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SPEC 〜警視庁公安部公安第五課 未詳事件特別対策係事件簿〜
日本警视厅特殊部队（SIT）小队长濑文焚流（加濑亮饰），在一次执行任务时遭遇队友的离奇死亡，面对高层他百口莫辩，最终被调职到公安部公安第五课——未详事件特别对策系。该部门专门调查一些匪夷所思的超自然案件，当然在所谓“科学昌明”的现代化社会，这也意味着第五课是一个很难得到认可的边缘部门。除濑文外，第五课只有油滑的上司野野村光太郎和智商高达201的怪女孩当麻纱绫（户田惠梨香饰）。在此期间，预言师、神之手等各种各样拥有超能力（SPEC）的人物接连登场。濑文在和当麻办案的过程中，渐渐趋近了一个鲜为人知且充满阴谋和秘密的未知世界…
濑文焚流是一名警局精英中的精英，精湛的枪法和格斗技术让他在27岁那年就已经被提拔当上了警视厅特殊部队（SIT）的小队长。但是在一次执行任务里，部下离奇死亡让他受到了长官的质疑。虽然濑文本人极力否认是自己开枪击毙部下，但是由于部下的死状实在是太过离奇，濑文也无法举证说明自己是清白的，因此他就被贬至警视厅公安部公安第五课——未详事件调查科。第五课是专门调查一些原因不明离奇事件的特别部门，基本上如果警察接到关于超能力的报案，案件就会交给第五课处理。因为超能力不被世人认同，也意味着第五课是一个不被人看好的部门。 加上濑文，第五课里只有3名成员，濑文的新上司——“老江湖”野野村光太郎，和另一位毕业于东京理工大学却对超能力（SPEC）异常感兴趣的怪才——当麻纱绫。上任第一天，性格截然不同的濑文就和当麻因小小事情而扛上了。就在此时，受害者找上门了…… 有名的冷泉预言师预告国会议员五木谷说他会在宴会上被毒死，而冷泉预言师因此索要2亿日元来帮议员“破财消灾”。如果是一般的骗子预言师的话，大家都会将这件事一笑置之，但是冷泉的预言被人誉为“百发百中”，因此第五课对此展开了调查。就在宴会当天，五木谷议员真的在警察重重关卡和在场嘉宾众目睽睽之下被人毒杀了，而关键人物的冷泉又不知道被何人带走了。究竟这位冷泉预言师的SPEC能力是真是假，凶手是谁，在关键时刻将凶手杀死的神秘人物又是谁…… 一连串的谜团将第五课卷进了一个巨大的黑幕里面……
濑文跟上级报告五木谷议员毒杀案，但是关于SPEC的一切解释上级都全盘否认。就在濑文为自己的努力感到沮丧的时候，一名自称是大岛优一的天主教神父找到了第五课。大岛在监狱里当义工，专门凝听一些还没行刑的死囚的心声。有一天，一个名叫桂小次郎的死囚突然对他说自己是大天使加百列的化身，并拥有一双“千里眼”，可以知道世间的一切真相。因此他想挑战警察，如果警察不能在24小时内将他指定的犯人抓到，他将代替上天来处决该名犯人。野野村虽然想将这归咎于“死囚的胡言乱语”来推卸掉这个“烫手山芋”，但是大岛将此事发上了博客，迫于外界的舆论和上级的压力，于是被迫和桂进行对决。桂让第五课重新对10年前关于花道大师鬼门拓也离奇失踪的案件进行搜查。 搜查过程中，第五课发现案件疑点重重，但是嫌疑人都有不在场证据，因此搜查遇到了瓶颈，而24小时的时限却渐渐逼近。在第五课坚持不懈的努力下，他们终于推翻了犯人的不在场证明，但是桂却宣称他们只猜对了一半，真正的幕后黑手还没被找到。到底幕后黑手是谁，桂的“千里眼”是真的吗…… 为了在犯人下手前将案件截下来，第五课再次倾力搜查。
负责志村优作（怀疑被濑文枪击的旧部下）的主治医生海野亮太主动找到濑文。海野提出想要他治好志村的话，就要濑文公开第五课里关于“神之手”（能用SPEC来治疗一切疾病的人）的资料。濑文并不相信“神之手”的存在，于是拒绝了海野提出的要求。但是就在濑文回家的路上，一个跟他擦身而过的人却一瞬间将他受伤的左手治好了。与此同时，濑文和当麻接到了来自上级的监视任务。执行任务的过程中，他们目睹了加油站员工无故将汽油淋在客人摩托车上的奇怪现象，而且犯人坚称并非自己想这么做，而是“鬼上身”。为了证明自己的SPEC是真的，真正的犯人就在当麻和濑文的眼前展示了自己的“鬼上身“能力，并宣称自己会入侵全日本名叫“林实”的人的身体。当麻和濑文在惊讶之余，也倾尽全力来阻止犯人的恶行。可惜不幸的事情还是发生了，全国各地不断传出名叫“林实”的人在犯案，其中唯一一例伤及人命的是一位名叫“林实”的大学助教杀死了一位曾获得诺贝尔科学奖的知名大学教授，犯人声称自己是被“鬼上身”才犯案的。到底怎样才能全国各地的“林实”继续犯案，而真正的犯人又是何人，有什么目的…… 就在当麻和濑文凭着各自的努力一步一步地接近真相的时候，当麻却突然身陷危机中，命悬一线。而且一直在暗中干涉着当麻和濑文搜查的神秘SPEC少年似乎和当麻有着非比寻常的关系！？
这次前来求助的是一位名叫古户久子的母亲。古户已经自杀的女儿有一天突然给古户发来了一封求救短信，她怀疑女儿掉进了一个以“团体自杀”为幌子的蓄意杀人陷阱里，于是她找上了当麻他们。当麻迅速展开了调查，虽然当麻马上猜到了事情的来龙去脉，并且圈定了嫌犯的人选，但是由于犯人行踪隐蔽，当麻一行人始终没有重大突破。于是当麻决定亲身参加自杀派对来接近犯人，没想但古户小姐也登记了参加自杀派对。当麻不顾“前男友”的反对，毅然参加派对，而且在派对上还被袭击了。经过依法推理后，他们没想到真凶居然是…… 而且隐藏在当麻那只手上的手背后的真相也渐渐接近了……
在“团体自杀”事件中，濑文开始感觉到自己处境的危险性，而当麻更是语出惊人：“我们一不小心就会被人从这个世上抹杀掉的”…… 就在濑文还没来得及仔细思考，新的案件又发生了。一个月内，公安里的5名警察离奇死亡，他们都是身为卧底的警方精英，而且死因无一例外都是自然死亡。过于巧合的事件，让警方起了疑心，但是警方又无法找到任何线索，于是迫于无奈之下，希望能让专门解决离奇事件的当麻和濑文也帮忙调查。同时，濑文和已经退役了的SIT同僚里中贡见面，这让濑文高兴万分，但是他没想到里中居然利用自己，窃取了公安高度机密资料库的资料。内心矛盾万分的濑文，为了了解里中当上双重间谍的原因，决心深入调查内幕。在当麻和濑文一番努力下，终于在里中下手前阻止了他的行动，但是……
在前任同僚里中的一案中，濑文为自己的无力深深感到不甘，于是他和当麻决心不惜犯险也要探明真相。他们从里中的妻子那里得到了重要的线索，跟随线索，他们找到了里中临终前拼死也要保护的一个芯片，而且芯片的内容让当麻和濑文都大吃一惊…… 可惜芯片中最关键的部分却缺失了。急于救人的濑文在走投无路的情况下，想到了之前跟他提起“神之手”的海野医生。海野给濑文提供了大量线索，可是让濑文万万没想到的是海野居然就是连续让5名卧底警察死于非命的真凶。而且一直怀疑濑文开枪射击自己哥哥的志村美玲还被牵扯进来了……. 究竟隐藏在黑暗之中的那庞大组织是什么来头？
海野的真正身份让当麻和濑文开始接近真正的黑幕，但是此时最关键的海野却无故失踪了。在所有线索都断了的时候，当麻和濑文想起了那个被抓走了的预言师——冷泉俊明。加上濑文前任同僚的志村被认定脑死亡，医院决定给他执行安乐死，因此通过冷泉找到“神之手”来救人更显得迫切了。于是当麻他们全力追踪冷泉的下落，但是就在此时，一名声称有读心术的神秘少女出现在他们面前，并从濑文的脑海中“偷”走了冷泉的所在地。 最终成功从神秘组织手上夺回了冷泉的濑文和当麻分别得到他们想要的信息，并开始为各自的目的奔走了……
听了冷泉的自白，当麻和濑文决定放过冷泉，同时作为报答，冷泉告诉了濑文“神之手”会出现的地方，也告诉了当麻一十一的所在地。虽然当麻在冷泉给的指示下顺利找到了一十一，可惜当麻没法劝服一十一停止犯罪。而濑文也在与“神之手”接触的过程中让自己处境越来越危险。“神之手”要求濑文将公安零课的头目——津田助广交出后，他才会将志村的脑死亡治好。苦无对策的濑文选择了同僚的生命，于是他在一十一的帮助下成功接近了津田并将津田交给了“神之手”背后的组织。本以为这样志村就能康复，可是……
濑文辛苦换来了志村的康复，可惜他们还没来得及为重逢而高兴，志村就在他们眼前被杀了……志村的死并不在一十一的预料之中，这也让他知道了组织已经和自己分道扬镳了，于是一十一开始疯狂猎杀违背自己意愿的人。此时。濑文却发现零课的“津田”仅是一个代号，而零课也没因为上一任“津田”的死亡而毁灭，并且零课还打算将濑文收归零课之下。濑文以恢复未详小组职能为条件，加入了零课，而且首个任务就是暗杀一十一。暗杀失败了，一十一的猎杀行动变得更加激烈，当麻也被迫不得不想办法消灭一十一……
濑文决定只身一人前去挑战一十一，但是在一十一强大的SPEC能力的目前，濑文被弄得满目疮痍，很快就变得命悬一线。就在这样一个千钧一发的危机时刻，当麻突然出现了！当麻采用了一个赌上了自己的性命的作战方案，巧妙地利用了一十一SPEC能力的缺憾，成功地实现了大逆转，反而是将一十一给逼入了绝境，不过虽然如此，当麻、濑文和一十一三个人却又因为突然发生的某件意外情况而一起陷入到了生死的边缘……在足足地沉睡了整整三天的时间之后，当麻终于是苏醒了过来。祖母叶子和前男友地居也是都纷纷前来热心探望，而另一方面，濑文却还是一直处在昏迷当中，而一十一则也是始终处在濒死的状态。然而就在此时，前来探望濑文的美铃在机缘巧合之下，从一直保持昏睡状态的濑文的脑海当中读取到了某样重要的信息，因此知道了所有事情可怕真相的美铃来到了当麻的身边进行确认，却不料…… 在经过了一番挣扎之后终于恢复了所有的记忆的当麻，决定只身前去迎战这个可怕而又强大的敌人！
