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百花繚乱
故事发生在21世纪初叶的日本，此时的年号是“平诚”。虽然锁国政策已经完结，但德川幕府的统治还在继续。在富士山的山脚有一间巨大教育机构·武应学园塾。这里的部分学生对德川家进行反抗，学生会执行部称其为“丰臣狩猎”，并对其进行镇压。本作的主人公、柳生道场的代理师傅·柳生宗朗虽世代为德川效力，但他却对执行部的镇压行动抱有疑问，为此却被学生会命令撤走道场。撤走期限即将来临之际的一天晚上，宗朗与真田幸村后藤又兵卫被学生会直辖部队追杀逃进柳生道场秘密房间后，突然从天花板堕下一名手持双刀的全裸美少女。自称柳生十兵卫三严的少女击退了强袭道场的服部忍者，从此之后，就有众多日本历史上的武将以少女身份出现在宗朗面前。
当大局变得更加清晰时，枝野幸男和他的基因怪人大军从隐约可见的阴影变成了可能的日本救世主。与此同时，穆内基拉发现了自己内心的新力量，和他信任的武士一起，他们为未来的战斗坚强了自己。
一个神秘的内衣贼潜伏在咖啡馆里恐吓少女们。。。
Kanetsugu介绍了一个恶毒的企图摆脱佐助的头号女佣的称号战斗。
吉森参观了咖啡馆，并试图申请一份工作。
这家咖啡馆遇到了麻烦，因为该地区新开的少女咖啡馆偷走了顾客。在M-1大奖赛希望回到处女平衡的头号咖啡馆。。。
少女咖啡馆关闭，道场债务还清，女孩们可以集中精力进行“气”训练。
Keiji继续训练女孩们“气”的艺术。朱贝被困在大师武士模式，她的“气”正在迅速消退。
在一位不明身份的袭击者从武士圣经的研究中返回时，玉村和马塔比遭到袭击，他被因顺驱赶。第二天，汉佐和马塔比遗憾地发现，他们在过去的冲突中无法保护主人。道场里的每个人都会遇到一个未知的袭击者，而萨钦和朱贝继续他们的Ki训练，萨钦在那里横穿了英顺。朱贝带着Inshun一起和她在一起，在这一天她给她起了一个绰号“陈砚”。他们都同意在即将到来的战斗之后成为朋友。那天晚上，穆内卡拉、朱比、育村村、森、马塔比和汉佐去寻找神秘的袭击者。森在搜救过程中遭到攻击，但汉佐无法保护她。只有通过Inzo的干预，攻击者才被赶走，但小组错误的Inzo是真正的袭击者。
野田佳彦在外界的影响下袭击了小二郎，而枝野幸男则在一旁看着保护金戈石的屏障的修复。当森、木内村和由村讨论情况时，朱北试图为仁顺辩护，以防因怀疑而导致她逃跑。Yukimura继续研究武士新娘，Sen出去训练，Matabei和Hanzo一起训练接吻。Kanetsugu打断了后两个来训练他们，但是她的计划适得其反，因为Matabei和Hanzo都在幻想接吻时折磨她。朱贝和武藏谈了她所担心的，每个人都认为仁顺是街头袭击者，这在不知不觉中引起了武藏的怀疑。小次郎看着马泰蒙被控制，跟着她回到镇上。穆内基拉、森、由村由纪夫、马塔贝和汉佐在镇上搜索，武藏面对沉默的仁顺，说自己是街头袭击者。森发现了街上的袭击者，他退回道场周围的森林，结果被抓获。
小二郎向墓地里的鬼魂询问黑暗武士复活的原因；马塔贝、汉佐、菅直人和吉森在道场等待；穆内基拉、朱北、朱北和枝野幸男向森询问金戈石。结果表明，金戈石位于富士山的底部，控制着日本对碘化钾的积累，从而保护金戈石不受碘化钾的影响。大日本是由放置在那里的金戈石建立的，并且不断地被金戈石连接在一起，然而鬼魂希望用黑暗武士来摧毁金戈石。鬼魂的唯一愿望是战争，因为他们不认可德川幕府的权力。到目前为止，吉彦的武士大师已经阻止了他们，但是在他们打败黑暗武士的时候，查尔斯放弃了朱贝这个名字，因为他是那个打败了阿马库萨的人的真实身份。这给了枝野幸男一个月的修理时间，但鬼魂很生气，因为武藏在战斗中挂断了电话，让枝野幸男有时间。
在Yukimura透露情况后，Muneakira和他的武士大师正试图创造一个有闪回的武士新娘。由于武藏的封印，穆内基拉无法继续。仁顺要求武藏在战斗结束后给穆内基拉解封的方法，然后消失了，而小次郎则向马泰蒙讲述了每个黑暗武士由于复活不当而存在的缺陷。当武藏去八角场参加战斗时，小次郎和马田蒙攻击了金戈石。朱贝挑起武藏投入战斗，而仁顺保卫着金戈石。因顺被玛泰蒙带走，因为墓园中的鬼魂由于对金戈石造成的伤害而变得更加强大。当小次郎要杀死查尔斯时，吉森用她的恶魔之眼出现了。小次郎和马田梦可以逃离，但由于鬼魂赋予武藏权力，她威胁要自杀，因为她不能公平地打击朱贝。
森盲目地追求着被诅咒的灵魂，当它来到学院的时候，韩三牺牲了自己来保护森。心烦意乱的森也被杀死了，因为她对韩三的尸体感到懊悔。两人都被精神所吸收，因为Yukimura，Matabei，Sasuke和Kanetsugu继续战斗。他们也被杀害和吸收一个接一个的穆内基拉，朱贝，和凯吉抵达见证他们的吸收。穆内基拉攻击灵，却在被击中时被凯基救了出来。愤怒的朱贝进入了与印戈的灵会，印戈告诉她，她希望死在朱贝的手上，因为穆尼凯拉可能还活着。在学院里，枝野幸男被告知精灵将在金戈石的屏障完成前七分钟到达。Keiji把她的气倒进Muneakira告诉Jubei，虽然其他人都相信武士新娘是可怕的强大，但她相信武士新娘不是。
