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アップルシードXIII
《苹果核战记》漫画作品在2004年、2007年两次被改编成CG动画电影，但这次的新作拒绝炒冷饭，绝非原来作品的续集，而是进行了全新的故事创作。在剧情上，新作「苹果核战记XIII」以生化克隆人建立的人工城市“奥林匹斯”作为舞台，以特种部队ES.W.A.T.的战士迪娜及其伙伴布里亚莱奥斯作为主角，讲述了两人卷入了将人类未来交由“生化人”的恐怖主义阴谋事件，并与之展开了对峙的故事。
自称人类解放战线的恐怖分子乘坐的机体发生暴走事故。被下达出击命令的特殊部队ES.W.A.T.队员杜南与布里亚雷奥斯成功解决事件。但之后，布里亚雷奥斯对作战行动中杜南擅自行动提出忠告。闹别扭的杜南离家出走了。
超大型客机发生劫机事件，机体似乎正飞向奥林匹斯市。躲过犯人监视，杜南与布里亚雷奥斯乘上飞行中的客机。但里面完全无人。
觉得杜南样子可疑的布里亚雷奥斯决定监视其行动。于是查明杜南暗中与名叫拉克的男人会面。而且，拉克是与杜南亡父一模一样的男人。在生物人造人自杀事件频发中，神秘男子拉克与一连串事件的意外接点浮现。
机器人警官科特斯遇到一名坐在胶囊型轮椅上的少女。少女说无论如何都想去一个地方。科特斯无奈同行。另一方面，企图绑架少女的两人组追踪他们。共享时间、了解少女情况的过程中，科特斯萌生不可思议的感情。
成群吸血鬼。以及食人怪物弥诺陶洛斯。杜南开始徘徊于如梦如现实的幻想迷宫，起因是护卫艾利斯国要人的任务。感到异常口渴，一边害怕自己可能犯下罪行，一边逼近真相的杜南面前，出现一名神秘女性。
阿尔凯德斯死后，化为废墟的阿尔戈诺茨发布独立宣言。杜南先于以武力威胁的波塞冬，前往内部侦查。ES.W.A.T.成员只能从外部守望。但突然确认心音传感器停止。那是为掌握内部状况而设置在杜南身上的。
被设置核弹的巨大机体斯提姆帕利德斯飞上天空。若不接受阿尔戈诺茨的要求，机体必将坠落在奥林匹斯。为避免大惨事，ES.W.A.T.前往迎击。但查明斯提姆帕利德斯是将杜南的心音转换为暗号代码来操作的。
杜南同行执行潜水舰护航多国籍企业国家波塞冬政府高官的任务。然而，为警备高官而在舰内的保镖一个接一个神秘死亡。在伪装并改变目的地、从所有组织监视网中消失的潜水舰内，杜南赌上生死的战斗开始了。
迪亚还活着。而且竟然作为波塞冬大使回来了。波塞冬不正是杀死她深爱丈夫阿尔凯德斯的可恨对手吗。她的目的究竟是什么。虽然想问出迪亚的真意，却迟迟没有机会。当机会终于来临时，巨大的悲剧发生了。
阿尔凯德斯基因的继承者只剩两人。一人是提倡让人类走向宇宙的通称“方舟计划”的政治家欧里斯。另一人是雕塑家波伊阿斯。负责警备波伊阿斯的杜南，听了波伊阿斯创作作品的态度，以此推测迪亚心中所想。此时，马古斯发来紧急联络。
为作为百手巨人发挥最大性能，迪亚增设脑容量。她驾驶真红机体，瞄准最后的阿尔凯德斯基因继承者欧里斯的性命。杜南与布里亚雷奥斯忙于阻止一架机体时，另一架已进入超长距离狙击欧里斯专用机的态势。
迪亚的过去被揭开。阿尔凯德斯的理想。以及托付给阿尔戈诺茨的希望。然而，迪亚的大脑已经达到极限，开始暴走。这是因深深忧虑阿尔戈诺茨前途而采取的行动。那份心意以意想不到的形式迎来落幕。仿佛为人类刻下新篇章，太空飞机飞向宇宙。
多脚炮台发生暴走事故以来，统治整座城市的盖亚计算机被再三检查。其间，盖亚突然将整个设施置于支配之下，并启动新配备的巨大自动昆虫。害怕暴走事故再次发生的杜南与布里亚雷奥斯，为停止盖亚功能前往设施中央。
