于是把他变成古月的装扮。
