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包青天已经成为后世清廉的象征，若追溯到他的青年时代，稍显生涩的包拯一心追求着真理，发掘事实真相比功名利禄重要。还在求学准备科举的包拯已是庐州著名的才子，同学中另有一名才子公孙策也是一个心高气傲的聪明人，总是想与包拯一较高下。但每次破案都是被包拯抢先一步，渐渐地被包拯的才智和胆识所折服。而误打误撞认识的凌楚楚其实背负着血海深仇，当她用计把包拯一行人带到自己从小生活的村庄，以求包拯寻找出当年父亲失踪的真相时，大家对楚楚平日的活泼好动背后故事有了更深的了解。包拯多次得罪权贵，以求真相，日后成为有名的清官在这个时候就已有迹可循。
北宋仁宗年间，汴京每有奇案发生之时，号称“大宋第一聪明人”公孙策便会出现在现场。 “大宋第一聪明人”不是包拯吗？原来包拯已经失踪两年，下落不明。三年前和谈金被盗，宋辽议和一事一直搁置，皇上委派公孙策前往边境双喜镇议和，大辽南院枢密使萧军却离奇丧命于此，一家妓院里，公孙策与展昭竟意外发现包拯。
原来包拯已经失去记忆，他在妓院和一帮姐妹成为好友，因爱吃大包子而被戏称为“大包”。厨子小蛮总是欺负大包，两人成为欢喜冤家。双喜镇县官安国泰同样离奇被害。辽国限定公孙策在规定时间内破案，否则进攻双喜镇。失忆的大包误打误撞帮公孙策破了案。
公孙策和耶律俊才设下圈套，很快发现西夏派来潜伏于大宋境内的王海霸便是凶手。可大包的意外发现，又使安国泰的死因现出新的疑点，凶手又成为一个谜。种种猜测之后，公孙策为刺激包拯，故意怀疑厨子小蛮是杀人凶手，而大包坚信小蛮无辜。为救小蛮，包拯答应一天之内找出真正的凶手。
尽管对手布局精妙，大包还是找出了萧军和安国泰的真正死因，但却没能找出真正的凶手。为救小蛮，包拯居然说自己便是凶手。离辽军限定破案的期限越来越近，驿站后院又发现一具死去多年的男性遗骨，看似和之前的杀人案没有关联。可尸骨如此巧合的出现在这样的时间和地点，会不会成为破案的关键？
官兵万吉祥又被杀害。种种猜测之后，因盗窃和谈金在三年前被处死的马兵被疑为凶手，他究竟是死是活并没有人敢下断言；同时，公孙策也没能发现接连三个不相关的命案之间有何关系。离破案的最后期限还剩一天，真凶依然逍遥法外。此时，又有人被杀的消息再次传来。
嫌犯王海霸在狱中被杀，看守他的衙差也同时被害。展昭发现重要线索，公孙策根据种种现象推断妓院老板黄乐是凶手，不料此时，黄乐自杀身亡，被认为是因暴露身份而被灭口。耶律俊才认为没有足够证据证明黄乐是凶手，包拯又争取到了一天的破案时间，关键时刻，又有新的线索出现。
耶律俊才决意要攻打大宋，公孙策在营中陪耶律喝酒企图稳住他，同时私下安排转移双喜镇居民；另一方面大包继续努力寻找真凶。当包拯离真相越来越近的时候却被不明身份的黑衣人打晕，辽军大举进攻，千钧一发之时庞太师之子庞统带军赶到……危难关头，包拯醒来，并且阴差阳错恢复了记忆。
经过周密分析，包拯终于找出真凶，原来凶手一直隐藏在妓院里，并设计了这一系列的杀人圈套。包拯同时查出了当年和谈金失窃的内幕，一系列的连环案水落石出。
在事实面前，马回峰终于承认了所有的罪行，最后大彻大悟，对自己所做的一切后悔不已，自杀身亡。包拯虽恢复记忆，可始终不能想起自己是如何失去记忆、如何被扔到京城之外的。厨子小蛮不舍“大包”，跟随包拯来到京城。一回京城，包拯便被召进宫，包拯巧妙应对庞太师刁难之后，皇上仁宗亲自召见。第二单元
皇上委派包拯寻找“天芒”的秘密。包拯和分别两年的包大娘相见。受皇帝之命，包拯、公孙策、展昭和女扮男装的小蛮一同前往迦叶寺迎接东瀛使团及其带来的藏有天芒秘密的“三大神器”。三大神器让整个寺院充满诡异，包拯直觉会有危险发生。而展昭巧遇师伯长水大师。
长水大师意外死去，被认为是神器的诅咒。寺院僧人对长水大师的离去悲痛不已。面对似乎没有任何线索的案发现场，包拯手足无措，难道真是“三大神器”杀人？事后不久，寺院里又有人被杀，刚接过长水大师袈裟的无忧大师也神秘死去。现场和长水大师颇为相似，似是一个凶手所为。
展昭被派去跟踪东瀛小忍者小狸，两人“不打不相识”。长水大师和无忧大师死去后，可以接替他们位置的无止被怀疑是凶手，然而在和包拯一番坦诚对话之后，两人有了朋友的默契。包拯、小蛮、公孙策一群人下山找大包子吃，在一系列意外的启发下，包拯对案情有了新的推断。
种种迷团之后，包拯查出东瀛来的少将军是凶手，证据面前，少将军并不认罪，反而指出包拯判案的几个破绽所在。正在此时，传来从东瀛来宋的一孽大师被杀的消息，他的徒弟小狸伤心不已，展昭一直陪伴在她身边。一孽大师的死和前两宗案件有许多相似之处，包拯绞尽脑汁却并没有找出真凶。少将军要血洗迦叶寺，公孙策带兵及时赶到。
双方僵持之际，少将军的父亲——大将军到达迦叶寺，限期包拯两天内破案。一直在迦叶寺的将军夫人——少将军的母亲被疑为凶手，正在此时，夫人却被杀害。包拯和公孙策查出夫人是中毒而死之后，真凶依旧没有现身。案情越来越复杂，包拯在一团乱麻之中几乎失去信心。
包拯和大将军的精心设计使凶手露出破绽，在事实面前，少将军不得不认罪。一切表象之下，一个凄美的爱情故事被揭露出来，少将军同父异母的弟弟在寺院里潜藏多年，少将军一心想找出弟弟并杀死他。想不到看似真相大白的背后，一直隐藏着另一个同谋，竟然是两个人联手制造了这四起血案。
包拯找到了真凶，真凶却为了救大将军而死，少将军也跳下悬崖……大将军发现了包拯寻找天芒秘密的用心，用优厚的条件“诱惑”包拯赴东瀛辅佐其治国。不经意间，包拯发现了“三大神器”中隐藏了和“天芒”相关的秘密。第三单元
大将军带领东瀛使团带走了三大神器。皇上得知包拯获知了一些天芒的秘密之后，命包拯立刻出发继续探寻。包拯想尽办法仍无法摆脱小蛮，四人又一起上路了；不料却迷路进入一片森林，遇到许多奇怪的人和事。意外得知当地巡抚大人刘义离奇地死去的消息，包拯等人决定去看个明白。
据说刘义的死和西陵王的脸谱有关系，刘夫人思夫心切，悬赏重金寻找能够把刘义之灵带回阳间的祭灵人，以藉丈夫亡魂。在灵术比赛中，江湖道士们破绽百出，而住在刘义家的天问姑娘却用"读心术"让在场众人心服口服。
刘夫人心愿已了，欲将脸谱和刘义一起下葬。谁知富商钱并早对脸谱垂涎已久，于是偷了脸谱给自己戴上，怪事又发生了，钱并好像着魔一般发疯了，并且和刘义用了几乎一样的方法自杀了。公孙策和包拯解剖尸体时，发现一些疑点，最后他们怀疑地方将军高甲是凶手。
展昭和高甲交手，险胜。高甲寻机偷了脸谱，随后和刘义、钱并一样，几乎用同样的方式在相同的地方自尽了；死之前，高甲劫持了包拯。包拯在和高甲接触时发觉高甲好像活死人一样，包拯恐惧不已。尸检时，同样有一些疑点出现。公孙策突然想明白了许多问题，发现天问姑娘原来根本不懂法术。
