...
宝可梦
生活着众多从未见过的新的宝可梦的新世界，踏上合众地区的旅行。 熟悉的组合，小智和皮卡丘，如今两人又发生了微妙的变化，新的关键词是“速度感”和“新鲜感”。 在合众地区旅行的小智，遇到新的宝可梦们及新的宝可梦训练师们。以从未有过的速度展开宝可梦训练师之间的对战，新加入的伙伴们陆续登场，还有从不认输的皮卡丘带来的新的变化，宝可梦的终极进化！你从未见过的宝可梦新世界的冒险即将展开！
还没有见过的宝可梦…还没有见过的城镇…。为了见到未知的事物，小智与皮卡丘到了全新的冒险之地──合众地区！正为了在新天地的冒险雀跃不已时，眼前出现了这地方的宝可梦研究权威——红豆杉博士！大家立刻前往研究所，在那中心，有像是黑色巨大宝可梦的影子。影子放出的雷电直接击中小智的皮卡丘！两颊不断放电让皮卡丘很难过。众人急忙前往博士的研究所详细检查，但是结果却出人意料…。皮卡丘竟然不能用电属性绝招了！以混乱揭开序幕的旅程，到底会怎么样呢!?
虽然皮卡丘身上发生的异变令人困惑，小智他们仍决定要在合众地区旅行。首先是为了收服这个地方的宝可梦而进入森林，然后就发现摇摇晃晃的草丛！急忙用图鉴判别，结果显示是"牙宝可梦"牙牙！小智马上丢出精灵球要收服它！但是，精灵球击中草丛后却传出人的声音！？接著，冲出来的并不是牙牙，是个女孩子！她叫做艾莉丝，而目标牙牙躲在她的头发里！究竟这名神秘少女的真实身分为何…！？
小智首先以第一间道馆的所在地三曜市为目标。接著，艾莉丝在路上遇到叫做阿丹的少年。他家好像在附近开设温泉渡假旅馆，有很自傲的沙浴。正当大家准备做沙浴的时候，周围却不断冒出"沙漠鳄鱼宝可梦"黑眼鳄！照阿丹的说法，它们平常非常温顺，会和训练家一起享受沙浴。但是，这些黑眼鳄却突然开始拼命的挖掘地面！无视于一旁惊讶的小智等人，它张开大嘴把皮卡丘与牙牙、以及偷偷跟来的水水獭带走了！这只黑眼鳄的目的到底是什么!?
朝著三曜市持续旅行的小智一行人，在途中经过的城镇发现有趣的设施。那是被称为“宝可梦对战俱乐部”、让训练家可以自由对战的场所。干劲十足的小智猛冲进对战俱乐部！出来迎接的是俱乐部的经理东·乔治。一番对谈后，他很快就让带著合众地区很少见的皮卡丘的小智上场。然后，对战开始！但是，正准备一口气发动攻击取得先机的时候，刺耳的警报声大作！似乎是有什么人侵入仓库的样子。调出摄影机拍到的影像进行确认后，在那里的竟然是…！！
终于到了三曜市！小智为了在合众地区的第一场道馆赛兴奋不已，这时他面前出现一名叫做天桐的青年。天桐看到艾莉丝与牙牙相处融洽的样子，判断他们的适性很好。原来他具有“宝可梦酒侍”的资格，可以看出训练家与宝可梦的适合度。因为难得遇到，于是一行人一边聊一边请他带路到三曜道馆。然后，眼前出现了期待已久的三曜道馆！小智进入战斗模式冲了进去！但是，建筑物当中却是一片令人觉得走错地方的景象…
结束道馆赛，小智一行人来到宝可梦中心让疲累的宝可梦复原。这时艾莉丝抱著牙牙急急忙忙冲进来！她怀中的牙牙发出浅浅的粉红色光芒，沉沉昏睡。照她的说法，睡著的牙牙完全叫不起来！就在大家为这件事困惑的时候，一位带著"食梦宝可梦"食梦梦的女性出现了！她叫做真菰，而且好像知道这种昏睡的原因。小智一行人为了解决这件事而冲出中心，却看到惊人的景象！粉红色光点从天而降，君莎小姐也发出紧急警告。城里陷入恐慌…
小智、艾莉丝、天桐，决定一起旅行的3个人在森林里休息时，"草蛇宝可梦"藤藤蛇出现，擅自吃起天桐做的蛋糕！正当皮卡丘要使出十万伏特时，却莫名其妙地被爱心包围，最终眼冒爱心！看来，似乎是中了藤藤蛇的“迷人”。摆出一副轻视模样看皮卡丘的藤藤蛇，以敏捷的动作逃走。但是，因此燃起熊熊斗志的小智，下定决心非收服它不可，于是开始紧追不舍。究竟小智能不能成功的收服藤藤蛇呢!?
朝著下一个目的地前进的路途中，小智一行人与宝可梦在河边吃午餐。正当大家和乐融融地用餐时，皮卡丘与牙牙的宝可梦食物不见了！正要找出是谁搞的鬼时，出现了2只"不倒翁宝可梦"火红不倒翁！它们使出“喷射火焰”甩开追上去的小智等人，一转眼就逃跑了。虽然想抓它们，不过治疗受伤的宝可梦比较重要，所以大家赶往宝可梦中心。可是，2只火红不倒翁居然出现在那里，而且还再度抢走食物！到底火红不倒翁的目的是什么…！？
艾莉丝与牙牙、天桐与花椰猴，相对的两组人马正在练习对战！但是，面对目前还力量不足的牙牙，花椰猴也降低了绝招的威力。艾莉丝告诉牙牙慢慢变强就好了。牙牙最喜欢总是温柔照顾自己的艾莉丝，于是决定去森林里找树果送她。然后，发现某棵高耸的树上有似乎很美味的树果！牙牙不理会急忙跑来阻止的皮卡丘，爬上了尖细的树枝要摘树果。就在只差一点点的时候，树枝折断让它倒头摔了下来！还落在"巨大蜈蚣宝可梦"蜈蚣王身上！受惊的蜈蚣王于是拖著牙牙开始横冲乱撞…！
以七宝道馆为目标，继续旅行的小智一行人，在路过的城镇发现宝可梦对战俱乐部！小智马上就跑去找对战对手。结果竟然发现修帝的资料！他立刻提出对战要求，请东·乔治先生用即时通讯器联络修帝。为了意料外的再战热血沸腾的小智，与一如以往冷淡登场的修帝，展开5对5的对战！小智派的第一只是水水獭、修帝则选择了"野鸽宝可梦"咕咕鸽。小智与水水獭利用扇贝贝进行独创的攻击！可是，修帝的咕咕鸽也不遑多让的使出绝招！这场比试，谁会胜利！？
持续朝著七宝市旅行的小智一行人，在路途中遇见在切割岩石打造住居的「石居神奇宝贝」石居蟹。在他们观察著这珍贵景象时，又新冒出了三只石居蟹！其中一只顶著特别大的石块，就像是当中的老大一样。这个老大看重的，就是石居蟹努力打造出来的家！下一刻，这 3 只竟然一起攻击石居蟹，夺走了它的石头住家！目睹这种卑劣举动的小智一行人，主动表示要帮石居蟹把家抢回来。石居蟹一开始还是很警戒，不过後来渐渐打开了心扉，接著作战行动终於展开！到底会有何结果呢！？
在旅途中经过的某条路上，眼前出现了骑著三轮车的孩子们……接著，孩子们突然往这边投泥丸子！这些孩子兴高采烈地从遭到直击的小智一行人身边通过。而且，在这个军团中的「垃圾袋神奇宝贝」破破袋还把小智的宝贝帽子捡走了！小智等人急忙要追上去时，一位叫做由梨的女性叫住他们。原来，由梨是刚才那些孩子的幼稚园老师，现在遇上了很大的困扰。大家为了弄清楚来龙去脉而前往幼稚园，却被眼前的景象吓了一跳！幼稚园竟然被垃圾山围起来，建了一座秘密基地，而且孩子们还守在里面不肯出来！
小智一行人朝著七宝道馆继续旅行。途中突然冒出一名少女撞向他们！原来她叫白露，是红豆杉博士拜托她来转交东西给小智的。而转交的物品则是徽章收集盒！但是，被收在包包底层的盒子沾满灰尘、脏兮兮的。不过，拿到重要收集盒的小智还是很高兴。可是他高高举起的徽章收集盒突然从手中消失了！同时，有一只「栗鼠神奇宝贝」泡沫栗鼠跑走！它口中就咬著重要的徽章收集盒！小智他们立刻慌张地追上去。兵荒马乱的追逐战，到底会怎麼样呢！？
终於抵达七宝市的小智一行人，目标当然是在七宝道馆获胜、得到第二个徽章！大家与干劲十足的小智一起前往七宝道馆！可是，位於博物馆的七宝道馆门户紧闭，而且看来不太对劲……正当小智准备进行确认、伸手要开门探看的时候，从一名男性发出惨叫、从长廊另一头跑来！这名惊慌失措的男性叫做木立，是博物馆的副馆长，而他似乎被卷入了大麻烦。仔细询问木立之後才知道，这座博物馆似乎有如妖怪作祟，连续发生了奇妙的现象……
解决博物馆奇妙谜团的小智一行人，见到了道馆训练家芦蕙，终於要开始期待已久的道馆赛！不过，要前往对战场地，好像得要回答芦蕙出的任务才行。虽然对意外的发展感到困惑，大家还是惊险过关！总算抵达对战场地。使用一般系神奇宝贝的芦蕙，高声宣告要派出步哨鼠与小约克。向对手展现自己的阵容来观察反应，似乎是七宝道馆的风格。小智也紧握自己选好的 2 颗神奇宝贝球，接著，对战赛开始！芦蕙最初派出的「小狗神奇宝贝」小约克！小智则是派出暖暖猪。可是这场对战赛，竟然出现难以置信的发展！
赌上第 2 个徽章，与芦蕙进行的道馆赛。可是小智却因为「吼叫」与「黑色眼光」这组联合招式而败下阵来。一心雪耻的小智，到对战俱乐部接受东‧乔治的特训。当然，暖暖猪与水水獭也一起受训！小智首先与暖暖猪一起，为了对付芦蕙的小约克那招强力「影子球」，进行闪躲球的特训，接著是与水水獭一起下泳池，做逆流而上的特训。他与学会新绝招的2只神奇宝贝，再度前往七宝道馆！可是，对手是身经百战的道馆训练家。对战赛出现意外的发展……
之前帮助幼稚园老师由梨时得到的神奇宝贝蛋出现变化！大家对它一边不断摇晃又一边发光的样子兴味盎然。尤其是牙牙，大概是很高兴增加新同伴，特别热心地一直观察。就在闪烁速度变快，看来终於要孵化的时候，开心得手舞足蹈的牙牙竟然撞到了蛋！而蛋就以飞快的速度滚下斜坡！小智等人急忙追上去，可是不断加速的蛋被石头弹起，飞向空中了！这样直接砸到地面的话蛋会破掉的！突然发生重大危机！到底会有什麼结果呢！？
继续踏上旅程，前往下一间道馆所在地飞云市的小智一行人，在矢车森林遇到一只「裁缝神奇宝贝」虫宝包。为了收服好强不认输的虫宝包，小智热血沸腾地直接往森林深处冲！结果，大家在像迷宫一样的森林里迷路了！3人努力想要回到进森林的路，於是爬上高耸大树找路。可是，小智没有找到路，却找到了吊在树枝上的巨大树叶堆！下一个瞬间，树叶散开，飞云道馆的道馆训练家‧亚堤竟然飒爽现身！大家一边谈话一边走入森林，就看到刚才见过的虫宝包……
在前往飞云道馆的路上，跃入小智一行人眼帘中的，是新开幕的友好商店！兴奋期待的往里面一看，可以看到最里面出现排队人潮。看样子，似乎是公认神奇宝贝酒侍，在那里品评训练家与神奇宝贝的样子！很感兴趣的小智一跑进去，就遇到一个女孩子。她的名字叫赤霞珠，据说确实具有公认的酒侍资格。小智让她看自己最自豪的神奇宝贝。可是下一个瞬间，眯起眼睛、对著神奇宝贝图鉴开口的赤霞珠，说出令人不敢置信的话……
小智与皮卡丘目前陪著从蛋里孵出来的滑头小子进行特训。就在打算休息一下吃午餐的时候，他们掉进隧道状的洞穴里了！在抵达地点等著他们的，是以前见过的戴墨镜黑眼鳄！它似乎是为了挑战皮卡丘要求对战，才会挖洞找大家来的。面对斗志高昂的黑眼鳄，小智与皮卡丘决定答应对战。可是，这时冒出一只「水鸟神奇宝贝」鸭宝宝，抢走了黑眼鳄的墨镜！其实这只鸭宝宝超爱恶作剧，它接二连三地做出让小智他们感到困扰的恶作剧，但是……
