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海军罪案调查处
当第十季以全剧最大的悬念收尾时，NCIS几乎被解散，吉布斯正用枪指着那名负有责任的FBI特工。
华盛顿特区一场活动发生爆炸，导致一名与该机构有关的人员伤亡，这改变了帕森斯对吉布斯和NCIS团队的看法。与此同时，DiNozzo和McGee在没有徽章的情况下，以平民身份调查此案，尽管案件与他们每个人都有危险的联系。
托尼决心找到Ziva，在以色列寻找线索寻找她目前的下落。与此同时，吉布斯和他的团队继续追捕帕萨和他日益壮大的恐怖团伙。
NCIS团队必须依靠Twitter来处理一名失踪海军中尉的案件。与此同时，麦基把他的徽章放错了地方，但没有向吉布斯和当局透露信息。
一名假冒士兵的女性遭谋杀，Gibbs和McGee前往阿富汗进行调查。这起案件让他们发现一个 Mike Franks秘密支持多年的阿富汗女性庇护所。
一名海军士官遭谋杀，DiNozzo在犯罪现场调查进行勘察时看到了15年前一宗旧案的重要嫌疑人，令他回忆起自己当年在巴尔的摩当警察的日子。
海军罪案调查处与海岸警卫队（CGIS）联合调查发生在一口海上钻油平台的爆炸事件。与此同时，一个神秘人对调查组大搞恶作剧，每一个人都不能幸免。
吉布斯在案件中期离开，帮助父亲与一名前飞行员重新联系后，托尼和麦基就谁应该领导团队对一名海军陆战队中士谋杀案的调查展开了争论。
海军罪案调查处负责调查一起交通肇事逃逸致人死亡案，但一名曾经当过FBI探员的律师向Gibbs 保证她的客户有确凿的不在场证据，迫使调查组重新检查所有的线索。与此同时，McGee对Tony的奇怪行为越来越感到怀疑。
NCIS的MATC正在进行一场保密会议，意外的在海军部长身上发现窃听设备。Bishop两年前就在自己的威胁分析报告中准确预言了这件事，而且她描述的场景和现情况几乎一模一样，立刻引起了有关方面的注她将协助Gibbs和海军罪案调查处分析这起案件的档案材料，寻找幕后策划人
当NCIS团队发现一名谋杀案受害者与吉布斯的现任男友和特工福内尔的前妻之间的联系时，复杂情况就出现了。与此同时，美国国家安全局分析员Ellie Bishop调整加入NCIS团队。
在一种神秘的疾病袭击了军人家庭的孩子之后，吉布斯和团队调查了病因。与此同时，艾比和吉米与海军医学研究中心合作，确定疾病的严重程度，所有人都希望在假期前治愈。此外，当他疏远的岳父突然造访他的家时，导演万斯也在努力寻求原谅。
当一架被盗的无人机与难以捉摸的恐怖分子Parsa有关时，NCIS团队与国防部合作，包括Gibb的前女友Hollis Mann，在该设备被用于大规模袭击之前追踪该设备。与此同时，麦基犹豫要不要请假去参加一场纪念女友的黑领结晚会。
为了找到恐怖分子Parsa，Gibbs和NCIS团队利用无人机袭击的证据追踪到了他的一个同伙。与此同时，情绪激动的麦基正在与事件的后果作斗争。
一名港务局官员的谋杀揭示了Parsa的可能位置；毕晓普透露了与恐怖分子的过去联系。
在一辆装满被盗美国海军陆战队商品的卡车上发现有缺陷的防弹背心后，NCIS团队试图找到来源和运往海外军事人员的任何背心。
当DiNozzo与一名冒充海军军官的男子对峙时，有人最终死亡；DiNozzo的父亲需要和他的儿子分享一个秘密。
一枚炸弹在一场军事慈善音乐会的更衣室引爆后，NCIS团队必须确定目标是一个过气的80年代摇滚歌手，还是炸弹是一个更大计划的一部分。与此同时，吉米正在为做父亲做准备
当一名前NCIS特工的尸体在新奥尔良被冲上岸时，吉布斯与NCIS特工Dwayne Cassius Pride（Scott Bakula饰）重聚，以确定谋杀是出于政治动机还是与一个著名案件有关。
吉布斯和特工Pride在新奥尔良展开追捕，因为有证据表明这是臭名昭著的特权杀手的翻版。与此同时，毕晓普从新月城向迪诺佐送去了一份特别纪念品，迪诺佐、麦基和联邦调查局继续追踪华盛顿特区与此案的政治联系。
回到国防部工作后，麦基的女友黛利拉在一个有争议的案件中找到了突破口，促使她向NCIS团队寻求帮助。与此同时，麦基和迪诺佐讨论了他是否应该让黛利拉搬进来。
