...
宝可梦
小光是一个住在新奥地方的10岁女孩儿。今天是她以新人训练家的身份出去冒险旅行的值得纪念的日子。首先，为了得到最初的宝可梦，小光以隔壁城镇的宝可梦研究所为目标出发，然而却完全迷了路。 正巧这个时候，研究所里新人用宝可梦树苗龟、小火猴、圆企鹅开始打架引起了大骚乱！而且，宝可梦们从研究所逃了出来，这下子事态更加严重了！历经风波的小光的启程，究竟会变成怎么样呢！？
小光是住在神奥地方的十岁少女。今天是她以新人宝可梦训练家身份出去冒险旅行的日子。她为了拿到第一只宝可梦，朝向隔壁镇的宝可梦研究所前进，但是中途却迷了路。而此时，新人用宝可梦草苗龟、小火焰猴、波加曼，刚好在研究所内大打出手，导致研究所内的宝可梦们也窜逃出去…
小光以祝庆市为目标旅行的途中，撞见了受伤的皮卡丘，本来想收服它，但是却发现皮卡丘已经是有训练家的宝可梦。此时，火箭队出现，开始攻击皮卡丘，小光路见不平救了皮卡丘，随后她带著体力耗尽的皮卡丘到宝可梦中心，并决定要帮皮卡丘寻找它的训练家。另一方面，在寻找皮卡丘的小智，遇上了君莎小姐，小智听从君莎小姐的建议，先到了山梨研究所去，结果…
使用刚收服到的姆克儿来找皮卡丘的小智，遇上了正在收服姆克儿的少年。虽然小智对於这个少年收服宝可梦的态度，感到很不悦，但是当少年提出要和小智做三对三的对战时，小智因为身边只有两只宝可梦所以无法跟他对战。而此时，火箭队刚好在附近袭击皮卡丘，虽然皮卡丘用「伏特攻击」还击，但仍然败给了火箭队的新机器。发现「伏特攻击」的电击而赶到的小智，跳上机器想要救皮卡丘，企图阻止他的火箭队也因此自取灭亡。救回皮卡丘的小智在回到山梨研究所後…
才刚开始一起旅行就已经闹不合的小智与小光，小光干劲十足地准备要收服野生的卷卷耳，但是因为小智在一旁多嘴，结果两人就这样吵了起来。而此时出现在他们面前的是带著「花苞宝可梦」含羞苞的吟游诗人「尚志」。小光想要让小智认同自己的实力，於是就向尚志提出对战比赛的邀请，不过…
在前往祝庆市的途中，皮卡丘被火箭队的热气球带走。小智在姆克儿帮助下，成它a击落热气球。可是，热气球坠落的地方是在有点远的湖泊边，小智一行人立即往湖泊的方向跑去。另一方面，皮卡丘被野生的草苗龟搭救了。干劲十足的草苗龟保护皮卡丘，赶走了火箭队，甚至连随後赶到的小智一行人也被它误会成敌人…
收服到新同伴草苗龟之后，继续旅行的小智一行人，在他们面前出现了以前曾向小智挑战的少年真司。他跟小智一样计划去钢铁道馆挑战，而他现在为了道馆赛正在增加自己的战力。於是小智使用草苗龟，真司使用小火焰猴来对战。对战中，火箭队又过来捣蛋，使得小智一行人又分散开来…
以宝可梦华丽大赛为目标的小光，虽然对波加曼展开特训，但是进行得不是很顺利。这时候波加曼偷偷离开小智和小光等人，独自进行特训。然而，还是一直不断地失败。这时候，沼王、乌波、蚊香蝌蚪背著浑身是伤的哥达鸭出现在波加曼面前。哥达鸭好像是因为别的宝可梦抢了它们的树果，所以才受伤的。知道这件事的波加曼，对它们表示「一切都交给我！」但是…
火箭队的喵喵在便利商店买完东西之后，在商店门口看到一只满脸不高兴、十分奇妙的宝可梦。喵喵在一瞬间和它眼神相对之后，觉得它形迹可疑而想要早点离开。可是那只宝可梦，却摆出一副有气无力的样子一直跟在喵喵后面。觉得很不舒服的喵喵，虽然迈步逃命却…。这只神秘的宝可梦，它的真面目究竟是？
小智一行人的旅程，总是从慌慌张张的早晨开始。小光唉唉叫著头发梳不顺，小智则是被长尾怪手恶作剧，手忙脚乱地想要拿回自己的帽子。这时候，帮忙夺回帽子的皮卡丘一股脑地飞奔到车道上，正好迎面遇上君莎小姐的白色机车！眼看就要发生交通事故时，有人冲出来救了皮卡丘。展现出过人跳跃力的人物究竟是谁呢！？
小智一行人抵达了神奥地方最繁荣的大都会祝庆市。小光边拿著杂志边寻找东西，她似乎是无论如何都想要得到现在最流行的便利手表「宝可梦表」。小光冲劲十足地说「绝对要得到手才行」，可是突然听到宝可梦表停止贩售的消息，却让她心情低落。这个时候，在她的面前出现了温柔的小丑…
小光即将在祝庆市，参加她的第一场宝可梦华丽大赛。虽然她换上了比赛用的礼服，情绪非常高昂，但却因为把重要的首饰弄丢，在比赛之前就开始感到不安。之后，小光和波加曼为了参加大赛，以小智和皮卡丘为对手进行特训，但是看到这个状况的长尾怪手，突然打断练习，展现了惊人的招式…
参加宝可梦华丽大赛祝庆大会的小光和小智，平安地通过了第一次审查，晋级到第二次审查 华丽对战赛。小智信心满满地表示要照这样一路赢下去，连钢铁道馆的徽章也一起得到手，但是听到他这麼说的少女小望却对他说：「如果把目标放在道馆，希望你不要来参加华丽大赛」…
在前往钢铁市的途中，小智和姆克儿为了准备挑战神奥地方最初的道馆赛，在森林里进行特训。他们在森林里偶然遇见一位观察兼管理森林中鸟宝可梦的女性「夕雁」。经由她的推荐，小智一行人也尝试观察鸟宝可梦的工作，但是状况看起来很奇怪。依照夕雁的说法，最近森林里的鸟宝可梦数量骤减，所以她正在调查原因。一行人决定要协助调查，结果却遇上了意想不到的事件！
小智、小光和小刚一行人在前往钢铁市途中的山上，遇见了乔依小姐以及受伤的长鼻叶。畏惧人类的长鼻叶，不断吓阻乔依小姐。小刚活用了身为宝可梦培育家的经验，让长鼻叶解除警戒并接受他的治疗。之后小刚还代替忙碌的乔依小姐，将这只长鼻叶带回它所居住的大树，但是途中，有人把长鼻叶和小刚的爱哭树给抓走了。
为了挑战在神奥地方最初的道馆战，小智一行人来到了钢铁市，可惜的是道馆馆主外出了。一行人前往郊外的炭坑，并在那里遇到一名和化石说话、不可思议的男子「瓢太」。原来他就是这个地方的道馆馆主。小智立刻向他要求进行道馆战，可是却因为有人抢先一步挑战，所以必须依序等待。而那名先到的人，竟然就是小智的劲敌真司！小智一行人观摩了瓢太对真司的道馆战，而他们所看到的是…
真司早一步进行的惊人对战，让小智见识到道馆馆主瓢太的实力。隔天早上终於要轮到小智挑战钢铁道馆了！心想著瓢太所持有的宝可梦，小智虽然有些犹豫，但还是选出了三对三对战赛的成员。然后，早晨来临，他与瓢太的道馆战就这样揭开序幕。瓢太使用的第一只宝可梦，竟然是在对真司之战时，最后才派出来的头盖龙！面对突然登场的强敌，小智到底该如何应战！？然后就在同一时间，钢铁市的炭坑博物馆出现了可疑的人影…
虽然努力奋战，小智还是很可惜的败给了道馆馆主瓢太。虽然小光劝他使用在关都或城都地方收服的宝可梦再度挑战，但小智坚持「我绝对会用在神奥收服的成员获胜给大家看的」。这时候，小刚对小智提议了某个练习方法。然后在同一时间，市区的炭坑博物馆那里，有古代宝可梦开始大闹，造成一阵恐慌！到底是发生了什麼事情呢！？
小智在对付火箭队的战斗中，从波加曼的动作得到攻略钢铁道馆的诀窍。可是，道馆馆主瓢太的头盖龙竟然进化为战槌龙，威力更加升级，变得更难对付了！然后，小智再度挑战钢铁道馆的时候终於又来了，面对瓢太拿出的第一只宝可梦大岩蛇，小智派出皮卡丘应战了！满怀信心挑战的小智，他的最后王牌到底是…？
小智一行人前往下一间道馆的所在地百代市，在途中的草原上遇见了「电气松鼠宝可梦」帕奇利兹。那可爱的外表和惹人怜爱的举动让小光对它一见钟情，决定无论如何都要收服它而向它挑战。靠著波加曼和卷卷耳的努力，小光在苦战之后总算是成功地收服了帕奇利兹。但是，这只帕奇利兹却有著令人头大的个性！！
在小智一行人面前，突然出现了一名乘著暴蝾螈的神秘女性。她是利用高科技机械将宝可梦如铜像般固定之后，再加以掠夺的邪恶的宝可梦猎人之一！目击到抢夺宝可梦现场的小智，追上了猎人，没想到不但遭受反击，就连皮卡丘也被夺走了！为了击溃宝可梦猎人的邪恶企图，并且夺回皮卡丘，小智和同样被抢走喵喵的火箭队携手合作，但是…
