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宇宙战舰大和号2199
时为公元2202年。自从宇宙战舰大和号从那场单程长达16万8000光年、通往伊斯坎达尔的壮大航海中回归以来，已经过了3年——。在“宇宙恢复系统”之下取回先前蓝色样貌的地球，与卡米拉斯帝国缔结了和平条约。在复兴的同时，为了防卫而进行的包含最新锐战舰安德洛墨达在内的新锐舰队的整备工作也在推进中。伊斯坎达尔的丝塔夏的愿望也化为乌有，地球开始迈向扩军之道。这真的是在无可替代的多数牺牲之后，大和所达成的真正的和平吗？期盼宇宙平稳的女神特蕾莎的祈愿，将大和邀往新的航海。如今，席卷宇宙的加特兰蒂斯的威胁，正在逼近地球——。
自前往伊斯坎达尔的旅程以来，已过去三年。借助宇宙逆转系统复苏的地球正在迅速恢复。与此同时，加米拉斯和人类的联军舰队正与神秘的加特兰蒂斯展开激战。在这场冲突之中，大和号从沉睡中苏醒……
新成立的地球联邦政府正在实施快速的军事扩张计划，最终将建造四艘配备波动武器的尖端仙女座级星舰。与此同时，大和号的前船员们聚集在冲田舰长的纪念碑前，试图弄清在他们都曾经历过一个奇怪的幻象之后，心中日益增长的不安情绪。正是这个幻象驱使他们重新登上这艘古老的战舰。
古代难以接受地球在复原后真正发生的事情以及他所看到的景象的可能含义，而森则在努力理解自己的身份、人际关系以及她没有被召唤到大和号的事实。
心怀不安的古代进担任了大和号及其船员的代理舰长，准备发射这艘战舰，从而反抗地球联邦政府。
大和号抵达火星外的小行星带，但很快就要面对地球联邦舰队新近下水的旗舰之一——仙女座号，这艘强大的力量将阻止他们的叛乱。
大和号在第十一行星上遇到了一名加特兰蒂斯袭击的幸存者，船员们决定偏离前往特莱扎特的航线去营救幸存者。
被困在废墟之下，传感器也全部失效，船员们正全力抢修，这时一份来自外界的惊人报告传来：加特兰蒂斯人正在人造太阳轨道上集结数千艘飞船，分析器的结论迫使柯代不得不考虑一个可怕的结局。
大和号与盟军加米拉斯号在火山星球斯特拉瓦斯会合，以便将从第十一行星废墟中救出的平民转移过去。
加特兰蒂斯皇帝兹沃德出现在科代面前，迫使他面临一个两难的选择。
大和号继续前往特雷扎特，但很快遭遇一群来自太空的生物，它们威胁着船员和飞船的稳定。特雷扎再次伸出援手。兹沃德派遣了他的一位新盟友和大和号的老对手去击败地球飞船。
大加米拉斯帝国的陨落领袖阿贝尔特·德斯勒奉兹沃德皇帝之命，前去摧毁一支叛变的加特兰蒂斯舰队并追捕大和号。当他昔日的对手试图逃脱时，德斯勒抓住了新的机会。
兹沃德将白色彗星的力量直接带到了大和号上。就在葛城潜入者的身份暴露并试图逃跑时，她发现了一个关于自己真实身份的令人不安的秘密。
“大和号”的船员们计划并发动了对被加特兰蒂斯占领的特雷扎特星球的进攻。在保卫这颗星球的舰队首领位置上，一位加特兰蒂斯男孩正努力成长为一名成年人。
大和号冒着炮火努力击碎囚禁特雷扎特星球的岩石外壳，与此同时，宇宙海军陆战队和战斗机飞行员与加特兰蒂斯装备精良的地面部队展开激战。古代进、真田和斋藤冒险进入特雷扎特星球的地表之下，去拜访女神特蕾莎。
克劳斯·基曼和“大和号”的船员们在特蕾莎的地下圣所与阿贝尔特·德斯勒展开对决，并得知了加米兰人和德斯勒家族的秘密。在星球表面上方，这艘太空战舰试图突破德斯勒舰队设置的封锁线。
阿贝尔特·德斯勒和克劳斯·基曼联手控制特蕾莎的力量，企图夺回大加米拉斯帝国。德斯勒最忠实的追随者之一现身。古代、真田、斋藤和永仓试图逃离德斯勒的旗舰。
地球集结了新的舰队，准备阻止加特兰蒂斯的入侵，大和号也启程返回地球加入战斗。加藤因儿子的病情而心灰意冷，甚至考虑了一个令人难以置信的提议。
兹沃德得知了地球舰队击败自己舰队的秘密，并着手阻止他们。大和准备使用一种新型武器对抗白色彗星。
由于遭到蓄意破坏，大和号瘫痪，大部分船员在飞船坠向白色彗星的过程中撤离，最终停泊在一颗神秘荒芜的星球上。真田和其他军官们被介绍到一艘新的宇宙战舰上，并了解到地球为取得胜利而制定的日益激进的计划。加特兰蒂斯人分享了一种治愈加藤之子所患绝症的方法。森的记忆恢复了，但代价惨重。
人工智能构造体揭露了佐达的过去。他对人类的仇恨以及他毁灭人类的使命最终浮出水面。
