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海军罪案调查处
第三季被称为'变革之季'，团队面临重大变化，扎iva加入团队，同时吉布斯也经历了个人的危机。
恐怖袭击后，NCIS团队震惊不已，每个人都在用自己的方式努力应对凯特的突然离世。现在他们的任务是收集所有关于阿里的信息，在他造成更多破坏之前阻止他。
吉布斯仍在为凯特的死感到痛苦，当阿里绑架了达基并决定戏弄他时，吉布斯更加受伤。吉布斯派托尼跟踪扎iva，在珍妮和吉布斯差点被枪打死之后，他更加决心要彻底解决阿里，而扎iva与阿里之间奇怪的联系正是他需要的帮助。
吉布斯奉命与一名即将被处决的罪犯交谈，以获取他藏匿受害者地点的信息，但当计划失败时，团队必须用自己的方式破案。
当在内战时期的墓穴中发现一名男子的尸体时，团队发现受害者是一名中士，他被活埋了。在调查过程中，艾比追踪到了受害者的最后一通电话。
当一名军官在高速公路上被枪杀时，NCIS团队接手调查。第一条线索是受害者过着双重生活，这让他们找到了一个可能的破案方向，但当发现受害者的遗言时，情况发生了逆转，这引导他们找到了完全不同的线索。
NCIS团队接手了一个奇怪的案件——一名海军陆战队员的妻子在网上被直播谋杀。调查显示，两名家庭主妇经营着一个色情直播网站，现在她们都失踪了。在寻找她们的同时，团队将尝试追踪网站管理员并侦破这起谋杀案。
当一名六岁男孩告诉NCIS团队他的父亲被绑架时，团队发现失踪的父亲实际上是一名中校，正在参与一个名为"荣誉"的秘密项目，而且他是唯一知道打开该项目密码的人。
当两名雇佣杀手的尸体被送到NCIS团队时，扎iva和托尼伪装成受害者的身份进行卧底，以寻找雇佣他们的人。
NCIS团队调查一起看似简单的案件，却发现这是一个精心设计的圈套，目的是陷害团队中的一名成员。
菜鸟特工面临严峻考验，在一次任务中必须独当一面，证明自己能够胜任NCIS的工作。
当一名年轻模特被发现死亡时，NCIS团队展开调查，发现她的死与时尚圈的黑暗秘密有关。
团队成员被困在一个封闭空间里，必须在时间耗尽之前解开谜题，否则就会有生命危险。
当一名负责核电站燃料棒运输的中校失踪时，NCIS团队被叫来。团队必须及时破案，在绑架者发现燃料棒的秘密位置或伤害中校之前。
NCIS小組在調查兩个海军妻子的被杀案，他们必須在兇手攻擊下一个目標（另一个海军妻子）前將他捉拿歸案。
在調查一間非法改裝車輛的店时，NCIS在其中一輛卡上意外發現了幾个藏匿起来的海军頭顱。在找潛在嫌疑犯的同时，小組必須找到身体的其餘部分来找到真兇。
一名海军死於交通意外。救護車运送他殘骸的途中爆炸了。NCIS奉命去調查事情的真相。調查过程引出了意外的發現—救護車裏殘骸的DNA和那名海军並不吻合；而且救護車是被預先設定好的炸彈引爆的；遇害海军的家庭隱瞞著一个重大的秘密。
一群少年在国家森林公园裏發現了一塊海军的身份識别牌，NCIS奉命調查。在搜索該海军的營地期間，小組發現还有另外一个人和他在一起，而且很可能是女性。这个調查牽扯出更大的發現—在这个森林公园裏可能存在一个專向女人下毒手的連环杀手。
一个中學生走进Quantico基地的高校，他身上綁了炸彈，並挾持了人質，聲稱要發动自杀式襲擊。Gibbs孤身一人进入教室、企圖化解危机，結果發現校园外有其他人在控制著这个學生。教室外，Tony接管一切，擔起領導小組的重任。
幾个孩子在冰湖上溜冰时，被一个失蹤海军的屍体絆倒了。Gibbs和小組接報到场。在冰湖上搜索更多线索时，他们發現了另外三个被槍杀的屍体。对屍体进行解剖时，Ducky和Gibbs發現这三个額外的受害者有黑幫紋身。得到这个重要資訊后，小組開始調查該海军和一个死去的幫派人员間的聯繫。
一名五角大樓的解码專家的屍体被發現。NCIS小組必須查出她是否內奸、是否自杀。隨著調查的開展，他们發現她死的时候並不是孤身一人的，是被謀杀的。因此他们必須找出那个內奸、那个杀害这个解码專家的人。
