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超人前传
在这一季中Clark将面临有史以来最艰难的挑战。Bizarro是专为摧毁Clark而制造的，因此势必要斗个你死我活；可怕的事故夺去了Clark的挚爱；Clark的养母Martha离开了小镇去了华盛顿；而最大的考验则来自Clark19岁的堂姐，女超人Kara。
雷夫斯水坝在比扎罗与克拉克的缠斗中崩塌，洪水冲向小镇。莱克斯因拉娜之死被捕，在水中即将溺毙时被一名神秘女子救起。克洛伊在抢救洛伊斯之后倒下，又在医院里靠陨石赋予的能力自己醒了过来。克拉克追着比扎罗打到水坝深处，那个顶着同一张脸、拥有全部力量却没有氪石弱点的复制体，最终被克拉克用计困住。女子来到肯特农场，自称是克拉克的堂姐卡拉，来自氪星。莱昂内尔被洪水卷走，又被一个不愿露面的人从水里捞了出来。
克拉克和洛伊斯在湖底发现了卡拉的飞船，还没来得及打开，卡拉就出现在他们面前，一抬手把洛伊斯打晕。她告诉克拉克，自己来地球是为了照顾婴儿卡尔-艾尔，在她眼里，那个婴儿仍然是需要她保护的小堂弟。克拉克已失去拉娜，一度打算离开斯莫维尔回到孤独堡垒继续训练，乔-艾尔却告诉他：卡拉的到来与佐-艾尔有关，她并不像看上去那么简单。莱克斯在水坝残骸中发现了拉娜与33.1项目之间让他无法忽视的关联。
卡拉在塔尔咖啡馆找了份工作，又执意报名“甜玉米小姐”选美，克拉克劝她低调，她一句也没听进去。选美台上另外三个女孩泰勒、卡莉和坦佩斯特都是陨石感染者，她们很快发现卡拉拥有超能力，打算借她的手去偷一张藏在镇子时间胶囊里的藏宝图。莱克斯对卡拉产生了兴趣，派人盯住她的一举一动。克洛伊和吉米则在《星球日报》新主编格兰特面前处处碰壁，那个男人傲慢得让人牙痒。
柯蒂斯·诺克斯医生声称能“治好”陨石感染者的能力，把他们的生活拉回正轨，克洛伊动了心，想借此摆脱自己身上那份治不好也甩不掉的负担。克拉克和莱克斯同时查到，诺克斯本人是一个活了很久的不死者，他所谓的“治愈”，是从陨石感染者身上摘取器官，用来维持他昏迷多年的妻子不老的躯体。克洛伊的器官正是他清单上的下一件东西。卡拉则和吉米结成了临时同盟，去追查她飞船水晶的下落。
《勇士天使》剧组来到斯莫维尔取景，整条主街被封起来拍戏，镇上的人挤在路边看热闹。女主角瑞秋·达文波特坐进一辆特技车，刹车被人剪断，车子直冲人群，克拉克不得不在众目睽睽之下出手拦停。一个在现场的狂热粉丝看见了这一幕，认定克拉克是真实存在的超级英雄，并得出结论：挡在他和命运之间的拉娜必须被清除。克拉克忙着救人的时候，莱克斯在一间小屋里找到了莱昂内尔，父子之间那点体面又薄了一层。
卡拉独自去华盛顿寻找丢失的水晶，闯入实验室后被抓，被注射了一管掺着氪石的吐真剂。药物让她回到多年前那次秘密的地球之行：她跟着克拉克的生母劳拉来到肯特农场，目睹了劳拉与乔纳森、玛莎之间一段从未被提起的往事。克拉克赶到救出卡拉，用热视线烧毁注射装置时自己也吸入了药物，和卡拉看见了同一段记忆。他第一次听见母亲的声音，也第一次知道劳拉曾经离他这么近。
雷暴中，一道闪电把氪石和高压电同时引到拉娜身上，她吸收了克拉克的全部能力。拉娜用这份力量闯进莱克斯的保险箱，拿走了一批足以让他坐牢的证据，送到《星球日报》要求刊登。格兰特拒绝使用赃物，拉娜便决定自己动手。克拉克赶到时，拉娜已经把莱克斯逼到死角，两个拥有同等力量的人正面撞上。克拉克要在不伤到拉娜的前提下拦住她，而拉娜每一拳都带着对莱克斯的全部恨意。
克拉克从卡拉的水晶里听见了母亲劳拉的声音，乔-艾尔警告他不要回应，他还是把劳拉释放了出来。母子短暂重逢，劳拉把乔-艾尔的戒指交给他，戒指上嵌着一枚蓝色氪石。克拉克戴上之后才发现，这一切都是佐-艾尔布下的局：蓝氪石会剥夺他的力量，而佐-艾尔正好借此接管孤独堡垒。克洛伊和莱克斯各自撞见洛伊斯与格兰特的私下往来，两个人不约而同地劝他们立刻停下。
圣诞节前，洛伊斯接到一个匿名电话：克洛伊身上绑着炸弹，除非她查清莱克斯33.1项目的真相并如实报道，否则炸弹会被引爆。打电话的人自称是莱克斯实验的产物，线索同时指向莱克斯和格兰特·加布里埃尔。克洛伊和吉米被困在《星球日报》的电梯里，炸弹在倒计时，克洛伊不得不在吉米面前说出自己治愈他人的能力。克拉克从堡垒的囚禁中回来，卡拉仍然下落不明，而他开口第一件事，是让拉娜重新启动针对莱克斯的监视。
克拉克仍被冻结在堡垒里，比扎罗顶着他的脸回到斯莫维尔，住进他的生活，靠近拉娜。拉娜没有察觉，反而在这个“克拉克”身上找到了她一直想要的那种毫无保留的亲近，把一些本不该说出口的事也讲了出来。比扎罗一边维持着克拉克的日常，一边寻找彻底毁掉真正克拉克的办法，为此找上了布莱尼亚克。莱克斯的弟弟朱利安出现在莱昂内尔面前，试图把卢瑟家那些陈年烂账摊到桌面上。
奥利弗·奎恩带着他的小队回到大都会，绿箭的义警行动又一次搅乱了莱克斯的布局。莱克斯决定还手，雇来一个拥有超能力的义警“黑金丝雀”，她的尖啸能震碎任何挡在面前的东西，目标直指绿箭。奥利弗拉上克洛伊帮忙，克拉克却不认同他那种把旁人拖进火线的做法。当奥利弗和洛伊斯被黑金丝雀扣住时，唯一能把他们带出来的人只剩下克拉克。莱昂内尔把格兰特被杀和莱克斯收购《星球日报》的消息一并告诉拉娜。
卡拉失去记忆和力量，一路流落到底特律，莱克斯追了过去，洛伊斯也跟在后面。卡拉在一家餐馆打工，同事芬利对她怀着一种扭曲的迷恋，开枪打中莱克斯，又把卡拉和洛伊斯扣为人质。莱克斯陷入昏迷，莱昂内尔用仅剩的一剂实验药物进行意识渗透，要从莱克斯脑子里取出卡拉的位置。克拉克躺进连接装置，进入莱克斯的精神世界，在那里遇见了被拆成两半的莱克斯：一个是杀意凛然的暗面，一个是尚未被父亲彻底毁掉的少年亚历山大。
皮特·罗斯回到斯莫维尔，离开四年，镇上的变化让他一时接不上话。他和克拉克之间还横着那个秘密，这次回来，两个人终于把话摊开。皮特自己也不干净：他嚼了将近一年的含氪石口香糖，身体获得了拉伸的能力，却不知道该怎么收场。克拉克一边帮皮特处理这份意外得来的力量，一边应付莱克斯在卡拉身上下的功夫。莱克斯不断往失忆的卡拉耳边灌输对克拉克的怀疑，吉米也在追问卡拉的过去。
莱昂内尔派人绑架克拉克，把他关进卢瑟集团一处内壁铺满氪石的牢房，克拉克在里面连站起来的力气都没有。克洛伊和拉娜找上莱昂内尔要人，莱昂内尔把线索引向莱克斯，让她们以为幕后的人是他。两个女孩没有别的路可走，带着卡拉回到孤独堡垒，求乔-艾尔恢复卡拉的记忆，因为眼下只有卡拉知道该怎么把克拉克从那个地方带出来。乔-艾尔开出的条件，比她们预想的更重。
莱克斯对“真理会”的执念越来越深，那是莱昂内尔与奎恩、蒂格、斯旺几家共同创立的秘密团体，守护着一个叫“旅人”的存在。他派助手去找苏黎世保险箱里的东西，同时把帕特里夏·斯旺的死推到了风口浪尖。洛伊斯和吉米联手追查这桩命案，所有线索都指向莱昂内尔。布莱尼亚克以米尔顿·费恩的面目接近卡拉，许诺帮她重建失去的氪星生活，转头却袭击拉娜，抽空她的意识，把她变成一具听话的躯壳，用来逼克拉克交出卡拉。
莱克斯离真理会的秘密只剩最后一步，莱昂内尔挡在他面前，求他不要再往下走，并告诉他“旅人”不是别人，正是莱克斯自己。莱克斯从莱昂内尔脖子上扯下那枚藏着第二把钥匙的吊坠，把父亲推出卢瑟集团大楼的窗外。莱昂内尔从四十层高处坠落，当场死亡。克拉克赶到时只看见尸体。他一度相信莱昂内尔守护那个秘密是为了氪星的事，随后在莱昂内尔留下的东西里找到了确认。莱克斯的助手吉娜也在同一时间动手清理知情人。
克拉克急着找到布莱尼亚克，那是唯一能把拉娜从昏迷中拉回来的人。他请克洛伊追踪区域内的大规模能量波动，克洛伊为此闯进几台政府计算机，触发了警报。国土安全部找上吉米，告诉他克洛伊可能是一个潜伏的恐怖分子，要么配合抓人，要么自己进监狱。莱克斯在同一时间向吉米开出另一份条件。一个晚上之内，吉米被夹在政府和莱克斯之间，克洛伊背着所有人在替克拉克做她最擅长也最危险的事。
克拉克反复问自己，如果当年那艘飞船没有落在斯莫维尔，世界会不会更好。乔-艾尔把他送进一个平行现实，让他亲眼去看：在那个世界里，克拉克从未到达地球，卡拉被佐-艾尔扣住，布莱尼亚克与莱克斯联手按下了核弹的按钮，大都会在火光里消失。克拉克在那个世界见到了没有被他改变过的人和生活，也见到了因为他的缺席而变得更坏的一切。他从平行现实里出来时，至少弄清了一件事：他的存在本身就有分量。
一名真理会成员以克拉克的名义发动袭击，在受害者胸口刻下氪星符号，克拉克成了被怀疑的对象。他和克洛伊顺着符号追到蒙特利尔的一座教堂，在那里见到了爱德华·蒂格，真理会最后一个活着的成员。蒂格认出克拉克就是“旅人”，当场跪下，表示愿意效忠。莱克斯靠着破译出来的线索也往同一座教堂赶，他要的是控制旅人的方法。克拉克和莱克斯之间，只剩下谁先推开那扇门的距离。
卡拉告诉莱克斯，他命中注定要击败旅人，并愿意带他去孤独堡垒，让他亲眼看看该怎么做。克拉克在堡垒里等来的不是布莱尼亚克，而是莱克斯。两个人把从桥上那天起所有没有说破的话都摊在冰面上，莱克斯终于知道了克拉克是谁。他启动氪星球体，堡垒开始崩塌，冰层在两人脚下裂开。克拉克和莱克斯一起沉入北极的冰海。斯莫维尔那边，拉娜从昏迷中醒来，克洛伊被政府带走，露易丝站在空荡荡的农场里，等着一个不知道还能不能回来的人。
