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ゾイドジェネシス
在Zi行星有一群被称为机兽的金属生物体，有些拥有惊人战斗力，但它们必需得到由特别发电机产生的红色凝胶才可运作。该行星在古代曾经存在超高科技文明，却发生了一场被称为“众神之怒”的大灾难，当时有一部份人类逃到天空上，建立了天空之都。残留在地上的人类失传了那些超高科技，经过许多世代后，古代的事件和天空中的人变成了传说，现在人们找到的机兽就是古代文明的遗物。
少年路吉·法米伦正在协助父亲从湖底打捞一架索斯兽，此时他所在的村庄遭到银色“生物索斯兽”的攻击。没有村民能够驾驶这架被打捞出来的索斯兽，直到路吉无意中掉进了驾驶舱并激活了它。他将这架索斯兽命名为“村雨狮虎”，并借此击退了入侵者。
雄鹿拉格和剑狼出现，协助路吉击败了入侵的生物索斯兽并扑灭了村庄的大火。两架索斯兽的驾驶员自称蕾·咪伊和拉·坎，他们解释说生物索斯兽的目标是村庄的发电机。当生物索斯兽再次来袭时，咪伊和拉·坎丧失了行动能力，只剩下路吉独自战斗。
路吉险些被压碎，但村雨狮虎自行防御反击。受到鼓舞的路吉发起了反击，最终彻底击退了生物索斯兽。然而，在战斗中，村庄的发电机受损并停止了运作。路吉、咪伊和拉·坎离开村庄，出发寻找能够修理发电机的技师。
一行人抵达了一个商业城市。当咪伊和拉·坎前去侦察时，路吉独自驾驶村雨狮虎进入城中，希望能找到发电机修理工。一个叫琴奈的女孩请他吃了午饭，而当他离开索斯兽时，它被一伙盗贼偷走了。琴奈透露她早就计划用狮虎作为诱饵来抓这些盗贼。他们用琴奈的鸟型索斯兽彩虹杰尔克追上了盗贼团伙，夺回了村雨狮虎。
路吉继续寻找发电机修理匠，途中再次遇到了琴奈。琴奈的朋友加拉加一直对她纠缠不休，所以她请求路吉假装是她的未婚夫来让他知难而退。加拉加向路吉发起索斯兽对决，以赢得琴奈的爱。路吉与加拉加的致命金刚战斗，但拉·坎中断了这场战斗。
加拉加被揭露是一个反迪加鲁特游击组织的领袖。当他的朋友们遭到迪加鲁特迅猛龙攻击时，加拉加请求路吉等人帮助他们防御。团队击退了来袭的生物索斯兽，但咪伊预见到这仅仅是个开始。
迅猛龙对加拉加的基地发动了另一次攻击。叛军计划设下陷阱击败迪加鲁特部队，但他们的计划却被反噬了。琴奈成功疏散了叛军，但路吉等人被包围并困在了藏身处。村雨狮虎设法撞破了墙壁，团队逃入了山谷。
团队为修复发电机出发前往萨库萨村寻找罗恩的工匠朋友。但由于彩虹杰尔克的雷格尔耗尽，他们被迫返回。这座城市已被迪加鲁特部队占领，路吉潜入城中与哈拉会面。他们制定了在不被迪加鲁特发现的情况下从发电机获取雷格尔的计划。加拉加和拉·坎分散了迅猛龙守卫的注意力，路吉取回了雷格尔，但被扎伊林发现，迅猛龙率领部队对他们发动了反击。
从迅猛龙手中逃脱后，路吉等人抵达了萨库萨村，见到了正在修理罗恩的竹利安的工匠。罗恩想测试竹利安的战斗能力，向路吉发起了友好对决。路吉输掉了战斗，决心要证明自己。他独自挑战一头野生索斯兽，但当更多野生索斯兽出现并围攻他时，他陷入了苦战。一头未知的剑齿虎型索斯兽救了他。
路吉离开后的第二天早上，他仍未归来。琴奈出去寻找他，发现他住在那个从野生索斯兽手中救了他的剑齿虎驾驶员家中。琴奈认出这架剑齿虎是灵魂虎，而其驾驶员诚十郎被认为是史上最强的索斯兽驾驶员。路吉恳求诚十郎教他变得更强，诚十郎同意与他们一同旅行。
团队终于得到了关于发电机修理匠费尔德下落的重要线索。他们动身进山，但途中咪伊生病了。了解药草的罗恩告诉路吉有一种植物可以治愈她，他便和诚十郎外出寻找。
抵达目的地后，团队发现泽鲁夫特城已被迪加鲁特士兵占领。路吉、琴奈和诚十郎潜入城中寻找修理发电机的工匠。与此同时，拉·坎等人被发现并被生物索斯兽包围。
城里的迪加鲁特士兵正在抓捕有能力驾驶索斯兽的市民，让他们接受军事训练。路吉等人被俘虏，被迫做迪加鲁特的苦役。在城外，团队的其他成员从攻击他们的生物索斯兽处撤退，拉·坎发现了前来夺回城市的瑞兹城防御部队。
瑞兹城的守卫者被迪加鲁特彻底击溃并消灭。路吉终于得知费尔德的下落，当瑞兹部队发起又一次攻击时，团队前去寻找他，却发现他已经被迪加鲁特杀害。团队空手而归，逃离了这座城市。
路吉急于回去帮助瑞兹的人们，但罗恩不同意。路吉和加拉加自行返回了这座城市，而在他们离开期间，团队的其他成员遭到了一大队生物索斯兽的攻击。路吉和加拉加急忙赶回帮助他们。大家安全逃脱，但团队被分散了。
与朋友们走散后，路吉遇到了一个自称“天下无敌的无敌团”的反迪加鲁特组织，并见到了他们的领袖——一位名叫亚·坎的女性。该组织协助路吉寻找他的朋友们，他很快与加拉加重逢。他们设下陷阱攻击了迪加鲁特的补给列车，但迅猛龙赶到，路吉和加拉加被迫去救无敌团。
无敌团拦截了另一列迪加鲁特补给列车，但这次迪加鲁特带来了一支完整的迅猛龙部队，无敌团被彻底消灭。加拉加愤怒之下发动了致命金刚的终极武器，使其陷入狂暴状态。它攻击了眼前的一切，包括村雨狮虎。路吉向致命金刚呼喊，它终于冷静下来。
咪伊、拉·坎、诚十郎和琴奈在皮库鲁村安全会合。村民们发现他们正被迪加鲁特追捕，为了保卫自己的村庄，他们计划将这些人交给迅猛龙。路吉和加拉加及时赶回，救下了他们的同伴。
格奥尔格率领一支生物索斯兽军队抵达皮库鲁村，他决心要击败拉·坎。当他们发现团队已经离开后，生物索斯兽开始焚烧村庄。路吉看到了烟雾，说服团队回去帮助村民们。拉·坎与格奥尔格对峙，但因为他受伤的手臂无法正常驾驶剑狼，眼看就要被击败。愤怒之下，路吉攻击了格奥尔格，村雨狮虎第一次变身为疾风狮虎。
格奥尔格的三角龙被击败，村雨狮虎恢复了原来的形态。路吉将新形态命名为“疾风狮虎”。第二天，当团队帮助修复村庄时，路吉思考着迪加鲁特的持续攻击，并希望团队组建一个组织化的抵抗力量来对抗他们，由拉·坎担任领袖。拉·坎讲述了他曾经统治的王国以及它如何被迪加鲁特夺走的故事。为了测试路吉的决心，拉·坎挑战他战斗，并迅速制服了他。就在战斗结束时，罗恩终于赶到了，与团队会合。拉·坎做出决定，团队将返回米洛都村。
