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夏之岚
利用暑期时间住在乡下祖父家中的八坂一，有天在一家咖啡馆“方舟”里遇到女服务员岚山小夜子并一见钟情。岚似乎拥有某种超能力，在岚的手触到八坂一的一瞬间，2人之间就像发生了电击一般相通。岚惊喜之下拉着阿一向外奔，到了后山时阿一发现展现在眼前的风景并非是现代的日本……。原来岚是来自60年前的幽灵，她拥有穿越时空的能力，但必须与“相通之人”——即阿一握手才能发动。两人在怀旧咖啡馆“方舟”中，与女扮男装的上贺茂润、同样拥有穿越时空能力的德国少女可雅、一直追随着岚的墨镜男村田英雄、痴情倔强的山崎加奈子以及身世神秘的少女伏见弥生等角色相遇，围绕奇幻冒险与日常互动展开主线。
某个夏日。中学一年级学生八坂一，作为学校的自由研究制作了草莓炸弹。这个草莓炸弹外表看起来和草莓一模一样，但实际上里面塞满了会爆开的糖果和大量的一味辣椒、山椒、胡椒，以及芥末和辣椒粉，是个了不得的东西。阿一打算把这个草莓炸弹藏在草莓奶油蛋糕里，让平时觉得不爽的叫做山代的男生吃下去。但阿一离开的一瞬间，藏了草莓炸弹的蛋糕被某人拿走了……
为了在祖父家度过暑假而来到乡下的中学一年级少年八坂一。迷路后困扰不已的他，进入咖啡馆方舟休息。在那里对做女服务员的年长女孩“岚”一见钟情。他偶然坐在旁边的当地中学生上贺茂润面前，热情地讲述岚的出色之处，这时店里来了一个戴着墨镜的可怕男人。自称私家侦探的墨镜男说“有家人在找她”，想强行带走岚。
被岚带着亲眼目睹了过去世界的阿一，仍然没有跨越时间的实感，对她自称是幽灵的话也半信半疑。偶然和润一起在方舟打工，但工作中也一直在意着岚。这样的阿一被润忠告说“素不相识的人突然说要寄住，太奇怪了。女人都是有内幕的，要小心”，反而让阿一更加在意岚了。
岚只要和相性合的人“相通”，就能借用那股力量跳跃时间。知道了岚的这个秘密、发誓要成为她力量的阿一，却仍然无法相信她是幽灵。某天，阿一他们决定协助一群学生拍摄一部以黑发女孩为主角的独立电影。和岚一起去拍摄地点大仓山高等女子学校踩点的阿一和润，在那里被展示了一张战时拍摄的照片。照片上拍着岚和一个叫卡雅的金发少女。
卡雅是60年前岚的朋友。她和岚一样拥有时间跳跃的能力，来到了现代。重逢后的她，和岚一样在咖啡馆方舟做女服务员。阿一看到与岚不同、充满沉着成熟魅力的卡雅在方舟工作的样子，很是兴奋，但润因为被阿一看到了换衣服，心情很不好。这时，润被牛奶从头浇到脚，不得不换衣服。换上主人准备的衣服的润。那件衣服是！？
润总是用冷淡的眼神看待女性，与人保持着一定的距离。卡雅对不愿被人触碰的润说“明明是男人却这么没出息”，强行握住她的手，把她拉向自己。下一个瞬间，相握的手中闪过一道光，两人时间跳到了昭和20年的咖啡馆方舟。卡雅发现，要和自己“相通”穿越时空，必须满足某个条件，因此注意到了润一直隐藏的秘密。
润其实是女扮男装的女孩。她被卡雅问道“你打算一直瞒着大家自己是女孩的事吗？”，无言以对。此时，岚和阿一在方舟门前用抹布当球、勺子当球棒打棒球。阿一朝着岚投出浑身的一球，岚漂亮地打了回去。但球势太猛，打坏了方舟屋顶上的风向鸡。那只风向鸡从战前就一直安装在方舟屋顶上，对岚和卡雅来说是充满回忆的东西。
去买西瓜的阿一和润，在回来的路上在神社的台阶上休息。在那里发现了一台果汁自动售货机，但手头只有120日元，只能买一瓶。阿一想分着喝，但润在意会和阿一间接接吻，不肯喝。然而阿一误以为她是在客气，硬要让她喝，润拼命抵抗。推搡之中，两人一起从台阶上滚了下去。幸好没有大伤，爬起来的阿一和润却发现彼此的身心竟然互换了，大受冲击。
方舟的主人拜托阿一他们一件事。委托内容是，希望他们用时间跳跃回到过去，让过期的鲭鱼刺身变得还能吃。卡雅说不可能拒绝了，但主人似乎对鲭鱼刺身念念不忘，怎么也不肯放弃。润劝说就算能去过去也不是什么都能做到。这时，阿一忽然产生了一个疑问。那个疑问是，如果他们在过去做了什么，历史本身并不会改变，而是他们跳到了另一个世界，不是吗？
结束方舟的打工踏上归途的岚和阿一面前，出现了一个叫山崎加奈子的女人。加奈子竟然将手刺入岚的胸口，开始吸取她体内的能量。想要救岚的阿一，被眼前指着的弩弓逼得动弹不得。但看到被加奈子吸取能量、越来越虚弱的岚，阿一忍不住不顾自身危险扑向加奈子。加奈子用冷酷的眼神毫不犹豫地扣下了弩弓的扳机。弩箭逼近阿一！在这绝体绝命的危机中救了他的，竟然是墨镜男。
为了拯救被夺走力量而陷入昏睡状态的岚，阿一和墨镜男潜入了加奈子居住的宅邸。但被加奈子发现并遭到攻击。在躲避加奈子的刀时，阿一触碰到了与加奈子同居的少女弥生，与她相通后，时间跳到了战时。到达镇外山丘的阿一和弥生，遇到了当时的加奈子。这时美军飞机逼近，向他们发动了攻击！
加奈子和弥生将维持存在所需的能量还给了岚，岚醒了过来。另一方面，将能量还给岚的两人身影急剧变淡，眼看就要消失了。看到这一幕的阿一等人慌了，但加奈子和弥生为夺走岚的力量而道歉，并接受消失是夺走岚力量的惩罚，坦然接受自己的命运。然而岚和卡雅分别握住阿一和润的手，将存在之力分给加奈子和弥生，两人的身影转眼间就恢复了。
某个夏日早晨。岚来叫阿一起床，阿一向她解释自己作为学校自由研究制作的樱桃炸弹。但在前往方舟的路上，岚提议说不要叫炸弹了，改名叫“可爱樱桃酱”吧。阿一觉得太丢脸不愿意，但最终还是被岚说服改了名。到了方舟，阿一把“可爱樱桃酱”放在小碟子上，对完美的成品很满意。这时不知从哪里传来一个女人的声音：“赤木圭一郎啊！”听到声音的阿一和其他人一起走出方舟想去看赤木圭一郎，但是……
