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宝可梦
当小智继续追求赢得八枚道馆徽章以便进入卡洛斯联盟时，他和他的旅伴将结交新朋友，建立新的竞争关系，当然，还会遇到一些全新的宝可梦！瑟琳娜将与她的搭档火狐狸和新朋友顽皮熊猫一起征战三冠卫星赛；希特隆将继续创造发明，并希望其中一些能大受欢迎；而柚莉嘉也会一如既往地想办法找人来照顾她的哥哥！
由于顽皮熊猫和哈力栗的争执，小智等人遇上宁宁。宁宁跟莎莉娜一样以三冠卫星赛为目标。当她们互相切磋的时候，火箭队现身夺去宝可梦！而领大家脱离难关的，竟是争执中的顽皮熊猫和哈力栗！
小智一行人离开古香镇，来到岩壁海岸，他们在做特训前，用鱼竿钓到了貌似海藻的垃垃藻。垃垃藻受了伤，柚丽嘉为它贴上胶布后，却受到攻击，垃垃藻攻击小智他们后逃掉，皮卡丘被垃垃藻的毒液打到中了毒，令皮卡丘陷入猛毒状态，正当小智要带皮卡丘去宝可梦中心治疗时，他们遇到了海底考古学研究者夫妇艾迪和玲季，并帮皮卡丘解了毒，之后得知了他们要到海底去调查一艘已经沉没的豪华巨轮卡斯拉号，因此小智一行人决定一起出海研究洋流和沉船，到底他们会有甚么发现呢？
小智一行人看到另一种颜色的战斗飞鸟攻击布鲁，他们帮助布鲁后，却发现原来是舞台的练习。由于阻碍了练习，又无意中令到主角艾路雷朵受伤，所以小智的战斗飞鸟就代替它登上了舞台。正式演出时却遇上火箭队来捣乱，到底演出能否成功呢？
小智一行人在对战特训中，重遇受伤的三平和甲贺忍蛙。三平接受了任务，要将神秘卷轴送去一间大屋，并被神秘的面具忍者袭击。小智几个决定帮助三平，一起前往大屋。途中他们再次遇上面具忍者并开始战斗！
小智一行人来到某个牧场，再次遇上莎莉娜的妈妈萨琪。虽然萨琪一心想培育莎莉娜成为一流的铁甲犀牛骑师，但莎莉娜下定决心要成为一个宝可梦表演家，不过萨琪不认同莎莉娜的决心，并以咩咩羊竞跑一决胜负。
小智一行人在旅途中再次遇上曾经占据电波观测店的乌贼王！小智几个和火箭队被乌贼王操控，动弹不能。希特隆、小次郎和喵喵幸运逃脱，想找办法拯救其他人，此时小次郎的豪喇花枝有点异样……
小智一行人在前往海翼市的途中，遇上最弱的龙系宝可梦黏黏宝。火箭队趁小智他们帮助虚弱的黏黏宝时，利用奸计夺走了皮卡丘和黏黏宝。皮卡丘和黏黏宝在危机当中，能否合力成功逃脱呢？
小智一行人在旅行途中来到河边，让宝可梦出来玩水。不过火箭队早已在那里设下陷阱，想捉走宝可梦。小智一行走散了，黏黏宝虽然跟莎莉娜会合但最终仍然走失。咚咚鼠非常落力去找黏黏宝，却发现它被火箭队捉走了！
小智一行人来到海翼市，得知宝可梦中心正在保护一只迷路的迷你冰，于是立即出发去与它见面。然而，火箭队在中途捉走了迷你冰，小智他们在捉捕火箭队时突然刮起暴风雪，究竟发生了什么事呢？
终于迎来了海翼道馆战，小智与擅长使用草系小精灵的道馆馆主福爷进行道馆战。与福爷的苦战中，小智最终选择了属性不利的呱头蛙进行对战，那么小智的作战到底是什么呢？小智最后能不能得到道馆徽章呢？
今天是海翼市一年一度举行祭典的日子。小智和莎莉娜听到大家会在誓约之树下送礼物给宝可梦来增强牵绊后，决定一起去买礼物。这是他们第一次留下连同皮卡丘在内的所有宝可梦二人独处。咦？不就是约会吗！？
今次是莎莉娜第一次在三冠卫星赛登台的日子。隐藏不住紧张心情的莎莉娜，会合了莎娜，下定决心准备出场。莎莉娜究竟能否击败莎娜，武藏等竞争对手取得胜利呢？三冠卫星赛海翼大会即将揭开序幕！
小智一行人在旅行途中的荒野，遇见了寻求帮助的受伤的跳跳猪，跳跳猪们原本在荒野中的绿洲和平的生活着，但是噗噗猪的出现，使得跳跳猪们都被欺负，只有自己逃了出去，小智一行人决定帮助跳跳猪，最后被幕后黑手火箭队所设置的笼子关了起来。从牢笼中溜出去的咚咚鼠和黏黏宝与噗噗猪进行对战！这时黏黏宝的样子！？
旅行的途中，路过卡洛斯发电站的附近的小智一行往发电站走去。然而接近发电站的皮卡丘们发生异常！其实是火箭团占领发电所操纵电系宝可梦！小智的宝可梦们们帮助发电站的人员？说起来希特隆有什么烦恼的样子……？
火箭队偷袭小智一行人不成，武藏与果然翁在和小次郎失散后，不小心中毒掉到河中。 之后武藏遇上帅气的伟特医生，果然翁遇上了雌性果然翁，两个都陷入恋爱了！ 可是他们却要在火箭队和爱情中选择，结果会是如何呢？
莎莉娜开始为下一次三冠卫星赛特训，但当特训进行的不顺利时，她开始对她的宝可梦生气。随后，莎莉娜打算自己待一会儿，就在此时，一个叫艾蕾娜的女子对她喊话。两个人对战时，莎莉娜发现她好像之前见过艾蕾娜......
向着密阿雷市前进的小智一行人，在森林里吃饭。瑅耶鲁诺向小智发起特训战斗，火箭队的机械抓走了皮卡丘，不过，战斗的余波使得森林着火了！就在这时，小智的黏美伊儿变了！
小智一行回到了密阿雷市。小智随即向希特隆发起了挑战。突然，君莎小姐闯入，要逮捕希特洛伊特！原来是和希特洛伊特一模一样的机器人在密阿雷市大四破坏。小智一行如何可以证明希特洛伊特是被冤枉的？
终于到达密阿雷市，小智与希特隆的道馆战开始了，希特隆使用了会用电系技能的掘掘兔、技能丰富的电伞查特和强力的伦琴猫......小智能否赢得约定之战的胜利，获得道馆徽章呢？
小智在向下一个道馆出发前，先去一趟博士的研究所。布拉塔诺博士将他的烈咬陆鲨石给小智一行人展示，可是这时火箭队却突然将之抢走，烈咬陆鲨该怎么办？
