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宇宙战舰大和号2199
西元2199年，来自太阳系外的敌人加米拉斯帝国，为了挽救母星的危亡，开始侵略其他星球。地球军在与加米拉斯帝国军的交战中惨败，同时加米拉斯帝国军向地球发射大量含有放射能的游星炸弹。地球的抵抗力量越来越弱。本与加米拉斯为双子星球的伊斯坎达尔星球仗义相助，向地球发送了波动引擎和波动炮的设计图纸，并告知地球军本星球拥有清除放射能的设备“宇宙清洗器D”。在与欧洲、美洲失去联系的情况下，地球防卫军利用伊斯坎达尔星球提供的技术将沉睡于海底的大和号改造为宇宙战舰。大和号全体乘员踏上了取回“宇宙清洗器D”的漫漫征程。
公元2199年。在与加米拉斯的战斗中败北、濒临灭亡的地球人类。联合国宇宙军最后的舰队在冥王星冲海域与加米拉斯交战之际，一艘谜之宇宙船在火星迫降。
在赤红干涸的大地上静静沉睡的沉没战舰。那是人类秘密建造的恒星间宇宙飞船。其名为大和号。而赋予大和号的使命，是前往16万8千光年之遥的伊斯坎达尔星的大航海。
宇宙战舰大和号从火星轨道向木星圈进行超空间引擎的测试。因引擎故障而受困的大和号，降落在漂浮于木星的谜之大陆上进行修理，却遭到了加米拉斯的袭击。在苦战中，冲田终于决定使用新兵器·波动炮。
大和号接收到联合国宇宙军的求救信号，决定降下土星的卫星恩克拉多斯，执行救援任务。然而却遭到了加米拉斯侦察登陆舰的袭击。在战斗中，古代在恩克拉多斯的冰原上发现了冻结的遇难舰，得知了冲击性的事实。
冥王星是摧毁地球的游星炸弹发射基地。冲田决心摧毁这个基地，发动攻击。大和号制定了与航空队联合作战的计划，却反而遭到反射卫星炮的远程攻击而受损。失去控制的大和号向冥王星的海面降下。
沉入冥王星之海的大和号。大和号航空队持续搜索敌基地。古代注意到敌机是从装点冥王星的极光中出现。闪避反射卫星炮的攻击，现在，大和号的反击开始了。
大和号即将通过太阳圈与星际空间的边界“太阳层顶”。舰内允许船员们与家人通信，各自进行告别。在节日气氛中，古代因在与加米拉斯的战斗中失去了所有家人而感受着无所适从的滋味。然而，有这种感觉的并非只有他一人。
在加米拉斯帝都巴雷拉斯，总统德斯拉打算通过由自己亲自策划的作战，直播击沉大和号的场景，以此向阁僚们夸示自己的力量。由于德斯拉的作战，大和号被夹在气体生命体和灼热恒星格利泽581的耀斑之间，陷入了绝境。
分析捕获的加米拉斯机械化兵奥塔，执行获取加米拉斯情报任务的分析仪（AU09）。两个机械之间萌生了类似友情的关系。开始采取不可解行动的奥塔，遭到了保安部长伊东的破坏企图。
大和号陷入了异次元断层。那里是无数遇难异星飞船漂浮的大宇宙墓场。其中，同样在漂流的一艘加米拉斯舰向大和号发出了通信。为了脱离这个空间，双方需要互相合作。
关于留在舰内的加米拉斯飞行员梅尔达的处置，意见出现分歧。在此期间，梅尔达的机型和宇宙隼从大和号突然起飞。
关于与加米拉斯的第一次接触，古代与岛之间存在芥蒂。山崎和冲田道出了意外的事实。此时，在加米拉斯主星上，德斯拉命令名将多梅尔讨伐大和号。
来自无形敌人的攻击，那正是多梅尔麾下的弗拉肯操纵的次元潜航舰。在被其鱼雷攻击玩弄之际，冲田倒下需要紧急手术。古代虽违反命令，但为拯救大和号而冒险赌上了一把。
雪与古代一同驾驶百式空侦执行侦察任务归来。然而那里却漂浮着虚空中的大和号。在空无一人的舰内，古代遇到了本应已死的父母。幻影中存在着引导两人的魔女之影。
大和号船员们因多梅尔的执拗攻击而疲惫不堪。舰内也开始出现对“大和计划”可行性提出质疑的声音。大和号为避开加米拉斯的威力侦察而进行超空间跃迁，然而跃迁后的宙域却有加米拉斯大舰队在等待。这正是智将多梅尔的策略。
大和号脱离危机。为补给而停靠的比美拉4号星拥有接近地球的环境，是适宜人类移民的星球。在古代等人前往行星调查期间，对“大和计划”可行性抱有怀疑的一派终于发动了叛乱。另一方面，古代等人发现了坠落的异星飞船。
古代从比美拉4号星残留的遗迹中带回了伊斯坎达尔的情报。利用灭亡文明留下的亚空间网关，可以一举进行数万光年的大跳跃。古代、真田和森雪为了重启网关，登上了系统卫星。
大和号利用亚空间网关抵达巴朗星。那里集结了多达一万艘的加米拉斯大舰队。但为了到达大麦哲伦银河，大和号必须通过巴朗星的网关。冲田决定死中求活，强行突破加米拉斯舰队。
大和号终于抵达大麦哲伦银河。总统德斯拉再次下令多梅尔将军迎击大和号。
大和号在宇宙的难关“七色星团”与多梅尔将军率领的航母舰队对峙。多梅尔接连使出奇策，大和号被玩弄于股掌之间。在绝望之际，冲田也筹划出一计。
