...
Phi·Brain 神之谜题
热爱解谜的私立路学园高一学生大门凯特，在偶然机遇下挑战了潜藏在学园近郊地下遗迹中的“不可解之谜”——那是由神秘智囊集团POG所制造的、招致生命危险的“贤者谜题”。被真相激怒的凯特漂亮地攻克了贤者谜题，意外地从中获得了“解答者”的资格。于是凯特与青梅竹马的野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一起，以存在于世界各地的“贤者谜题”为舞台，与POG展开解谜对决。
路学园高中部一年级生大门凯特，收到神秘出题者米诺陶洛斯的“贤者谜题”邀请函。那是解错可能丧命的危险谜题。无法坐视不理的凯特与野乃叶一同挑战沉睡在遗迹地下的巨大迷宫。
拥有“伽利略”称号的逆之上伽蒙出现在凯特面前。以“我的头脑是用来赚钱的”为信念的伽蒙，将凯特视为眼中钉，时时挑衅。凯特收到新的贤者谜题邀请，得知此事的伽蒙……
拥有“爱迪生”称号的天才中学生立方·G对凯特的才能产生兴趣，邀请他进行有益人类的共同研究。但只对谜题感兴趣的凯特充耳不闻。立方给他戴上了自己发明的“避谜护身符”。
应总司委托，凯特与拥有“达·芬奇”称号的安娜·格拉姆一起在风景画家家中解开贤者谜题。凯特不愿将他人卷入危险，却被我行我素的安娜牵着走。担心凯特和安娜单独行动的野乃叶……
在毕晓普带领下前往POG研究设施的凯特们。POG日本总负责人希望与凯特会面，但在设施中等待他们的却是三个谜题。解开后总负责人在前方等待，但出现的都是对自己意义深远的谜题，凯特感到违和。
凯特因俄耳甫斯腕轮的力量而情感失控，无法解谜。此时新的出题者“鬼之手姬”发来邀请，但凯特连简单的暗号也解不开而动摇。野乃叶鼓励他说“难受的话放弃谜题也没关系”。
野乃叶看到路幼儿园的搭野老师偷偷给凯特递信。立方和安娜起哄“是情书吧”，凯特没有否认。想知道信上内容的野乃叶觉得“这不像自己”，于是质问凯特。
受谜题王·天才奥寺邀请，凯特们来到即将重新开业的度假酒店“谜题度假酒店”。据说该酒店以经理祖父留下的贤者谜题为卖点。凯特与经理天才一同挑战庭园中的谜题。
学园祭开始了。野乃叶忙于社团摊位，安娜开个展，立方搞发明发表会，凯特和伽蒙参加“路先生选拔赛”。远离喧嚣的学园森林深处有一顶帐篷——那是POG出题者赫尔伯特设下的贤者谜题。
拥有“安托瓦内特”称号的偶像姬川艾蕾娜向凯特发起挑战。艾蕾娜奉赫尔伯特之命要连同伙伴一起排除凯特。她将伽蒙和野乃叶卷入，设下考验信赖的谜题。
凯特们受邀出演姬川艾蕾娜主演的特摄剧。但将谜题视为工具的艾蕾娜与凯特意见不合，再次进行谜题对决。凯特们协力解开艾蕾娜的谜题，但其中隐藏着赫尔伯特的陷阱。
与阔别九年的好友路克重逢的凯特，短期留学到英国名校克罗斯菲尔德学院。两人漫步于回忆之地，来到了曾遇见青年X的地下迷宫。那里有一扇以前没有的谜之门。
凯特在陷阱逼迫下不断攀登愚者之塔。途中发现消失的路克倒在地上。路克说要逃出塔就必须舍弃自己向塔顶前进，但凯特却……
立方收到暗号，那是来自POG的消息。立方对路克燃起斗志——要证明谁才配与凯特同行，于是前往废墟军事设施。在那里等待的是POG干部冯加，他出的运算谜题本是立方擅长的领域……
得知立方被POG袭击的凯特前往克罗斯菲尔德学院的研究设施寻找路克线索。安娜被神秘声音引导，来到凯特与路克的回忆之地巨石阵，那里有POG干部梅兹在等待。
为躲避POG追捕来到意大利的凯特们。立方和凯特无精打采，伽蒙、野乃叶、安娜乘贡多拉游览威尼斯。总司只身前往路克处，以国际象棋对局试探他的意图。
为解开种种谜团，凯特去见巴隆。但巴隆在凯特们赴英期间失踪了。此时凯特的手机上收到某人发来的新影像——那是当年凯特父母丧命的石舞台谜题所在地。
知晓凯特沉重过去的同伴们不再现身，天才露台一片寂静。担心的野乃叶去找立方和安娜，但两人都想与凯特保持距离。野乃叶说服伽蒙时，被叫来的凯特出现，伽蒙向他发出重大通告。
野乃叶去凯特家时美晴出现，她在找未归的伽蒙。攻入POG的伽蒙向冯加、梅兹、骰子男三干部展现了华丽的出题者身手。毕晓普为验证伽蒙是否真有出题者资质，以摩托竞速谜题与其对战。
伽蒙和凯特在立体谜题中对战。凯特确信胜利的瞬间，前所未有的感觉袭来——废墟、兜帽男子、倒下的伽蒙和立方……看到这不祥幻象的凯特剧烈动摇。
