...
海军罪案调查处
第二季团队继续处理各种海军罪案，同时托尼和扎iva的关系也逐渐发展，团队成员之间的默契更加深厚。
海军的沃特森上校走进办公室的时候，电脑里出来一个奇怪的声音，告诉他他的妻女已经被绑架，必须从战略资金里挪兩百萬才能救他们，他受攝像頭監視不能自由移动，於是将这些偷偷寫在紙上讓秘書告知NCIS。 蓋布斯假扮军官去送资料将監視鏡頭安好，托尼則假扮送餐人员送去監聽耳機。凱特和麥基潛进沃特森上校的家里，没有发現強行进入的痕跡。这对母女很有可能是被騙走的，於是蓋布斯授意沃特森上校讓绑匪先放他的女兒。小女兒桑蒂是个盲人，可是有超乎尋常的聽力，她聽出了绑架地点，但是绑匪顯然不是主謀……
施工队挖出了一个隐藏的地窖，里面有一具死去的干尸，身上穿着新娘的服饰……这名女尸是一名海军中尉，经过验尸发现已经死亡两年。屋里的摆设和书籍都是五十年代的风格，Gibbs率领手下调查发现，很有可能是个迷恋五十年代完美妻子的变态杀手。
一架超级眼镜蛇直升机停在名叫烟角的小村庄的神秘麦田圈上，同时失踪了两个海军陆战队员。当地村民都声称看到了极光，是飞碟来访，但Gibbs坚信根本不是什么超自然力量所为。McGee在树林中发现一间被烧毁的小屋，里面有一具被烧焦的人类尸体，经过检测证实是一名失踪人员。
两名士兵在路边发现一具穿着上尉军服的女尸，等到Gibbs一行到达现场，已经有人先行动过尸体。动过尸体的是一名海军女少尉，她和McGee是旧识。Ducky在检查尸体的时候发现了一个三叉戟的烙印，勾起了他的回忆，那是十年前一名一直无法确认身份的女尸，她的身上也烙印着三叉戟。
有个被捆绑的人醒过来发現自己被丟在了海军陸战隊的演習场，儘管他拼命奔跑，还是被演習的炮彈炸死了。 吉布斯他们来到現场，发現一个很無能的探员正在亂动現场，並且已经把案件初步定为非法闖入的意外傷害。吉布斯不理睬的他的結論，重新調查后发現，这里不止一具屍体…… FBI的弗內爾突然来訪，原来炸死的那个人是FBI的臥底，他生前正在跟蹤一名黑社会頭目吉米，顯然是有叛徒出賣了他。在調查中，弗內爾也遭到陷害入獄，他被帶走之前请求吉布斯一定要找出叛徒……
退役海军军官麥奇在超市購物时遭到炸彈襲擊，倖免遇難。 麥奇在阿富汗战争中曾经誤炸平民，吉布斯懷疑这是一起伊斯蘭極端组織的報復行为。FBI再次插手，吉布斯暫时接受保護受害人全家的任务。在行动过程中，吉布斯找出了嫌疑人，但是FBI隱瞞消息並且干預吉布斯審问犯人，而且置擔任保鏢東尼和凱特的性命于不顧。第二次爆炸又发生了，吉布斯利用FBI的把柄威脅了他们，雙方達成交易，罪犯順利收押。他们在開往總部的路上接到艾碧的电话，第二次爆炸用的炸藥很業餘，兇手还有第二个……
一位老人找到NCIS總部，声稱自己杀了人，吉布斯讓他过安檢的时候发現他是二战的榮譽勳章獲得者，是硫磺島战役的倖存者。 老人最近失去了相伴的老伴，由於悲痛很多記憶消失了，他不記得細节，但是堅持自己在二战时杀了自己最好的朋友。吉布斯檢查了證物，没有結論，申请了開棺驗屍，那具屍体失去了雙腿，頭上有一个被擊打的凹槽，和證物点45手槍的槍柄吻合，似乎證据確鑿了，海军部決定羈押老人，但是吉布斯找了一个當年同在硫磺島的日本老人，他要尝试重新喚起老人的回憶……
因心臟病住在海军醫院的多南司令官突然在病床上自行爆炸了，似乎没有多餘的线索能證明是他杀。司令官的主治醫生詹尼斯馬上就要退役了，这是她的最后一个心臟病人。吉布斯讓麥基檢查了醫院的錄影，在多年死亡时間里出現了一名海军少尉，吉布斯帶着凱特围捕少尉，卻发現此名少尉正在尝试自杀，凱特意外擊斃了他。他的教練是他生前最后一个談话者，他證明少尉在那段所謂的杀人时間一直和他在一起，少尉是無辜的，凱特陷入了自責。 艾碧模擬了引爆过程，證实是輸氧管爆炸。爆炸之前詹尼斯醫生照顧过他，可是怎么点火仍舊是个謎團……
在海军驻地，有人闯进罗温斯太太的家企图强奸，罗温斯开枪击中了他。吉布斯来到现场，发现没有强行进入的痕迹，罗温斯太太声称从来没有见过被她击中的人。Tony和kate来到医院给强奸犯拍照，强奸犯突然苏醒，说自己是被邀请去罗温斯家的，他们在一个色情网站相识而相恋。
東尼到監獄做臥底，在和海军重犯懷特一起押送的过程中，他们製造了一起逃脫事故。 因为懷特至今没有招供他在伊拉克偷运的古董的下落。懷特生性多疑，他製造了一次車禍，讓東尼和總部失去了聯繫，聰明的東尼到处留下暗号…… 副国务卿一直在打电话詢问，不勝其煩的麥基在吉布斯的授意下终於讓对方閉了嘴。凱特得到了新的线索，原来懷特不僅僅是盜竊犯，手上还有三條人命，並且杀人手段及其殘忍，眾人为東尼深深擔憂。 循着東尼留下的記号，凱特他们追蹤到了東尼的車，但是車里的東尼已经向懷特表明瞭身份，不动声色的懷特偷偷取出了刀……
失踪了两年的海军上尉布莱恩的尸骨意外被发现，他和自己的车一起沉在黑湖里。在此之前他的家人悬赏100万寻找他。在尸检过程中发现了子弹，布莱恩的弟弟汤姆成了最大的嫌疑人。发现尸体的是着名私家侦探库伯，他不厌其烦的找到吉布斯，展示自己的证据，希望吉布斯可以结案。
销售公司的销售员正在向海军下士兰波特推销服务，却意外发现对面传来异常的声音。吉布斯来到现场，屋里到处是打斗的痕迹，兰波特下士不知所踪，现场迹象似乎是被谋杀。
Ducky收到的人肉碎块终于拼成了三具尸体，他们的身份很快确认，是当年Ducky作证的一起强奸杀人案的检察官，法官，陪审团主席，凶手是一名想成为验尸官的医学院学生文森▪汉兰。吉布斯和凯特来到汉兰家，被告汉兰已经在一年前的车祸中死亡。
一个女孩报案说住在她楼对面的海军被人勒死了，可是警察却在现场找不到任何痕迹，吉布斯让麦基去现场看看有没有调查的价值。托尼和凯特在模拟现场时发现了可疑的人类尿液，经过仔细搜查，找到了很多藏匿的现金。
在雪兰多国家公园，一名叫摩尔的海军中士从山崖坠下身亡，身上有被狼咬过的痕迹。目击证人只有摩尔的妻子和最好的朋友，他们告诉吉布斯摩尔在失踪之前和公园里的流浪汉有过冲突。艾比在死者头上找到了棒球棍的特制木料，摩尔是被谋杀的。
海军中尉阿曼达被人杀死，奇怪的是嫌疑犯竟然没有逃走，而且满手鲜血的来开门……嫌疑犯坚决声称自己是无辜的，认为死者并不是和自己一夜情的那个女孩，那个女孩是在酒吧跳艳舞的舞女。艾比也证实虽然嫌疑犯满手都是血，可是凶器上却没有指纹。
有人把一对人类眼球寄到了海军中士本杰明家里，但是本杰明不承认自己和这些有关。东尼和凯特负责在他门外监视，本杰明在家里自杀了。本杰明自杀前曾给自己的老师普塞尔打过电话，他是海军退役上校，也是海军学员秘密行动的讲师，同时还是在巴拉圭活动的双重间谍。眼球的主人被确认是一个17岁的女孩，她还有一个身份是普塞尔的妻子。
在弗吉尼亚海滩，一场泳装秀正在进行，三号选手突然失踪，她的尸体被一位老太太在厕所发现。死者是海军中士蒂弗尼乔丹，死前打给一个叫莉莎的瑜加教练打过电话，但是莉莎坚称蒂弗尼只是自己的一个学生。有一个已经出狱的男人给蒂弗尼写过很多信，可是此人却有完美的不在场证明。
住在精神病院的海军中尉潔西卡總是被夜晚魔鬼一樣的声音威脅，吉布斯帶着眾人前去調查，没有发現任何異樣，傑西卡的主治醫生維特上校堅持只是精神問題。 潔西卡得病之前在海军得秘密機構工作，吉布斯懷疑有內情，再次来到精神病院，一名叫凱瑟琳的病人主動介紹了情況。潔西卡的上司韋德上校被控在政府交易中收取回扣，卻从来没有找到證據，吉布斯找到他，他卻堅持自己是清白的，和潔西卡也是父女一樣的關係。 潔西卡説有東西在她房間，等到吉布斯趕到的时候潔西卡已经在病房上吊自杀了，但是艾碧发現这是佈局精巧的謀杀……
一天深夜，海军學员们正在舉行兄弟会測试，一名學院偶然发現了一具脖子被折斷的屍体。 死者是海军學院的特納，他的死亡方式顯示是海军陸战隊的手法，他的隊友布雷克成了最大的嫌疑犯，因为他同时失蹤了。艾碧的电脑被駭客侵入了，麥基循着信号追蹤，竟然找到了布雷克的屍体，死亡方式和特納一樣。电脑駭客被抓，他告诉吉布斯他们兩个有一个共同的女友艾希莉，很有可能是争風吃醋致死。可是艾希莉告诉他们，兩个人在幾天前在幫她躲避教官黎卡的騷擾……
