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薄桜鬼
主人公雪村千鹤,是在江户长大的兰学医者(即西医)的女儿。父亲纲道原本应该是与女儿分开后在京都工作的。因为联络不上父亲而担心的千鹤前往京都探访。千鹤在那里所看见的是,与饥渴地寻求鲜血的妖怪所战斗并制伏他们的新选组的队士们……千鹤与新选组结下了奇妙缘分，在搜索失踪父亲的主人公面前，出现了神秘的刺客们，逐渐明朗化地新选组的秘密——罗刹的存在。在狂暴的时代中，胸中挥舞着理想与信念之刃的男人们，在幕末争斗的背后,新选组与黑暗的战斗也拉开了序幕……
母亲因病而亡的武士之后龙之介失去了生活的信念，在他四处彷徨时，被要上京的尊王攘夷派浪士打劫而身无分文。因为没有食物和钱财，就在龙之介快饿死时，被前往京都路上的芹泽鸭救起，并被带回刚成立的新选组（土方等人刚刚上京），依次遇见了新选组众人。厌恶武士这一职业的龙之介本打算道谢后就离开，却被以其应报恩为由半强制地被芹泽收为小厮帮忙跑腿，留在新选组。同时新选组内部面临重重危机，芹泽与土方、近藤等人的矛盾与日俱增。
斋藤来到了京城，回到了昔日武道馆的同伴身边。土方命新八等人前去街上巡逻（还未得到藩的同意），在街上遇见了为人打抱不平却实际上连剑都不会拔的龙之介，众人赶跑了仗着武士之威欺负平民的浪人。另一方面，为了迎接家茂公入阁，土方等人前去护卫（实际上并非真正的护卫，几乎只是围观），但仅仅如此已让近藤等人雀跃不已，新的未来仿佛就在眼前。
新八与斋藤遭遇非法浪人，经历一番激战后满身浴血地回到了组里。众人分析了时局的不利性。不久之后会津藩收新选组于其羽翼之下，使众人得以堂堂正正上街巡逻。芹泽提出大家一起去花街庆祝，龙之介由此邂逅了言语颇为激烈、刺激了芹泽的艺伎小玲，龙之介挺身保护小玲。另一方面，土方制定了新选组的法令，内容极其明确，意图在于限制芹泽等人的肆意行为。
由于上京以来总司的情绪问题，土方勒令其离开新选组回去。本集讲述了总司小时候被姐姐送到新选组并成长起来的故事。殿内向芹泽表忠，有意表示对近藤非武士出身的嫌恶，却被芹泽捅给了总司。晚间，殿内被总司斩杀。
芹泽以收取保护费的方式为新选组筹钱，再次引来土方等人的不满。龙之介再次巧遇小玲。另一方面，会津中将准备接见新选组，并观摩组里的比武。众人以此为展示实力的好时机，最终赢得了中将的赞赏。
为解决组里人手不足（实际上是幕府的命令），芹泽提出了利用雪村纲道的变若水。组里的第一次实验开始了，众人都亲眼目睹了变若水的可怕与不可控制性。另一方面，芹泽与总司在大阪时与空手力士的打斗演变成了一场乱斗。
土方与芹泽就大阪的乱斗争吵一番。芹泽身边的新见积极地接触雪村，进行更进一步的变若水实验，并以街上抓来的不法浪人为实验对象，结果自然又引发了一场骚乱。
关于罗刹的骚乱不断困扰着新选组。龙之介接受了斋藤的建议，开始由其教授剑法。另一方面，街上开始出现打着新选组旗号打劫钱财的浪人，由于人数众多，土方与山南等人搏斗时力不从心，最终使他们逃脱。
龙之介被山崎指责没有目标、得过且过地混日子，既没有武士的样子却留在新选组不走。芹泽再次在花街惹出麻烦，人们开始畏惧新选组。变若水的实验对象换成了偷了芹泽东西的组内成员，罗刹又一次窜入市井街道。
芹泽烧毁了做非法生意的黑店，不明真相的众人皆以新选组为恶。随着清晨的一声炮响，国内动乱的格局似乎一触即发。新选组接到命令前去护驾，在不为军队所认可的两难境地中，芹泽显示出了异常的胆魄。由于此次护驾的优秀表现，新选组被授予“新撰组”的名号。
近藤劝说芹泽先生隐退（迫于会津藩对芹泽表现的不满），表明自己一定会壮大组织。龙之介偶然得知芹泽不久于人世。另一边，新见携带着效果开始稳定的变若水出逃，准备卖出变若水，被闻讯赶来的土方等人斩杀。
会津藩下达了除掉芹泽的命令。土方和近藤决定集合众人之力杀死芹泽。龙之介得知此事，却来不及告诉大家芹泽的身体问题。最终芹泽被杀，众人也决定杀死逃跑的龙之介。然而被总司找到的龙之介，展现出了与最初截然不同的求生欲，最终被总司推进河里故意放跑。从此，新选组在黑暗之后迎来了黎明，而变若水的研究转由山南进行。
