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海军罪案调查处
第五季团队继续处理各种案件，同时也面临着来自内部和外部的各种挑战。
NCIS小组在追捕「青蛙」的任务中，揭发了一个重大的秘密，DiNozzo见到啦女朋友的父亲，这个任务扑朔迷离，有个充满爆炸性的过程。
Ducky进行一名女士官的解剖，发现一个惊人的事实，谋杀案因此转变为寻找失踪婴儿的任务。同一时间，Tony必须厘清自己对Ziva的感情。
Gibbs与Mann中校共同调查一起海军上尉的谋杀案，他在国防情报局工作，有接触高机密资料的权限。这起案件中，Gibbs一任前妻竟然是重要证人，他会让私人感情阻碍办案吗？
Ducky发现一名用于公益研究的尸首，竟然是谋杀案的受害者。NCIS小组进一步发现这个受害者真正的身份是一名犯罪天才，他的专长是抹灭过去。
NCIS小组收到紧急任务，任务是阻止一名海军军官跳楼自杀，但是这名军官却当场遭人谋杀，NCIS小组必须找到杀害他的人。
NCIS小组来到执行勤务中的研究舰上，进行一件神秘谋杀的调查，却偶然发现海上漂来的船上隐藏着一桩秘密，使得多人赔上性命。
Gibbs进行犯罪调查时发现，这个案子涉及他死去女儿的一名朋友，他的情绪因此受到干扰。这个调查后来有个惊人的发现。
一名海军上将遭到谋杀，NCIS小组进行调查中，却被一名女子打乱了办案方向。她来寻找政治家丈夫的下落。
NCIS小組暫时成为一名九歲男童的褓母，小男孩的父親是解開一件懸案的关键人，卻神秘失蹤。NCIS小組循线来到荒煙漫草中，發現了一个令人震惊的事实。
NCIS小組試图緝捕一名有妄想症的海军，他不僅殘暴，还以为自己身於伊拉克的戰场上。NCIS小組卻發現这个男人曾是秘密实驗的受害者，为了这个实驗，付出的代價卻難以估計。
一名年輕的回教徒海军军官，在自己教區內的清真寺旁遭到謀杀。達奇因为这名军官的宗教信仰，拒絕进行解剖。NCIS小組只好派麥基进入清真寺，置入竊聽器，卻發現FBI早已置入他们的竊聽器。
为了缉捕一个偷走海军高科技雷达的窃贼，NCIS小组在仓库中进行监视工作。但是他们却意外目睹一件谋杀案的发生。同一时间，Ducky有件事隐瞒着大家。
一名狗主人神秘死亡，NCIS小組必須鑑定他是被自己的狗謀杀，还是謀杀者另有其人。艾碧決定要为狗狗的生命而戰，找出證明牠清白的證据。同一时間，吉布斯發現了雪帕处长的秘密
「青蛙」的尸体终于浮出水面。FBI根据举报消息调查NCIS小组内全部的探员，希望找出谋杀「青蛙」的人，而DiNozzo的嫌疑最大。
兩名NCIS成员来到伊拉克的巴格達，調查砲彈攻击事件。然而这起調查，到頭来變成一樁謀杀案調查。
姬瓦进行臥底任務，跟蹤一名連环杀人犯。但是當他開始懷疑起姬瓦的身分，她的生命安全受到了極大的威脅。
法醫助手帕馬遭遇生命危險，自己變成不知名謀杀犯的目標，这是因为他是唯一可以認出凶手面目的證人。
一名前任NCIS探员突然死亡，NCIS小組在追緝凶手时，也被凶手追杀，陷入生命危險
NCIS繼續追緝杀死探员的凶手，他们必須在有限的时間內找出凶手，因为他的下一个目標是老大吉布斯。在案情尚未明朗前，这个任務需要每个組员同心協力，然而卻頂撞了副处长的權威。
