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Persona4 the ANIMATION
因为双亲前往海外出差，只剩下鸣上悠一个人留在日本，于是暂住在舅父家。在他转校的八十神高中，有一个深夜电视的传言：“在雨夜的12点，看着没有开着的电视上自己的脸，就会浮现另一个人的映像”。鸣上和同伴在确认深夜电视传言的时候被拉进了异空间，他们随即发现深夜电视跟镇上的连续杀人事件有莫大关系，在那里搜查时被称为暗影的怪物袭击。鸣上一行人跟怪物接触而觉醒了Persona能力，他们认为警察并不会相信这么离奇的事，便决定独自解决这起连续杀人事件。
在叔叔家度过了1年的鸣上悠。在搬家的稻羽市，在雾中发现了悬挂在天线上的惨死尸体。奇怪的事件让小镇骚动。在这之中，转校的八十神高中流传着奇怪的谣言。下雨天晚上0点在电视画面上映的《马约纳卡电视》。不经意间尝试的悠和同学花村阳介、里中千枝一起体验了与事件相关的不可思议的体验。
觉醒人格面具力量的悠，在电视世界中结识了被称为熊的奇妙玩偶。第二天早上，镇上又在雾中发现了惨死的尸体。为了调查马约纳卡电视台和事件的关系，再次进入电视的悠达。在那里，阳介遇到了另一个叫做影子的自己。
在马约纳卡电视上放映的雪子。第二天，得知雪子失踪的悠在熊的协助下，和阳介和千枝一起潜入电视上映的城堡。在那里，出现在三人面前的是千枝的影子。被指出内心黑暗的千枝让影子失控了。
加上新觉醒人格们的千枝，悠他们再次冲向电视中的世界。为了拯救雪子，展现狮子般奋迅活跃的千枝。出现在她们面前的是穿着连衣裙的“异质”雪子。为了接受雪子隐藏的思念，千枝面对雪子的影子。
在千枝的拜托下，暂时加入篮球部的悠。在那里结识了部员一条康、足球部的长濑大辅、经理海老原爱，但悠逐渐被传闻为问题儿童的节奏所左右。在这之中，由于被情人提出恋爱咨询，悠和他们的关系朝着奇怪的方向发展。
救出雪子以后没有发生新的事件，悠暂时过着平静的学园生活。约定了黄金周一家三口出门，但是辽太郎突然有工作要做。期待大家一起出去的菜菜子很沮丧，但根据千枝的提议，决定和悠、阳介、雪子一起在杰尼斯玩。在最喜欢的杰尼斯和兴奋的菜菜子加深关系的悠。但是，随着马约纳卡电视台出现了新的人物，事件再次开始动起来。
在马约纳卡电视台清晰地放映的巽 完二的样子让人无法掩饰不安的悠一行人。为了解决再次发生的失踪事件而去电视里，但是熊也不知道完二的下落。为了寻找线索而在街上询问完二的悠一行人，在那里知道了他不为人知的一面。
完二加入了同伴，悠一行人在林间学校度过了短暂的快乐时光。在这之中，悠结识了事件受害者小西早纪的弟弟尚纪。事件发生以来，被孤立的尚纪对和姐姐关系很好的阳介和悠说了一句意想不到的话。
稻羽市出身的偶像久慈川理濑在电视上突然宣布开始休养，回到了家乡。仿佛与之呼应一样，在马约纳卡电视上放映的女性的样子。判断其模样和理濑相似的悠一行人，这次为了防止事件发生，监视了事件发生。在这之中，出现在可疑人物的面前，悠一行人想要抓住犯人。
为了拯救失踪或失踪而进入马约纳卡电视台的悠一行人。另一方面，理濑无法接受自己的影子，让影子失控了。被那种力量压倒，陷入前所未有的困境的悠一行人。在危机之时，为了拯救他们，在影子的攻击前挡住的是熊。
新发现的遗体是悠和阳介的班主任诸冈金四郎的。发现遗体的情况等与之前的两起杀人事件非常相似，但诸冈在马约纳卡电视台没有出现。以马约纳卡电视台为基轴追踪事件的悠达的推理回到了原点，自称特别搜查队的成员们不知所措。然后更令人惊讶的事情发生在他身上。
直斗告知嫌疑人被警察抓住了。案件的解决就在眼前。那天晚上，在马约纳卡电视上放映的熟悉的人物。当他们走进电视机时，他们被告知“来抓我！”里面就像电视游戏一样的世界。
事件顺利解决，过着平静的日常生活的悠。但是，进入暑假后悠的遇到了很多不可思议的事情，随着时间的流逝，悠逐渐疲惫不堪，菜菜子很担心。另一方面，各自度过暑假的阳介等人也觉得悠的行为很不可思议，协助了菜菜子担心的想法。
当菜菜子丢了她最喜欢的雨伞时，悠想给她买一把同样的雨伞。但是那把带有豪华配件的雨伞出乎意料地昂贵，以现在手上的钱买不起。就这样为难的悠在有着不可思议气氛的狐狸的引导下开始打工。从那时起，社交活动开始偶然扩大，与各个城镇居民的相遇编织成了羁绊。他动荡的暑假都在这里讲述。
暑假也结束了，期待已久的修学旅行。今年1、2年级联合，决定去辰巳港岛。直人仍对事件不相信，于是转学到八十神高中独立调查。旅行期间也独自行动的直斗，总觉得有点在意的悠达。和直斗打招呼，一起行动的过程中，修学旅行的夜晚出现了意想不到的转折。
直人在电视新闻节目中接受采访，表达了自己对这一事件的看法。直斗出现在以为事件已经结束的悠一行人面前，展示他的推理，但与作为事件当事人的悠一行人的差距没有被填补，而是沿着平行线。几天后，悠一行人看到了马约纳卡电视上放映的直斗的身影，再次走进电视。
直斗的举动表明，事件尚未结束。真正的犯人到底是谁？将直斗加入同伴的悠一行人，再次面对这一事件。与此同时，直人主动提出调查案件之谜，也提出要调查马约纳卡电视台，还有熊的存在。
有一天，悠发现了菜菜子去世的母亲的照片。菜菜子尽管感到悲伤和孤独，但仍然表现得很坚强，但是因为父亲辽太郎忙于工作，她的感情终于无法控制。
距离八神高中的学园祭还有一周。悠他们的班级决定举办“相亲咖啡厅”。而且，根据阳介的推荐，千枝、雪子、理濑、直斗决定一起出战“八高小姐”。愤怒的千枝，反而推荐悠和阳介、完二参加“女装比赛”。就这样，在全体同伴决定参加活动的时候，悠结识了从吹奏乐部的退出少女绫音。
文化节最后一天，悠一行人借着庆典带着菜菜子在天城屋旅馆住了一晚。在温泉旅馆里展开的各种事件和悠一行人住的房间里听到的奇怪女人的啜泣声。在这之中，悠看到了作为旅馆女继承人成长起来的雪子的另一面。
