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ファイ・ブレイン 神のパズル
故事发生在私立学院的解谜部之中，井藤野乃叶是解谜部的创始人，解谜部以解开世界各地难解之谜，参加全国高中生解密选手赛为目标活跃在校园之中。 个性阳光开朗，运动万能的大门界人、长相凶恶貌似不良少年的逆之上住门、外表十分可爱但内里却腹黑至极的丘比克、学生会会长轴川总司，在解谜部中汇聚了各路高智商大神，其中，大门界人的出色表现吸引了神秘智慧集团POG的关注，他们通过暗中操纵，使得大门界人一行人开始挑战一个名为“贤者之谜”的危险游戏。
为找回真方仁失去的记忆，凯特们踏上追寻谜题的旅程。途中，在与仁相遇过的教堂地下迷宫中，凯特遇到了名为莱赛尔的少女。她似乎知道仁的事情。
凯特在莱赛尔的谜题中苦战，若找不到正确答案，野乃叶和路克也将被卷入崩坏。与此同时，伽蒙、立方、安娜遭到大师脑之一袭击，必须在10分钟内解开致命谜题。
莱赛尔转入路学园。面对伽蒙的追问，她只说“想知道凯特能否恢复仁的记忆”。同时，学园中目击到仁的奇怪行为，伽蒙与凯特发生争执。仁竟直接向凯特发起谜题对决！
带仁出来野餐的凯特和野乃叶面前，莱赛尔现身。凯特主张仁教会了谜题的乐趣，而莱赛尔称仁憎恨谜题，两人争论不休。立方代替凯特挑战瞄准凯特的博士·提奥雷姆。
路克调查了仁与莱赛尔旅行的“空白的一年”，他想起仁曾说过“谜题是锁，谜题是镜”。面对断言那意为“映射出不想看到的自己”的莱赛尔，路克拿出一个谜题。
莱赛尔被邀请参加欢迎会，与大家一起度过时光。她起初怀疑有阴谋，但因仁的胸针而露出真心笑容。另一方面，大师脑破坏者的作战正在稳步进行。
得知自己曾制作愚者谜题而受打击的仁，凯特用仁过去教自己的谜题鼓励他。仁决心恢复记忆以证明自己与大师脑无关。弗里塞尔在英国被新的大师脑追赶。
凯特们接受晚宴邀请，希望与梅兰科莉和解的弗里塞尔试图搭话却被搪塞过去。在皮诺克尔陪同下被带到卧室的弗里塞尔，看到的是——
谜题的相关情报收集困难时，凯特们却突然被谜题本人邀请。谜题讲述了仁与莱赛尔的“空白的一年”，以及仁托付给自己的使命。仁的记忆又恢复了一些。
凯特们挑战莱赛尔设下的谜题，追寻消失的仁。凭借照片线索抵达美国某机场，却因误会与一对兄妹发生纠纷。哥哥乔为了妹妹放弃了职业球员的梦想，继承了父亲的工作。
立方和安娜来到伊瓜苏瀑布与凯特们会合，但凯特们因天气滞留机场。在熟悉当地情况的蕾吉娜带领下，立方们前往目击到莱赛尔和仁的地方，在那里看到的是……
凯特们来到秘鲁，在古老遗迹中发现谜题，等待他们的竟是赫尔伯特·穆勒！赫尔伯特设下天平谜题。凯特看到矛盾的答案后独自露出笑容——
莱赛尔在玛雅金字塔中设下以仁为赌注的迷宫。凯特们谨慎前进，但迷宫却异常简单。莱赛尔问凯特：“你有接受仁的真相的觉悟吗？”
路克和弗里塞尔为拯救凯特等人，挑战莱赛尔在埃及金字塔中设下的迷宫。两人识破墙壁攻略法走最短路线，却在中途陷入僵局。被逼入绝境的弗里塞尔一句话让两人采取了某个行动。
凯特等人被巴隆叫到曾是POG训练设施的孤岛。巴隆讲述了为挑战神之谜题而人生被摆布的拉芙什卡的悲剧，以及爱她的谜题出题者的故事。随后出现在凯特们面前的是！？
莱赛尔承认自己被谜题利用，并承认凯特所信的仁才是真实的。走投无路的她向凯特提出以“杀戮竞技场”决胜负，但注视战斗的仁身体却发生了异变。
自称俄耳甫斯的男子出现，凯特等人看到了世界毁灭的未来。凯特还体验了莱赛尔死亡的“不同过去”。路克和弗里塞尔讲述了古代天才俄耳甫斯与神之谜题的真相。
俄耳甫斯让凯特等人看到过去的幻象——如果幼年凯特救了父母，如果弗里塞尔的母亲没有戴戒指……接受俄耳甫斯就能改变过去，凯特和弗里塞尔逐渐被吸引。
伽蒙和艾蕾娜抵达阿姆吉涅，却被俄耳甫斯扔进贤者谜题。艾蕾娜表示要将性命托付给伽蒙，见证他的觉悟。两人的谜题时刻开始了。
莱赛尔为解放仁而决心成为俄耳甫斯的容器，挑战超空间中的贤者谜题。她意识到自己成为脑力者、改变仁的人生就能拯救他，但过去影像却出现在她面前……
