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绯色的碎片
时值树木变红的季节。普通高中生宇贺谷珠纪因父母去海外工作，搬到祖母家居住。珠纪来到被大自然环绕的岐阜村。童年的记忆指引她走向祖母家，但她立刻遭到妖怪袭击。救她的是脾气不好的少年鬼崎拓马。
从祖母静希那里，珠纪继承了玉依公主的身份，保护鬼斩丸。珠纪感到困惑，但被守护者鬼崎拓马、鸦取真寻、小村雄一、近江道包围，他们保护玉依公主。珠纪试图弄清玉依公主是什么，鬼斩丸是什么。
在珠纪快要摔倒时接住她的人，是守护五家第五位成员犬养新二。尽管重逢令人高兴，珠纪却觉得拓马等人不欢迎他很奇怪。同时，五位守护者出发去巡逻封印鬼斩丸的五件神器。珠纪开始担心，突然头痛起来。
珠纪和守护者们讨论之前看到的人们，雄一评论说他们的名字是德语中1到4的数字，他们发现每当珠纪头痛就表示有人试图突破封印结界。众人决定去大宫先生那里询问神器的事，菲奥娜打断他们问为什么在那里，拓马盯着她，似乎对她起疑，她离开时也回盯着他...
谜之少女阿莉娅率领的“Logos”组织成功解开了第一道封印，珠纪与守护五家未能阻止此事。祖母静纪却若无其事地催促珠纪作为玉依姬觉醒。珠纪因自己无法觉醒而深感苦恼...
珠纪和守护者们为保护第二封印，开始了与Logos的第二次战斗。
在败给Logos和第二封印后，珠纪因为帮不上守护者们的忙而消沉。当芦屋采取行动帮助守护者时，艾莉亚和维尔开始质疑三对Logos的忠诚。
珠纪决定接受芦屋的协助，守护者们很不赞成。在翻阅档案时，珠纪听到了可能有所帮助的声音。真寻揭示了关于Logos的秘密，他为了珠纪的祖母而向所有人隐瞒。
在仓库读书时，珠纪发现了可能帮助守护者的关键信息。同时，三在被软禁期间找到了袭击珠纪的方法，却被菲奥娜阻止，而菲奥娜的真实身份是维尔。
艾莉亚惩罚了一、二、三后，计划因三违抗她而将其监禁。同时，守护者们都决定和珠纪住在一起保护她。
艾莉亚和维尔发现上司们举止奇怪。同时，珠纪等人继续研究玉依公主的历史，发现了关于真寻血统的重要信息以及拓马出身的真相。
珠纪和守护者们准备为保护最后两件神器不被Logos夺走而战斗。
珠纪和守护者们为了不让Logos得到封印鬼斩丸的刀，拼尽全力战斗，做好了最坏的打算。珠纪作为玉依公主觉醒，从拓马自身中救了他。这反过来帮助拓马控制了刀的力量。深受打击的艾莉亚和Logos离开了。
