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遥远星际
第二季中，约翰・克莱顿与 “莫亚” 号智能飞船的船员们依旧忙得不可开交，彼此间的猜忌也丝毫未减。克莱顿掌握着一份隐秘信息，而他的新宿敌斯科皮厄斯正不惜一切代价想要将其夺走。
克莱顿、艾瑞琳与达戈被困在一片小行星带中，斯科皮厄斯则在四处搜寻他们的踪迹。三人能否安全脱险，全取决于克雷斯 —— 此时他正驾驶着 “塔林”在附近区域。为换取同伴的性命，艾瑞琳将自己唯一能提供的帮助付诸行动：教克雷斯如何操控这艘年轻的 “利维坦”。当 “莫亚” 号返回小行星带寻找自己的幼体时，克莱顿决定剥夺克雷斯对塔林的操控权。而这一切，恰好让斯科皮厄斯终于找到了发起攻击的绝佳时机。
达戈参与了一场神圣仪式，这场仪式旨在帮助一位年长的卢克桑人 —— 奥里坎族人存活下去。仪式进行期间，这位奥里坎族人试图从她认定的 “达戈” 身上汲取能量，然而实际上她汲取的对象却是莫亚。结果，莫亚开始迅速衰老。
琪安娜离开了莫亚，前往一颗被称为 “坟墓星球” 的行星。这颗星球上居住着一群不计后果的刺激追求者，他们沉迷于各种危险且危及生命的游戏。
船员们从一颗贸易星球返回，带回了一批 “饼干”，还带回了一个性格温顺的外星人名叫特拉尔蒂克斯。这个外星人承诺，他能改造莫亚的电磁系统，让莫亚变得无法被追踪。克莱顿对此充满怀疑 —— 这件事听起来好得不像真的。当他们穿越一片脉冲星群时，一种强烈的偏执情绪开始影响全体船员，使他们变得暴躁易怒，甚至互相攻击。克莱顿必须对抗自己内心的偏执妄想，查明特拉尔蒂克斯真正在做什么，以及如何阻止他。
一盘数据摄像机录像带被发现，画面显示艾瑞曾是 “和平卫士” 行刑队的一员 —— 正是这支行刑队处决了莫亚上一任的派洛特。其他船员都要求艾瑞给出解释，但她却不愿再提及自己的过去，尤其是不愿谈起她与维洛雷克的关联 —— 维洛雷克正是当年奉命强行将新派洛特与莫亚绑定的人。而现任的二号派洛特则拒绝与船员沟通，他不愿承认自己在 “成为莫亚引导者” 这一迷雾重重的过程中，其实也牵涉其中、难辞其咎。
马尔杜斯再次归来折磨船员，他哄骗众人相信自己的同伴已经丧命。随后，这位邪恶巫师将船员们一个个拖入了他的领域。
由于莫亚上的食物耗尽，琪安娜带领众人前往一处废弃的 “布东”—— 她曾在那里工作过。
在运输舱内等待莫亚前来接应时，扎恩向克莱顿讲述了他不在期间，自己被指控犯有谋杀罪并接受审判的经历。
一艘外星飞船向莫亚发射了武器。尽管能量护盾已启动，但部分冲击波仍穿透了护盾，导致所有人的意识都转移到了其他人的身体里。
一个奇特的球体出现在莫亚上，它将克莱顿吸入其中，并对他进行了复制 —— 最终多出了两个人。一个是退化后的 “穴居人” 形态，另一个则拥有更强的心智能力。
莫亚抵达了一颗特殊的行星 —— 这里的居民通过亲吻来测试彼此的基因兼容性。克莱顿与一位公主亲吻后，发现自己的 DNA 与她完美匹配。如今，他必须迎娶这位公主，两人将共同统治这个星球。
卡特拉拉公主的母亲找来斯科皮厄斯，并向克莱顿施压：若他不肯娶自己的女儿，就会把他交给斯科皮厄斯。与此同时，克拉沃王子暗中策划刺杀克莱顿 —— 这样一来，他就能取代妹妹，成为王位的继承者
婚后，克莱顿与卡特拉拉被冻成了 “活雕像”—— 这样他们就能在未来八十个周期内，守护当前执政的政府。然而刚被冻结，克拉沃与斯卡兰族使者就再次策划了刺杀行动，且成功砍下了克莱顿的头颅。此时，船员们必须一边营救约翰与琪安娜，一边躲避斯科皮厄斯的追捕。
船员们将一名外星追踪者带上了莫亚，目的是清除一批藏在货物中偷偷登船的生物。
斯科皮厄斯克隆体将约翰送入一个梦境世界，目的是阻止斯卡兰族获取任何关于虫洞的知识。
一场时间扭曲将艾瑞与约翰困在了一颗行星的地表。在那里，他们度过了完整的余生；而与此同时，滞留在轨道上的莫亚却只经历了短短几个小时。另一边，斯塔克回到飞船，带来了关于达戈儿子的消息。
克雷斯与泰伦回归了。然而船员们却因泰伦对一艘外星飞船发起的攻击，被送上了审判席。
一群 （内巴里人）登上了莫亚，并试图用一种药物对所有人进行 “意识净化”。派洛特与莱格尔是仅有的两个能抵抗药物效果的人。此外，克莱顿也未受影响 —— 这要归功于斯科皮厄斯的神经克隆体。
斯塔克回到莫亚，带来了一个计划：抢劫一处 “暗影宝库”，用抢来的钱买下一群奴隶 —— 其中就有达戈的儿子乔西。然而，达戈却决定独自行动实施抢劫。如今，船员们不仅要找回所需的钱，还必须将达戈救回来。
在达戈来得及行动之前，斯科皮厄斯就买下了那群奴隶 —— 达戈的儿子乔西也在其中。船员中的一部分人离开莫亚，前去寻找雇佣兵，以营救乔西。与此同时，回到莫亚上，此前抢来的钱竟变成了会啃食金属的蜘蛛，这些蜘蛛开始吞噬莫亚的船体。
