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めだかボックス
黑神目高以超高９８％的支持率成为箱庭学园的新任学生会长，她决定实现当初的政见，设置一个目标箱，随时接受每一位学生的任何请求。尽管她的青梅竹马人吉善吉并不太想加入学生会，而第一封投书是希望能够把不良少年赶出遭到霸占的剑道场，于是黑神带着人吉前往查看，三两下就把那些不良少年给摆平了，后来那些不良少年甚至都改邪归正。
黑神目泷收到意见箱中的一封信，寄信人是箱庭学园理事长不知火袴。他透露云仙正参加其主办的“烧瓶计划”，因受伤需要休养，希望目泷暂代云仙参与项目。面对不知火意味深长的微笑，目泷接下了这项委托，而“烧瓶计划”的真相也由此逐渐浮现。
都城王土突然现身，他的一句话竟让善吉跪下。随后王土把意见箱中的投书交给目泷，邀请她加入自己的计划。为了回应挑战，目泷决定让自己完成一次“版本升级”。在箱庭学园旧校舍“军舰塔·幽灵钟楼”中，究竟有什么人物等待着她？
意见箱中被十三组相关的投书塞满，云仙受伤后，“烧瓶计划”也开始全面启动。目泷和善吉依照投书内容执行学生会职责，把阿久根与喜界岛留下后前往钟楼。等待两人的，是十三组精心布置的陷阱与强敌。
在目泷和喜界岛的机敏配合下，学生会成员顺利深入迷宫。十三组的重要成员高千穗仕种突然现身，还展示了记录“烧瓶计划”研究成果的U盘，并自称是十三组最强。学生会与“十三人的十三人”的正式战争就此打响。
学生会一行抵达钟楼地下二层，眼前却出现一座日本庭园。在实验设施中等待他们的是又一名“十三人的十三人”成员宗像形。宗像态度温和，却询问“我该杀谁”，浑身散发着异常气息。目泷一方将如何面对这名扭曲的对手？
突破地下二层后，学生会在布满动物笼子的区域继续前进。目泷与喜界岛为动物争执时，阿久根独自展开搜索，却在背后遭到旧同学名濑夭歌及其好友古贺痛美的袭击。对手熟知阿久根的弱点，地下迷宫中的战局愈发复杂，学生会必须在救人与继续深入之间作出选择。
战斗转入地下四层，阿久根遭到古贺偷袭而陷入危机，黑神真黑及时赶来救下他。“烧瓶计划”现任负责人名濑夭歌，面对前任负责人真黑表现出强烈对抗心。她的敌意并非只源于计划本身，也牵涉到黑神姐妹间尚未揭开的复杂联系。
名濑夭歌公开以“黑神鲸”的身份宣布继续推进计划，并与阔别六年的目泷重逢。真黑、鲸与目泷三人的心意彼此交错，目泷却在鲸的计谋下失去记忆。即便忘记过去，她仍迅速认清局势，向古贺发起挑战。
行桥未造用催眠瓦斯放倒学生会成员，只有喜界岛望仍站了起来。她一直把完美超人的目泷当作普通女孩看待，绝不允许敌人践踏这份珍贵的感情。面对压倒性的能力，喜界岛以这份强烈意志正面迎战行桥，也为同伴争取反击的机会。
“改”形态的目泷面前，善吉挺身阻挡，两人展开激战。与此同时，目泷为了成为“完全”的自己，开始回望过去。她想起两岁时在医院托儿所遇见的一个男孩，那也是她追求完美与众人幸福的起点，让她终于理解自己为何而战。
完全复活的黑神目泷再次宣告要在当天摧毁“烧瓶计划”，并把这段宣言视作自己一路坚持的志向。王土不怒反笑，亲自将她引向钟楼最深处。学生会会长与十三组首领的最后决战终于开始，双方都赌上了各自的信念。
击败王土后，球磨川禊突然出现在目泷面前。在无人教室通过电视旁观的安心院薫，决定讲述这位“爬行的负号”的故事。本集以番外形式描写球磨川与须木奈佐木咲的过往，以及“善败者球磨川”的另类活跃。
