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海军罪案调查处
第十六季团队面临新的挑战，同时也有很多关于角色过去的故事展开。
在导演万斯被绑架一个月后，吉布斯被指派在他缺席的情况下担任代理导演，团队在全球范围内搜寻他的下落。
在一名海军中尉被发现在热水浴缸中被谋杀后，调查小组采访了受害者特殊社区的几个家庭。此外，托雷斯在与帕尔默的一个不稳定的夜晚后必须面对后果。
NCIS的一名特工在调查海军一级士官Todd Nicholas和他的妻子、受欢迎的真人秀明星Sheba Nicholas家外发生的爆炸后追星。此外，万斯还在继续为他被扣为人质时所受的伤进行物理治疗。
吉布斯在偏远小屋的宁静假期被托比亚斯·福内尔和海军上尉菲利普·布鲁克斯的突然造访打断，NCIS也打来电话，请求他帮助寻找一名躲在他附近树林里的劫匪。
在一名谋杀案受害者留下的一段50年前的录音被发现后，NCIS团队试图为因该罪行被判无期徒刑的海军陆战队队员雷·詹宁斯开脱罪责。
NCIS到达万圣节犯罪现场后，Torres认出受害者是联邦执法培训的朋友。此外，吉米认为，在物体不断神秘移动后，他的实验室被鬼魂所困扰。
一名街头艺术家和活动家的壁画被盗后，NCIS的调查导致了一场关于海军承包商和海洋哺乳动物安全的阴谋。此外，毕晓普与这位街头艺术家有着特殊的联系。
麦基和毕晓普前往阿富汗，此前该州发生的一起谋杀案与一系列在海外友军炮火中丧生的士兵有关。此外，凯西离开实验室，陪同托雷斯进入现场，处理更多的法医证据。
当一桩悬而未决、备受关注的抢劫案的主要嫌疑人从监狱获释后，NCIS团队通过秘密监视重新开始调查。
由于对一名海军老兵谋杀案的调查包括发现一名新生儿，该新生儿没有身份证明，也与家人没有明显联系，该团队的度假计划被搁置。
美国国防部长Wynn Crawford停止了对吉布斯谋杀案的调查，并要求逮捕特工McGee和Torres。
家里的一位老朋友，陆军下士约翰·西德尼恳求吉布斯和他一起进行公路旅行，寻找失踪的军用身份证手镯。此外，一名被NCIS保护拘留的海军中尉被一名臭名昭著的毒贩毒死。
在一名营养不良、困惑不解的9岁女孩被发现藏在储藏室后，NCIS重新审理了一起旧的失踪人员案件，据信该女孩是10年前失踪的一名海军新兵的女儿。此外，毕晓普发现，特工齐瓦·戴维在NCIS正式停止调查后很长一段时间都在继续调查此案。
麦基不情愿地去了他的高中，因为他十几岁时使用的唯一电脑密码与国防部承包商的谋杀案有关。当一名入侵者闯入麦基的家，试图偷走他那台陈旧的高中电脑时，案件升级。
NCIS小组调查一名男子在海上从海军驱逐舰上落水身亡。此外，托雷斯对万斯指导三名高中生的任务感到沮丧。
吉米的岳父埃德要求他篡改NCIS目前谋杀案调查的证据后，吉米在家庭和工作之间左右为难。此外，埃德的扑克伙伴老安东尼·迪诺佐（Anthony DiNozzo，Sr.）主动提出要帮助处理此案。
五角大楼通知万斯局长，吉布斯和毕晓普乘坐的核潜艇正在进行谋杀案调查，但该潜艇已处于无线电静默状态。
托雷斯在一艘破旧的渔船上醒来，浑身是血，记不起过去的12个小时，他依靠团队的调查技能。
在一家海军医院被活跃的枪手封锁后，该小组搜寻一名逃离现场的嫌疑人；斯隆过去的某个人是本案的关键证人。
NCIS调查一名海军陆战队少校的谋杀案，据信该少校在建筑工地发现遗骸后，在9/11袭击五角大楼事件中丧生。与受害者的个人历史驱使吉布斯破案。
